Кодон частоты использования

Таблица 3.2. Генетический код и частота использования разных кодонов в геноме Е. соИ и человека

Синтетическая РНК получена со-полимеризацией смеси UDP и DP в молярном соотнощении 1 4. С какими относительными частотами в этом сополимере будут встречаться различные кодоны Какие аминокислоты будут включаться в состав полипептидов, образующихся в бесклеточной системе синтеза белка, с использованием этой синтетической матрицы [c.102]

Использование статистики синонимических кодонов. Олигонуклеотид-ные статистики кодирующих областей, т.е. частоты встречаемости 1-грамм, специфичны для таксономических групп и даже для отдельных [c.92]

В мРНК бактериофага MS2, состоящей из 3569 остатков, транслируется около 90 % остатков с образованием трех белков. Использование кодона GUU значительно превышает частоту использования кодонов-троек GG А или С, или G) для введения глицина, а кодон UA явно предпочтительнее, чем кодон UAU (32 9) [c.210]

Если частота использования кодонов у чужеродного гена отличается от таковой у организма-хозяина, то проблему нехватки специфических аминоацил-тРНК можно решить, синтезировав часть гена-мишени или даже весь ген с более близким к хозяйскому организму набором кодонов. Так, в одном из исследований было показано, что количество стрептавидина, образу-юшегося при экспрессии синтетического гена с ОС-содержанием 54%, было в 10 раз больше, чем при экспрессии природного гена с СС-содержанием 69%. Однако этот подход довольно сложен и может применяться лишь в редких случаях. [c.129]

Частота использования кодона ( odon usage) Средняя частота использования кодона данным организмом, полученная для большой выборки структурных генов. [c.564]

Существует ли какая-либо очевидная эволюционная взаимосвязь между разными функциями, кодируемыми интронами Открытые рамки считывания интронов содержат ряд сходных последовательностей, но до сих пор не ясно, имеют ли они какое-либо значение. Во всех кодирующих областях интронов частота использования определенных кодонов несколько отличается от частоты использования кодонов в экзонах. Поскольку не ясно, какие преимущества митохондрии извлекают из сохранения такой сложной системы экспрессии своих прерывистых генов, можно предположить, что когда-то существовал отдельный белок, участвующий в сплайсинге второго интрона гена box. Позже соответствующий ему ген мог быть транслоцирован в интрон, что привело к возникновению существующей в настоящее время структуры. Тем не менее остается справедливым утверждение, что, по-видимому, единственная цель кодируемой интроном функции состоит в удалении кодирующей последовательности из мРНК. [c.262]

К методу Стадена - Маклачлан близок метод Грибскова и соавт. (Gribskov et al.,1984). Основное отличие состоит в том, что для определения вероятности принадлежности рассматриваемого фрагмента ДНК к кодирующей области берутся частоты использования синонимических кодонов (нормированные на единицу в каждой группе), определенные заранее для данного генома. [c.95]

Среди других факторов, оказывающих влияние на эффективность трансляции, следует упомянуть частоту использования кодонов при кодировании белков в структурных частях разных генов [131]. В настоящее время установлено, что использование синонимических кодонов (кодирующих одну и ту же аминокислоту) вырожденного генетического кода не случайно и отражает количественную представленность отдельных изоакцепторных тРНК в клетках организма. С другой стороны, частота использования кодонов в разных генах одного и того же организма является эффективным фактором, регулирующим уровень экспрессии этих генов в процессе трансляции. Чем реже тот или иной ко- [c.114]

Примечание. Для аминокислот Ала, Apr, Гли, Иле, Лей, Про, Сер, Тре и Вал, имеющих более двух кодонов, в случае неравенства частот их использования указаны только два наиболее используемых кодона. Знак обозначает, что частоты использования отличаются более, чем в 10 раз. Буквы на З -конце кодонов указывают на предпочтительность последующих нуклеотидных остатков в генах Е. oli. [c.154]

Среди факторов способных влиять на уровень экспрессии генов гт рассматриваются — способ транскрипции (оперонный или для каждого из генов раздельный) структура последовательностей ДНК в 5 и 3 областях, окружающих структурные гены G состав структурных генов частота использования кодонов, пространственная структура иРНК наличие посттран-сляционного процессинга. [c.105]

Анализ многих генов Е. соИ показал, что они различаются по частоте использования синонимных кодонов [78,381]. Кроме того была выявлена корреляция между этим показателем и силой экспрессии генов, регулируемой на уровне трансляции. Обсуждаемый механизм регуляции обеспечивается таким обра- [c.113]

На эффективность считывания любого кодона может оказывать влияние его локализация в гене, так что эффективность супрессирования нонсенс-кодона молекулами определенной тРНК изменяется в широких пределах в зависимости от соседствующих оснований. В действительности мы не знаем механизмов, при помощи которых окружение оказывает влияние на частоту узнавания кодона определенной тРНК. Но в зависимости от локализации эта частота может изменяться примерно на порядок. Таким образом, несмотря на то что в целом амбер-кодоны прочитываются более эффективно, чем охра-кодоны, коэффициент их полезного использования может варьировать в зависимости от локализации. Вероятно, основание, примыкающее к З -концу кодона, оказывает особенно сильное влияние на эти различия. [c.101]

Этот выбор в какой-то степени уменьшает чувствительность метода по сравнению с методом Стадена - Маклачлан, так как учитывается только одна из двух составляющих абсолютной частоты встречаемости кодонов, а вторая составляющая - частота встречаемости аминокислот - оказывается отброшенной. С другой стороны, возникают два преимущества. Во-первых, увеличиваются возможности распознавания генов, кодирующих белки с произвольным аминокислотным составом. Во-вторых, получаемый результат несет одновременно некоторую информацию об использовании наиболее или наименее распространенных в данном геноме синонимических кодонов, что позволяет предполагать определенный уровень экспрессии гена (см.гл.2). [c.95]

Это свидетельствует об использовании здесь необычного для E. oli набора и чередования кодонов, так как к этим факторам алгоритм с моделью второго порядка более чувствителен, чем алгоритм с моделью нулевого порядка. Заметим, что вероятность кодирования по методу контекстных частот (п.3.3) для этой области, определенная при г=3 и w=15. равна 0,493. Таким образом, ОРС (177,566) в последовательности ЕСАТРХ представляет как бы нечто среднее между кодирующими и некодирующими областями и, по нашему мнению, является наглядньш аргументом в пользу того, что статистические характеристики кодирующих и некодирующих областей еще недостаточно исследованы. Иначе говоря, мы полагаем, что рассмотренный метод распознавания еще недостаточно использует информацию, содержащуюся в нуклеотидной последовательности для характеристики ее функциональных свойств. [c.111]

А - статистически неслучайные области на выборке из 124 последовательностей ЗБ - область сигнала Шайна - Дальгарно, 1 - область вокруг инициирующего кодона, СБ -- область в кодирующей части мРНК, обедненная нуклеотидами С Б - Ж - схемы шести моделей, использованных при анализе, в моделях Б,В,Е,Ж рассчитывалась матрица частот мононуклеотидов в моделях Г и Д - динуклеотидов. В моделях Б-Д в районе иницииртощего кодона рассматривались только три нуклеотида (AUG/GU ), в Е и Ж - строилась матрица частот всей области -5...+7. Прямая линия обозначает фиксированное расстояние между блоками, волнистая - вариабельное. Справа указаны частоты ошибок при распознавании контрольной выборки последовательностей, эти частоты использовались для оценки качества моделей [c.126]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология