Палиндромы

Другой возможный результат суперскручивания - это образование крестообразных структур в участках ДНК, содержащих палиндромы. Для поддержания крестообразной структуры необходимо значительное количество энергии-порядка AG = -f 18 ккал/моль. Однако еще большая энергия активации расходуется на разрушение двойной спирали, необходимое для образования структуры креста примерно AG = -f 50 ккал/моль. При физиологических условиях эта реакция протекает также очень медленно. В действительности кажется, что степень суперспирализации, нужная для образования структуры креста, может оказаться намного больше той, которая реально встречается в живой клетке. [c.33]

Рис. 27-28. А. Палиндром, или обращенный повтор. Видно, что он обладает осевой симметрией. Ось симметрии второго порядка проходит через центральную точку. Б. Крестообразная структура, возникающая в том случае, если основания палиндрома образуют пары не между цепями, а внутри каждой из цепей. В нативной эукариотической ДНК палиндромы могут содержать десятки и даже сотни оснований.

Составлением палиндромов — перевертышей на русском языке — с увлечением занимаются многие люди. Приведем два примера таких перевертышей Умер — и мир ему , Нажал кабан на баклажан . Имеется и много других забавных, хотя и более специфических перевертышей. — Прим. перев. [c.145]

Рис. 2. Репарационная коррекция несовершенной шпильк , возникшей по участку комплементарного палиндрома.

Таким образом, сильные промоторные зоны, кроме наличия более совершенной консенсусной последовательности, характеризуются большей насыщенностью палиндромами, более легкоплавкими нуклеотидными последовательностями в 5 -районах от промотора и более "жесткой" двойной спиралью в районе за точкой инициации транскрипции (см. величины средних значений в таб.2). [c.36]

Палиндромы в ДНК обнаруживаются путем кратковременной ренатурации денатурированной ДНК, гидролиза всей не успевшей ренатурировать ДНК нуклеазой S1 (специфической для однонитевой ДНК) и задержания на колонке оксиапатита двунитевых фрагментов, которые в этих условиях образуют только палиндромы. Лин и Ли [Lin, Lee, 1979] вели денатурацию фрагментированной ультразвуком ДНК в щелочной среде, а ренатурацию — путем быстрой нейтрализации раствора и выдерживания его при повышенной температуре в течение 2 с. Затем раствор энергично охлаждали до 4° и диализовали на холоду против 0,1 М Na-ацетатного б фера (pH 5), содержавшего 0,1 мМ ацетата цинка, что необходимо для действия нуклеазы S1. Кроме того, к раствору добавляли половинный объем диоксана, который, как оказалось, почти втрое ускоряет и повышает эффективность действия фермента. Наконец, вносили саму нуклеазу 81 (80 ед/мл), выдерживали 45 мин при 37°, а затем, как обычно, гидролизат переводили диализом в 0,12 М Na-фосфат- [c.242]

На рис. 16-16 показано, как гипотетический фермент Е1 может модифицировать участок ДНК путем метилирования основания в одной из двух палиндромных последовательностей. Этот фермент, которому приписывается довольно необычная специфичность, должен также метилировать второй участок в комплементарной цепи, но вне палиндромной области. После репликации одна молекула ДНК остается неизмененной, тогда как вторая окажется субстратом фермента Е2. Под действием последнего произойдет метилирование второй половины палиндрома и всех ДНК-потомков. В результате совместного действия ферментов Е1 и Е2 модифицированные клетки будут все больше и больше отличаться [c.362]

Эукариотическая ДНК содержит большое число палиндромов [c.883]

Размеры многих палиндромов достигают тысячи пар оснований. Более короткие палиндромы, так же как и в случае ре- [c.883]

Поскольку приведенные два палиндрома невозможно перевести, мы даем в качестве примеров два палиндрома на русском языке, составленных сотрудником Института биофизики АН СССР Б. Гольдштейном Уж редко рукою окурок держу. Умер и мир ему. [c.883]

Ферменты, используемые для получения рекомбинантных молекул,— рестриктазы II типа. Основной характеристикой таких рестриктаз является то, что у них сайты узнавания и места рестрикции совпадают. Обычно рестриктаза II типа узнает определенную последовательность на ДНК и гидролизует ее внутри последовательности сайта рестрикции. Сайты рестрикции рестриктаз II типа представлены симметричными при повороте на 180° последовательностями — палиндромами [c.26]

Другой пример влияния сверхспирализации на структурные превращения двойной спирали ДНК — образование крестообразных структур. Практически любая ДНК содержит инвертированные, или палиндромные, повторяющиеся последовательности длиной от нескольких п. о. до многих тысяч п. о. Теоретически можно представить себе превращение линейной двуспиральной формы палиндрома в крестообразную (рис. 19). Для релаксированной ДНК вероятность такого превращения ничтожна. Поскольку в ДНК с отрицательными сверхвитками этот переход энергетически выгоден, крестообразные формы in vitro обнаруживаются у всех исследованных сверхспирализованных ДНК с нормальной плотностью сверхвитков. (Экспериментально крестообразные структуры фиксируют по наличию однотяжевых петель в вершине шпилек , которые расщепляются нуклеазами, специфичными к однотяжевой ДИКО Вопрос о существовании крестообразных структур ДНК ш vito остается открытым. Скорость их юбразования очень мала, и, может быть, именно поэтому в клетке их еще никому не удалось обнаружить. [c.33]

Таким образом, наиболее важной характеристикой промоторов прокариот является соответствие их нуклеотидной последовательности консенсусу промоторов. Однако, как видно из проведенного анализа, сила промотора может существенно модулироваться такмли факторами, как ос - богатость района после точки инициации транскрипции (вклад этого параметра достаточно высок, как видио из таблицы 2). Кроме того, сила Гфомотора зависит от наличия прямых повторов и палиндромов [c.36]

Модель репарационной коррекции предполагает наличие в районе мутирования прямого повтора или комплементарного палиндрома. Весовад функция имеет вид Wa(L-K)/R, где L джна повтора, репарационная коррекция которого могла бы вызвать возникновении данной мутации, К - число несовпадений между участками повтора, R - расстояние между участками повтора. Для каждой мутации учитывался повтор с максимальным статвесом. Пример результатов анализа приведен на рисунке 4. [c.97]

ДНК, денатурированная нагреванием (100° в течение 15 мин в 0,13 М растворе Na l в 0,01 М К-фосфатном буфере) с последующим быстрым охлаждением, элюируется главным образом в диапазоне концентраций буфера 0,12—0,14 М, однако за ней нередко следует псевдонативная фракция (элюция 0,2—0,22 М фосфатным буфером). Чаще всего это — сателлитная, очень быстро ренатурирую-щая ДНК или фракции ДНК, обогащенные обращенными повторяющимися нуклеотидными последовательностями ( палиндромами ). Обработка ДНК формальдегидом заметно уменьшает долю этой фракции и снижает необходимую для элюции денатурированной ДНК концентрацию фосфатного буфера. [c.236]

В геноме дрозофилы, а также др. животных, включая млекопитающих, обнаружен целый ряд семейств подвижных генетич. элементов, к-рые, как предполагают, подобно гранспозонам бактерий, меняют свою локализацию, не покидая хромосом. Примером могут служить РВ-элементы, или палиндромы-сегменты ДНК, ограниченные длинными инвертир. повторами протяженность последних варьирует в широких пределах-от 0,2 тыс. до 1,3 тыс. пар нуклеотидов. Участок, заключенный между инвертир. повторами и условно называемый петлей, не является обязательной составной частью РВ-элемента. Возможно, что в нек-рых случаях он соответствует участку генома, захваченному этим элементом прн транспозиции. [c.80]

Вопрос о том, что биологическое значение имеют обе конформации ДНК — А и В, — уже обсуждался нами ранее. Другой тип конформационных перестроек связан с присутствием палиндромов — последовательностей ДНК, которые одинаково читаются как в прямом, так и в обратном направлении [95]. Такие последовательности обнаружены в ДНК многих вирусов и бактерий. Рассмотрим, например, ген, определяющий последовательность нуклеотидов в молекуле тРНК, изображенной на рис. 2-24. Он представляет собой участок двуспиральной ДНК, в котором одна цепь имеет ту же последовательность, что и цепь на рис. 2-24, за исключением того, что вместо Т стоят U и (псевдоури- [c.145]

В структуре ДНК, как и в структуре РНК, открыты нуклеотидные последовательности, получившие название палиндромы , или перевернутые повторы. Они встречаются как внутри одной цепи, так и в двойной спирали. Например, как слово ротатор, которое одинаково читается как справа налево, так и обратно. Подобные обратные повторы могут служить основой для образования структуры шпилек или других вариаций с измененным внутрицепочечным и межцепочечным спариванием и формированием на отдельных участках тройной спирали. Возможно, эти палинд-ромные структуры имеют определенный биологический смысл в регуляции экспрессии отдельных генов, выполняя роль сайтов для ДНК-связывающих белков. Предстоит, однако, приложить немало усилий для установления как точной структуры этих вариаций, так и для определения их функциональной роли. [c.110]

В ДНК существуют палиндромные участки—перевертыши, одинаково читаемые с обоих концов (пример такого палиндрома в языке ПИЛВИНООНИВЛИП). [c.257]

В ДНК различных организмов содержатся еще так называемые палиндромы (от греч palindrome — перевертыш) — последовательности, повторяющиеся в обратном порядке [c.164]

В суперспирализованном состоянии длинные палиндромы (10 и более пар оснований) образуют крестообразные структуры, служащие сигналами для узнавания определенных участков ДНК ферментами-метилазами, рестриктазами и регуляторными белками, регулирующими действия генов [c.164]

Используемые при клонировании рестриктазы выделяют из различных прокариот. Всего было получено более ста пятидесяти их разновидностей. Они отличаются друг от друга тем, что узнают и расщепляют разные нуклеотидные последовательности, Сайты узнавания для большинства ферментов, используемых в генетической инженерии, представляют собой палиндромы из 4, 5 или б нуклеотидов. Расщепление происходит с образованием либо тупых (как в случае Alul), либо липких (способных к комплементарному связыванию) концов (как в случае BamHl см. рис. 7,6). Неспаренные нуклеотиды липкого конца оканчиваются З -гидроксильной или 5 -монофосфатной группировкой в зависимости от фермента. [c.317]

В природной ДНК хромосом строгая двуспиральность нарушается в участках, называемых палиндромами порядок чередования нуклеотидов вдоль цепи одинаков справа налево и слева направо (как последовательность букв в словах шалаш , кок ). Комплементарные основания, входящие в состав палиндромов, спариваются и образуют структуры в форме крестов или шпилек. Такие структуры [c.292]

Указанием на то, что между двумя типами сайтов терминации действительно существуют определенные различия, явились данные по изучению их последовательностей. Ни в одном случае в области, предшествующей сайту терминации, не обнаружено сколько-нибудь выраженной консервативной последовательности. Однако в случае р-независимых терминаторов на конце РНК всегда имеется небольшой отрезок из остатков U. Этого не обнаруживается у РНК, терминирующих на р-зави-симых сайтах, которые полностью лишены какой-нибудь гомологии. Но у обоих типов терминаторов наблюдается поразительное совпадение их вторичной структуры, образующейся благодаря наличию палиндрома, расположенного непосредственно перед терминационным сайтом. [c.163]

Молекулярная биология. Структура и биосинтез нуклеиновых кислот (1990) -- [ c.33 ]

Хроматография белков и нуклеиновых кислот (1985) -- [ c.242 ]

Биохимия Том 3 (1980) -- [ c.145 , c.205 , c.220 , c.262 , c.362 ]

Молекулярная биология (1990) -- [ c.33 ]

Биологическая химия Изд.3 (1998) -- [ c.108 , c.499 ]

Биофизика (1988) -- [ c.256 , c.297 ]

Основы биохимии Т 1,2,3 (1985) -- [ c.883 ]

Гены (1987) -- [ c.0 ]

Генетика с основами селекции (1989) -- [ c.491 ]

Основы биохимии (1999) -- [ c.209 , c.210 , c.255 ]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология