комбинация пентапептиды

Восемь низкоэнергетических конформаций шейпов 62/46/2 и 2/4 2/62/2 представляют собой комбинации самых выгодных состояний свободных нонапептида Arg -Pro и пентапептида Tyr - ys , к наиболее предпочтительным относятся также состояния октапептида Glu - ys , приведенные в табл. IV.6. В конформациях шейпа 2/465/2 противоположные свернутые концы пептидной цепи удалены друг от друга (рис. IV.9). В более компактных конформациях 62/4 2/62/2 сближенными оказываются остатки Рго , ys и Pro с остатками Туг ° и ys . Однако из-за специфики боковых цепей этих остатков и их взаимного расположения эффективных невалентных взаимодействий здесь не возникает. Энергия конформаций подобного типа также слагается практически аддитивно из вкладов свободных фрагментов Arg -Pro и Tyr °- ys . Конформации обоих шейпов различаются только состоянием (В или R) остатка Рго . Из-за отсутствия дальних взаимодействий изменение одного угла уу приблизительно на 180 не сопряжено со значительными энергетическими затратами. [c.438]

Техника "отжига" в конформационном анализе пептидов и белков часто используется в комбинации с методом молекулярной динамики, в котором температура вводится в расчет посредством кинетической энергии. Самый простой и наиболее распространенный алгоритм этого метода был предложен X. Берендсеном и соавт. [189]. Сравнение его с другими алгоритмами метода молекулярной динамики вьшолнено в работе [190]. Комбинированный метод динамического "отжига" применяется в анализе более или менее сложных пептидов, однако непременно с использованием экспериментальных ограничений, получаемых от рентгеноструктурной кристаллографии и ЯМР [191-194]. Расчет, таким образом, сводится к уточнению уже известной структуры или выбору из небольшого числа предполагаемых вариантов. В разработанном М.Сноу подходе привлекаются данные о гомологии белков [195, 196]. Метод "отжига" широко используется, правда с переменным успехом, в конформационном анализе простых пептидов [197-200], причем наиболее популярным объектом является энкефалин, конформационно достаточно простой эндогенный пентапептид, содержащий два остатка Gly [200-206]. Дж. Хиго и соавт. [207] предложили процедуру длительного "отжига" в комбинации с методом взвешенного набора переменных [208] и минимизацией энергии по вторым производным, позволяющим судить об анизотропии потенциальной поверхности. Авторы использовали процедуру для расчета конформационных состояний пептидных петель в белках, структуры которых известны [209]. [c.244]

Результаты конформационного анализа фрагментов прежде всего сделать вывод о нереальности всех структурных вариантов с формой R-L-L у (I) и формами B-R-R, R-R-R и L-R-R у (II). Следовательно, последующее рассмотрение сводится к анализу конформаций 8 шейпов из 16 возможных в общем случае для пентапептида. Они представляют собой комбинации шейпов ef,fe ифрагмента (I) и ее, fe (II). Каждый шейп БПП5 включает формы основной цепи низкоэнергетических конформаций фрагментов. Представление о распределении 530 оптимальных конформаций молекулы БПП5 дает табл. III, 1. Переход от свободных фрагментов (I) и (II) к пентапептиду сопровождается резкой дифференциацией конформаций по энергии. Из многочисленного набора возможных конформаций БПП составленных из предпочтительных состояний трипептидов (I) и (II), ныде- [c.258]

Фрагмент Arg - ys . Конформационный анализ тетрадекапептидного участка БПТИ включает предварительный расчет пентапептида Tyr O- ys и октапептида Gly - ys , а затем с использованием данных по ионапептиду Arg -Pro - последовательности Arg - ys (рис. IV.8). Расчет фрагмента Tyr - ys выполнен, исходя из предпочтительных конформаций перекрывающихся дипептидных участков, которые были получены из анализа всех возможных комбинаций конформационных состояний соответствующих молекул метиламидов N-ацетил-а-аминокислот. Сочета- [c.433]

Исходными в решении обратной структурной задачи для природной молекулы БПП5 (формы основной цепи, полученные путем комбинации всех возможных форм структурных вариантов перекрывающихся трипептидов 1-3 и 3-5 (см. гл 8) При замене у БППд остатка А1а на Рго становятся запрещенными все структуры со свернутой формой на участке 3—4. Но и среди структур разрешенных типов не могут быть реализованы варианты, в которых четвертый остаток пентапептида находится в L-состоянии, а третий-в R-состоянии. В результате из дозволенных для БПП конформаций с 18 различными формами основной цепи 8 типов у синтетического аналога [Рго Ч-БППд можно ожидать реализацию состояний лишь с шестью формами четырех типов пептидного скелета. [c.554]

Третий путь синтеза Ьуз -Ьуз -грамицидина С также предложен Швицером и Зибером [2033] (ср. [1999]). Поскольку отщепление №-тозильной группы часто протекает с плохим выходом, то использовали другую комбинацию защитных групп, (рис. 107) и в реакцию циклизации вводили пентапептид Н-ь-Val-L-Lys(MZ)-L-Leu-D-Phe-L-Pro-OPhN02 НС1 (G 1—5). Последний получали конденсацией B0 -L-VaI-L-Lys(MZ)-NHNH2 (С 1—2) с L-Leu-D-Phe-L-Pro-OMe (С 3—5), гидролизом продукта конденсации (D 1—5) в щелочной среде, взаимодействием полученного ВОС-пептида (Е 1—5) с ди-( -нитрофенил)-сульфитом в пиридине с образованием соответствующего эфира (F 1—5) и наконец отщеплением грег-бутилоксикарбонильной группы под действием 3,4 н. раствора хлористого водорода в этилацетате. Продукт циклизация — цикло-[ь- а1-ь-Ьу5(М2)-ь-Leu-D-Phe-L-Pro]2 — был очищен противоточным распределением (четыреххлористый углерод/метанол/вода, 10 9 1) и выделен в кристаллическом виде с 35%-ным выходом. №-М2-Защитные группировки отщепляли путем обработки защищенного циклопептида бромистым водородом в ледяной уксусной кислоте в те-.чение 1 час 15 мин при 40° цикло-[ь-Уа1-ь-Lys-L-Leu-o-Phe-L-Рго]2 2НВг Н2О образовался с выходом 90%. Выделенное со- [c.534]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология