также Карта рестрикции

A. Сравнивая время появления меченых фрагментов с картой рестрикции кольцевой ДНК на рис. 5-28, сделайте заключение, какой конец (5 или 3 ) (-)-цени линейной ДНК захватывает кольцевая (-Н)-цепь. Попытайтесь также определить направление миграции ветвей вдоль ( —)-цени. (Линейная двухцепочечная ДНК была разрезана по границе между фрагментами а и с, см. карту рестрикции на рис. 5-28, Б.) [c.31]

Рис. 4-61. Простой пример, иллюстрирующий взаимное расположение на двойной спирали ДНК участков узнавания для различных рестрицирующих нуклеаз (именуемых также сайтами рестрикции ), совокупность которых образует рестрикционную карту Заключение фермент А расщепляет вблизи одного из концов молекулы. Фермент Б должен расщеплять вблизи того же конца либо вблизи другого конца. Размеры фрагментов, образующихся при расщеплении 2 ферментами исключают первое предположение и позволяют установить порядок сайтов рестрикции, указанный ниже

После того как проведен подобный анализ всех фрагментов, становится ясно, что каждый фрагмент, полученный из исходных А-фрагментов под действием фермента В, можно также обнаружить в образцах, содержащих фрагменты, полученные в результате расщепления исходных В-фрагментов ферментом А. В геле, содержащем все продукты двойного расщепления (правый гель на рис. 3.2), каждый фрагмент встречается один раз. Эти данные позволяют однозначно расположить на карте сайты рестрикции. [c.45]

Поэтому фрагмент С не будет обнаружен среди последовательностей, полученных при рестрикции ДНК данным ферментом. Такого рода случайности можно избежать, используя несколько ферментов и составляя карту таким образом, чтобы место соединения каждой пары соседних фрагментов также, было бы целиком представлено в каком-либо другом фрагменте. Этот метод может включать использование в качестве зондов участков интронов. [c.252]

Построение парных физических карт. Прямой перебор гипотез уже при числе фрагментов около 10 наталкивается на серьезные вычислительные трудности и не может быть реализован даже на современных ЭВМ. Следует отметить также, что перебор гипотез о порядке расположения фрагментов для кольцевых молекул оказывается значительно сложнее,чем для линейных в связи с тем, что в этом случае необходимо анализировать не только порядок фрагментов, но и сдвиг фрагментов одной рестриктазы относительно фрагментов другой. В разделе 5.3 описываются методы направленного перебора гипотез, позволяющие резко снизить вычислительную сложность алгоритма для случая построения парной физической карты (т.е. карты, строящейся по информации о двух одиночных и одной совместной рестрикции). [c.158]

Оказывается, что задача уточнения физической карты (при произвольном числе рестриктаз) сводится к поиску оптимального контура в графе специального вида. На рис. 5.14 приведен взвешенный ориентированный граф, построенный по диаграмме - каждому сайту рестрикции на диаграмме (а также началу и концу линейной молекулы) соотвествует вершина в G, две вершины соединяются дугой веса 1, если расстояние между соответствующими сайтами на диаграмме известно и равно 1. [c.184]

Фаг X также представляет собой хороший пример того, как можно использовать фрагменты, образующиеся при рестрикции (рестрикты) для описания структуры генома вируса. На рис. 9.6 можно видеть число и размеры фрагментов ДНК, образующихся при действии нескольких различных рестриктаз на геном этого фага. Последовательность фрагментов, образующихся при действии определенной рестриктазы, можно определить с помощью сочетания нескольких методов, цель которых состоит в построении карты сайтов рестрикции генома фага X. На рис. 9.7 схематически изображена карта сайтов E o RI и Hin dlll на фоне генетической и физической карт генома фага X. [c.271]

Как получают физические карты Стандартная биохимическая процедура - электрофорез - позволяет (с некоторой точностью) определить длины рестрикционных фрагментов, однако для построения физической карты требуется также знать порядок расположения этих фрагментов. Так, например, для фага SM Pseudomonas aeruginosa, имеющего всего 3 сайта узнавания рестриктазы HindiII,возможны 24 различных варианта расположения фрагментов, некоторые из них представлены на рис.5.2. В начале 70-х годов возникла идея восстановления порядка расположения фрагментов на физической карте, основанная на использовании данных о совместной рестрикции по двум рестриктазам. [c.155]

Участок, примыкающий к З -концу экспрессирующихся генов, также содержит очень немного эндонуклеазных сайтов (рис. 10.78, Б, В, Д). Более того, карты нельзя продолжить на расстояние более 5-10 т. п. н. от З -конца гена VSG. Независимо от того, какая именно эндонуклеаза используется, в результате рестрикции получается фрагмент, один конец которого находится в этой конечной позиции. Кроме того, если перед расщеплением рестриктазой препараты ДНК обработать Ва13 (разд. 4.1.в), то получатся более короткие фрагменты. Все это [c.299]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология