Рамка считывания открытая

ОТКРЫТАЯ РАМКА СЧИТЫВАНИЯ. Состоит из ряда триплетов, кодирующих аминокислоты не содержит каких-либо терминирующих кодонов эта последовательность потенциально может транслироваться в белок. [c.524]

Механизм устойчивости ВКО к интерферону оставался неустановленным, пока не была обнаружена открытая рамка считывания K3L, кодирующая белок мол. массой 10,5 кДа. Этот белок содержит аминокислотную последовательность, гомологичную N-концевой части эукариотического фактора инициации elF-2a мол. массой 36,1 кДа. N-концевые области обоих белков содержат 87 практически идентичных аминокислотных остатков, причем в положении 51 в обоих случаях находится серин, который в elF-2a фосфорилируется активируемой интерфероном Р1-киназой, что приводит к ингибированию синтеза белка в обработанных интерфероном клетках. КЗЬ-белок действует как конкурентный ингибитор фосфорилирования elF-2a, обеспечивая устойчивость ВКО к интерферону, и если из генома ВКО удалить ген K3L или его часть, то вирус станет чувствительным к интерферону. С помощью ПЦР-мутагенеза гена K3L, находящегося в составе плазмиды, и последующей гомологичной рекомбинации между ДНК ВКО и плазмидой с целью замены КЗЕ-последо-вательности дикого типа модифицированным вариантом был сконструирован мутантный ВКО K3L . Этот штамм оказался в 10-15 раз более чувствительным к интерферону, чем штамм дикого типа (рис. 11.11). Эта работа является важным этапом на пути создания более безопасных ВКО-векторов. Последовательности, сходные с K3L, могут содержать и другие устойчивые к интерферону вирусы, что позволит с помощью де- [c.241]

Две другие рамки считывания, которые находятся в иной фазе по отношению к открытой рамке считывания, обычно не могут быть использованы для синтеза белка, поскольку в их последовательности слишком часто встречаются кодоны-терминаторы. Такие рамки считывания называют блокированными. Типичный пример перекрывания открытой рамки считывания с двумя блокированными рамками считывания показан на рис. 4.8. Поскольку давление отбора происходило в пользу открытой рамки считывания, как о том свидетельствует последовательность аминокислот, в двух других фазах считывания шло беспрепятственное накопление кодонов-терминаторов. Возможно даже, что их накопление оказалось благоприятным, для того чтобы избежать образования нежелательных белков. В случайной последовательности ДНК кодоны-терминаторы составляют 3/64, что соответствует 1 кодону-терминатору на 20 триплетов (в зависимости от точного состава оснований). (Поэтому у мутантов со сдвигом рамки синтез полипептидной цепи обычно рано прекращается из-за нонсенс-кодона, оказавшегося во внефазовой рамке считывания.) [c.63]

Рис. 4.8. Одной открытой рамке считывания обычно соответствуют две рамки считывания, которые находятся в других фазах и блокированы благодаря высокому содержанию кодонов-терминаторов.

Открытая рамка считывания [c.63]

Существование открытой рамки считывания обычно рассматривается как свидетельство ее возможной трансляции. Только благодаря давлению отбора против накоп- [c.63]

Рис. 4.9. В одной последовательности ДНК одновременно могут существовать две открытые рамки считывания (третья рамка считывания блокирована).

Предположения о природе этой функции основываются на данных по секвенированию (определению последовательности) гена. Характерные особенности организации гена представлены на рис. 20.23. В первом экзоне (В1) присутствует 139 N-концевых кодонов (417 п.н.) цитохрома Ь. Интрон П (765 п.п.), заблокированный во всех рамках считывания, отделяет первый экзон от второго, очень короткого экзона В2 (5 кодонов). За этим экзоном расположен длинный второй интрон (12). Важная особенность этого интрона состоит в том, что его первые 840 п. н. попадают в открытую рамку считывания, в точности совпадающую с рамкой считывания предыдущего экзона. [c.259]

Затененные участки ДНК и РНК соответствуют открытым рамкам считывания незаштрихованные области заблокированы во всех рамках считывания. [c.261]

Во всех таких локусах имеется участок размером 180 п.п., расположенный около З -конца транскрипционной единицы. При попарном сравнении соответствующих последовательностей каждого локуса степень гомологии их нуклеотидных последовательностей составляет 80%. Такой гомео-бокс представляет собой часть открытой рамки считывания, в которой изменения оснований во многих случаях происходят в третьем положении кодонов. [c.264]

В других случаях плечи напоминают IS-элементы. Каждое включает одну непрерывную открытую рамку считывания, фланкированную короткими инвертированными концевыми повторами. Однако, поскольку такие элементы в виде отдельных компонентов в составе бактериальной ДНК не найдены, они получили название IS-no-добных элементов. IS-подобные элементы так же, как и IS-элементы, обычно получают номер того транспозона, в котором они обнаружены. Их свойства сравниваются со свойствами IS-элементов в нижней части табл. 36.1. [c.461]

Рис. 37.11. Ас-элементы содержат три открытые рамки считывания В8-элементы имеют внутренние делеции.

Автономный Лс-элемент содержит 4563 пары оснований и включает три основные открытые рамки считывания. Рамки 1 и 2 считываются в одном и том же направлении и, судя по составу триплетов, кодируют белки. Функция рамки 3, которая считывается в противоположном направлении, неясна. [c.483]

Ранние и поздние первичные транскрипты считываются с разных цепей ДНК (в противоположных направлениях). Зрелые цитоплазматические мРНК образуются из первичных транскриптов в результате сплайсинга] внутренний круг — вирусный ДНК-геном, волнистая линия — поли(А). Заштрихованы открытые рамки считывания, зигзагообразные линии сегменты первичных транскриптов, удаляемых при спайсинге [c.300]

Из трех возможных разбиений нуклеотидной последовательности на кодоны выбрать правильное часто удается по наличию при этом разбиении открытой рамки считывания — последовательности кодонов, среди которых на большом протяжении не встречается кодонов-терминаторов. Для случайной последовательности вероятность появления в определенном месте кодона-терминатора достаточно велика — 3/64, или около 0,05. Для определения положения первого кодона, участвующего в программировании полипептидной цепи, мойсно определить в исследуемом белке методом Эдмана несколько аминокислотных остатков с N-конца и затем найти на полинуклеотиде адекватную последовательность кодонов. В случае наличия или подозрений о наличии интронов лучше всего иметь дело не с геном, а с ДНК, комплементарной зрелой информационной РНК, в которой в результате сплайсинга участки, соответствующие интронам и поэтому не принимающие участия в кодировании,полипептидной цепи, отсутствуют. Такую комплементарную ДНК можно получить с помощью так называемой обратной транскрипции — матричного синтеза ДНК по информации, содержащейся в мРНК с помощью ферментов обратной транскрипций, содержащихся в некоторых вызывающих опухоли вирусах, например в вирусе птичьего миелобластоза. [c.174]

Рамка считывания, содержащая последовательную серию кодонов, соответствующих аминокислотной последовательности, называется открытой. До сих пор мы говорили о кодовых значениях, имея в виду открытую рамку считывания, начинающуюся с какой-то фиксированной точки. Но в чем состоит стартовый сигнал Точно так же, как нонсенс-кодоны используются для терминации белкового синтеза, другой набор кодонов служит для его запуска. Общим сигналом инициации является соответствующий метионину кодон AUG в комбинации с предшествующей ему последовательностью, нужной для прикрепления рибосом к мРНК. В некоторых случаях для инициации используется также кодон GUG, который вопреки коду транслируется как метионин, а не как ва-лин. Таким образом, кодирующая область состоит из кодона AUG (или GUG), следующей за ним серии триплетов, составляющих открытую рамку считывания, и оканчивается терминирующими кодонами UAA, UAG и UGA. [c.63]

Совершенно необычная ситуация была впервые обнаружена у фага фХ174, где были найдены две перекрывающиеся открытые рамки считывания с достаточно протяженным участком перекрывания. Гипотетический пример такого перекрывания приведен на рис. 4.9. Внутри первой открытой рамки считывания находится кодон AUG в другой рамке считывания, за которым следует серия кодонов, детерминирующих различные аминокислоты. Таким образом, в одной последовательности ДНК сосуществуют две открытые рамки считывания. В случае фага фХ174 (и в других с тех пор найденных случаях у вирусов и у митохондрий) были идентифицированы белки, соответствующие альтернативным рамкам считывания. Поскольку белки кодируются альтернативными рамками, они могут начинаться и кончаться в разных местах, так что участок перекрывания может варьировать в широких пределах. [c.63]

До сих пор мы говорили о генетическом коде, рассматривая только одну цепь ДНК. Если же обратиться к обеим цепям, то окажутся возможными сразу шесть различных рамок считывания, по три в каждой цепи, читающиеся, конечно, в разных направлениях, поскольку цепи антипараллельны. Однако, несмотря на такую возможность, почти во всех случаях в любой данной точке только одна цепь служит кодирующей, тогда как другая блокирована во всех потенциальных рамках считывания. В рассмотренном выше случае фага ф174 (а также в большинстве таких случаев) перекрывание двух рамок считывания происходит в одной цепи ДНК. Но поскольку такие ситуации в принципе до устимы, можно ожидать и перекрывания открытых рамок считывания в разных цепях. Случаи такого перекрывания уже обнаружены. [c.63]

Мутации ЬохЗ находятся в этой области, и при определении нуклеотидной последовательности некоторых мутировавших участков выяснилось, что эти мутации приводят к возникновению бессмысленных кодонов в открытой рамке считывания. Таким образом, этот участок интрона может осуществлять функцию кодирования и соответствующий белок может осуществлять свою функцию при сплайсинге. Этот белок был назван РНК-мату-разой. (Остальная часть интрона заблокирована во всех рамках считывания.) [c.259]

Является ли эта схема общей моделью организации интронов в геноме митохондрий Четкие аргументы в пользу этого отсутствуют, но для двух генов, box и 0X15, установлено, что основной способ организации интронов состоит в создании открытой рамки считывания, в точности совпадающей с рамкой считывания предыдущего экзона. Это не может быть совпадением. По-видимому, такие рамки считывания транслируются. [c.260]

По-видимому, все митохондриальные интроны дрожжей имеют такие канонические последовательности. Так, их обнаруживают в интронах, имеющих открытые кодирующие участки, и в других интронах, в которых все возможные рамки считывания заблокированы. К ядерным генам, содержащим канонические последовательности, относится ген Tetrahymena, кодирующий предшественник рРНК, подвергающийся автономному сплайсингу. Эти данные служат замечательной демонстрацией существования неожиданного эволюционного сходства ядерного и внеядерных геномов и позволяют сделать предположение о том, что, возможно, сплайсинг разных РНК протекает в соответствии с общим механизмов. Это заключение наводит на мысль об интересном парадоксе, касающемся механизмов сплайсинга. [c.261]

Существует ли какая-либо очевидная эволюционная взаимосвязь между разными функциями, кодируемыми интронами Открытые рамки считывания интронов содержат ряд сходных последовательностей, но до сих пор не ясно, имеют ли они какое-либо значение. Во всех кодирующих областях интронов частота использования определенных кодонов несколько отличается от частоты использования кодонов в экзонах. Поскольку не ясно, какие преимущества митохондрии извлекают из сохранения такой сложной системы экспрессии своих прерывистых генов, можно предположить, что когда-то существовал отдельный белок, участвующий в сплайсинге второго интрона гена box. Позже соответствующий ему ген мог быть транслоцирован в интрон, что привело к возникновению существующей в настоящее время структуры. Тем не менее остается справедливым утверждение, что, по-видимому, единственная цель кодируемой интроном функции состоит в удалении кодирующей последовательности из мРНК. [c.262]

Самый короткий по длине транспозон, IS1, содержит две открытые рамки считывания в одном и том же направлении они транслируются в белки InsA и InsB (их функции еще не установлены). Все другие IS-элементы содержат одну длинную кодирующую область, начинающуюся внутри инвертированного повтора в одном конце и заканчивающуюся перед инвертированным повтором (или внутри его) в другом конце. Такая длинная рамка считывания фактически транслируется всегда в некоторых случаях продукт считывания был выделен. Обычно существуют некоторые потенциально кодирующие области на другой цепи ДНК (т.е. та же последовательность считывается в противоположном направлении). Используются ли такие перекрывающиеся рамки считывания для синтеза белков, не известно, но они включены в табл. 36.1 при подсчете возможных продуктов. [c.461]

Рис. 12.10. Организация митохондриального генома дрожжей (внешнее кольцо) и человека (внутреннее кольцо). Фрагменты нуклеотидной последовательности с известными функциями отмечены черным. Интроны изображены в виде белых прямоугольников, за исключением тех случаев, когда в них содержатся открытые рамки считывания (URF), изображенные в виде цветных прямоугольни-

Смотреть страницы где упоминается термин Рамка считывания открытая: [c.302] [c.303] [c.307] [c.326] [c.327] [c.302] [c.303] [c.307] [c.326] [c.327] [c.146] [c.209] [c.268] [c.268] [c.320] [c.555] [c.558] [c.458] [c.174] [c.63] [c.260] [c.262] [c.285] [c.195] [c.139] [c.149]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология