Программа синтеза Фурье

Математические операции фурье-синтеза, так же как подготовка, получение и обработка экспериментальных данных в случае сложных структурных задач, связаны с большим объемом вычислительной работы. Поэтому в структурном анализе для указанных целей, а также для автоматизации эксперимента, приходится использовать большие и малые ЭВМ с соответствующими наборами программ. [c.10]

ПРОГРАММА СИНТЕЗА ФУРЬЕ [c.236]

Для большинства программ синтеза Фурье требуется, чтобы данные были представлены в определенном порядке. Это объясняется тем, что расчеты по программе можно провести за меньшее время, если вычисления выполнять не по обш,ей формуле синтеза Фурье, а с помощью одного из упрощенных выражений, в котором преобразована тригонометрическая часть. [c.237]

Международный союз кристаллографов публикует списки кристаллографических программ [42], в которых приводятся цель программы, язык, на котором она составлена, и указывается, на какой машине она была использована (гл. 6). В случае и метода тяжелого атома, и прямых методов общие процедуры очень похожи. Данные приводятся к виду, удобному для введения необходимых поправок к первоначально измеренным интенсивностям. В методе тяжелого атома поправленные интенсивности используют для расчета либо двух проекций, либо трехмерного синтеза Патерсона, необходимых для определения положения тяжелого атома в элементарной ячейке. После этого структурным факторам можно приписать фазы, провести расчет синтеза Фурье и получить тем самым трехмерную карту распределения электронной плотности, на которой должны быть видны, помимо тяжелого атома, и другие легкие атомы. [c.141]

В этом случае возможны два подхода. Например, для машины IBM ИЗО, имеющей память 16К и систему с несколькими дисками, программы, написанные для большой ЭВМ, можно расчленить и пропускать по частям, при этом, по-видимому, основным затруднением будет недостаток машинного времени. Другой подход состоит в использовании программ для ряда предварительных расчетов, таких, как введение поправок в интенсивности, проекции Патерсона, сечения Харкера и Фурье, на машине с памятью 8К, а затем переходе на большую машину, на которой можно уже проводить последние стадии определения структуры — уточнение методом наименьших квадратов и трехмерный разностный синтез Фурье. [c.229]

Обычно их получают в отпечатанном виде, а также в виде перфоленты или перфокарт, формат которых удобен для работы с последующими программами. Можно также хранить полученные данные на магнитной ленте или диске в виде, удобном для дальнейшего их использования. Необходимо на выходе иметь величины и Рд первая используется в синтезе Патерсона, вторая — в синтезе Фурье. Полезным дополнением к этой информации яв- [c.230]

По форме эти данные аналогичны результатам расчета по программе синтеза Патерсона с той лишь разницей, что синтез Фурье дает трехмерную карту электронной плотности в реальном пространстве. [c.238]

Обычно для расчетов синтезов Патерсона и Фурье используется одна и та же программа. Однако для большей ясности мы рассмотрим каждую из программ отдельно. [c.233]

Комплекс Рентген-70 написан в ИХФ АН СССР Б. Л. Тарно-иольским, В. И. Андриановым и 3. Ш. Сафиной для машин типа БЭСМ-4 и М-220. В целом он сходен с комплексом Кристалл . Не перечисляя всех его возможностей, следует отметить, что в нем очень удачно написана программа синтеза Фурье и нахождения экстремумов трехмерного распределения плотности. Она позволяет суш,ест-венно ускорить первые стадии расшифровки структуры. Поэтому можно рекомендовать комбинированное использование программ Рентген-70 (на ранних стадиях) и Кристалл (на поздних стадиях), поскольку последний содержит значительно большее число программ для прецизионных исследований (учет экстинкции, анализ ориентации эллипсоидов тепловых колебаний и др.), а также сервисных программ. [c.147]

Метод изоморфного замещения тяжелыми атомами позволил, таким образом, получить для миоглобина разрешение 2 АТеперь, когда многие детали структуры выявлены, оказывается возможным ее последовательное уточнение с помощью прямого синтеза Фурье для кристаллического миоглобина, уже не содержащего тяжелых атомов. Такой синтез был проведен при разрешении 1,4 А и была определена электронная плотность для 500 ООО точек элементарной ячейки. При таких высоких разрешениях возникают новые трудности, одна из которых связана с разрушением кристалла в результате длительного облучения рентгеновскими лучами, необходимого для выявления слабых рефлексов в дальней области дифракционного поля. В этой работе вместо фотографических методов регистрации применялись чувствительные ионизационные методы и полученные данные непосредственно вводились в быстродействующие вычислительные машины, для которых составлялись специальные программы. Вся работа длилась в течение многих лет, причем большая часть времени ушла на усовершенствование техники. Теперь, когда эти трудности преодолены, исследование других глобулярных белков должно пойти быстрее. Однако следует отметить, что миоглобин является относительно легким объектом для анализа, так как он отличается от других глобулярных белков аномально большим содержанием спиральных структур (см. разд. 4 гл. XVI). Это упрощает расчеты методом последовательных уточнений, так как положение значительного числа групп, принадлежащих главной цепи молекулы, известно. [c.266]

Функция Патерсона рассчитывается с помощью программы быстрого синтеза Фурье, включающей алгоритм Кули-Тукея [67 ]. Затем выбираются подходящие пики для применения метода наложений, который является эффективным в случае, если выбранные на первых стадиях пики не оказались ложными. [c.166]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология