Кодоны частоты встречаемости

Сравнение частот включения этих двух аминокислот относительно фенилаланина с ожидаемыми частотами встречаемости триплетов У А, УАг и Аз относительно фенилаланинового кодона Уд в случайной последовательности УА показывает, что кодоны тирозина и изолейцина, вероятнее всего, отвечают эмпирической формуле УаА. В-третьих, аналогичный анализ результатов по включению аминокислот под влиянием поли-] Ц и поли-УГ позволил Ниренбергу заключить, что кодонами серина и пролина соответственно являются УаЦ и УЦ, (хотя в опытах с поли-Ц было показано, что пролин кодируется также Цд)" кодонами валина и цистеина — У2Г и что триптофан и глицин кодируются кодонами УГз. Особый интерес представляют данные] по включению лейцина, так как включение лейцина стимулируется как поли-УЦ, так и поли-УГ. Это означает, что лейцин кодируется по крайней мере двумя различными кодонами — УаЦ и У Г. [c.437]

Генетический код изображен на рис. 4.5. Отчетливо видно, что код-вырожденный 20 аминокислот представлены 61 кодоном. Почти каждой аминокислоте соответствует несколько кодонов-синонимов. Число кодонов для одной аминокислоты достаточно хорошо отражает частоту встречаемости данной аминокислоты в белках. Как видно на рис. 4.6, такая корреляция наблюдается для всех аминокислот, за исключением аргинина. [c.60]

Рис. 4.6. Число кодонов для каждой аминокислоты коррелирует с частотой встречаемости данной аминокислоты в белках. Исключение составляет аргинин, поскольку в эукариотической ДНК дуплет G встречается редко. Поэтому четыре кодона, соответствующие аргинину, которые начинаются с этого дуплета, встречаются реже, чем следовало бы ожидать, исходя только из состава их оснований.

Таблица 12.4. Частоты встречаемости различных кодонов в случайном сополимере состава А С = 5 1

Представим кодирующую область ДНК в виде последовательности кодонов, т.е. в виде последовательности в алфавите из 64 символов. Величина энтропии на один символ здесь будет определяться по формуле (2.19), в которой М=64, а величины Р, будут равны частотам встречаемости кодонов i=l, 2......64. Аналогично (при М=20) подсчитывается и энтропия аминокислотных последовательностей. Как уже говорилось, энтропия есть величина математического ожидания информации об исходе эксперимента (см.2.19), поэтому энтропия на символ (удельная энтропия) характеризует среднее посимвольное информационное содержа- [c.78]

Одно из, очевидных ограничений заключается в том, что нуклеотидный текст кодирующей области должен допускать представление в виде последовательности триплетов (кодонов), не содержащих терминирующих троек ТАА, TAG, TGA. В этой последовательности частоты встречаемости синонимических кодонов должны соответствовать аминокислотному составу белковой молекулы. [c.82]

Можно показать, что это наблюдение непосредственно указывает на то, что в кодирующих областях частоты нуклеотидов в разных позициях кодона неодинаковы. Пусть вероятности появления, например тимина, в разных позициях кодона равны Р,,Р2,Рз. Тогда ожидаемая частота встречаемости дву с тиминов, разнесенных на (2+Зп) оснований, будет равна Р, +Р "+Рз". В случаях, когда расстояние между тиминами Зп и 1+Зп, ожидаемые частоты встречаемости - Р,Р2+Р Рз+РзР, и Р Рз+Р Р +Р Р соответственно, причем эти две величины равны друг другу. Отражение этого факта нетрудно заметить на рис.3.4, где периодические выбросы разделены парами близких точек. [c.89]

Использование статистики синонимических кодонов. Олигонуклеотид-ные статистики кодирующих областей, т.е. частоты встречаемости 1-грамм, специфичны для таксономических групп и даже для отдельных [c.92]

Представим себе, что нам известны частоты встречаемости кодонов, характерные для кодирующих областей этого организма - f(ab ), [c.93]

Только что изложенный подход обобщается на те случаи, когда в качестве позиционных частот f ia) - частот нуклеотидов в третьем положении кодона - используются так называемые контекстные (условные) частоты. Поясним это понятие. Контекстной частотой третьего нуклеотида при задании одного нуклеотида с 3 стороны f( b) является частота встречаемости нуклеотида с при условии, что вторым нуклеотидом кодона является Ь. Контекстная частота f( ab) определяется при условии, что [c.96]

ЛИЧНЫХ бакуловирусов, показал в районе инициаторного кодона AUG следующую частоту встречаемости нуклеотидов [c.417]

Триплет Расчетная частота триплета Относительная частота Аминокислота Относительная встречаемость в полипептидах Возможный состав кодона [c.134]

В работе Бородовского и др.(1986Ь) было показано, что распределение частот встречаемости кодонов может быть удовлетворительно предс- [c.49]

Посмотрим, как это ограничение влияет на распределение нуклеотидов в кодирующей области. Данные о среднем аминокислотном составе белков из 314 семейств ( Dayhoff,19 2) свидетельствуют о том, что частоты встречаемости аминокислот достаточно сильно варьируют, например аланина в среднем содержится в 6,6 раза больше, чем триптофана. Можно сформировать модельную кодирующую нуклеотидную последовательность таким образом, чтобы выполнялись ограничения на средний аминокислотный состав. При этом синонимические кодоны будем использовать с равной вероятностью (внутри своей группы). В табл.3.1 указано, какое количество (из 1000 остатков) приходится на долю каждой из 20 аминокислот во всех трех возможных рамках считывания. Заметим, что значения для первой рамки соответствуют цифрам Дайхоф. В табл.3.2 также для трех возможных рамок представлены частоты кодонов. Наконец, в табл.3.3 приводятся частоты встречаемости нуклеотидов в трех позициях кодонов, вычисленные для модельной последовательности. [c.83]

Этот выбор в какой-то степени уменьшает чувствительность метода по сравнению с методом Стадена - Маклачлан, так как учитывается только одна из двух составляющих абсолютной частоты встречаемости кодонов, а вторая составляющая - частота встречаемости аминокислот - оказывается отброшенной. С другой стороны, возникают два преимущества. Во-первых, увеличиваются возможности распознавания генов, кодирующих белки с произвольным аминокислотным составом. Во-вторых, получаемый результат несет одновременно некоторую информацию об использовании наиболее или наименее распространенных в данном геноме синонимических кодонов, что позволяет предполагать определенный уровень экспрессии гена (см.гл.2). [c.95]

НИИ И главу 4). Другими словами, многие V-гены зародышевой линии являются открытыми рамками считывания . Обнаруживается статистически значимое снижение наблюдаемой частоты стоп-кодонов внутри кодируюших участков V-генов по сравнению с ожидаемой на основании процесса случайных мутаций [11]. Это относится и к так называемым V-псевдогенам — нефункциональным V-генам, которые не могут экспрессироваться как мРНК и белок вследствие мутационных повреждений, нарушивших рамку считывания кодируюшего участка или изменивших регуляторную последовательность. Считается, что такие поврежденные гены накапливают мутации, так как они не могут подвергаться действию отбора. Итак, низкая встречаемость точковых мутаций (или мутаций сдвига рамки из-за вставок или потерь оснований), приводяш их к появлению стоп-кодона и в функциональных генах, и в псевдогенах предполагает сушествование механизма, который направлен на поддержание открытой рамки считывания V-генов зародышевой линии. Однако открытая рамка считывания может подвергаться отбору только на уровне связывания антигеном, связывания интактного гетеродимера, расположенного на поверхности клетки, и антигена. [c.156]

Через два года группа американских ученых осуществила синтез второго искусственного гена пептидного гормона — соматостатина (рис. 1.41). Кодоны, соответствующие каждой аминокислоте, были выбраны исходя из первичной структуры пептида не произвольным образом, а с учетом частоты их встречаемости в геноме фага М82. Синтезированный дуплекс содержал на 5 -конце кодирующей цепи триплет метионина (для направленного расщепления полипептида в этой точке после трансляции) и имел последовательности, соответствующие липким концам, образуемым рестриктазами ЕсоШ и ВатШ. Ген соматостатина был введен в специально сконструированную плазмиду в участок гена б-галактозидазы. Таким об- [c.62]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология