Линейная двухцепочечная ДНК

Двухцепочечная кольцевая ДНК — ДНК, выделенная из вируса полиомы, бактериофага РМ2, митохондрий и хлоропластов. Как промежуточная репликативная форма, принимающая участие в биосинтезе линейной двухцепочечной ДНК. она обнаружена в составе бактериофага Я,. Некоторые плазмиды также содержат двухцепочечные кольцевые ДНК. [c.47]

Линейная одноцепочечная ДНК редкий в природе тип молекулярной организации ДНК. Например, ДНК мелкого вируса мыши. Но такой тип ДНК легко получить при денатурации линейных двухцепочечных ДНК- Разрыв водородных связей между комплементарными полинуклеотидными цепями заканчивается раскручиванием двойной спирали и последующим разделением двух полинуклеотидных цепей. Образовавшиеся две более гибкие по сравнению с исходной молекулы быстро свертываются в беспорядочные клубки. Будучи гораздо более гибкими, линейные одноцепочечные ДНК в растворе характеризуются значительно меньшей вязкостью. Соответственно изменяются и другие гидродинамические характеристики одноцепочечной ДНК по сравнению с линейной двухцепочечной. Медленное охлаждение раствора ДНК после температурной денатурации ведет к образованию ренатурированной ДНК с типичным линейным двухцепочечным строением. [c.58]

Помимо витков двойной спирали, т.е. витков вторичной структуры, кольцевой замкнутый комплекс из двух цепей может включать витки третичной структуры, входящие в число так называемых витков сверхспирализации, или сверхвитков, которые мы определим ниже. Чтобы понять, что это означает, давайте внимательно проследим за ходом мысленного эксперимента, иллюстрацией к которому служит рис. 24.4, А. Витки в структуре двойной спирали ДНК закручены вправо. Это означает, что в каком бы направлении вы ни следовали вдоль цепей двойной спирали, цепи сообщают удаляющейся точке вращение по часовой стрелке. Предположим, что мы взяли линейную двухцепочечную ДНК с числом витков, равным /3, и расплели один виток. Если мы замкнем ДНК в кольцо, то это будет кольцевая молекула, в которой один из витков вторичной структуры оказывается расплетенным, и порядок зацепления теперь равен /3-1. Можно поступить по-другому. Допустим, что мы крепко зажали концы линейной ДНК и повернули один иэ зажимов по часовой стрелке на один оборот, не расплетая витков вторичной структуры. Такая ДНК свернется в петлю. Это происходит ввиду наличия топологических ограничений, которые возникли из-за того, что мы зажали концы ДНК когда кисти ваших рук поворачиваются, стремясь раскрутить спираль ДНК, она отвечает тем, что сворачивается в петлю, следуя направлению вращения зажимов. (Читателю, который в этом сомневается, мы рекомендуем проделать этот опыт с куском бельевой веревки или резинового шланга.) Если мы соединим теперь концы ДНК, не давая ей при этом раскручиваться, и образуем из нее кольцевую форму, то в результате получим замкнутую двойную спираль с порядком зацепления /3 — 1. [c.389]

Некоторые бактерии несут вирусы (умеренные бактериофаги), которые либо встроены в хромосому клетки-хозяина и реплицируются вместе с ней, либо существуют в клетке автономно и реплицируются самостоятельно, что в конечном итоге приводит к лизису и гибели бактерий. Один из таких умеренных бактериофагов — бактериофаг лямбда (X). При инфицировании чувствительных бактерий . соИ он инъецирует в бактериальную клетку свой геном, состоящий из линейной двухцепочечной ДНК размером 45000 пар оснований (рис. 41.5). В зависимости от физиологического статуса микроорганизма дальнейшее развитие фага может протекать либо по лизогенному пути, который заключается в интеграции фаговой ДНК с хозяйским геномом и сохранении [c.113]

A. Сравнивая время появления меченых фрагментов с картой рестрикции кольцевой ДНК на рис. 5-28, сделайте заключение, какой конец (5 или 3 ) (-)-цени линейной ДНК захватывает кольцевая (-Н)-цепь. Попытайтесь также определить направление миграции ветвей вдоль ( —)-цени. (Линейная двухцепочечная ДНК была разрезана по границе между фрагментами а и с, см. карту рестрикции на рис. 5-28, Б.) [c.31]

B. Что произойдет, если линейная двухцепочечная ДНК получит вставку из 5(Ю негомологичных нуклеотидов между рестрикционными фрагментами е и а [c.31]

Когда ретровирусы заражают клетки, их геном, представленный линейной молекулой РНК, копируется с образованием линейной двухцепочечной ДНК при участии вирусного фермента обратной транскриптазы. Эта линейная ДНК содержит вирусные гены, вставленные между двумя прямыми повторами, называемыми длинными концевыми повторами, или ЬТК (рис. 5-33). Линейная ДНК может стать кольцевой в результате гомологичной рекомбинации между ЬТК, при этом в кольце будет содержаться один ЬТК, либо она может стать кольцевой в результате сшивания концов, в этом случае в кольце будет содержаться два ЬТК. Одна из форм внехромосомной ДНК встраивается в хромосому, и образуется типичная интегрированная форма вируса, которая всегда содержит два ЬТК, по одному с каждой стороны от вирусных генов. [c.37]

Образец ДНК денатурируют обработкой щелочью. Затем pH доводят до значения, при котором быстро ренатурируют ковалентно замкнутые двухцепочечные кольца, но линейные цепи ренатурируют медленно. Смесь фильтруют. Двухцепочечные кольца проходят через фильтр, а единичные линейные цепи задерживаются на поверхности фильтра. Таким образом получают очищенную фракцию кольцевых двухцепочечных ДНК. / — ковалентно замкнутые двухцепочечные кольца 5 —линейная двухцепочечная ДНК 3 — денатурированные ковалентно замкнутые кольцевые ДНК 4 — денатурированные (одио цепочечная) линейная ДНК 5 — денатурированные цепи остаются на фильтре 6 — очищенные кольцевые ДНК. [c.162]

Второй вид двухцепочечной кольцевой ДНК — открытая кольцевая, ее можно представить как линейную ДНК, замкнутую в кольцо, в одной из цепн которого имеется разрыв. Разорванная цепь в этом случае может вращаться вокруг целой. Пока отсутствуют определенные данные, касающиеся существования именно таких ДНК в живой клетке. Еще не выявлено значительных отличий в физико-химических характеристиках открытых кольцевых и линейных двухцепочечных ДНК. [c.47]

Линейная двухцепочечная ДНК—наиболее распространенный тип макромолеку. лярной организации ДНК, характерный для вирусов, бактерий и многоклеточных организмов. Мол. масса для такой ДНК некоторых вирусов 320 10. Не исключено, что наиболее крупные среди таких молекул в действительности могут быть кольцевыми молекулами, разорвавшимися в процессе выделения. Обладая высокой жесткостью, которая обусловливает высокую степень вязкости, линейные двухцепочечные ДНК не лишены и определенной гибкости, обеспечивающей их молекулярную упаковку внутри вирусной частицы или клетки. [c.58]

Циклические перестановки — структурные огобенности поведения некоторых фаговых ДНК, подвергнутых температурной денатурации и последующему медленному отжигу. Напрнмер, денатурированная линейная двухцепочечная ДНК бактериофага Т2 при медленном отжиге образует кольцевые молекулы, что происходит вследствие того, что популяция молекул фаговой ДНК состоит из набора молекул с циклическими перестановками. Схематически такие структурные перестройки показаны на рис. 34. [c.87]

Белок гесА катализирует как начальный этап рекомбинации - спаривание, так и последующую миграцию ветвей у Е. соИ. Он способствует рекомбинации, связываясь с одноцепочечной ДНК и катализируя спаривание такой покрытой белком цепи с гомологичной двухцепочечной ДНК. Можно определить действие гесА по образованию кольцевых двухцепочечных ДНК в смеси из двухцепочечных линейных молекул ДНК и гомологичных им одноцепочечных кольцевых ДНК, как показано на рис. 5-27. Эта реакция протекает в два этапа сначала кольцевая ДНК спаривается с линейной молекулой на одном из ее концов, а затем точка ветвления продвигается по линейной двухцепочечной ДНК, пока от нее не отделится линейная одноцепочечная ДНК. [c.30]

Образец линейной двухцепочечной ДНК (все молекулы идентичны) подвергали непродолжительной обработке экзонуклеазой, атакующей только 5 -концы цепочек ДНК до тех пор, пока не расщепилось приблизительно 37о ДНК. Известно, что эти молекулы обладают концевой избыточностью, т. е. ген имеет последовательность АВС0...ХУ2АВС, причем длина сегмента АВС составляет 1 % от общей длины ДНК. Если эти обработанные молекулы поместить в ренатурирующие условия, то получится новый тип структуры. Опишите эту структуру, указав длины различных участков в процентах от первоначальной длины. [c.87]

В определенных условиях линейную двухцепочечную ДНК можно контролируемо гидролизовать с обоих концов нуклеазой Ва131, что используется при конструировании гибридных молекул ДНК, когда необходимо в их составе сблизить какие-либо функционально значимые генетические элементы. [c.27]

Данное направление мутагенеза получило развитие в работах Р. И. Салганика с сотрудниками (1978-1983 гг.). На первом этапе в качестве объекта мутагенного воздействия был взят фаг Т7, имеющий линейную двухцепочечную ДНК. После вьщеле1шя определенной фаговой мРНК к ней ковалентно присоединяли специальное полифункциональное алкилирующее соединение (рис. 6.4, 6.5), имеющее сокращенное название ТФП. Алифатические алкилирую-щие группировки ТФП (Ri, Ra) служат для ковалентного присоединения реагента к полинуклеотиду-носителю ароматическая алкилирую-щая группировка (R3) неактивна, так как заторможена соседней формильной группой, однако [c.175]

Геном поксвирусов представлен линейной двухцепочечной ДНК с ковалентно замкнутыми концами. Размер ДНК ортопоксвирусов варьирует от 175 до 230 тпн в зависимости от вида и штамма вируса, а их геном кодирует около 200 полипептидов. Гены по времени экспрессии делят на ранние (Е), промежуточные (I), поздние (L), а также экспрессируемые в течение всего цикла развития вируса — ранне-поздние (E-L). Ранняя транскрипция происходит сразу после вхождения вириона в клетку и осуществляется вирион-ассоциированной РНК-полиме-разой, С промежуточных промоторов транскрипция инициируется только после репликации вирусной ДНК, но в составе гибридных плазмид 1-гены могут транскрибироваться без предшествующей репликации ДНК. Для транскрипции поздних генов необходима не только предшествующая репликация вирусной ДНК, но и экспрессия ранних и промежуточных генов. Кодирующие последовательности генов данных цитоплазматических вирусов непрерывны, и сплайсинг отсутствует. [c.392]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология