Нуклеация при переходе спираль—клубок

В случае перехода спираль — клубок, индуцируемого изменением температуры, параметр нуклеации можно оценить по наклону кривой в точке перегиба. Как показано выше, экспериментальную кривую индуцируемого изменением температуры перехода спираль — клубок можно сопоставить с теоретической кривой, если известна величина АЯ. Это сопоставление позволяет получить параметр нуклеации. Однако во многих случаях величина АЯ бывает неизвестна. Тем не менее оценить величину о можно. Согласно уравнению (А.15) при учете (А.10) наклон кривой перехода в точке перегиба (х = 1) должен быть равен [c.302]

Детальное исследование термодинамики переходов спираль — клубок проведено а простейших моделях — на олигорибоадени-ловых кислотах [111, 112]. При низких pH олигоаденины образуют двойные спирали, начиная с тетрануклеотида. Возможные модели спаривания тринуклеотидов, предложенные в работе [111], показаны на рис. 8.22. Вообш,е говоря, число разных двойных спиралей с п связанными парами при данной степени полимеризации N равно (N — п1) . Переходы изучались по гипохромному эффекту при 2650 А для М от 6 до 10. Образование двойной спирали из двух цепей характеризуется двумя константами—константой нуклеации р и константой роста спирали S. Константа s = exp(—AH/RT + kS/R). Константа равновесия для перехода две цепи двойная спираль равна [c.518]

С помошью уравнения (20.32) можно найти р (Аг), распределение спиральных участков по длинам в процессе перехода спираль — клубок. На рис. 20.10 показаны примеры таких расчетов для цепн, состоящей из 16 остатков. Гнстограммы приведены для случаев, когда ку = 14,7 12,0 5,7 и 1,1 (илн в = 0,92 0,75 0,36 0,07 соответственно). В этих расчетах использовалось значение о = 1,5 10 . Из рисунка видно, что образуются только весьма длинные спиральные последовательности. Так, даже прн в = 0,36 наибольшее значение р (А ), отличное отр (к) при к = О, достигается вблизи к = 12. Форма этих распределений определяется параметром а. При малых а (что означает более высокий барьер нуклеации) увеличивается неоднородность распределения, и образование протяженных полностью спиральных или клубкообразных участков становится еще более выгодным, чем формирование коротких спиральных последовательностей. Объясняется это тем, что, чем меньше а, тем большей длины должна быть спиральная последовательность, чтобы компенсировать невыгодность нуклеации. Поэтому (для я > 1), чем меньше а, тем большим должно быть к в произведении ал, чтобы получить достаточно большое значение р(к) [см. уравнение (20.32)]. Таким образом, параметр а регулирует кооперативность перехода (дальнейшее обсуждение этого вопроса можно найти в последующих разделах). [c.196]

Возникает вопрос откуда берутся в денатурированной форме элементы упорядоченных структур Скорее всего такие элементы а-спиралей и /3-слоев образуются в разупоряло-ченной цепи флуктуационно. В этой связи представляют интерес эксперименты по ультразвуковой релаксации (G. Hammes, Р. Roberts, 1969) для выяснения динамики перехода спираль — клубок в поли-Ь-орнитине. Измерения показали, что время релаксации перехода составляет примерно 10 с. Это означает, что скорость формирования и разрушения спирали на несколько порядков выше, чем наблюдаемая скорость процесса сворачивания — разворачивания белков в целом. Таким образом, денатурированные молекулы могут находиться в состоянии динамического равновесия с набором молекул, среди которых есть такие, которые содержат спиральные участки. Эти участки в свою очередь могут служить центрами нуклеации при ренатурации белка. [c.235]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология