Рентгеноструктурный анализ комплексо

Понятие о канале применимо к колшлексам тиомочевины, как и комплексам мочевины. Однако вследствие большего размера атома серы в тио-мочевине сравнительно с размерами кислорода в мочевине канал имеет большее поперечное сечение. Постоянные ячеек комплексов тиомочевины, бо-видимому, меняются в зависимости от природы комплексообразующей молекулы, в результате чего будут изменяться и размеры канала. Опубликованные данные рентгеноструктурных анализов комплексов тиомочевины недостаточны для надежного вычисления размеров капала. Метод, использованный Шисслером [15] для измерения молекулярных размеров моделей углеводородов, способных и не способных к комплексообразованию, по-видимому, наиболее пригоден для измерения поперечных размеров каналов комплексов тиомочевины, которые, вероятно, должны быть порядка 5,8 [c.215]

Сведения о форме молекул получают непосредственно с помощью электронной микроскопии и рентгеноструктурного анализа комплексов белков с тяжелыми металлами. [c.510]

Рентгеноструктурный анализ комплексов таких соединений с синтетическими двухцепочечными олигонуклеотидами показывает, что плоские ароматические кольца красителей внедряются между парами оснований двойных спиралей. Механизм внедрения предполагает проникновение молекулы красителя между парами оснований в момент возникновения локального нарушения структуры, при этом водородные связи между парами оснований сохраняются, тогда как стэкинг -взаимодействия нарушаются. [c.346]

Строение КПЗ изучали методом видимой и УФ-спектроскопии, ЯМР и рентгеноструктурного анализа комплексов в кристаллическом состоянии. Данные показывают, что в одних случаях строение молекулы слабо меняется, когда она входит в КПЗ. Например, при образовании комплекса Вг2 с двумя молекулами бензола расстояние между атомами брома сохраняется таким, как в исходной молекуле, - 0,228 нм. В комплексе Вг2 с двумя молекулами диоксана это расстояние несколько больше, а именно 0,231 нм, а расстояние между атомами брома и кислорода 0,271 нм, т. е. заметно меньше, [c.338]

В отдельных случаях удается подобрать такие условия кристаллизации, в которых каталитического превращения субстрата не проис.ходит, и это дает возможность исследовать методом рентгеноструктурного анализа комплекс фермент — субстрат. [c.200]

На основании данных рентгеноструктурного анализа комплексу (—) (фумаровая кислота) Ре(С0)4 приписана (Ё, К)-конфигурация [633, 1132]. Интересно, что этот энантиомер в кристалле имеет три вида конформаций (Г, Д, Е), причем только одной из них принадлежит координированная двойная связь, расположенная строго в экваториальной плоскости. Для двух других молекул установлено значительное отклонение от экваториальной плоскости. Каждая молекула типа Г связана водородной связью с четырьмя другими молекулами этого же типа, а водородная связь для типов Д и Е осуществляется путем —Д—Е—Д—Е—. В ИК-спектрах рацемических смесей этих комплексов и их разделенных энантиомеров наблюдаются существенные различия, которые, по мнению авторов [ИЗО], являются следствием наличия асимметрических водородных связей в энантиомерах. [c.358]

Прежде чем попытаться осуществить стереоспецифический синтез природного сквалена, необходимо было решить две проблемы. Во-первых, необходимо было выяснить геометрию его молекулы. В конце концов путем рентгеноструктурного анализа комплекса сквалена с тиомочевиной было доказано, что сквален представляет собой изомер (I) [5] с гранс-конфи-гурацией по всем двойным связям. [c.291]

Рис. 3-49 Водородное связывание между САР-белком и его лигандом, сАМР, выявленное с помощью рентгеноструктурного анализа комплекса Показано, что две идентичные субъединицы димера объединяются с образованием центра связывания (см. также рис. 3-40). (С любезного

Цистеиновые протеазы. Данные рентгеноструктурного анализа комплексов [c.292]

В некоторых случаях иммунодоминантные эпитопы локализованы в наиболее пластичных частях молекулы антигена. В связи с этим возникло предположение, что исходные конфигурации взаимодействующих молекул антигена и антитела не точно комплементарны друг другу. Определенная пластичность, присущая эпитопу антигена и гипервариабельным участкам молекулы антитела, по всей вероятности, способствует достижению оптимального уровня энергии связывания. Это, в частности, достоверно подтвердили результаты рентгеноструктурного анализа комплексов, образованных РаЬ-фрагментами антител с нейраминидазой вируса гриппа, использованной в качестве антигена. Параметры и функциональное значение взаимной комплементарности [c.158]

Полости в центре молекулы циклодекстрина характеризуются высокой электронной плотностью. Эта зона высокой электронной плотности оказывает сложное влияние на различные системы. Пожалуй, наиболее силь-но это влияние сказывается на молекуле йода. Исследования методом дифракции рентгеновских лучей показали, что йод, заключенный в полостп циклодекстрина, представляет собой поли.мер-ную структуру с расстоянием между атомами йода 3,06А нормальное расстояние связи йод—йод равно 2,66А. Эта группа включенных атомов йода соответствует стабилизированному активному состоянию, которое возможно только в клатратных соединениях рассматриваемого типа. Рентгеноструктурный анализ комплексов, образуемых иодом с амилозой, целлюлозой, поливиниловым спиртом, флавонами [41], ку-маринами [43] и другими соединениями, показал, что все они имеют примерно одинаковую структуру. [c.121]

Субстраты — малые молекулы или малые группы больших молекул. Напротив, фермент макромолекулярен. Следовательно, субстрат непосредственно взаимодействует с определенным малым участком молекулы фермента — с ее активпы.и центром. Природа активного центра, т. е. совокупность и расположение аминокислотных остатков, а также кофакторов (см. с. 48), входящих в его состав, установлена для ряда ферментов. Мы уже упоминали о фермент-субстратном узнавании (с. 58). Изменения активности, возникающие в результате химической модификации белка, позволяют выявить функциональные группы активного центра. Сведения о его структуре дают оптические и спектраль- ные методы, а также рентгеноструктурный анализ комплексов фермента с конкурентными ингибиторами, строение которых близко к строению субстратов. [c.182]

Примеры соединений этого класса давно известны для всех трех металлов, причем СоН (СО) 4 был одним из первых описанных в литературе гидридов переходных металлов [91]. В табл. 4-11 приведены спектральные данные для ряда комплексов кобальта этого типа. Получены все комплексы типа СоН(СО) (РРз)4 [87, 92— 96]. Комплексы МН(РРз)4 (М = Со, РЬ, 1г) имеют идентичные ИК-спектры в области валентных колебаний Р—Р [87], и, судя по данным рентгеноструктурного анализа комплекса кобальта, вероятно, все они имеют строение искаженной тригональной бипирамиды. ИК-спектры СоН (СО) 4 интерпретировались на основе симметрии молекулы Сз [13а, б] детальное изучение ИК- и КР-спектров СоН (РРз) 4 приводит к тому же выводу [97]. Молекулы МН(РРз)4 не имеют жесткой стереохимической конфигурации и изучение спектров ЯМР (см. разд. IV, Б) показало, что в растворе при низких температурах они приобретают структуру с симметрией Сзс. В арилфосфитных комплексах не наблюдалось четко идентифицируемых валентных колебаний Со—Н сигнал ЯМР от гидридных протонов представляет собой квинтет, частично уширенный. [c.112]

Рентгеноструктурный анализ комплекса 222 К показывает, что 36-чле-ный цикл валиномицина представляет собой складки из шести фрагментов р-спирали (браслетообразная форма), стабилизированных внутримолекулярными водородными связями шести карбонильных групп с соседними амидными группами К-Н. Благодаря этим водородным связям конформация 222 почти заморожена, а ее центральная полость оказывается идеально соответствующей иону К" . Эффективность связывания этого катиона обеспечивается шестью сложноэфирными карбонильными группами, обращенными внутрь полости молекулы. Липофильные алкильные группы остатков О-валина и Ь-молочной кислоты, составляющих валиномицин, обращены наружу, образуя гидрофобную периферию молекулы. Последняя, во-пер-вых, препятствует проникновению воды к центральной ее части и тем самым предохраняет системообразующие водородные связи от разрушения, и, во-вторых, обеспечивает растворимость и самого валиномицина, и его комплекса с К+ в липофильных средах, в частности в клеточных мембранах. (Вопрос о конформациях валиномицина гораздо сложнее, чем здесь упрощенно изложено — подробнее см. в монографии [ЗЗГ].) Другой тип природного ионофора представлен структурой антибиотика нонактина (223). [c.474]

С целью установления структуры лантаноидного комплекса цис-син-цис-дициклогексил-18-краун-6 (изомер А) и Ьа(Ш) (N03)3, впервые полученного Харменом и др. [96] кристадлизацией из смеси эфир-этанол, был проведен рентгеноструктурный анализ комплекса. Как показано на рис. 3.13, Ьа координирован шестью атомами кислорода краун-кольца и тремя бидентатными группами N03. Это первый пример незаряженного молекулярного комплекса с координационным числом 12. Все известные ранее комплексы с координационным числом 12 имели структуры, в которых центральный металл был координирован такими анионами, как [Се(КОз) ]" (п = 2,3) и СаТЮд. [c.116]

Магнитный момент этого комплекса соответствует менее чем одному неспаренному электрону, что свидетельствует о существовании в нем некоторого взаимодействия металл — металл. При отсутствии такого взаимодействия формально следовало ожидать, что магнитный момент комплекса будет соответствовать двум неспаренным электронам. В л-циклопентадиенилметалл-карбонильных комплексах хорошо известны в качестве мостиковых фосфиновые и арсиновые лиганды [204—206]. Большой интерес преставляют результаты рентгеноструктурного анализа комплекса 4.18 предполагается, что мостиковый атом водорода связан симметрично с двумя атомами молибдена [207] [c.171]

Результаты рентгеноструктурного анализа комплекса колхицина с метиленбромидом или метиленйодидом послужили главным обоснованием взаимного размещения кислородных функций тропонового цик-ла 56. [c.22]

По данным рентгеноструктурного анализа комплексы общего типа МН(я-СзН5) (СО)гЬ (М = Сг, Мо, W) имеют идеализированную конфигурацию, отвечающую наинизшей энергии, в которой че- [c.194]

Установление точного расположения легких атомов, таких, как углерод, при рентгеноструктурном анализе комплексов тяжелых металлов затруднено, поэтому приведенные значения длин связи С=С могут содержать значительные погрешности. Об этом свидетельствует расхождение в данных, полученных разными исследователями. Так, например, в случае соли Цейзе (Pt (С2Н4) lglK- HjO, кроме значения 1.47 А (табл. 1П-1), в литературе были приведены и другие — 1.44 1.354 [24] 137 [25] [c.74]

Дальнейшие подтверждения правильности предложенного строения гидридов были получены из результатов рентгеноструктурного анализа комплекса молибдена (я-С5Н5)2МоНг (рис. 35) [213] и при исследовании спектров протонного магнитного резонанса, которые показали, что сигналы атомов водорода в спектрах тригидридных комплексов образуют системы спинов ЛзВ и, следовательно, неэквивалентны [212]. [c.173]

Фталоцианины — один из наиболее важных классов пигмен-гов — обстоятельно исследованы с помощью рентгеноструктурного анализа. Комплексы фталоцианина со многими металлами, так же как и безметальный фталоцианин проявляют полиморфизм, причем кристаллические модификации, образующиеся при замене или удалении атомов металла часто оказываются изоморфными. [c.283]

Криптанды относятся к синтетическим полиэфирам, содержащим азот, например N(—С—С—О—С—С—О—С— )3N [63]. Это довольно широкий набор комплексующих агентов, однако, поскольку их полярность слишком велика, чтобы они могли входить в липиды, их нельзя полностью отождествлять с мембранными ионофорами. Рентгеноструктурный анализ комплекса RbS N с упомянутым выше соединением показывает, что расстояние Rb—О составляет 2,9 А и что атомы азота также находятся в контакте со связанным в комплекс катионом (Rb—N 3,00 А) [64]. [c.258]

Комплексы с координационным числом 2 имеют линейную конфигурацию, как было установлено рентгеновским методом для KING — Ag — N] и [H3N — Ag — NHa]2S04. Рентгеноструктурный анализ комплекса с координационным числом 8 K4[Mo( N)s]-2H20 показал, что группы N занимают вершины додекаэдра. Кубическая координация у комплексов не была обнаружена, однако, как известно, она часто встречается в кристаллах. [c.714]

Дальнейшее продвижение системы по координате реакции невозможно без отрыва протона. Однако в системе создаются все предпосылки для акцептирования протона подходящим основашем, поскольку состояние атакующей группы близко к таковому у оксоний-катиона. Интересно -отметить, что по данным рентгеноструктурного анализа комплекса трипсина и панкреатического трипсинового ингибитора [3044] расстояние мевду сериновым гидроксилом и карбонильным углеродом остатка IiysIS также больше длины ковалентной связи. Более того, расстояние мевду ОТ -атомом и К -атомом Hls57 в комплексе фермента с "пирами-дализованным" субстратом, как показывают исследования комплексов трипсина и химотрипсина с белковыми ингибиторами [3044], становится достаточно близким для образования хорошей водородной связи, что обеспечивает дальнейший перенос протона на имидазольный остаток. [c.321]

Рентгеноструктурный анализ комплекса я-(акрилонитрил)Ре(С0)4 [622, 623] показал удлинение С=С-связи от 1,34 до 1,40 А и уменьшение зггла при N-зaмe титeлe от 123 до 116°. В комплексе (фумаровая кислота)Ре(СО)4 наряду с удлинением С=С-связи обнаружено отклонение обеих карбоксильных групп из плоскости двойной связи от металла на 18° [632, 633] [c.295]

По данным рентгеноструктурного анализа, комплекс имеет структуру LXXX. Два атома железа и четыре карбонильные группы лежат в одной плоскости четыре ацетиленовых углерода лежат в плоскости, перпендикулярной первой. Расстояние С—С в ацетиленовом лиганде составляет 1,283 А, игрет-бутильные группы отклонены от плоскости Гег(С0)4, так что углы Bu-i равны около 143°. [c.432]

В продуктах пиролиза наряду с химикатами, которые производились ранее в других производствах и пути использования которых хорошо известны, имеются ценные вещества, позволяющие практически развить области химии, находящиеся до недавнего времени лишь на стадии теоретических исследований ввиду отсутствия дешевых источников сырья. К таким веществам, содержащимся в продуктах пиролиза, и относится аллен. Как видно из предыдущих глав, в последние годы значительно расширились исследования в области химии аллена и его производных. Разработаны новые и усовершенствованы ранее изве.стные методы их получения, более четко исследованы их физические и химические свойства. Открыты новые перспективные пути превращения алленовых соединений в различные трех-, четырех-, пяти-, шести- и весьмичленные карбоцикличе-ские соединения. Появилось значительное число работ, посвященных каталитической полимеризации аллена и сополимериз -ции его с другими мономерами. Интенсивно изучается химия комплексных соединений, - содержащих аллен. Последние данные рентгеноструктурного анализа комплексов алленов позволяют ближе подойти к пониманию сущности каталитических превращений аллена и его производных. Проведены кванто-ме-ханические расчеты алленовых систем. Нет сомнения, что дальнейшее углубленное исследование превращений аллена и его производных даст не только новые интересные теоретические данные, но и ценные результаты для практики. [c.110]

Кристаллографическая структу )а нативного трипсина с разрешением 1,8 А, позднее уточненная до 1,5 А, была установлена Р. Штраудом и соавт. [526-528], а также Р. Хубером, В. Боде и соавт. [529-531]. Геометрия активного центра идентифицирована на основе результатов рентгеноструктурного анализа комплексов трипсина с белковыми ингибиторами животного и растительного происхождения [532-534] и необратимыми синтетическими ингибиторами [535]. Показано, что во взаимодействии с субстратом и при образовании промежуточных продуктов катализа непосредственно участвуют гидроксильная группа остатка 8ег-195 и имидазольное кольцо № -57, которые расположены на поверхности белковой глобулы и образуют водородную связь Н 2...Н-ОТ. Остаток № -57 сближен также с А8р-102, и между ними реализуется взаимодействие № -Н...О . [c.151]

Рентгеноструктурный анализ комплекса Fo затруднен, так как этот белок в отличие от бактериородопсина не образует кристаллических структур in vivo. Считается, что Ь-субъединица пересекает мембрану один раз, с —два раза, а а образует шесть а-спи-ральных столбов , пронизывающих мембрану. Эта схема основана в основном на анализе чередования гидрофобных и гидрофильных последовательностей в первичной структуре субъединиц и нуждается в экспериментальном доказательстве. [c.130]

Структура N-концевых доменов репрессора и Сго в кристаллах установлена с высоким разрешением. Как видно из рисунков гл. 2, имеет место структурное соответствие между ними и В-формой ДНК. Согласно пространственной модели еще одного специфического ДИК-связывающего белка Е. oli, белка-активатора катаболизма (БАК), контакт между ним и ДНК тоже осуществляется посредством биспирального элемента, описанного в гл. 2. Во всех случаях одна из а-спиралей (узнающая) укладывается в большой желобок, а другая располагается поперек него. Адекватность этих моделей ДНК-белковых комплексов подтверждают результаты рентгеноструктурного анализа комплекса репрессора с оператором в кристаллах. В состав исследованного комплекса входил репрессор фага 434, близкородственного фагу X о нем уже шла речь в этой книге. [c.119]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология