Двухцепочечная РНК положительная РНК и отрицательная

Минимальный фермент сам по себе имеет сродство к ДНК в основе этого сродства лежит электростатическое взаимодействие между положительно заряженным белком и отрицательно заряженной нуклеиновой кислотой. Возможно, что способность к связыванию любой ДНК независимо от ее нуклеотидной последовательности-характерная особенность всех белков, имеющих специфические участки узнавания на ДНК (гл. 14). Случайная последовательность ДНК, которая связывается РНК-полимеразой, называется слабым участком связывания, а комплекс ДНК фермент закрытым, поскольку ДНК в этом комплексе находится в двухцепочечной форме. Константа связывания при формировании закрытого комплекса в участке слабого связывания составляет 2-10 М а полупериод диссоциации комплекса на фермент и ДНК-около 60 мин. [c.133]

Топоизомеразы типа II были охарактеризованы как у прокариот, так и у эукариот. Большинство из них релаксирует как отрицательные, так и положительные суперспирали. (Реакция АТР-зависима.) Вероятно, для каждого каталитического события гидролизуется одна единица АТР. Реакция осуществляется посредством двухцепочечного разреза в одной области двухцепочечной ДНК и продевания другой дуплексной области через пробел. Эта реакция показана на рис. 32.5. Формальным следствием двухцепочечного переноса является изменение [c.412]

В отличие от открытых форм в кольцевой замкнутой двухцепочечной ДНК сушествуют топологические ограничения. Порядок зацепления (алгебраическое число пересечений одной цепью воображаемой поверхности, натянутой на другую цепь) должен оставаться неизменным (т.е. является топологическим инвариантом). Это приводит к тесной взаимосвязи между локальной плотностью витков двойной спирали и тенденцией ДНК образовывать сверхвитки. Оказалось, что сверхспирализация встречающихся в природе кольцевых замкнутых ДНК отрицательна и реализуется в третичной структуре в форме левых тороидальных или правых взаимно переплетенных сверхвитков, а во вторичной — в форме уменьшения плотности витков двойной спирали Добавляя агент типа этидия, связывающийся с ДНК путем интеркаляции, можно постепенно снять эти сверхвитки, т.е. перевести ДНК в релаксированное состояние. Дальнейшее связывание этидия с ДНК приводит к появлению в последней положительных сверхвитков. Зная величину угла, на который раскручивается ДНК при связывании с одной молекулой этидия, можно рассчитать среднее число сверхвитков, приходящееся на молекулу ДНК в данном препарате. Молекулы ДНК с одним и тем же значением молекулярной массы, но с различным числом сверхвитков можно разделить посредством электрофореза в геле. Сверхспирализация превращает ДНК в чрезвычайно чувствительную систему, способную преобразовывать локальные структурные изменения в молекуле в значительные структурные изменения всей молекулы в целом. [c.440]

Гистоны найдены в хроматине всех соматических эукариотических клеток, но ни разу не были обнаружены у прокариот. Их мол. масса лежит в пределах от 11 ООО до 21 ООО. Гистоны очень богаты основными аминокислотами - аргинином и лизином, на долю которых приходится до 25% аминокислотных остатков белка. Поскольку боковые (К) группы остатков аргинина и лизина при pH 7 протонированы и потому несут положительный заряд, гистоны соединяются с отрицательно заряженной двухцепочечной ДНК с образованием ДНК-гистоно-вого комплекса, который стабилизирован силами электростатического притяжения. [c.873]

Топоизомеразы. Ферменты, способные осуществлять положительное или отрицательное сверхскручивание колец двухцепочечной ДНК. [c.1019]

До сих пор мы имели дело с организацией двухцепочечной ДНК в пространстве, имея в виду плотность суперспирализации, или число суперспиральных витков, приходящихся на один виток спирали. Суперспиральный виток образуется, когда двухцепочечная ДНК делает один оборот около своей оси в пространстве либо в том же направлении, в котором закручена сама двойная спираль (положительная суперспирализация), либо в противоположном направлении (отрицательная суперспирализация). Положительная суперспирализация перекручивает двойную спираль, отрицательная суперспирализация недокручивает ее (гл. 2). [c.410]

Реакция, вероятно, включает неспецифическое узнавание дуплексной ДНК, в результате которого фермент присоединяется к любым двум двухцепочечным пересекающимся сегментам. Гидролиз АТР вызывает конформационные изменения фермента, которые обеспечивают энергию, необходимую для протягивания одной дуплексной ДНК через пробел, сделанный во второй. Благодаря топологии суперспирализованной ДНК взаимоотношение пересекающихся сегментов должно быть таким, чтобы снималась суперспирализация как в положительно, так и отрицательно суперспирализованных кольцах. Наиболее охарактеризованным ферментом этого типа является топоизомераза II фага Т4, которая кодируется тремя генами ее активность оказывается существенной для репликации фаговой ДНК. [c.412]

Рис. 32.6. ДНК-гираза способна вносить отрицательные супервитки в двухцепочечную ДНК посредством инверсии положительной суперспирали.

Модель инверсии знака , объясняющая действие ДНК-гиразы, представлена на рис. 32.6. Фермент связывается с ДНК в месте перекреста, эквивалентного положительной суперспирали. Это событие индуцирует образование компенсирующей отрицательной спирали в несвязанной части ДНК. Затем фермент разрезает двойную цепь в области пересечения положительной суперспирали, продевает через образующийся пробел другую дуплексную цепь и залечивает разрыв. В результате изменяется знак спирали от -ь 1 к — 1, а число зацеплений изменяется на величину AL = — 2. Последнее изменение происходит, согласно правилу изменения числа зацеплений, на величину, кратную двум, для случая двухцепочечных переносов. Один из пересекающихся сегментов образовавшейся отрицательно суперспирализованной молекулы освобождается от гиразы по длине ДНК происходит перераспределение отрицательных супервитков (с изменением значений либо Т, либо W, либо и того и другого). [c.413]

Вирус 8У40 устроен очень просто. Его сферическая наружная оболочка состоит всегда из 72 идентичных субъединиц, представляющих собой полимеры из пяти или шести белковых молекул (их общее число в вирусной частице 420). Под оболочкой находится небольшая кольцевая двухцепочечная молекула ДНК, имеющая мол. вес около 3 млн. и состоящая приблизительно из 2500 нар нуклеотидов. С ДНК связаны небольшие, положительно заряженные белковые молекулы. (Сама ДНК благодаря входящим в ее состав фосфатам заряжена отрицательно.) [c.255]

Топоизомеразы типа Н устраняют как отрицательные, так и положительные сверхвитки. В отличие от ферментов типа I топоизомеразы типа Н вносят временные разрывы в обе комплементарные гвпи, пропускают двухцепочечный сегмент той же самой или другой молекулы ДНК через разрыв, а затем соединяют разорванные концы (рис. 2.25). Топоизомеразы типа Н тоже используют тирози-новые остатки (присутствующие по одному в каждой из субъединиц ферментов) для связывания З -конца каждой разорванной цепи в то время, когда другой дуплекс проходит через место разрыва. В результате внесения двухцепочечного разрыва и прохождения через него другого дуплекса за один акт снимаются два отрицательных или положительных сверхвитка. В некоторых случаях дуплексом, про- [c.84]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология