Активность З экзонуклеазная

III удлиняет эти затравки до тех пор, пока не упрется в предыдущую затравку, т. е. синтезирует фрагменты Оказаки. Затем действует ДНК-полимераза I, которая продолжает удлинять фрагменты Оказаки, одновременно гидролизуя РНК-затравку предыдущего Фрагмента, используя свою 5 -экзонуклеазную активность. После действия ДНК-полимеразы I между двумя соседними фрагментами остается только одноцепочечный разрыв, который зашивает ДНК-лигаза. Таким образом, в репликативной вилке одновременно работают около 20 разных полипептидов, осуществляя сложный, высо-Коупорядоченный и энергоемкий процесс. Не говоря уже о том, что Каждый нуклеотид переходит в ДНК из богатого энергией предшественника, множество. молекул АТР тратится на действие хеликаз, на синтез РНК-затравок, которые затем удаляются, на активацию ДНК-полимеразы III при переходе на каждый новый фрагмент Оказаки запаздывающей цепи и на работу топоизомераз по Раскручиванию взаимозакрученных цепей ДНК (см. ниже). Такова цена высокой точности и скорости репликации. [c.57]

ДНК-полимераза I состоит из одного полипептида длиной 911 аминокислотных остатков (а. а.) (Air=102 000 D). Этот фермент отличается от прочих ДНК-полимераз Е. соИ наличием З -экзонуклеазной активности. Фактически ДНК-полимераза I — это два фермента на одной полипептидной цепи ограниченный протеолиз расщепляет эту ДНК-полимеразу на большой и малый фрагменты с разными активностями. Большой субфрагмент ДНК-полимеразы I (называемый также ДНК-полимеразой Кленова или фрагментом Кленова) обладает полимеризующей и З -экзонуклеазной (корректирующей) активностями. Малый субфрагмент несет З -экзонуклеазную активность, 5 -экзонуклеаза ДНК-полимеразы I действует на 5 -конец полинуклеотидной цепи только в составе дуплекса и отщепляет от него как моно-, так и олигонуклеотиды. Направление действия 5 -экзонуклеазы совпадает с направлением полимеризации новой цепи ДНК, т. е. в ходе полимеризации экзонуклеаза расчищает дорогу для полимеразы (рис. 29). Подобные свойства ДНК-полимеразы I соответствуют ее функциям в клетке эта полимераза удаляет различного рода дефекты из ДНК в ходе репарации и служит вспомогательной поли- [c.48]

Рис. 20.20. Концевое мечение двухценочечных ДНК с помощью ДНК-полимеразы Т4. З -экзонуклеазная активность ДНК-полимеразы катализирует отщепление 3 -концевых нуклеотидов фрагментов ДНК с тупыми концами (А), с выступающими З -концами (F) или с выступающими 5 -концами (В). Отщепление происходит до тех пор, пока на противоположной цепи не экспонируется основание, комплементарное меченому дезокси-рибонуклеотиду, введенному в реакционную смесь (dGTP ) затем включается полимеразная активность ДНК-полимеразы Е4, и к 3 -концу присоединяется свободный меченый дезоксирибонуклеотид. Метка включается в оба конца фрагментов ДНК (на рисунке это не показано). Для мечения можно использовать любой дезоксирибонуклеотид.

ДНК-полимераза I — полипептид с. VI около 120 ООО, обладающий полимеразной и З -экзонуклеазной активностями. Его содержание в бактериальной клетке в несколько раз ннже чем ДНК- [c.48]

ДН К-полимераза o имеет молекулярную массу около 150 кД и состоит из двух неидентичных субъединиц. Этот фермент обладает сопряженной З -экзонуклеазной активностью. Его роль в синтезе ДНК не ясна. [c.51]

II дрожжей есть ассоциированная З -экзонуклеазная активность. [c.51]

ДНК-полимеразы проверяют комплементарность каждого нуклеотида матрице дважды один раз перед включением его в состав растущей цепи и второй раз перед тем, как включить следующий нуклеотид. Очередная фосфодиэфирная связь образуется лишь в том случае, если последний (З -концевой) нуклеотид затравки комплементарен матрице. Если же на предыдущей стадии полимеризации произошла ошибка (например, из-за того, что нуклеотид в момент полимеризации находился в необычной таутомерной форме), то репликация останавливается до тех пор, пока неправильный нуклеотид не будет удален. Некоторые ДНК-полимеразы обладают не только полимеризующей, но и 3 -экзонуклеазной активностью, "Которая отщепляет не спаренный с матрицей нуклеотид затравки. После чего полимеризация восстанавливается, от механизм, коррекция, заметно увеличивает точность работы ДНК-полимераз. Мутации, нарушающие З -экзонуклеазную активность ДНК-полимеразы, существенно повышают частоту возникновения прочих мутаций. Напротив, мутации, приводящие к усилению экзонуклеазной актив- ности относительно полимеризующей, снижают темп мутирования Генетического материала. [c.47]

Репликация лучше всего изучена у Е. соИ. У этого организма есть три ДНК-полимеразы (I, П и HI). Все три фермента и их аналоги из других бактерий обладают корректирующей экзонуклеазной активностью. [c.48]

Как уже было сказано, ряд фагов (фХ174, 04, М13 и др.) имеют однонитевой кольцевой геном. Вскоре после попадания такого генома в клетку он превращается в кольцевой ковалентно-непрерывный дуплекс (или, как говорят, в репликативную форму). Эго превращение включает ряд стадий 1) образование затравки 2) элонгацию комплементарной цепи, осуществляе.мую клеточной ДНК-полнмеразой П1 3) удаление РНК-затравки, которое производится, по-видимому, за счет 5 -экзонуклеазной активности клеточной ДНК-полимеразы I 4) достраивание комплементарной цепи 5) лигирование концов комплементарной цепи ДНК-лигазой и 6) внесение сверхспиральных витков в ковалентно-непрерывный дуплекс прн помощи гиразы. Обратим внимание, что все Арменты, обеспечивающие перевод родительского генома в репликативную форму, имеют клеточное происхождение. [c.272]

РИС. 15-30, Схематический рисунок, показывающий три типа ферментативной активности ДНК-полимеразы I. Верхний рисунок иллюстрирует 3 -5 -экзонуклеазиую или корректирующую активность фермента. Хотя на рисунке показано, что фермеит передвигается иа одно положение вперед до того, как произойдет следующий этап, иа самом деле момент, когда происходит передвижение, ие установлен. Нижний рисунок иллюстрирует реакцию полимеризации и 5 -3 -экзонуклеазное действие. [c.275]

Чтобы обеспечить образование непрерывной цепи ДНК из многих таких фрагментов, в действие вступает особая система репарации ДНК, удаляющая РНК-затравку и заменяющая ее на ДНК. У бактерий РНК-затравка удаляется нуклеотид за нуклеотидом благодаря 5 -> З -экзонуклеазной активности ДНК-полимеразы. При этом каждый отщепленный рибонуклеотидный мономер замещается соответствующим дезоксирибонуклеотидом (в качестве затравки используется З -конец синтезированного на старой цепи фрагмента). Завершает весь процесс фермент ДНК-лигаза, катализирующий образование фосфодиэфирной связи между группой З -ОН нового фрагмента ДНК и 5 -фосфатной группой предыдущего фрагмента. Образование этой связи требует затраты энергии, к-рая поставляется в ходе сопряженного гидролиза пирофосфатной связи кофермента-никотинамидадениндинуклеотида (в бактериальных клетках) или АТФ (в животных клетках и у бактериофагов). [c.253]

У низших эукариот дрожжей обнаружены две ДНК-полимеразы I и П. По своей роли в репликации ДНК они аналогичны ДНК полимеразам П1 и I . oli соответственно (см. ниже). У полимеразы П дрожжей есть ассоциированная З -экзонуклеазная активность. [c.51]

Поврежденный участок ДНК вырезается и застраивается заново с использованием комплементарной цепи в качестве матрицы. > Е. сэИ ДНК-полимеразой, участвующей в репарации, служит ДНК-полимераза I. В ряде случаев этот же фермент может выполнять функции экзо-иуклеазы за счет своей о -> З -экзонуклеазной активности) [c.77]

Для концевого мечения ДНК-фрагментов -независимо от характера образующихся после эндонуклеазной обработки концов (5 -, 3 -выступающих или тупых) - можно использовать реакцию замещения, катализируемого ДНК-по-лимеразой Т4. В этом случае к препарату кос-мидной ДНК, обработанной рестриктазой, добавляют ДНК-полимеразу и один меченый дезоксинуклеотид (рис. 20.20). Под действием З -экзонуклеазной активности ДНК-полимера-зы происходит последовательное отщепление 3 -концевых нуклеотидов. Процесс продолжается до тех пор, пока в противопложной цепи не экспонируется нуклеотид, комплементарный меченому дезоксинуклеотиду, добавленному в реакционную смесь. Далее включается полимеразная активность ДНК-полимеразы, и к 3 -концу присоединяется свободный меченый нуклеотид. Поскольку другие нуклеотиды в реакционной смеси отсутствуют, дальнейшего роста цепи не происходит. [c.463]

ДНК-полимераза бактериофага Т4 получается из клеток Е. oli, инфицированных бактериофагом Т4. Фермент обладает ДНК-по-лимеразной и значительно более высокой по сравнению с ДНК-полимеразой I 3 -> 5 -экзонуклеазной активностью, но, в отличие от последней, не проявляет 5 -> З -экзонуклеаэную активность. [c.351]

Фрагмент Кленова (Klenov fragment) Более крупный из двух фрагментов ДНК-полимеразы I Е.соИ, образующийся при ее протеолитическом расщеплении. Сохраняет полимеразную активность в направлении 5 —>3 и экзонуклеазную — в направлении 3 ->5. Используется, в частности, при секвенировании ДНК, [c.563]

Один из механизмов связан с наличием у ДНК-полимераз (это, во всяком случае, надежно установлено для ДНК-полимераз из Е. oli) дополнительной экзонуклеазной активности, способной катализировать гидролитическое отщепле- [c.180]

При мягком протеолитическом расщеплении субтилизином ДНК-полимераза 1 дает два полипептида, один из которых обладает только 5 З -зкзонуклеазной активностью, тогда как другой сохраняет полимеразную и 3 5 -экзонуклеазную активности. Последний фрагмент носит названне большого фрагмента ДНК-по-лимеразы 1 или фрагмент Кленова. [c.350]

ДНК-полимераза Т4 может быть использована в основном так же, как ДНК-полимераза I, Сильная 3 -> 5 -экзонуклеазная активность позволяет применять фермент для введения метки в ДНК без выступающих концов и с З -аыступающими концами. [c.351]

Смотреть страницы где упоминается термин Активность З экзонуклеазная: [c.48] [c.49] [c.65] [c.77] [c.431] [c.277] [c.292] [c.48] [c.48] [c.49] [c.77] [c.67] [c.465] [c.465] [c.465] [c.181] [c.182] [c.195] [c.195] [c.281] [c.351]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология