Ковалентно замкнутая кольцевая двухцепочечная ДНК

Двухцепочечные ДНК прокариот, имеющие кольцевую ковалентно-замкнутую форму, образуют левые (-) суперспирали. Суперспирализация прежде всего необходима для упаковки громадной молекулы ДНК в малом объеме клетки. Например, ДНК Е. соИ имеет длину более 1 мм, в то время как длина клетки не превышает 5 мкм. Помимо этого, суперспирализация ДНК, облегчающая ее расплетение, обеспечивает начало репликации и транскрипции (рис. 14.5). [c.182]

Ковалентно замкнутая двухцепочечная кольцевая ДНК значительно отличается от линейных или открытых кольцевых молекул того же размера и состава азотистых оснований. Для разрушения ковалентно замкнутых кольцевых цепей требуются гораздо большие усилия, чем для разрушения линейной или открытой кольцевой струк- [c.56]

Все известные ДНК-содержащие вирусы позвоночных имеют геном, заключенной в одной хромосоме , линейной или кольцевой, одно- или двухцепочечной молекуле ДНК. У некоторых вирусов, например, вируса гепатита В, геном представлен кольцевой ковалентно замкнутой молекулой двухцепочечной ДНК, в обеих цепях которой в разных местах обнаружены одноцепочечные участки. У аденоассоциированных вирусов комплементарные цепи ДНК находятся в различных вирусных частицах. [c.20]

Образец ДНК денатурируют обработкой щелочью. Затем pH доводят до значения, при котором быстро ренатурируют ковалентно замкнутые двухцепочечные кольца, но линейные цепи ренатурируют медленно. Смесь фильтруют. Двухцепочечные кольца проходят через фильтр, а единичные линейные цепи задерживаются на поверхности фильтра. Таким образом получают очищенную фракцию кольцевых двухцепочечных ДНК. / — ковалентно замкнутые двухцепочечные кольца 5 —линейная двухцепочечная ДНК 3 — денатурированные ковалентно замкнутые кольцевые ДНК 4 — денатурированные (одио цепочечная) линейная ДНК 5 — денатурированные цепи остаются на фильтре 6 — очищенные кольцевые ДНК. [c.162]

Изолированная из нуклеоида ДНК, судя по ее реакции с бромистым этидием, ведет себя как замкнутая двухцепочечная структура. Маленькая молекула этого реагента встраивается (интеркалирует) между парами оснований ДНК и вызывает образование положительных супервитков в замкнутых кольцевых молекулах ДНК, у которых две цепи соединены ковалентно. В открытых кольцевых молекулах, содержащих одноцепочечный разрыв, или в линейных молекулах ДНК может свободно вращаться и таким образом освобождаться от дополнительного напряжения, создаваемого в результате включения бромистого этидия. [c.348]

Чтобы реплицировать митохондриальную ДНК млекопитающих, короткая цепь в D-петле вначале удлиняется. Вытесняемая область исходной L-цепи становится длиннее и расширяет D-петлю. Расширение продолжается до тех пор, пока не достигает точки, находящейся на расстоянии, составляющем примерно 61% длины кольца. Репликация этой области раскрывает точку начала в вытесняемой L-цепи. В этом сайте инициируется синтез Н-цепи, протекающий вдоль вытесненной одноцепочечной L-матрицы в противоположном направлении от синтеза L-цепи. Из-за задержки в начале такого синтеза Н-цепь синтезируется только на 30-40% длины кольца к моменту завершения синтеза L-цепи. В результате освобождаются одна полная двухцепочечная кольцевая молекула и одна кольцевая молекула, содержащая брешь (пробел), которая до завершения синтеза Н-цепи остается частично одноцепочечной. Наконец, осуществляется сшивка новых цепей, которые становятся ковалентно замкнутыми. [c.405]

В реакции образования D-петли вытеснение гомологичной кольцевой цепи происходит частично структура ковалентно замкнутого двухцепочечного кольца может служить топологической помехой распространению реакции. Реакция будет более эффективной, если поставить структуры двух- и одноцепочечной молекул в обратном порядке. Кольцевая одноцепочечная молекула может взаимодействовать с гомологичной двухцепочечной, вытесняя полностью одну цепь. Схема реакции представлена на рис. 35.7 [средний ряд). Она начинается в одном конце молекулы и распространяется к другому ее концу, образуя гетеродуплекс длиной до нескольких тысяч пар оснований. [c.449]

Сверхспиральная ДНК. Двухцепочечная молекула ДНК, содержащая дополнительные витки спирали ДНК, заставляющие спираль скручиваться саму на себя. Чтобы сверхвитки сохранялись, необходимо, чтобы концы двухцепочечной спирали не могли свободно вращаться относительно друг друга, т.е. молекула ДНК должна быть ковалентно замкнутой, обычно-кольцевой. [c.314]

Многочисленное семейство бакуловирусов, размножающихся в клетках беспозвоночных, обладает геномом в виде двухцепочечной кольцевой ковалентно замкнутой ДНК длиной в 80-220 т.п.о. Круг хозяев бакуловирусов ограничен, главным образом, членистоногими. Клетки млекопитающих могут быть заражены бакуловирусами только при высокой множественности инфекции. При этом вирус проникает в клетки, но в них не вос- [c.181]

Схема очистки ковалентно замкнутых двухцепочечных кольцевых ДНК на нитроцеллюлозных фильтрах. [c.162]

Ковалентно замкнутая кольцевая двухцепочечная ДНК — особый тип макромолекулярной организации ДНК. Например, ДНК вируса полиомы и ЗУ 40 вируса, а также двухцепочечная репликативная форма ДНК бактериофага ФХ174. Такие ДНК характеризуются сравнительно небольшой мол. массой. Обе цепи в их молекулах не имеют ни одного разрыва, вследствие чего любое изменение спирали влечет за собой перестройку третичной структуры. [c.56]

Суперспнральиая ДНК — один из типов макромолекулярной организации ДНК, характерный для некоторых вирусов и фагов. Эти ДНК имеют относительно небольшую мол. массу (см. Ковалентно замкнутая кольцевая двухцепочечная ДНК), [c.82]

Пример 7-А. Очистка ковалентно замкнутой кольцевой ДНК-Некоторые штаммы бактерий и ряд клеток животных содержат ковалентно замкнутую кольцевую двухцепочечную ДНК, поли-муклеотидные цепи которой не содержат разрывов (гл. 1). Такая ДНК часто присутствует только в виде небольшой части общей ДНК. Если ДНК обработать щелочью, водородные связи разрушатся и образуются однотяжевые цепи однако в случае, когда ДНК представляет собой ковалентно замкнутые кольца, цепи остаются физически связанными. После нейтрализации раствора [c.160]

Известны три типа двухцепочечных кольцевых ДНК- Первый из них — ковалентно замкнутая кольцевая ДНК. Такие ДНК имеют сравнительно небольшой молекулярный вес.Примером указанных ДНК служат нуклеиновые кислоты вирусов полиомы и ЗУ 40, репликативная форма ДНК бактериофага ФХ174 В их молекулах обе полинуклеотидные цепи не имеют ни единого разрыва, поэтому любое изменение вторичной структуры, связанное с изменением количества остатков на один виток спирали, влечет за собой перестройку третичного строения ДНК. [c.47]

Молекулы плазмидной ДНК, полученные из клеток бактерий, представляют собой двухцепочечные ковалентно замкнутые кольцевые структуры, не имеющие свободного конца, вокруг которого они могли бы раскручиваться. Бромистый этидий, относящийся к ряду фенатридиновых красителей, связывается с ДНК и РНК и тормозит функционирование нуклеиновых кислот [5, 15]. Клетки лизируют и лизаты наносят на градиенты хлористого цезия, содержащие бромистый этидий. При высокоскоростном центрифугировании ДНК седименти- [c.145]

К- и Р-факторы представляют собой ковалентно замкнутые кольцевые молекулы двухцепочечной ДНК. Оба они содержат гены, обеспечиваюшие их репликацию в виде автономных плазмид и их перенос при контакте с соответствуюшими реципиентами. К-факторы несут также гены резистентности к антибиотикам. Одни такие гены изменяют реакцию клетки на антибиотик, другие индуцируют образование белков, вызываюших деградацию или модификацию определенных антибиотиков. Например, одна из К-плазмид кодирует Р-лактамазу, обес- [c.206]

Образование поперечных связей под действием последних из этих двух факторов происходит между соответствующим образом расположенными тиминовыми или гуаниновыми парами в полимере. Действие антибиотика митомицина С, подавляющего синтез ДНК in vivo, тоже, по-вйдимому, отчасти определяется тем, что он вызывает сшивание цепей ДНК. В принципе ковалентная связь по типу конец-в-конец, при помощи которой замкнуты в кольцо молекулы кольцевых ДНК, эквивалентна поперечной связи, ибо она также препятствует расплетанию цепей ДНК. Именно поэтому кольцевая двухцепочечная ДНК, например ДНК вируса полиомы, по многим своим свойствам напоминает поперечносшитую ДНК. [c.147]

Ковалентно замкнутая двухцепочечная ДНК значительно отличается от линейных или открытых кольцевых молекул. Для разрушения их суперспиральной структуры требуются большие усилия, чем для разрушения линейной или открытой кольцевой ДНК. [c.47]

Для локализации эндодезоксирибонуклеазной активности Грдина и др., [471] разработали чувствительный метод, позволяющий определять 5 пг панкреатической ДНКазы I. В качестве субстрата в полиакриламидный гель включали 7 мкг/мл ковалентно замкнутой двухцепочечной ДНК или открытой кольцевой ДНК. Электрофоретическое разделение проводили при pH 8,9. После электрофореза гели инкубировали в охлажденном 0,1 М буфере трис-НС1 (pH 7,0), содержащем 0,005 М Mg b. Затем [c.294]

В заключение этой главы кратко рассмотрим уже упомянутый метод изотермической амплификации нуклеиновых кислот, осуществляемой на кольцевых ковалентно замкнутых молекулах ДНК по типу катящегося кольца (rolling ir le amplifi ation -R A) [331]. В методе линейной R A используется один праймер, комплементарный кольцевой одноцепочечной ДНК, которая может быть получена денатурацией исходных двухцепочечных молекул. Синтезировав комплементарную цепь, ДНК полимераза начинает вытеснять 5 -конец синтезированной цепи из гибрида, причем процесс продолжается непрерывно на протяжении всей реакции, во время которой фермент совершает множество оборотов вокруг амплифицируемой кольцевой матрицы. Продуктом R A является длинная одноцепочечная ДНК, в которой мономеры, комплементарные исходной кольцевой молекуле, следуют друг за другом в виде конкатемера. Поскольку в этом случае гигантская молекула ассоциирована с единственным праймером, метод R A с успехом используется для амплификации сигнала на микроматрицах [331]. При этом на двумерных и трехмерных микроматрицах имеет место возрастание сигнала в 10 ООО раз по сравнению с сигналом, получаемым от отдельного зонда, меченного флуоресцентным красителем. Ковалентное связывание 5 -концов праймеров для R A с антителами позволяет обнаруживать белки в концентрации до 0,1 пг/мл анализируемой жидкости [332, 333]. [c.250]

Остающийся одноцепочечный разрыв лигируют и образовавшиеся двухцепочечные кольцевые ковалентно замкнутые молекулы ДНК инкубируют с урацил-ДНК-гликозилазой. При этом удаляются остатки урацила из матричной цепи ДНК с образова- [c.290]

Не все ДНК in vivo являются двухцепочечными. Геномы некоторых мелких вирусов бактерий, растений и животных представляют собой ковалентно замкнутые кольца, состоящие только из одной цепи (рис. 1.11). Все известные одноцепочечные кольцевые ДНК относительно малы ДНК бактериофагов фХ174 и М13 содержат примерно 5300 и 6000 нук- [c.46]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология