Активность эндонуклеазная

В настоящее время наиболее вероятной представляется такая последовательность событий, ведущих к включению вирус-специфической ДНК ретровирусов в клеточную хромосому (рис. 161). После образования кольцевой молекулы в месте стыка двух LTR возникает короткий несовершенный инвертированный повтор. Этот повтор выполняет функцию att, т. е. специфического участка интеграции. Участок att узнается вирус-специфическим с рментом, обладающим эндонуклеазной активностью — одним из продуктов гена poU который попадает в клетку из заражающей вирусной частицы. Фермент вносит в обе цепочки молекулы вирус-специфической ДНК разрывы на расстоянии 4 нуклеотидов друг от друга. Этот же фермент вносит ступенчатый разрыв (на расстоянии 4—6 нуклеотидов) и в клеточную ДНК- Положение разрыва в клеточной ДНК не фиксировано. Далее происходит интеграция вирусной ДНК в хозяйскую хромосому. Предполагают, что механизм интеграции напоминает тот, который реализуется в фаговых системах, прежде всего у фага Ми (см. раздел 1 этой главы), т. е. разрывы цепей ДНК и воссоединение гетерологичных нуклеотидных последовательностей осуществляет один и тот же фермент — особая топоизомераза (интеграза). Процессы типа репарационных (застраивание брешей и удаление одноцепочечных хвостов ) приводит к двум последствиям во- [c.312]

Для концевого мечения ДНК-фрагментов -независимо от характера образующихся после эндонуклеазной обработки концов (5 -, 3 -выступающих или тупых) - можно использовать реакцию замещения, катализируемого ДНК-по-лимеразой Т4. В этом случае к препарату кос-мидной ДНК, обработанной рестриктазой, добавляют ДНК-полимеразу и один меченый дезоксинуклеотид (рис. 20.20). Под действием З -экзонуклеазной активности ДНК-полимера-зы происходит последовательное отщепление 3 -концевых нуклеотидов. Процесс продолжается до тех пор, пока в противопложной цепи не экспонируется нуклеотид, комплементарный меченому дезоксинуклеотиду, добавленному в реакционную смесь. Далее включается полимеразная активность ДНК-полимеразы, и к 3 -концу присоединяется свободный меченый нуклеотид. Поскольку другие нуклеотиды в реакционной смеси отсутствуют, дальнейшего роста цепи не происходит. [c.463]

Вопреки имеющимся сообщениям, контролируемое выделение нуклеотидов из полимеров, содержащих несколько различных оснований, было бы более убедительной демонстрацией полезности метода, особенно потому, что помехи, возникающие в результате различных скоростей гидролиза участков с различной пурин-пири-мидиновой последовательностью, искажают, как следовало ожидать, точную интерпретацию. Недостаток действия диэстеразы селезенки заключается в способности фермента катализировать траисферазные реакции, приводящие к синтезу высщих гомологов, а недостаток диэстеразы змеиного яда — в том, что расщепление олигонуклеотидов, содержащих концевой З -фосфат, происходит постепенно, начиная с З -фосфатного конца молекулы, поскольку выделению нуклеозид-3, 5 -дифосфатов предшествует выделение нуклеозидов и нуклеотидов [382]. Даже высокоочищенные препараты диэстеразы змеиного яда сохраняют, по-видимому, некоторую эндонуклеазную активность. Тем не менее постепенное освобождение концевых нуклеотидов оказалось полезным для того, чтобы отличить концевое наращивание от истинного синтеза, когда меченые дезоксинуклеотиды включаются в цепи ДНК [383, 384]. [c.426]

Эндонуклеазы вирусов млекопитающих — ферменты, индуцируемые вирусами в клетках млекопитающих. Эго наименее изученные эндонуклеазы ДНК. Известно, что после заражения клеток млекопитающих различными вирусами эндонуклеазная активность в них повышается. Установлено, что некоторые из этих ферментов составляют часть структуры вируса. Другие ферменты могут синтезироваться в клетках хозяина в ответ на вирусную инфекцию. [c.89]

Е. соИ содержит рибонуклеазу (эндонуклеазу), поэтому использовани неочищенного фермента может привести к неправильному определению концевых групп. Из своего опыта [22] мы знаем, что фосфодиэстераза селезенки обладает некоторой эндонуклеазной активностью, что также приводит к ошибочному определению концевых остатков. Описанный выше метод достаточно надежен при анализе коротких олигомеров (до гексануклеотидов), однако его нельзя рекомендовать для длинных олигомеров, содержащих 20 и более нуклеотидных остатков. [c.14]

С помощью фильтров можно довольно точно определять активность экзоиуклеаз следует заметить, однако, что при определении эндонуклеаз, этот метод недостаточно чувствителен, так как крупные олигонуклеотиды, нерастворимы в реагентах, используемых для отмывки кислоторастворимых продуктов, и остаются на фильтрах. Этот метод тем не менее используется для грубой оценки эндонуклеазной активности в хроматографических фракциях. Гейдушек и Даниэле [7] описали более чувствительный метод определения эндонуклеаз, основанный па применении фильтров из. нитроцеллюлозы. [c.146]

Ген дад дает начало белковым компонентам нуклео-протеинового ядра вириона. Ген env кодирует компоненты вирусной оболочки, которая захватывает также компоненты клеточной цитоплазматической мембраны. Ген pol кодирует фермент, получивший название обратной транскриптазы, который состоит из двух субъединиц. Одна из субъединиц представляет собой образующийся при процессинге фрагмент другой субъединицы. Соответственно названию фермент осуществляет превращение РНК-генома в комплементарную цепь ДНК. Он катализирует также последующие стадии при образовании двухцепочечной ДНК, обладает ДНК-полимеразной активностью, ведет себя подобно РНКазе Н (способен деградировать РНК, входящую в состав гибрида РНК—ДНК) и обладает эндонуклеазной активностью. [c.490]

Предполагают, что активные формы кислорода как в физиологических условиях, так и при окислительном стрессе, вызванном различным факторами, могут выполнять роль инициаторов эндонуклеазной фрагментации ДНК (апоптозис, запрограммированная гибель клетки) или даже непосредственно атаковать ДНК (гидроксильный радикал). Биологическое значение клеточного апоптозиса заключается в заш ите организма от злокачественного перерождения клеток. [c.65]

II и III. Все рестриктазы узнают на дв)спиральной ДНК строго определенные нуклеотидные последовательности. Однако рестриктазы класса I осуществляют разрывы в произвольных точках молекулы ДНК, а рестриктазы классов II и III узнают и расщепляют ДНК в строго определенных точках внутри сайтов узнава-нмя или на фиксированном от них расстоянии. Ферменты типов 1 и III имеют сложную субъединичную структуру и обладают двумя типами активностей — модифицирующей (метилирующей) и АТФ-зависимой эндонуклеазной. Ферменты И-го класса состоят из двух отдельных белков рестрицирующей эндонуклеазы и модифицирующей метилазы. В силу указанных причин в генной инженерии используют исключительно рестриктазы класса II. [c.139]

Индукция игг-генов сопровождается появлением одноцепочечных разрывов внутри пограничных последовательностей длиною 25 п. н., фланкирующих Т-ДНК [1, 50], и одноцепочечных линейных молекул, которые соответствуют Т-ДНК (рис. 1.2). Предполагают, что соответствующей эндонуклеазной активностью обладают продукты оперона virD [60]. С помощью пока еще неизвестного механизма, который, возможно, аналогичен бактериальной конъюгации, Т-ДНК переносится в клетку растения и стабильно встраивается в ядерную ДНК [50]. Вероятно, что в этом процессе участвуют белки, кодируемые опероном virE [59]. Модель, описывающая ранние молекулярные события в процессе взаимодействия между растением и агробактериями во время образования корончатых галлов [37], представлена на рис. 1.2. [c.17]

Выше обращали внимание на необходимость тщательной проверки чистоты препаратов клеточных рецепторов, выявление в изучаемом препарате примеси клеточных ферментов. Так, нанрп-мер, было установлено присутствие в препаратах рецептора гормона роста фермента — фосфотидилннозиткиназы. Последняя выделяется вместе с рецептором даже при иснользовании для его очистки методов аффинной хроматографии на иммобилизованном гормоне или иммобилизованных моноклональных антителах против рецептора (D. М. Thompson et al., 1985). Несмотря на эти факты, существуют веские основания утверждать, что у рецептора гормона роста имеется собственная ферментативная активность, в том числе эндонуклеазная. Об этом свидетельствуют следующие наблюдения. [c.31]

Системы рестрикции-модификации типа IV распознают асимметричные последовательности, отступя от которых на определенные расстояния, делают разрезы ДНК, что сближает их с системой IIS (см. ниже и рис. 2) [77]. Однако, в отличие от IIS, в системе типа IV эндонуклеазная и ДНК-метилтрансферазная активности находятся в составе одной полипептидной цепи, а эндонуклеазная активность стимулируется S-аденозилметионином. Эта метилтрансфераза метилирует лишь одну цепь ДНК, чего недостаточно для подавления рестрикции в данном сайте. В системе типа IV обнаружена вторая метилтрансфераза, которая метилирует обе цепи ДНК, что делает сайт устойчивым к соответствующей эндонуклеазе. [c.51]

Экзонуклеаза III Е. соИ катализирует последовательное отщепление 5 -нуклеотидов из дцДНК в направлении 3 -> 5. Фермент обладает эндонуклеазной активностью по отношению к апуринизированной ДНК, активностью РНКазы Н (гидролиз РНК в РНК-ДНК-гибридах) и З -фосфатазной активностью. [c.66]

Дезоксирибонуклеаза I (панкреатическая ДНКаза) Фермент обладает эндонуклеазной активностью по отношению к одно- и двунитевой ДНК. Это позволяет с его помощью гидролизовать до MOHO- и олигонуклеотидов любые препаратк ДНК. В присутствии I.OHOB магния ДНКаза атакует каждую нить ДНК независимо поэтому разрывы ковалентных связей распределяются по нитям случайным образом. В присутствии ионов марганца фермент расщепляет обе нити ДНК приблизительно в одном сайте, что приводит к образованию фрагментов ДНК, у которых концы нитей ровные или выступающие на один два нуклеотида. [c.185]

Экстракты цитозоля клеток, выращенных при дефиците железа, содержат белок, специфически связывающийся с IRE (IRE-BP). При избытке железа содержание функционально активного IRE-BP уменьщается. Согласно одной из гипотетических моделей регуляции IRE-зависимой деградации TfR-мРНК под действием железа, связывание IRE-BP (или его комплекса с другими белками) с кластером щпилек защищает IRE или примыкающие к нему участки от действия эндонуклеазы (рис. 8.119). Полагают, что первоначальное эндонуклеазное расщепление приводит к быстрому экзонуклеазному расщеплению остальной части мо- [c.151]

Описанные выше варианты направленной стратегии секвенирования протяженных фрагментов ДНК основаны на особенностях действия используемых ферментов. Так, ДНКаза I в присутствии ионов марганца производит разрыв обеих цепей ДНК с образованием или тупых концов, или с небольшим количеством выступающих нуклеотидов, легко поддающихся репарации. Этот же фермент в присутствии интеркалирующего красителя бромистого этидия делает так называемые ники в виде одиночных разрывов одной цепи ДНК. Специфичная к однонитевой ДНК S1 нуклеаза применяется для разрыва второй цепи ДНК в месте образовавшегося ника или целого участка одноцепочечной ДНК, сформировавшегося после расширения ника с помощью экзонуклеазы III. Для этой же цели используют и другую нуклеазу Ва131, обладающую относительно слабой эндонуклеазной активностью, специфичной для однонитевой ДНК. (Более сильная экзонуклеазная активность этого фермента позволяет деградировать двуцепочечные участки ДНК). Еще один фермент - экзонуклеаза III, используемый вместе с другими ферментами (нуклеазами) в некоторых из упомянутых выше способах для удаления одной цепи ДНК, начиная с ника увеличивает в направлении 3 5 участок одноцепочечной ДНК. [c.256]

Использование этих приемов, позаимствованных из методического арсенала определения активности рестриктаз I типа [181], способствовало открытию ряда других первых специфических эндонуклеаз [ПО, 182, 244]. Несмотря на успешное применение ультрацентрифугирования и вискозиметрического метода, сразу стало очевидным их принципиальное ограничение, выражающееся в том, что эти методы регистрируют любую эндонуклеазную активность и, таким образом не являются изби- [c.135]

Метод отличается больщой чувствительностью. Сказанное иллюстрирует тот факт, что в случае проверки в качестве модельного объекта продуцента рестриктазы Fok I F. okeanokoi-tes, отличающегося низким содержанием целевого фермента в биомассе (250 ед./г сырой биомассы), на электрофореграмме наблюдается типичная картина проявления специфической эндонуклеазной активности. Отличительной чертой экспресс-метода является пока непревзойденная (а по отношению к многим другим подходам и просто не сравнимая) производительность, характеризующаяся возможность в одном опыте, продолжающемся 3—4 часа проверить до 100 отдельных колоний бактерий [3]. [c.139]

В поиске путей решения вышеперечисленных вопросов определенный вклад могут внести биологические методы поиска СХС. Известны случаи, когда достоверно биологическими методами доказано существование СХС, но определить эндонуклеазную активность in vitro не удается [81, 150, 265]. Причины этого явления могут быть тривиальными (например, инактивация ферментов в бесклеточных экстрактах) или более сложными (потребность в неизвестном кофакторе (—ах)). Целенаправленное изучение причин этого явления могло бы способствовать поиску подходов в решении проблемы тестируемости хотя бы части рестриктаз биохимическими методами. [c.141]

Отличительной особенностью РНКазы Р является то, что сайт расщепления для нее формируется в результате правильной укладки молекулы тРНК. Изменения в нуклеотидной последовательности, не приводящие к нарущению этой укладки, не сказываются и на процессинге 5 -конца. Другим необычным свойством РНКазы Р является то, что она состоит из белка и РНК. Эта РНК имеет специфическую последовательность из 377 нуклеотидов и сама транскрибируется РНК-полимеразой с гена чуть больщего размера и затем подвергается процессингу до размера зрелой молекулы. Удивительной особенностью этой РНК оказалось то, что она одна может катализировать такую же эндонуклеазную реакцию, что и целый рибонуклеопротеин белок же не обладает самостоятельной эндонуклеазной активностью. Таким образом, эндонуклеазная активность может быть присуща самой РНК, а белок, по-видимому, необходим для сохранения структуры РНК в максимально активной конфигурации. [c.129]

Смотреть страницы где упоминается термин Активность эндонуклеазная: [c.169] [c.170] [c.181] [c.312] [c.292] [c.170] [c.181] [c.506] [c.74] [c.75] [c.50] [c.51] [c.74] [c.75] [c.171] [c.120] [c.10] [c.138] [c.186] [c.103] [c.214] [c.214] [c.215] [c.150] [c.177]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология