Рентгеноструктурный анализ Репрессор

Симметричная структура операторов и субъединичное строение репрессоров позволили предположить, что с каждым из симметричных участков оператора взаимодействует одиа из субъединиц соответствующего репрессора. Исследование доступности для различных химических реагентов участков оператора в комплексе с репрессором и в свободном состоянии показало, что основное взаимодействие происходит только с одной стороны двойной спирали ДНК и осуществляется через группы оснований, выходящих в большую бороздку. Эти представления в совокупности с данными рентгеноструктурного анализа ДНК-связывающего N-концевого домена с1-репрессора фага и сго-белка, которые удалось получить в кристаллическом состоянии, легли в основу построения моделей комплексов репрессоров с операторами. [c.399]

Большие надежды возлагают на метод рентгеноструктурного анализа. В ближайшее время следует ожидать первых результатов по определению полной пространственной структуры белка (репрессора или РНК-полимеразы), связанного с узнаваемым им участком ДНК. [c.143]

Сго образует стабильный димер, и нет никаких данных, что он состоит более чем из одного домена об этом же свидетельствуют результаты рентгеноструктурного анализа (рис. 2.9). Эксперименты по футпринтингу показывают, что Сго связывается некооперативно с тремя участками Or и с тремя участками Ol- По сродству к Сго участки Or располагаются в порядке, указанном на рис. 1.23, т.е. Or3 > 0 2 = Or 1, а участки Ol-b порядке Ol 1 > Ol 2 = ( l 3. В 0,2 М K l при 37°С Сго связывается с Or 3 так же прочно, как димер репрессора с Or 1. Сродство Сго к Or 2 и Or 1 примерно на порядок ниже, чем к Or3. [c.117]

Эти рисунки иллюстрируют не только идентичность конфигурации представленных комплексов, но и то, что именно аминокислоты, расположенные в узнающих спиралях (а также в руках Х-репрессора), определяют специфичность связывания с данной последовательностью. Эти два близких аспекта исследуют с помощью рентгеноструктурного анализа и биохимических экспериментов. [c.119]

Структура комплекса операторов с репрессором, имеющим N-концевые руки подобно Х-репрессору, не исследована методом рентгеноструктурного анализа, поэтому нам приходится судить о функции рук на основании более косвенных данных. Эксперименты по защите от метилирования под действием ДМС показывают, что руки образуют специфические контакты со звеньями G в большом желобке на задней стороне спирали (рис. 4.16). При связывании с 0 1 репрессор или его N-концевой домен защищает от метилирования семь гуаниновых звеньев. Атомы N7 пяти из этих звеньев, которые подвергаются метилированию, расположены в большом желобке на передней стороне двойной спирали, а два атома N7 в положениях 8 и 9 смотрят в большой желобок на задней стороне. [c.122]

Характерной особенностью структуры спираль-петля-спираль, определяющей ее взаимодействие с ДНК, является не аминокислотная последовательность, а геометрия две а-спирали, разделенные петлей из нескольких аминокислот. Исходя из данных рентгеноструктурного анализа некоторых белков и их комплексов с ДНК была построена модель, объясняющая специфичность связывания белков с ДНК. Как показывают структурные данные, и Сго, и репрессор образуют димеры при этом димеризация является результатом взаимодействий между антипараллельными рЗ-слоями белка Сго и между а5-спиралями репрессора (рис. 8.95). Участки ДНК, с которыми связываются Сго и репрессор, имеют ось симметрии 2-го порядка, благодаря чему эле-а. [c.126]

Анализ с помощью гель-фильтрации и седиментации показывает, что при низкой концентрации (10 М) репрессор находится преимущественно в виде мономера, при более высокой (10 М) - преимущественно в виде димера, а при очень высокой концентрации (10 М)-в основном в виде тетрамера Выделенные С-концевые домены (остатки 132-236) образуют димеры и тетрамеры почти столь же эффективно, как и интактные мономеры, а N-концевые домены к этому не способны (рис. 4.10). Некоторые взаимодействия между N-концевыми доменами выявляются с помощью рентгеноструктурного анализа [c.96]

Структура N-концевых доменов репрессора и Сго в кристаллах установлена с высоким разрешением. Как видно из рисунков гл. 2, имеет место структурное соответствие между ними и В-формой ДНК. Согласно пространственной модели еще одного специфического ДИК-связывающего белка Е. oli, белка-активатора катаболизма (БАК), контакт между ним и ДНК тоже осуществляется посредством биспирального элемента, описанного в гл. 2. Во всех случаях одна из а-спиралей (узнающая) укладывается в большой желобок, а другая располагается поперек него. Адекватность этих моделей ДНК-белковых комплексов подтверждают результаты рентгеноструктурного анализа комплекса репрессора с оператором в кристаллах. В состав исследованного комплекса входил репрессор фага 434, близкородственного фагу X о нем уже шла речь в этой книге. [c.119]

Для объяснения механизма стимуляции транскрипции каким-либо ДНК-связывающим регуляторным белком можно предложить две гипотезы. Согласно первой, связывающийся белок каким-то образом меняет конформацию ДНК, и она становится более подходящим субстратом для РНК-полимеразы. Вторая модель, наоборот, предполагает, что связанный белок стимулирует транскрипцию, контактируя с полимеразой. Против первой модели существует одно возражение как мы и предполагали, по данным рентгеноструктурного анализа л-репрессор очень мало изменяет конформацию ДНК при связывании. Еще один аргумент против этой модели был получен при изучении мутантов по гену репрессора, которые обозначаются рс (от англ. positive ontrol - позитивная регуляция). [c.124]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология