Конформационная статистическая сумма

Конформационная статистическая сумма для макромолекулы в отсутствие внешних сил имеет вид [c.74]

Конформационная статистическая сумма рассматриваемой системы (4.3), (4.4) или (4.10) дает полную информацию [c.144]

Имеется целый ряд методов вычислений бинарной функции распределения одномерной кооперативной системы, описываемой формулой (4.2). По-видимому, простейший из них состоит в представлении конформационной статистической суммы цепи в виде [c.146]

Конформационная статистическая сумма полипептидной цепи [c.294]

КОНФОРМАЦИОННАЯ СТАТИСТИЧЕСКАЯ СУММА [c.295]

Конформационная статистическая сумма полипептидной цепи определяется, как и в рассмотренных ранее случаях, конформациями всех ее мономерных единиц. Из рис. 23 и 24 видно, что эти конформации не являются независимыми из-за наличия в цепи внутримолекулярных водородных связей. Действительно, образование водородной связи, например. [c.296]

КОНФОРМАЦИОННАЯ СТАТИСТИЧЕСКАЯ СУММА 297 [c.297]

Усреднение по всем конформациям макромолекулы может производиться в два этапа — сначала по всем конформациям мономерных единиц при заданном распределении внутримолекулярных водородных связей, а затем по всевозможным распределениям водородных связей. При этом только второй этап усреднения является кооперативным и требует применения статистики одномерных кооперативных систем ). На первом этапе должны быть также учтены всевозможные состояния молекул растворителя, совместимые с данным распределением внутримолекулярных водородных связей Б макромолекулах. На необходимость усреднения конформационной статистической суммы макромолекулы по состояниям растворителя уже указывалось в 9, где обсуждались макромолекулы, лишенные вторичной структуры. Следует подчеркнуть, что состояние макромолекул, способных к образованию водородных связей, может оказывать весьма существенное влияние на состояние растворителя, молекулы которого часто способны конкурировать за водородные связи с группами цепи. Поэтому физическая интерпретация вводимых ниже параметров теории переходов спираль — клубок, вообще говоря, не м о с т быть проведена без учета изменения состояния растворителя ). С точки зрения статистической физики кооперативных переходов нас будет интересовать только второй этап усреднения, на котором можно считать, что термодинамические функции каждой мономерной единицы уже вычислены с учетом всевозможных конформаций мономерных единиц и всевозможных состояний растворителя, совместимых с данным распределением внутримолекулярных водородных связей. [c.297]

КОНФОРМАЦИОННАЯ СТАТИСТИЧЕСКАЯ СУММА 299 [c.299]

КОНФОРМАЦИОННАЯ СТАТИСТИЧЕСКАЯ СУММА 301 [c.301]

Конформационная статистическая сумма молекулы ДНК [c.353]

Вообще говоря, если форма потенциальной поверхности известна, вычисление свободной энергии не представляет принципиальных трудностей. Рассмотрим, например, 1,2-дихлорэтан. Будем считать, что области гош-конформаций простираются от О до 120° и от 240 до 360°, а область /пранс-формы — от 120 до 240°. Конфигурационная (или конформационная) статистическая сумма для непрерывного спектра конформаций может быть заменена конфигурационным интегралом и тогда, в частности, для транс-формы будем иметь [c.37]

Обратите внимание, какую цену приходится платить за использование конформационной статистической суммы параметры к, а, и 5, входящие в /Г,, являются теперь функцией состояния одиночных цепей. Мы знаем, однако, что свойства одиночных цепей слабо зависят от температуры, концентрации соли или длины цепи. Поэтому вполне оправданным является предположение, что значения этих параметров, определенные из анализа свойств двойных спиралей, почти целиком обусловлены термодинамическими свойствами пар оснований и стэкинга в двойной спирали. [c.317]

В табл. 23.3 приведены данные, касающиеся внутримолекулярного равновесия между одноцепочечной формой олигонуклеотидов и образованными из них шпилечными структурами. Соотношения (23.8) — (23.10), (23.16) и (23.17) были получены для межмолекулярных комплексов, но они справедливы и для внутримолекулярных комплексов. При построении конформационной статистической суммы мы исключили из нее зависимость от концентрации. Поэтому для описания образования шпилек (S Н, где S соответствует одиночной цепи, а Н — структуре со шпилькой) нужно лишь выразить условие равновесия через долю структур со шпилькой А" = (H)/[(S) + (Н)] [c.321]

Конформационная статистическая сумма (с щма конформационных состояний) индивилуальной цепи, на которую не действуют никакие внешние силы, в поворотно-изомерном приближении имеет вид [c.143]

Для упрощения конформационной статистической суммы можно использовать простые качественные соображения. Например, для такой последовательности, как A4G gU4, очень маловероятно образование структуры, в которой присутствовали бы AU-пары, а пара СС находилась в открытом состоянии. Будем считать, что константа относится к замыканию петли из 5 звеньев парой ОС. Константа равновесия для стэкинга AU-пары с СС-парой отлична от константы 5дд для стэкинга двух AU-пар. Поскольку мы считаем, что шпилька замыкается СС-парой, необходимо учитывать лишь конфигурации, содержащие такую СС-пару и прилегающие к ней соседние пары. Исходя из соотношения (23.7) и имея в виду, что gj(N) = 1 для всех у, поскольку мы фиксировали размер петли и направление роста спиральной области, мы можем в хорошем приближении записать конформационную статистическую сумму как [c.321]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология