Сайты-мишени дупликаций

Рис. 5-67. Два механизма, используемых разными классами ферментов сайт-специфической рекомбинации. В обоих случаях специфичный фермент (показан серым) связывается с особой нуклеотидной последовательностью в хромосоме мобильного генетического элемента (отмечена штриховкой) и удерживает эту последовательность в тесном контакте с определенным участком хромосомы-мишени. А. Фермент делает ступенчатый разрез по обе стороны очень короткой гомологичной последовательности на обеих хромосомах (12 нуклеотидов в случае лямбда-интегразы), а затем соединяет цепи партнеров коротким ступенчатым соединением Б. Фермент делает ступенчатый разрез в хромосоме-мишени и присоединяет выступающие ее концы к ровно срезанным концам мобильного элемента. В этом случае по обе стороны включившегося элемента появляются две короткие идентичные нуклеотидные последовательности - дупликации соответствующего участка ДНК-мишени (от 3 до 12

Инсерционные последовательности, содержащие 0,5 или 1,0 т.п.н., несут дупликации фланкирующей кодирующей последовательности из 14 или И пар оснований соответственно. Дупликации того же сайта мишени из 14 пар оснований присутствуют в прерывистых генах типа [c.476]

В точке внедрения каждого /5-элемента, на его флангах всегда обнаруживается дупликация (в прямой ориентации) размером от 4 до 9 п. н. Эта дупликация не является частью /5-элемен-та, а представляет собой результат повторений сайта-мишени, в который внедряется элемент. [c.339]

Размер дуплицированных последовательностей для разных мобильных элементов различается. Для транспозонов и ретротранспозонов класса I, как правило, характерны дупликации сайтов-мишеней определенного размера. Например, встраивание транспозонов ТпЗ Е.соИ в новые локусы всегда сопровождается дупликацией участка размером [c.228]

Дупликация сайта-мишени после встраивания мобильного элемента. Вначале обе цепи ДНК расщепляются эндонуклеазой. Места расщеплений отстоят друг от друга на несколько пар оснований (в данном случае девять), в результате чего образуются ступенчатые разрезы. В рассматриваемом примере концы выступают в 5 -направлении. З -концы мобильного элемента сшиваются с 5 -концами цепей в месте разрывов Образовавшиеся бреши застраиваются, в результате чего появляются две копии сайта-мишени по одной с каждой стороны вставки. Длина дуплицированного участка определяется расстоянием между одноцепочечными разрывами. Аналогичные процессы протекают и в том случае, когда после одноцепочечных разрывов образуются З -выступы. [c.229]

Репликативная транспозиция ТпЗ путем образования и диссоциации коинтеграта. Показаны дупликации сайта-мишени только у донора. [c.235]

V ревертанта дупликация сайта-мишени сохраняется [c.247]

Встраивание Ds- и /4с-элементов сопровождается дупликацией сайта-мишени размером 8 п.н. При утрате элемента или реверсии дуплицированный участок обычно сохраняется. Например, у описанного ранее ревертанта мутанта А 1И1 дополнительная копия дуплицированного участка размером 8 п. н. остается как след предьщущей вставки (рис. 10.24). Нередко одна или обе оставшиеся копии оказываются слегка модифицированными в результате точковых мутаций или делеций пар оснований. Таким образом, вырезание происходит не совсем точно и не всегда приводит к реверсии на уровне фенотипа. [c.248]

В. Эти особенности последовательностей, окружающих Alu, очень важны для расчетов, поскольку они возникли при встраивании /м-последовательностей в семейство генов альбумина человека. Следовательно, последовательности, которые образуют дупликации в сайте-мишени, отмечают время встраивания у4/и-после-довательности. [c.433]

Мутации могут возникать либо когда элемент встраивается в ген, либо когда он начинает перемещаться в какое-либо другое место. Все известные транспозоны приводят к появлению коротких дупликаций в сайте-мишени, что связано с механизмом их встраивания (см. рис. 5-67, Б). При вырезании транспозона из хромосомы обычно он оставляет на месте своего пребывания одну из копий, составляющих дупликацию (рис. 10-70). Таким образом, перемещение транспозона сопровождается вставками и делециями в нуклеотидной последовательности. [c.244]

При транспозиции 18-элемента последовательность ДНК хозяина в сайте внедрения дуплицируется. Природа дупликации установлена при сравнении последовательности сайта-мишени до и после внедрения. ДНК 18-элемен-та всегда фланкирована очень короткими прямыми повторами. (В этом контексте определение прямые означает, что две копии последовательности повторены в одной и той же ориентации, а не то, что они смежные.) Сайт-мишень содержит последовательность только одного из этих повторов. В случае гипотетической последовательности, изображенной на рис. 36.2, сайт-мишень содержит АТОСА [c.460]

I у >. virilis. Возникают ли вставки 1 типа в результате транспозиции По-видимому, дупликация сайта мишени была утрачена последовательностью из 5 т. п. н., поскольку вместо нее эта последовательность имеет делецию кодирующей последовательности с левой стороны вставки протяженностью в 9 пар оснований. [c.476]

Независимо от типа мобильного элемента его встраивание в новый генетический локус обычно сопровождается дупликацией короткого участка ДНК в месте встраивания (в сайте-мишени). Эти дуплицированные сегменты фланкируют встроившийся элемент (рис. 10.1). Почти обязательная дупликация сайтов-мишеней указывает на то, что при различиях в механизме большинство вставок происходит с образованием в потенциальных сайтах-мишенях смещенных одноцепочечных разрывов, как это показано на рис. 10.1. Сайт-мишень в геноме, содержащий мобильный элемент, условно называют заполненным , а не содержащий такового- свободным . [c.228]

Транспозиция второго типа называется простым встраиванием. Транспозирующийся элемент перемещается в новый геномный локус, при этом никаких других перестроек, кроме дупликации сайта-мишени, не происходит. Этот вид транспозиции иногда называют консервативным (или нерепликативным), поскольку дупликации как таковой не происходит. Некоторые транспозирующиеся элементы, например ДНК фага Ми, участвуют как в коинтеграции, так и в простом встраивании. [c.233]

Два возможных способа встраивания мобильного зле-мента в новый локус. Донор мобильного злемента и реципиент изображены в виде двух отдельных колец, хотя оба они могут находиться в одной и той же молекуле ДНК. Сам злемент (выделен цветом) изображен вместе с концевыми инвертированными повторами и дупликациями сайта-мишени (жирные концы стрелок). При первом способе образуется промежуточный коинтеграт с дупликацией мобильного злемента последний затем диссоциирует на два продукта, каждый из которых содержит копию мобильного элемента. При втором способе-простом встраивании мобильный элемент перемещается от донора к реципиенту без репликации. Кольцевая донорная ДНК утрачивает элемент, и его дальнейшая судьба неизвестна. Сайт-ми-шень реципиента дуплицируется независимо от способа встраивания. [c.234]

Репликативная и нерепликативная транспозиция на основе одной промежуточной структуры. Как донорная. так и реципиент-ная ДНК представлены в виде колец. Точками обозначены 5 -концы донорного элемента. Серыми прямоугольниками выделены сайты-мишени реципиента (дупликации сайтов-мишеней, окружающие донорный транспозон, для удобства не указаны). Первый этап состоит в образовании в донорной и реципиентной ДНК одноцепочечных разрывов с выступами. У донора они происходят с обоих З -концов элемента, а у реципиента-в сайте-мишени с образованием одноцепочечных выступов определенной длины (см. рис. 10.1). На следующем этапе свободные 5 -концы реципиента лигируют со свободными З -концами донора с образованием промежуточного продукта [К. Mizuu hi. ell 39 (1984), p. 395.] [c.235]

Типичные ретротранспозоны класса I состоят из центрального сегмента длиной несколько т.п.н. и фланкирующих его LTR длиной от сотен до тысяч пар оснований (рис. 10.27). Несколько пар оснований в начале и в конце каждого LTR также представляют собой инвертированные друг относительно друга повторы. Встраивание ретротранспозона в новый локус ДНК сопровождается дупликацией сайта-мишени, причем размер дуплицированного участка (но не его последовательность) для данного элемента всегда одинаков. Эти ретротранспозоны, как и все мобильные элементы, образуют в геномах мультисемейства. [c.249]

Гены, кодирующие А-частицы. Последовательности, гибридизующиеся с РНК IAP, встречаются во всех хромосомах Mus mus ulus в 1000 диспергированных сайтах у других видов мышей в хромосомах присутствуют всего 20-25 копий, однако у сирийских хомячков-около 900 копий. Повторяющиеся единицы имеют длину 7,1 т.п.н., хотя встречаются и более короткие члены семейства. Как и все диспергированные повторяющиеся элементы, отдельные члены семейства отличаются друг от друга. У них имеется центральный участок, фланкированный LTR длиной 338 п.н.. каждый из которых в свою очередь имеет короткие концевые инвертированные повторы длиной 4 п.н. Таким образом, ДНК 1 АР-зто типичный ретротранспозон класса I (рис. 10.27). При его встраивании происходит дупликация сайта-мишени длиной 6 п. н. 5 -кон-цы длинных молекул РНК, обнаруженных в IAP, [c.259]

У многих из 10 -10 копий LINE-1 в геномах млекопитающих укорочен 5 -конец, однако несколько тысяч копий полноразмерные и составляют в длину 6-7 т.п.н. в зависимости от вида. Дупликация сайта-мишени происходит не всегда. Полноразмерные элементы не содержат ни прямых, ни инвертированных концевых повторов. Их А-бога-тые З -концы могут быть представлены непрерывной ро1у(А)-последовательностью либо тандемными повторами ТААА или сходных единиц, как у 1-элементов. Сравнение LINE-1-элементов млекопитающих, относящихся к разным отрядам, показывает, что все они имеют консервативную центральную область длиной 5 т. п. н. В одной из цепей ДНК эта область перекрывается с протяженными [c.266]

Транспозиция — процесс дупликации транспозона при этом одна копия сохраняется в исходном сайте, а другая копия обнаруживается в новом сайте. Транспозиция включает в себя репликацию нуклеотидной последовательности транспозона и разрыв последовательности ДНК-мишени, приводящий к образованию сайта, в который и внедряется транспозон. В процессе транспозиции обычно участвуют ферменты транспозаза и резольваза. [c.125]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология