ДНК рост спиральной области

Другим фактором, который следует принять во внимание, является рост спиральных областей. По мере увеличения длины рассматриваемых фрагментов скорость разрастания не может оставаться значительно больше скорости нуклеации. Поэтому наше предположение, что каждый акт нуклеации вызывает быстрое образование L пар оснований, перестает быть справедливым для длинных фрагментов, и даже если пренебречь эффектами исключенного объема, зависимость Atj от длины фрагментов будет более слабой, чем линейная. [c.354]

При возрастании степени переохлаждения (т. е. при проведении кристаллизации в области низких температур) происходит агрегация мелких ромбовидных монокристаллов в дендритные кристаллы. Кроме того, обычно в большинстве случаев вместо отдельных монослоев единичных кристаллов типа показанных на рис. III.7 образуются кристаллы, состоящие из спирально закрученных тонких слоев. Рост таких кристаллов протекает по механизму так называемых винтовых (спиральных) дислокаций. [c.175]

Столь высокие значения уд. вращения поли-а-олефинов м.б. вызваны двумя причинами наличием в р-рах изотактич. полимеров участков со спиральной конформацией цепи (такие структуры обнаружены в кристаллич. состоянии) либо существованием заторможенных конформаций отдельных звеньев, обладающих высокой оптич. активностью. Известно, что уд. вращение полимеров и температурный коэфф. вращения быстро растут до предельных значений с ростом стереорегулярности эти значения максимальны для полиолефинов с асимметрич. атомами в а-положении к цепи кривые дисперсии оптич. вращения в доступной для измерения области длин волн подчиняются простому ур-нию Друде. [c.245]

Рассмотрим внутренние искажения спиральной структуры. Начальная ситуация для слабых полей представлена на фиг. 6.13, а, а для промежуточных полей — на фиг. 6.13, б. В областях А, А, . .. молекулы энергетически выгодно ориентированы вдоль поля. В областях В, В, . .. молекулы энергетически невыгодно ориентированы в поле. Таким образом, если поле становится достаточно большим, области А расширяются. Области В не могут сжаться слишком сильно, так как это потребовало бы слишком большой энергии кручения. В конечном итоге шаг спирали Р увеличивается с ростом поля. [c.287]

Если вероятность сушествования контактов между спиральными и неупорядоченными областями мала, цепочка будет всегда преимущественно в спиральном или неупорядоченном состоянии, за исключением очень узкого температурного интервала. Иными словами, после появления некоторого числа начальных нарушений спиральной структуры появится тенденция к дальнейшему росту числа звеньев в неупорядоченном состоянии— не вследствие образования новых неупорядоченных областей, а в результате роста уже существующих нарушений, путем включения в них звеньев из смежных с ними спиральных участков. Поэтому рост этих нарушений спиральной структуры будет происходить как кооперативный процесс на границах уже существующих неупорядоченных областей. [c.80]

Между относительными скоростями гидрогенизации и отложением углерода на различных гранях, как видно, не существует какой-либо связи. Более того, отсутствует сколько-нибудь заметная корреляция между относительной реакционной способностью граней при отложении углерода из окиси углерода и из этилена. Скорость отложения углерода может быть тесно связана с геометрическими факторами, которые должны играть определенную роль в образовании зародыщей твердых отложений. Число малых участков слоя углерода, найденных на гранях (111) кристалла, не подвергнутого нагреванию в аргоне, оказывается того же порядка, что и число дислокаций на поверхности. Таким образом, можно предположить наличие связи между дислокациями и процессом отложения углерода. Тот факт, что первое появление углерода на поверхности совпадает по времени с началом ее перестройки, также. может быть истолкован как указание на наличие такой связи. Дислокации на этих реагирующих поверхностях могут образовываться по двум причинам. Некоторые дислокации получаются в процессе приготовления кристалла, а другие дислокации возникают в ходе реакции. В случае каталитических реакций водорода с кислородом на меди было обнаружено, что образование медного порошка связано с участками перегруппировки поверхности [4], а также с областями роста поверхности кристалла. Было предположено [3], что адсорбированный газ или другие посторонние вещества, находящиеся на поверхности, например окись меди, могут вызвать образование нарушений в решетке растущего кристалла, что меняет структуру его поверхности. Такие нарушения, особенно спиральные дислокации, могут инициировать рост порошка меди. При разложении этилена правильному росту кристаллов также могут препятствовать очень малые отложения углерода и адсорбированный газ. Таким путем могут образовываться дислокации относительно большого масштаба, которые в свою очередь будут способствовать образованию зародышей более плотных отложений углерода. [c.44]

Структура, свойства и склонность селена к стеклообразованию описаны Кребсом [3] и Иоффе и Регелем [22]. Известны пять модификаций селена, в том числе и стекло, но ниже температуры плавления (217°) термодинамически устойчива только серая гексагональная металлическая модификация. Она состоит из длинных спиральных цепей атомов Se, а метастабильные кристаллические формы, по-видимому, содержат кольца Ses- Вязкость при температуре немного выше точки плавления довольно высока (30 пз), но она непрерывно убывает с ростом температуры (рис. 111). Таким образом, в отличие от серы для селена не существует области, где расплав состоит только из кольцевых молекул. Эйзенберг и Тобольский [24], используя теорию, объясняющую равновесие при полимеризации серы, предсказали, что перехода в жидкость Seg можно ожидать при 82°, т. е. при температуре гораздо ниже точки плавления. Со- [c.264]

Из диаграммы видно также, что область значений л, при которых происходит переход, значительно шире для малых л, чем для больших, т.е. в случае длинных цепей переход более резкий. Это связано с тем, что зависимость полной константы равновесия (напримф, константы <и" для перехода между полностью неупорядоченным и полностью спиральным состояниями) от л с ростом л становится более сильной (ср. с нашим рассмотрением простой модели двух состояний в разд. 20.4). При больших л в статистической сумме основная часть слагаемых типа отвечает большим к(к < л). Все эти слагаемые также очень сильно зависят от л вблизи л = 1. В результате статистическая сумма в целом сильнее зависит от л при больших л. [c.202]

Для упрощения конформационной статистической суммы можно использовать простые качественные соображения. Например, для такой последовательности, как A4G gU4, очень маловероятно образование структуры, в которой присутствовали бы AU-пары, а пара СС находилась в открытом состоянии. Будем считать, что константа относится к замыканию петли из 5 звеньев парой ОС. Константа равновесия для стэкинга AU-пары с СС-парой отлична от константы 5дд для стэкинга двух AU-пар. Поскольку мы считаем, что шпилька замыкается СС-парой, необходимо учитывать лишь конфигурации, содержащие такую СС-пару и прилегающие к ней соседние пары. Исходя из соотношения (23.7) и имея в виду, что gj(N) = 1 для всех у, поскольку мы фиксировали размер петли и направление роста спиральной области, мы можем в хорошем приближении записать конформационную статистическую сумму как [c.321]

Термодинамика плавления природных ДНК значительно сложнее термодинамики плавления модельных олигонуклеотидов, поэтому кинетика денатурации и ренатурации ДНК также должна быть более сложной. Действительно, некоторые аспекты этого процесса до сих пор не вполне понятны, хотя в течение пятнадцати последних лет в этой области ведутся интенсивные исследования. Представление об основных трудностях, которые встречаются при анализе этого процесса, дает рис. 23.14. В случае коротких олигомеров для описания большинства наблюдаемых результатов достаточно учесть лишь нуклеа-цию и рост спиральной области. При анализе денатурации ДНК следует принять во внимание образование и слияние петель, происходящее из-за крупномасштабной гетерогенности по нуклеотидному составу. Плавление коротких олигомеров полностью обратимо, чего нельзя сказать о модельных полинуклеотидах. Изменение их оптических свойств при плавлении действительно обратимо, для гидродинамических же свойств наблюдается гистерезис,(гл. 22) [c.341]

При промежуточной температуре конфигурационное состояние полипептида будет таким, каким оно изображено на рис. 20.4,6, где наблюдается чередование неупорядоченных клубков и спиралей. Переход от спирали к неупорядоченному клубку может быть более отчетливым, чем для простого химического равновесия. Иными словами, большие изменения в молекулярных свойствах могут быть обусловлены малыми изменениями температуры, давления, pH или других внешних факторов. Изменение происходит в узкой области внешних переменных вследствие их кооперативности. Наименее вероятно образование у полипептида первого витка спирали. Как только первый виток образовался, следующие витки спирали образуются легче. С молекулярной точки зрения это можно понять так чтобы образовать первый виток спирали, карбонильный кислород г-го остатка должен образовать водородную связь с NH-гpyппoй ( +4)-го остатка. Для этого необходимо, чтобы шесть углов ср и шесть углов г ) имели значения, соответствующие а-спирали. Следовательно, образование первого витка невыгодно с точки зрения энтропии, но выгодно энергетически, так как образуется единичная водородная связь. Кроме того, для дальнейшего роста спирального участка требуется фиксация лишь одного угла ф и одного угла 11) на одну образовавшуюся водородную связь. Таким образом, дополнительная спираль стремится образоваться на уже существующих частях спиралп, а не среди неупорядоченного клубка. В результате этого, например, переходы. [c.606]

Поскольку спиралеподобные цепи могут быть намотаны вдоль положительной или отрицательной оси с в виде й- или -спирали, то в кристаллической 4 азе остается еще элемент случайности, который, вероятно, всегда связан с неупорядоченной упаковкой й- и /-сииралей, идущих параллельно оси ориентации в обоих направлениях. Только в том случае, если бы рост кристаллических областей из хаотического расплава происходил под влиянием поля сип, направленного в сторону й- или -спиралей, можно было бы ожидать преобладания одной из двух энантиоморфных спиральных цепей и вместе с этим наличия оптической активности кристаллического образца. Такая активность была бы обусловлена наличием решетки асимметрического типа, как это, нанример, имеет место для й-или /-кварца или для й- и /-НдЗ, и не имела бы ничего общего с асимметрией отдельных атомов, ионов или молекул, входящих в состав решетки. Вопрос о том, могут ли проявлять и в каких условиях проявляют изотактические полимеры молекулярную оптическую активность, был уже рассмотрен в гл. IV. [c.67]

Множество модификаций поверхности предложено для интенсификации испарения при вынужденной конвекции воды и других жидкостей трубы переменного сечения, шнеки, винтовые ребра, выступы, полученные механическим путем, свернутые и спираль проволочные вставки [1]. Большинство конфигураций заметно повышает а, при пузырьковом кипении и а в закризисной области. Промышленностью освоено только несколько технологий модификации поверхности вследствие трудности изготовления и возможных отложений и коррозий. Исключениями являются трубы со спиральными канавками, которые приводят к росту а. при кипении хладона-12 до 200% [25], и трубы с внутренним оребрением, которые подавляют псевдопленочное кипение сверхкритической воды, поэтому работают при более высоких q, чем гладкие трубы [26], [c.425]

Факторы, влияющие на рост кристаллов, но не зависящие от ДГ, описаны в разд. 6.2.1. Образование молекулярных зародышей обуслов ливает появление ниже температуры растворения температурной области, в которой ие происходит кристаллизации (см. рис. 3.99 и рис. 5.49). У многих полимеров вслед за этой областью в небольшом интервале температур (порядка 10° С) происходит рост четко оформленных одиночных кристаллических ламелей или спиральных образований. При более низких температурах растут дендриты (разд. 3.6.1). Фракционирование образцов с широким молекулярновесовым распределением также обусловлено молекулярным зародышеобразованием (см. разд. 5.3 2 и 5.3.4). [c.254]

Фосфатные группы обусловливают большой отрицательный заряд молекул нуклеиновых кислот в области нейтральных значений pH. Электростатическое взаимодействие этих групп друг с другом и с низкомолекулярными ионами в растворе вносит вклад в разность свободных энергий между спиральным и клубкообразным состояниями молекул. Поэтому температура плавления спиральных конформаций оказывается зависящей от количества низкомолекулярных ионов в растворе. С ростом ионной силы электростатическая свободная энергия отталкивания заряженных групп убывает, и температура плавления двойных спиралей возрастает. Опыт показывает, что изменение температуры конформационного перехода примерно пропорционально логарифму концентрации низкомолекулярной соли в растворе. Отметим, что при отсутствии в растворе соли температура плавления ДНК оказывается ниже комнатной, так что ДНК в водном бессолевом растворе при комнатной температуре находится в конформации клубка. В то же время в 0,1—0,15 М растворе NaGl ДНК сохраняет нативную спиральную структуру вплоть до температур 70—90° С. Температура плавления ДНК в растворе заданной ионной силы зависит от состава ДНК, повышаясь с увеличением содержания пар Г—Ц. [c.29]

Так как скорость Ко выбирается в определенном ной скорости — скорости переносного движения, то может быть теоретически оправдана как определяю ростей потЬка протекания к скоростям потока вытесн (см. п. 16) во всей области колеса. Однако epeдкo и, уменьшение доходя в колесах малой быстроходн Это позволяет увеличить ширину колеса на выход во многих случаях существенные технологические шает жесткость стержня формы при отливке). Умен также преимущества при проектировании спиралЬно г его сечениям более близкую к окружностям форму, рекомендуется также производить с учетом велич [c.180]

Очень интересно поведение характеристической вязкости. В области а-спиральной конфигурации [tj] имеет большое значение для исследуемого относительно низкомолеку-лярпого полимера и достигает 0,65. Затем с разрушением а-спирали и образовапием клубка характеристическая вязкость падает столь же резко, как удельное вращение, и принимает значение 0,3, затем по мере дальнейшего роста pH вязкость снова нарастает до 0,4 вследствие чисто полиэлектро-литпого эффекта — взаимного расталкивания зарядов вдоль цепи. Чтобы понизить полиэлектролит-ный эффект поддерживается довольно высокая ионная сила раствора. [c.55]

Считается, что часть нерегулярных участков предназначена для образования сближающих а-спирали -изгибов, последовательности которых, но не их конкретная геометрия, идентифицируются с помощью алгоритма, разработанного при изучении взаимодействий в глобулярных белках а-спиралей с -складчатым листом [263]. Сами спирали и их границы предсказываются, используя алгоритмы, в которых особое значение в инициации, формировании и обрыве спиралей придается гидрофобным остаткам [263, 266, 278, 279]. Поскольку точность использованных алгоритмов предсказания невелика, разбиение последовательности на регулярные и нерегулярные участки является ориентировочным. Однако в дальнейшем анализе оно остается неизменным. Затем рассматриваются спираль-спиральные взаимодействия с помощью так называемого спираль-упаковочного алгоритма [271]. В результате выделяются три вида супервторичных структур, области контактов а-спиралей в которых локализуются методом Р. Ричмонда и Ф. Рихардса [266] с привлечением стереохимических правил. Этот перечень последовательных манипуляций завершается повторным обращением к спираль-унаковочному алгоритму [271], контролем межатомных расстояний [196, 273, 280, 281], использованием эмпирического отношения площади поверхности глобулы к ее объему [282] и оценкой стабилизирующих дипольных взаимодействий спиралей в супервторичных структурах [283]. Было рассчитано всего 10 структурных вариантов супервторичной структуры белкового гормона [278]. Из них финиша достигли пять структур, представляющих собой правоскрученные пучки из четырех а-спиралей. Проверить результаты работы путем непосредственного сопоставления с данными опытной структуры гормона роста человека пока не представ-322 [c.322]

Экспериментально исследована эффективность закрученной газовой завесы при различной толщине кромки, разделяюшей основной и вторичный потоки. Опыты проведены в цилиндрическом канале длиной 0,4 м и внутренним диаметром 46,1 мм. Завеса организовывалась путем вдува воздуха через тангенциальную кольцевую щель высотой 5 =2 мм, расположенную на входе рабочего участка. Толщина кромки- щели t менялась и ее относительная величина имела значения t/s =0,Х5 1,5 4 8. Вторичный поток закручивался внутри щели с помошью спиральных ребер, начальный угол закрутки составлял О, 58, 74, 86°. В опытах один из потоков нагревался, разность температур составляла 60°С. Эксперименты проведены при относительной скорости вдува через щель ".=Р и /Оо о =0,2-8 скорости основного потока и ЗО-ЗОО м/с. В опытах измерены температура и степень турбулентности в приосевой области, определена эффективность завесы. Показано, что с ростом толщины разделяющей кромки перемешивание незакручен-ных потоков в приосевой области интенсифицируется. Закрутка пе- [c.117]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология