Гибридизация РНК РНК конкурентная

Реакции нуклеофильного замещения у атома углерода, находящегося в состоянии р -гибридизации, сопровождаются конкурентной реакцией элиминирования (см 4 4.3). Выше была рассмотрена реакция межмолекулярной дегидратации спиртов, протекающая по механизму нуклеофильного замещения. Меняя условия проведения реакции (в частности, при использовании большего количества кислоты), можно провести конкурентную реакцию элиминирования, или внутримолекулярной дегидратации, при которой молекула спирта теряет молекулу воды и превращается в соответствующий алкен [c.171]

Наряду с описанным выше методом гибридизации применяют также так называемую конкурентную гибридизацию. В этом случае отжиг иммобилизированной ДНК на фильтре с реперной ДНК проводят в присутствии избытка фрагментированной и денатурированной гетерологичной ДНК. [c.113]

Очень часто важно выяснить, синтезируются ли два вида РНК на одном и том же участке ДНК или на разных ее участках. Чтобы ответить па этот вопрос, проводят конкурентную гибридизацию, т. е. выясняют, каким образом присутствие в реакционной смеси одного из видов РНК сказывается на степени гибридизации другого вида. Если оба вида РНК синтезируются на одном и том же участке ДНК, то конкурирующая РНК (обычно не меченная) будет занимать на ДНК место, которое обычно занимает вторая (как правило, меченая) РНК. Мы исходим здесь из того, что РНК, синтезированные на одном и том же участке ДНК, имеют одинаковую нуклеотидную носледовательность. [c.162]

Конкурентную гибридизацию можно проводить несколькими способами. Чаще всего обе РНК смешивают в растворе, причем концентрация одной из РНК (исследуемой) остается постоянной, а концентрация другой РНК (конкурирующей с первой) возрастает [29]. Затем проводят новый опыт, в котором из реакционной смеси исключена исследуемая РНК, и полученную кривую сравнивают с теоретической (фиг. 6). У этого метода есть несколько недостатков. Наиболее серьезный из них тот, что ложные (лабильные) гибриды, образуемые конкурирующей РНК, могут мешать образованию истинных гибридов между ДНК и исследуемой РНК, в результате чего степень конкуренции окажется завышенной. Таким образом, при использовании этого метода достоверными можно считать лишь отрицательные результаты. [c.162]

Ф и г. 7. Конкурентная гибридизация на мембранных фильтрах [25]. [c.163]

Для четырех видов морских ежей степень нуклеотидной гетерозиготности оценивалась посредством денатурации ДНК с последующей конкурентной реассоциацией ( гибридизацией ). Этот метод не точен, но его достоинство состоит в том, что он позволяет рассматривать геном организма в целом. Результаты по одноцепочечной ДНК суммированы в табл. 22.16. Оценка доли нуклеотидных замен колеблется между 2 и 4%. [c.102]

НИКИ конкурентной гибридизации. Все сегменты РНК этого вируса были более родственны соответствующим сегментам различных штаммов вируса гриппа птиц, чем сегментам других штаммов вируса гриппа млекопитающих. Этот факт может свидетельствовать о том, что новые вирусы млекопитающих могут появляться за счет пересортировки штаммов вируса гриппа птиц [11, 128]. [c.102]

Температуру гибридизации подбирают для каждого эксперимента однако можно сформулировать следуюгцне основные правила. 1. Если РНК обладает отчетливо выраженной вторичной структурой (нанример, транспортная РНК), температура гибридизации должна быть выше температуры плавления этой РНК. 2. Нри продолжительной гибридизации темнература должна быть такой, чтобы скорость образования гибридов превышала скорость тепловой деградации РНК. Для РНК со слабо выраженной вторичной структурой эта температура равна 55°. 3. Когда гибридизацию проводят в растворе с относительно большими количествами ДНК, температуру следует понизить, чтобы подавить конкурентный процесс ренатурации ДНК. 4. Для РНК с низким молекулярным весом (менее 50 нуклеотидов) температура гибридизации также должна быть низкой (это необходимо для стабилизации структуры гибридов). [c.148]

Отношение нониурируюицей РИК к исследуемой РНК Фиг. 6. Конкурентная гибридизация в растворе [39]. [c.163]

Таблица 22.16. Гетерозиготность на уровне отдельных нуклеотидов, оцененная по конкурентной реассоциации ( гибридизации ) одноцепочечных молекул ДНК для четырех видов морских ежей. (По J. W. Gruia et al, 1982, Evolution, 36, 665-676.)

РНК-зонды обладают всеми преимуществами одноцепочечных ДНК-зондов это отсутствие конкурентной гибридизации молекул зонда друг с другом, высокая удельная радиоактивность по сравнению с продуктом ник-трансляции и не представляющее трудностей определение длины молекул. Дополнительное преимущество этих зондов по сравнению с одноцепочечной ДНК — большая простота их получения. Транскрипты можно отделить от матрицы путем ее ДНКазного расщепления и фенольной экстракции, тогда как получение одноцепочечных ДНК-зондов требует более трудоемкой процедуры выделения их из геля. В то же время РНК-зонды в большей степени подвержены деградации, чем соответствующие им ДНК-зонды, и об этом нельзя забывать. Самая распространенная проблема, встающая при использовании РНК-зондов, — неоднозначность интерпретации в случае получения отрицательного результата. [c.13]

Использование РНК-зондов в блот-гибридизации по Саузерну, по-видимому, увеличивает чувствительность метода — главным образом из-за отсутствия конкурентной гибридизации зонда на себя , препятствующей гибридизации зонд—мищень (такая же чувствительность может быть достигнута и при использовании кДНК или других одноцепочечных ДНК-зондов но такие зонды, как правило, сложнее получить). [c.29]

Генетический анализ большого числа штаммов вируса гриппа методом конкурентной РНК-РНК-гибридизации обнаружил, что гены NP каждого из этих вирусов могут быть помеш,ены в одну из пяти различных группировок NP [W. Bean, личное сообщение]. Все штаммы птиц попадают в две группы, штаммы лошадей образуют две другие группы, и одна группа содержит все штаммы вирусов гриппа человека и свиньи. Это ограничение групп генов, генетически родственных NP для вирусов, инфицирующих определенные виды, предполагает, что этот белок может играть роль в определении видовой специфичности. [c.153]

Во второй системе у реассортантных вирусов, полученных после смешанной инфекции, вызванной родительскими вирусами с хорошо различимыми фенотипами, определяли происхождение каждого сегмента РНК с последующим изучением в соответствующей клеточной системе с целью определения сегмента (или сег-.ментов) РНК вирулентного родительского вируса, обусловливающего вирулентность. Методы, используемые для генотипирования реассортантных вирусов, более детально описаны в главе 4, вклЮ чая сравнение родительских и реассортантных вирусов в отношении нескольких параметров — характера миграции РНК в ПААГ [37] белкового спектра, выявляемого в ПААГ [38] олигонуклеотидного строения отдельных сегментов РНК [64] прямой молекулярной гибридизации кРНК с меченными радиоактивными веществами отдельными сегментами вирионной РНК [45] и конкурентной гибридизации, при которой сегменты РНК исследуемых вирусов использовали для конкуренции при связывании меченой вРНК и кРНК [6]. [c.298]

Несмотря на то что в течение нескольких десятилетий предпринимались попытки получить штаммы вируса гриппа, адаптированные к человеческому организму сериями пассажей на чужеродных для хозяина клеточных системах, результаты этих опытов были весьма вариабельными [7]. Кроме того, даже когда наблюдали нарушение адаптации к человеческому организму, было невозможно определить генетические основы изменения фенотипа. Подобно этому до сих пор не уточнены мутации, необходимые для адаптации к человеческому организму вирусов, обитающих не в человеческой популяции [26]. К настоящему времени ймоют-ся лишь крайне ограниченные сведения о специфических мутациях в отдельных генах, влияющих на адаптацию к определенным хозяевам. В этом отношении определенный интерес представляет недавнее выделение и изучение вируса H7N7 при диссеминированной смертельной гриппозной эпизоотии у тюленей. С помощью метода конкурентной гибридизации было найдено, что каждый из 8 сегментов РНК этого вируса был очень близок к эквивалентным сегментам других птичьих вирусов. Однако было обнаружено, что вирус лучше размножался в организме млекопитающих, чем птиц [61]. Хотя такое изменение вида хозяев может быть связано с определенным набором генов птичьего вируса, также вполне возможно, что адаптация - была обусловлена серией последовательных мутаций. [c.309]

Были выделены мутантные белки, не обладающие токсичностью из-за изменений либо в А-, либо в В-час-ти молекулы. Смесь нетоксичного мутантного белка, измененного в А-части молекулы, и нетоксичного мутантного белка, измененного в В-части, приобретала токсичность лйщь в том случае, если ее сначала инкубировали с трипсином, затем с тиолом, а потом удаляли тиол диализом (в условиях, обеспечивающих окисление 5Н-групп с образованием дисульфидных мостиков). Эти эксперименты по гибридизации отчетливо показали, что для токсичности молекулы необходимы как В-часть, так и А-часть, обладающая АВР-рибозилирующей активностью. В опытах на культуре клеток нетоксичные белковые мутанты с неактивным А-ф рагментом вели себя как конкурентные ингибиторы нативного токсина. Отсюда следует, что токсин связывается со специфическими рецепторными участками на поверхности клетки. Впоследствии было установлено, что связывание интактного или надрезанного токсина с клетками осуществляется в результате взаимодействия его молекул с молекулами гликопротеина, расположенными на поверхности клетки [43]. Следует отметить, что сначала в клетку проникает А-субъединица механизм это- [c.126]

Смотреть страницы где упоминается термин Гибридизация РНК РНК конкурентная: [c.115] [c.219] [c.162] [c.162] [c.163] [c.167] [c.398] [c.420] [c.6] [c.74] [c.101] [c.101] [c.102] [c.151] [c.197] [c.197] [c.6] [c.74] [c.101] [c.101] [c.151] [c.86]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология