Одиоцепочечная ДНК

Лигаза аденилирует 5 -коиец одиоцепочечного разрыва ДНК и тем самым активирует его. В результате нуклеофильной атаки З -коицевой ОН-группы иа ближайший фосфат образуется фосфодн-эфирная связь и освобождается АМР.) [c.55]

Транспозаза вносит одиоцепочечные разрывы точно по концу транспозона и косой двуцепочечный разрыв в ДНК-мишень. Затем транспозаза объединяет концы разрыва мишени с концами транспозона. Возникает промежуточное соединение, напоминающее две направленные навстречу друг другу репликативные вилки. Репликация приводит к удвоению транспо-лоиа и, если транспозон и ДНК мишень находились на разных репликонах, к образованию коинтеграта (слева)] [c.116]

С практической точки зрения важна реакция иодирования нуклеиновых кислот в водных растворах. При действии 1 или 1 -ионов в присутствии треххлористого таллия СТ1С1 ) на одиоцепочечные ДНК преимущественно иодируется цитозин, образуя 5-иодопроиз-водные. При реакции с РНК наряду с 5-иодцитозином образуется 5 иодо-6-гидрокси-5,6-дигидроурацил. При использовании радиоактивного 4 удается получить меченые полинуклеотиды с высокой удельной активностью, которые применяются в опытах по гибридизации. [c.387]

С наибольшей скоростью модифицируются редкие компоиенты нуклеиновых кислот — инозин и псевдоуридин. Реакиия с карбодиимидом практически не идет с двухцепочечными полинуклеотидами. В нуклеиновых кислотах, содержащих как двухцепочечные, так и одиоцепочечные участки, модифицируются только последние, что используется при исследованиях вторичной структуры тРНК. [c.389]

Наиболее хорошо изучена репликация бактериофагов, содержащих в своем вирионе небольшие (около 5000 нуклеотидных звеньев) циклические одиоцепочечные ДНК. К ним относятся, например, фаг 1) Х-174 и широко используемые в генной инженерии фаги MI3 и fd. Их репликация состоит из трех разных по механизму этапов. [c.410]

Были сделаны попытки обнаружить одноцепочечные ДНК в препаратах из животных источников, причем в качестве теста использовали осаждение ионами свинца. Если двухспиральная нативная ДНК не образует нерастворимого комплекса со свинцом, то денатурированная (нагреванием, кислотой или щелочью) ДНК легко осаждается ионами свинца в виде гранул 1299]. Из нативных ДНК гели дезоксирибонуклеатов свинца были получены центрифугированием ДНК, регенерированная из такого геля, обнаруживает свойства, характерные для одиоцепочечного полимера[3001. [c.601]

Различные физические свойства РНК указывают на существование в нейтральном солевом растворе при низких температурах частично спирализованной структуры. Так как препараты являются одиоцепочечными и не содержат эквимолярных количеств комплементарных оснований, то был сделан вывод, что каждая полинук-леотидиая цепь состоит из ряда несовершенных двухспиральных участков (соединенных одним концом), по своему характеру сходных с двойной спиралью ДНК, причем эти участки соединяются гибкими фрагментами, лишенными какой бы то ни было определенной конформации [238]. Среди многих возможных пар оснований наиболее стабильными оказались пары, в которых аденин связан водородными связями с урацилом, а гуанин — с цитозином, и эти пары, по-видимому, единственные, которые могут обеспечить образование правильной спиральной структуры. Внутри таких структур все другие пары оснований либо разделены слишком большими расстояниями, либо структурно не соответствуют друг другу. В соответствии с этой точкой зрения была обнаружена линейная зависимость между температурой плавления данных РНК и содержанием в них гуанин-цитозиновых пар [3561. [c.626]

Хотя РНК иногда и обнаруживается в виде двухспиральных ДНК-но-добных структур, эта конформация встречается редко и только у вирусных РНК [45]. В большинстве своем РНК имеют одиоцепочечную моле- [c.265]

Рис. 4. Кинетика синтеза двух- н одноцепочечных фрагментов ДНК длиной 242 п. н, локуса НЬА-ОРа прн различных соотиошениях затравок. А. Отношение затравок 50 пмоль/0,5 пмоль, 43 цикла амплификации. Б. 4 различных соотношения затравок (пмоль) 50 50 50 5 50 0,5 50 0,05. Количество одиоцепочечной ДНК приводится иа момент завершения 30 циклов амплификации. Кривые построены иа основе анализа денситограмм радиоавтографов.

Разведите препарат одиоцепочечной ДНК фага М13 до концентрации 1 нг/мкл в ТЕ. Тщательно перемешайте. [c.194]

На примере одиоцепочечных полинуклеотидов хорошо прослеживается связь между гидродинамическими свойствами и конформацией цепи. Статистический анализ конфигураций полинуклеотидной цепи — задача гораздо более трудная, чем в случае полипептидов. Каждое повторяющееся (мономерное) звено содержит шесть связей основной цепи, так что расчет конформационных энергий, которые являются функциями углов внутреннего вращения, весьма непрост (см. гл. 6). Тем не менее вычисление < р проводят по той же схеме, что и в рассмотренном ранее случае полипептидов (гл. 18), с некоторыми отличиями, обусловленными большей сложностью полинуклеотидов. Здесь мы не будем приводить этих расчетов, а рассмотрим лишь основные результаты таких расчетов и сопоставим их с экспериментальными данными. [c.168]

Для ряда одиоцепочечных полинуклеотидов сведения о размерах молекул были получены на базе измерения светорассеяния, характеристической вязкости и коэффициента седи- [c.168]

В действительности приближение, состоящее в том, что пренебрегается влиянием на оптические свойства более далеких взаимодействий, чем взаимодействие ближайших соседей, не является слишком хорошим. В гл. 8 были высказаны соображения, что в жесткой упорядоченной структуре необходимо учитывать экситонные состояния, которые представляют собой линейные комбинации состояний всех мономеров. Однако гомополимеры при нейтральных pH и комнатной температуре не являются ни жесткими, ни полностью упорядоченными структурами. Эти нарушения регулярности приводят к уменьшению влияния дальних взаимодействий на оптические свойства. Другими словами, димеры оказываются хорошими моделями для одиоцепочечных нуклеиновых кислот, поскольку они во многом сходны с небольшими стопкообразными кластерами, возникающими в полимерах в результате флуктуационных нарушений регулярной структуры. [c.253]

Как следует из предыдущего рассмотрения, у одиоцепочечных олиго- и полинуклеотидов значительная доля оснований участвует в стэкинге, но в то же время эти структуры не являются жесткими или полностью упорядоченными. Поэтому помимо конформации стопкообразной структуры мы должны знать, какую часть времени каждое основание проводит в спиральном состоянии. Скорости встраивания и выхода оснований из упорядоченной конформации столь велики, что их невозможно измерить обычными методами исследования быстрых процессов. Поэтому, учитывая быстрое установление равновесия между упорядоченной и неупорядоченной формами, нам нужно определить лишь долю оснований в спопкообразной конформации и зависимость этогсг параметра от внешних условий. [c.258]

Имеющиеся в настоящее время данные позволяют предсказывать стабильность определенных вторичных структур РНК. Стабильность зависит от типов ближайших соседних пар оснований в двойной спирали, а также от размера и структуры одиоцепочечных петель между спиральными областями. Термодинамические параметры, необходимые для таких оценок, можно определить, исследуя стабильность комплексов между короткими олигонуклеотидами, а также стабильность шпилек, образуемых синтетическими молекулами РНК. Экспериментальные данные для коротких спиралей очень хорошо описываются в рамках модели двух состояний. Использование этой модели сушественно упрощает статистико-термодинамический анализ рассматриваемых систем. Результаты исследований множества модельных соединений позволяют сделать ряд общих выводов. Соседние СС-пары стабилизируют спиральные структуры в значительно большей степени, чем последовательности, содержащие AU-пары. Наименьшую дестабилизацию в структуру шпилек вносят петли, содержащие 6 или 7 оснований. Существование двух изолированных петель, разделенных лишь несколькими парами оснований, маловероятно. Последний вывод помогает понять кооперативность плавления ДНК. [c.380]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология