Сайты-мишени

Точковые мутации труднее локализовать на рестрикционной карте. Иногда они могут изменить сайты-мишени для рестриктирующего фермента. В противном же случае их не удастся определить, так как размеры рестрикционных фрагментов ДНК дикого типа и мутантов оказываются одинаковыми. Поэтому для локализации таких замен оснований часто необходимо определить последовательность оснований в ДНК. [c.46]

Существование полиморфизма в геноме можно установить, сравнивая рестрикционные карты разных индивидуумов. Критерием полиморфизма в этом случае служит изменение в характере расположения фрагментов, образованных в результате расщепления рестриктирующим ферментом. На рис. 3.5 показано, что если в геноме одного индивидуума имеется сайт-мишень для рестриктирующего фермента, отсутствующий у другого, то в результате дополнительного расщепления в первом геноме образуется два фрагмента, соответствующих в совокупности одному целому фрагменту во втором геноме. [c.47]

В ДНК находится три сайта-мишени [c.47]

Концепцию, согласно которой два разных класса генов различаются по своим функциям, сформулировали Жакоб и Моно в 1961 г. при создании классической модели оперона. Они определили оперон как полную единицу выражения генов, включающую структурные гены, регуляторный ген (или гены) и контролирующие элементы (сайты действия регуляторных белков). Каждый отдельный оперон может быть охарактеризован системой взаимоотношений между регуляторными белками и их сайтами-мишенями. Это можно рассматривать как регуляторную систему. Первая модель была создана для 1ас-оперона, который до настоящего времени остается наиболее полно охарактеризованным опероном, однако подобные принципы были использованы для создания аналогичных систем в случае других оперонов. [c.178]

ДНК. Любой специфический сайт-мишень разрезается соверщенно случайно, поэтому присутствие сайта-мишени в некоторой последовательности не обязательно приведет к ее разрыву. Малая вероятность разрезания по каждому сайту в сочетании с частым расположением сайтов означает, что распределение фрагментов обеспечивается практически полностью случайным характером внесения разрывов в геном. При этом каждый фрагмент заканчивается одной и той же последовательностью, которая может иметь липкий конец и поэтому удобна для клонирования. [c.244]

ВО всех сайтах-мишенях [c.432]

При метилировании бактериальной ДНК в соответствующих сайтах она становится иммунной к рестрикта-зам (рис. 34.1). Такая защита необходима для предотвращения деградации ДНК клетки под действием ее собственных рестриктаз. Однако этот способ защиты не распространяется на любую чужеродную ДНК, входящую в клетку. Она имеет немодифицированные сайты-мишени и поэтому атакуется ферментом рестрикции. Следовательно, комбинация модификации и рестрикции позволяет клетке отличать чужеродную ДНК от своей собственной. [c.432]

Большинство рестрикционных ферментов типа II разрезают ДНК в неметилированном сайте-мишени. В каждой цепи ДНК разрезается одна связь разрезание может производиться последовательно. Некоторые ферменты вносят ступенчатые разрезы, другие вызывают образова- [c.433]

Будет ли данная ДНК разрезана или модифицирована, определяется состоянием сайта-мишени (рис. 34.3). Если сайт-мишень полностью метилирован, фермент может связаться с ним, но затем диссоциировать без какого-то дальнейшего действия. Если мишень частично метилирована, фермент метилирует неметилированную цепь благодаря этому сохраняется состояние метилирования в ДНК хозяина. Если мишень не метилирована, ее узнавание способствует реакции разрезания. [c.434]

Рис. 34.3. Ферменты типа I связываются с сайтами-мишенями после чего они освобождаются из полностью метилированных сайтов, завершают метилирование частично метилированных сайтов и двигаются вдоль цепи ДНК от неметилированных сайтов для того, чтобы произвести разрезание молекулы в каком-то другом сайте.

Рис. 34.4. Перемещается ли фермент типа I по ДНК, или он остается в своем сайте-мишени и протаскивает ДНК через белок

Рис. 36.1. Транспозиция ведет к появлению новой копии транспозона в сайте-мишени, в то время как исходная копия сохраняется в донорном сайте.

Рис. 36.2. Транспозоны имеют инвертированные концевые повторы. Внедрение транспозонов вызывает образование в сайте-мишени прямых повторов фланкирующей ДНК.

В этом примере сайт-мишень представлен последовательностью из 5 п. н. Концы транспозона содержат инвертированные повторы из 9 п. н. Цифры 1-9 указывают последовательность пар оснований. [c.460]

Суммируя свойства, определяющие способность к транспозиции 18- или 18-подобных элементов, следует отметить, что все они, кроме 181, кодируют один главный продукт гена, соответствующий рамке считывания, простирающейся на длину элемента. Этот единственный продукт, вероятно, ответствен за нахождение сайта-мишени и узнавание концов транспозона. Для [c.462]

ТпЮ-необычный элемент, имеющий специфическую последовательность в сайте-мишени. Прямые фланкирующие повторы из 9 пар оснований, которые образуются при транспозиции, обнаруживают обобщенную последовательность из 6 нуклеотидных пар, симметрично расположенную в сайте-мишени. Так, повторы с каждой [c.462]

Ступенчатый разрез, внесенный в сайт - мишень [c.465]

Бреши в сайте-мишени заполняются и зашиваются [c.465]

Транспозоны ТпА обычно на концах имеют близко-родственные инвертированные повторы длиной около 38 пар оснований. Дис-активные делеции в любом из них предотвращают транспозицию элемента. В сайте-мишени образуются прямые повторы из 5 пар оснований, выбираемых случайно, хотя и с региональной предпочтительностью. [c.467]

Инсерционные последовательности, содержащие 0,5 или 1,0 т.п.н., несут дупликации фланкирующей кодирующей последовательности из 14 или И пар оснований соответственно. Дупликации того же сайта мишени из 14 пар оснований присутствуют в прерывистых генах типа [c.476]

Наиболее характерная особенность-это способность перемещаться по геному. При этом происходит репликация инсерционной последовательности исходный экземпляр остается в прежнем сайте, а копия встраивается в мишень. Сайты-мишени, куда встраиваются инсерционные последовательности, вообще говоря, почти не обладают специфичностью. Функции, обеспечивающие способность к перемещению (транспозиции), закодированы в самой инсерционной последовательности и жестко регулируются, поскольку транспозиция представляет собой редкое событие, происходящее на порядок реже, чем сами спонтанные мутации. [c.242]

В точке внедрения каждого /5-элемента, на его флангах всегда обнаруживается дупликация (в прямой ориентации) размером от 4 до 9 п. н. Эта дупликация не является частью /5-элемен-та, а представляет собой результат повторений сайта-мишени, в который внедряется элемент. [c.339]

Сайт-мишень должен находиться в такой области геномной ДНК, которая не кодирует важных белков, чтобы интеграция чужеродной ДНК не повлияла на процессы развития или клеточные функции. Кроме того, существенно, чтобы встраивание трансгена не блокирова то трансляцию соответствующего участка генома. Поиск подобных сайтов ведется непрерывно. [c.422]

Вектор для позитивно-негативной селекции обычно содержит следующие элементы 1) два блока последовательностей (НВ1 и НВ2), гомологичных отдельным участкам сайта-мишени 2) трансген (ТО), кодирующий новую функцию реципиента 3) последовательность, кодирующую устойчивость к соединению 0-418 (КеоО 4) два разных гена тимидинкиназы 1к1 и 1к2) вируса простого герпеса типов 1 и 2 (Н8У-Г / и Н8У-/ 2) (рис. 19.5, А). Ключевым для позитивно-негативной селекции является взаимное расположение этих элементов. Трансген и ген устойчивости к 0-418 (МеоО должны находиться между двумя участками ДНК, гомологичными сайту-мишени, а гены Н8У- А / и НБУ-(к2 - по бокам этой конструкции. Если встраивание происходит в случайный сайт (не в НВ1 и НВ2), то с высокой вероятностью вместе с другими последовательностями интегрируют один или оба гена Н8У-/ (рис. 19.5, А). Напротив, если интеграция происходит в результате гомологичной рекомбинации путем двойного кроссинговера в нужный сайт, то в геном встроятся только трансген и ген N60 а гены Н5У-/Л - нет (рис. 19.5, Б). При выращивании трансфицированных клеток в присутствии 0-418 клетки, не несущие ген Neo расти не будут. Выживут только клетки, в которых произошла интеграция -иными словами, осуществляется позитивная селекция. Если одновременно с 0-418 в среду [c.422]

Синтезированы антисмысловые олигонуклеотиды с фосфорамидитной и полиамидной (пептидной) связями (рис. 21.14, Вм Г). Такие молекулы очень устойчивы к действию нуклеаз. Химические группы, присоединенные к 2 -угле-родному атому сахарного остатка и С-5-атому пиримидинов, также защищают антисмысловые олигонуклеотиды и облегчают их связывание с сайтом-мишенью (рис. 1.14, Ди ). Все преимущества этих и других модификаций сейчас интенсивно изучаются. [c.506]

Эксперименты, в которых анализируют ДНК на нуклеосомах по ее чувствительности к нуклеазам, проводят по методу, близкому к методу отпечатков (footprint). Таким образом, мы можем связывать утрату реакции в определенном сайте-мишени с такой структурой нуклеосомы, в которой данные положения на ДНК стали нечувствительными. Но какова причина периодического разрезания через 10,7 п.н. [c.367]

Распределение метильных групп можно исследовать, используя рестриктирующие ферменты, которые расщепляют сайты-мишени, содержащие СО-дуплеты. На рис. 30.13 сопоставляются два фермента с рестриктирующей активностью. Это изосхизомеры, т.е. ферменты, которые расщепляют в качестве мишени одну и ту же последовательность ДНК, но по-разному реагируют на ее метилирование. [c.386]

В сходных экспериментах показано, что 5 -сверхчувст-вительный сайт гена тимидин-киназы вируса герпеса занимает область от — 4 до — 182, Сайты-мишени этой [c.390]

Состояние мини-хромосомы вируса SV40 можно увидеть под электронным микроскопом. В участке, составляющем до 20% всего образца, заметен пробел в нуклеосомной организации. Это хорошо видно на электронной микрофотографии (рис. 30.19). Пробел длиной около 120 нм (примерно 350 п.н.) с обеих сторон окружен нуклеосомами, занимающими весь остальной геном. Положение пробела можно определить, расщепив кольцевую мини-хромосому с помощью рестриктирующего фермента, для которого известен лишь один сайт-мишень. Видимый пробел соответствует области, чувствительной к нуклеазам. Это прямо показывает, что повышенная чувствительность к нуклеазам коррелирует с отсутствием нуклеосом. [c.391]

Системы модификации и рестрикции были открыты благодаря их действию в отношении инфицирующей фаговой ДНК. Фаговая ДНК, выделяемая из бактерии, может успешно инфицировать другую бактерию того же штамма, поскольку обе клетки имеют один и тот же тип модификации. Однако фаговая ДНК, которая переходит из одного штамма в другой, атакуется рестрикционными эндонуклеазами. Следовательно, фаг ограничен (restri ted) одним бактериальным штаммом, отсюда и появился термин рестрикция . Следует отметить, что рестрикция не обязательна. Некоторые инфицирующие фаги избегают ее, что обусловлено либо мутациями в сайтах-мишенях, либо неточной раВотой системы клетки-хозяина. В этом случае они приобретают тип модификации нового хозяина. [c.432]

Метилаза добавляет за один раз только одну метильную группу. Так, в случае неметилированного субстрата одно метилирование сопровождается отделением метилазы от ДНК. Для введения второй метильной группы требуется отдельное связывание и событие метилирования. Поскольку репликция полностью метилированной ДНК всегда ведет к образованию частично метилированной ДНК (см, рис. 34.1 и рис. 31.15), узнавание частично метилированных сайтов является, вероятно, обычным способом действия метилазы in vivo. Фермент рестрикции не связывается с метилированными сайтами-мишенями. [c.433]

I, состоящих из трех разных субъединиц. Субъединица R ответственна за рестрикцию, субъединица М-за метилирование, а субъединица S-за узнавание сайта-мишени ДНК. После того как сайт-мишень узнается S-субъединицей, происходит связывание фермента с ДНК, а затем либо ее рестрикция, либо модификация активности субъединиц R и М являются взаимоисключаюндими. [c.433]

При транспозиции 18-элемента последовательность ДНК хозяина в сайте внедрения дуплицируется. Природа дупликации установлена при сравнении последовательности сайта-мишени до и после внедрения. ДНК 18-элемен-та всегда фланкирована очень короткими прямыми повторами. (В этом контексте определение прямые означает, что две копии последовательности повторены в одной и той же ориентации, а не то, что они смежные.) Сайт-мишень содержит последовательность только одного из этих повторов. В случае гипотетической последовательности, изображенной на рис. 36.2, сайт-мишень содержит АТОСА [c.460]

Представляет интерес вопрос о том, как кооперируются два модуля при транспозиции сложного транспозона в тех случаях, когда функционально активны они оба. Например, у Тп9, по-видимому, каждый модуль (18-элемент) активен как в отношении своей собственной транспозиции, так и в отношении сложного транспозона. Если один из модулей транспозируется независимо, существованию сложного транспозона это не грозит, поскольку транспозиция ведет к появлению новой копии в сайте-мишени [c.461]

I у >. virilis. Возникают ли вставки 1 типа в результате транспозиции По-видимому, дупликация сайта мишени была утрачена последовательностью из 5 т. п. н., поскольку вместо нее эта последовательность имеет делецию кодирующей последовательности с левой стороны вставки протяженностью в 9 пар оснований. [c.476]

Мутации могут возникать либо когда элемент встраивается в ген, либо когда он начинает перемещаться в какое-либо другое место. Все известные транспозоны приводят к появлению коротких дупликаций в сайте-мишени, что связано с механизмом их встраивания (см. рис. 5-67, Б). При вырезании транспозона из хромосомы обычно он оставляет на месте своего пребывания одн из копий, составляющих дупликацию (рис. 10-70). Таким образом, перемещение транспозона сопровождается вставками и делепиями в нуклеотидной последовательности [c.244]

Изучение нуклеотидной последовательности дуплицируемых сайтов-мишеней на концах мигрирующих элементов показало, что они, как правило, неодинаковы как у различающихся элементов, так и у одного и того же элемента, локализованного в разных местах. Следовательно, мигрирующие элементы внед- [c.339]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология