Однотяжевые

Рибонуклеиновые кислоты. РНК, как пра вило, построены из одной полинуклеотид ной цепи, характерный элемент вторич ной структуры к-рой- шпильки , переме жающиеся однотяжевыми участками (рис. 3) [c.298]

Общие принципы организации вторичной структуры РНК были сформулированы П. Доти и сотр. и А. С. Спириным и сотр. (1959— 1961). Впоследствии было установлено, что эти принципы справедливы для всех однотяжевых РНК и на их основе для любой РНК с известной первичной структурой может быть построена достаточно достоверная модель вторичной структуры. [c.37]

Аналогичные принципы лежат в основе ферментативных методов анализа вторичных структур РНК- Известно большое число РНКаз, которые направленно гидролизуют фосфодиэфирные связи в однотяжевых участках РНК. Обнаружено также несколько нуклеаз, [c.39]

Нет сомнений в том, что аналогичные принципы лежат в основе организации структуры всех однотяжевых РНК. Однако строить конкретные пространственные модели макромолекул однотяжевых РНК крайне затруднительно из-за множества возможных вариантов укладки в них элементов вторичной структуры. Некоторую дополнительную информацию дает здесь идентификация нуклеотидных остатков, которые могут быть сшиты бифункциональными химическими агентами. [c.42]

Другой пример влияния сверхспирализации на структурные превращения двойной спирали ДНК — образование крестообразных структур. Практически любая ДНК содержит инвертированные, или палиндромные, повторяющиеся последовательности длиной от нескольких п. о. до многих тысяч п. о. Теоретически можно представить себе превращение линейной двуспиральной формы палиндрома в крестообразную (рис. 19). Для релаксированной ДНК вероятность такого превращения ничтожна. Поскольку в ДНК с отрицательными сверхвитками этот переход энергетически выгоден, крестообразные формы in vitro обнаруживаются у всех исследованных сверхспирализованных ДНК с нормальной плотностью сверхвитков. (Экспериментально крестообразные структуры фиксируют по наличию однотяжевых петель в вершине шпилек , которые расщепляются нуклеазами, специфичными к однотяжевой ДИКО Вопрос о существовании крестообразных структур ДНК ш vito остается открытым. Скорость их юбразования очень мала, и, может быть, именно поэтому в клетке их еще никому не удалось обнаружить. [c.33]

Макромолекулы большинства природных РНК построены из одной полирибонуклеотидной цепи. Основной элемент их вторичной структуры — сравнительно короткие двойные спирали, образованные комплементарными участками одной и той же цепи и перемежающиеся ее однотяжевыми сегментами. Полирибонуклеотидные цепи в таких двуспиральных структурах антипараллельны, а сами двойные спирали, находящиеся в А-форме, не идеальны в них имеются дефекты в виде неспаренных нуклеотидных остатков или не вписывающихся в двойную спираль однотяжевых петель (рис. 21 и 22). Наряду с классическими уотсон-криковскими парами (А-и и О-С) в двутяжевых участках РНК часто встречается пара О-и. Таким образом, стабильность двутяжевых районов поддерживается комплементарными и межплоскостными взаимодействиями оснований. В однотяжевых участках наблюдаются сильные стэкинг-взаимодействия оснований, вследствие чего они стремятся принять конформацию однотяжевой спирали. [c.37]

Теоретическая модель вторичной структуры РНК должна быть далее подвергнута экспериментальной проверке. Прямые методы определения конформации макромолекул — рентгеноструктурный анализ и ядерный магнитный резонанс (ЯМР) — пока применимы лишь для низкомолекулярных РНК (см. следующий раздел). Поэтому в большинстве случаев принадлежность того или иного нуклеотидного остатка РНК (или достаточно протяженных ее участков) к двуспиральному или однотяжевому элементу вторичной структуры оценивается косвенным путем. Основная роль здесь принадлежит методам химической модификации и методам расщепления РНК структуроспецифическими РН Казами. [c.38]

Уже в ранних исследованиях. макромолекулярной организации однотяжевых РНК было установлено, что в физиологических условиях они характеризуются компактной и упорядоченной третичной структурой, которая возникает за счет взаимодействия шпилькообразных элементов их вторичной структуры. Транспортные РНК — единственные представители природных полирибонуклеотидов, которые удалось закристаллизовать и изучить методом рентгеноструктурного анализа с достаточно высоки.м разрешением. Поэто.му представления о принципах организации третичной структуры РНК [c.40]

Рис. 25. Схема образования псевдоуэла благодаря спариванию комплементарных участков РНК в вершине шпильки н в другом однотяжевом участке (а) пространственная модель псевдоузла (б)

Биосинтез ДНК осуществляется в результате репликации-точното самокопирования (самовоспроизведения) путем синтеза новой молекулы ДНК на исходной ( материнской ), к-рая играет роль матрицы. Этот процесс осуществляется под действием фермента ДНК-полимеразы. Матрицей для синтеза ДНК может служить также однотяжевая (одноцепочечная) РНК, комплементарное копирование к-рой осуществляет фермент обратная траискриптаза. [c.298]

Шггалька-двутяжевая спиральная структура, образующаяся в результате комплементарного спаривания оснований (А с и и О с С). Шпильки и соединяющие их однотяжевые участки РНК укладываются в компактную третичную структуру. Для тРНК вторичная структура имеет характерную форму, к-рую наз. клеверным листом . [c.298]

Совр. методы хим. синтеза Н.к. позволяют получать крупные фрагменты ДНК, в т.ч. целые гены. Методич. основы хим.-ферментативных методов синтеза ДНК разработаны X. Кораной. Они включают 1) хим. сиитез комплементарных, взаимоперекрывающихся олигонуклеотидов, из к-рых затем в результате комплементационных взаимод. выстраиваются дуплексы-фрагменты молекулы синтезируемой ДНК с несовпадающими разрывами в обеих цепях 2) соединение (лигирование) таких олигонуклеотидов в составе дуплекса с помощью фермента Т4 ДНК-лигазы. Сборку протяженных ДНК из синтетнч. однотяжевых олигонуклеотидов проводят в неск. этапов (рис. 4). Сначала (а) [c.299]

Полагают, что рРНК представляют собой совокупность коротких однотяжевых и двухспиральных участков. Последние образуются в результате комплементарного спаривания (см. Комплементарность) соседних или достаточно удален-ньк друг от друга участков одной и той же полинуклеотидной цепи. При этом наряду с канонич. уотсон-криковскими парами в двухспиральных участках встречаются пары G-U, G-A и А-С. [c.265]

Другой характер носит вторичная структура неспаренных участков, таких как петли и акцепторный еССА-конец. Здесь часто имеется односпиральное расположение нескольких остатков, поддерживаемое межплоскостными взаимодействиями ( стэкинг ) оснований. Структура антикодоновой петли представляет особый интерес (рис. 20) три основания антикодона и два последующих основания, примыкающие к нему с З -стороны, находятся в едином стэкинге друг с другом и образуют однотяжевую правозакрученную спираль со своеобразными параметрами, так что первое основание антикодона помещается на самой [c.36]

Прежде всего, можно более или менее определенно локализовать на первичной структуре РНК те нуклеотидные остатки или олигонук-леотидные районы, которые не участвуют в комплементарном спаривании и вероятнее всего представляют собой однотяжевые секции цепи. Эти районы особенно чувствительны к таким рибонуклеазам, как панкреатическая пиримидил-РНКаза А, грибная гуанил-РНКаза Tt, бактериальная РНКаза Si, и к модификации их оснований такими [c.71]

Далее, возможна прямая локализация спаренных участков цепи. Один из наиболее результативных подходов состоит в том, что после переваривания РНКазой, гидролизующей однотяжевые участки РНК, получающиеся двуспиральные фрагменты разделяются в электрофорезе сначала в неденатурирующих условиях (первое направление), а затем в условиях диссоциации двуспиральных комплексов (второе направление) таким образом, каждая полоса первого направления, представляющая собой двойную спираль, разделяется во втором направлении на два пятна, представляющих собой комплементарные тяжи, которые идентифицируются и локализуются на первичной структуре РНК. Таким путем удается выявить не только смежные (вдоль цепи) комплементарные участки, но и комплементарные взаимодействия между удаленными участками цепи РНК. Другой подход, особенно эффективный в выявлении дальних взаимодействий, состоит в фотоактивируемых сшивках оснований спаренных тяжей в составе структуры РНК с последующей идентификацией сшитых олигонуклеотидов. [c.74]

В качестве посттранскрипционно модифицированных (минорных) нуклеотидов 23S РНК Е. oli имеет Ч (3 остатка), Т (2 остатка), ЩбА (2 остатка), m G, m G, Gm, m и неидентифицированные производные и. Часть их сблокирована, как например, в последовательностях 745-747 (m>G T)H 1911-1917 (тАСи АФ), а часть рассеяна, но почти исключительно (кроме одного Ч " и одного Т) в однотяжевых районах. [c.79]

Межнуклеотидные связи в однотяжевых РНК, образованные З -фос-фатным остатком гуанозина и 5 -гидроксилом любого нуклеотида Двутяжевые участки РНК [c.14]

Приведен фрагмент рибосомной 16 S РНК. Выделены (штриховкой) двуспиральные участки, существование которых подтверждается сравнительным анализом (см. рис. 21). Стрелками показаны места расщепления РНК гуаннловон Т, (зачерненная галка), адениловой Uj (тонкая стрелка) РНКазами и нуклеазой из яда кобры (жирная стрелка), а также нуклеотидные остатки, модифицируемые химическими реагентами, специфичными к однотяжевым участкам РНК (зачерненный треугольник). Эти результаты в основном подтверждают модель, однако существование двуспирального участка, примыкающего к А1080, маловероятно, так как почти вся его левая цепь модифицируется (или расщепляется) агентами, специфичными к однотяжевой РНК [c.39]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология