Взаимодействия дуплексов

Рис. 64. Модель рекомбинации, инициируемой двуцепочечным разрывом одного из взаимодействующих дуплексов

КРЕСТООБРАЗНАЯ СТРУКТУРА. Структура ДНК, образуемая инвертированными повторами, при условии что комплементарное спаривание происходит между повторяющимися последовательностями, расположенными в одной цепи ДНК (в отличие от обычного комплементарного взаимодействия со своим партнером в другой цепи дуплекса). [c.522]

МИГРАЦИЯ ВЕТВИ. Способность одноцепочечной ДНК, частично спаренной с комплементарной цепью в двухцепочечной молекуле ДНК, продолжать комплементарное взаимодействие и вытеснять гомологичную цепь из дуплекса. [c.523]

Метод, позволяющий оценить степень общего сходства ДНК у различных организмов,-это гибридизация ДНК. Расплавленная (т.е. диссоциированная) ДНК, меченная радиоактивными изотопами, после фракционирования может взаимодействовать с ДНК другого вида. Гомологичные последовательности при этом гибридизуются с образованием двухцепочечных комплексов (дуплексов). Количество прореагировавшей таким образом ДНК позволяет оценить долю гомологичных участков в молекулах ДНК сравниваемых видов. Обычно при этом сперва удаляются фракции высокоповторяющейся ДНК, так что сравнивают лишь уникальные последовательности. [c.220]

В результате взаимодействия ДНК с ги сто нами сегмент двойной спирали ДНК из 168 пар оснований со средним диаметром 2 нм и длиной 57 нм превращается в спираль диаметром 10 нм и длиной 5 нм (рис. 1.18). При последующем сжатии этой спирали до волокна диаметром 30 нм степень конденсации увеличивается еще в шесть раз. Таким образом, упаковка дуплекса ДНК с пятью гистонами приводит к 50-кратной конденсации ДНК. Однако даже столь высокая степень конденсации не может объяснить почти 5000-кратное уплотнение ДНК в метафазной хромосоме. [c.49]

Рис. 64. Модель рекомбинашги, инициируемой двуцепочечным разрывом ОДНОГО нз взаимодействующих дуплексов

ИЗ цепей ДНК дефектна (например, содержит тиминовый димер или АР-сайт), а комплементарная цепь не могла быть синтезирована из-за дефекта в матрице и поэтому напротив поврежденного участка остается незастроенная брешь (см. рис. 47). Единственный способ безошибочной репарации такого повреждения — это использовать в качестве эталона второй полученный при репликации дуплекс ДНК. т. е. использовать рекомбинацию для репарации повреждения. У Е.соН эту задачу способен выполнить Re A-белок вместе с ферментами репарации. Для НесА-белка одноцепочечный участок двуспиральной молекулы ДНК, содержащий повреждение, является излюбленным участком связывания. Связавшись с таким местом, Re A-6e-лок вовлекает его в рекомбинационное взаимодействие с гомологичным неповрежденным дуплексом, причем как разорванная, так и поврежденная цепи ДНК оказываются спаренными с неповрежденными комплементарными цепями, что позволяет их репарацию описанными в предыдущей главе репарационными системами (рис. 62). Таким путем осуществляется пострепликативная, или рекомбинационная, репарация. Аналогичным образом за счет рекомбинации происходит репарация двуцепочечных разрывов ДНК. [c.94]

Таким образом, один из З -концов вновь возникших дуплексов должен находиться в однонитевой форме. Поскольку молекула ДНК фага Т7 имеет прямой концевой повтор, однонитевые 3 -конць[ двух сестринских молекул должны быть взаимно комплемеЕнарны. Поэтому эти молекулы могут объединиться в дн.мер, мономерные составляющие части которого на первых порах удерживаются за счет взаимодействия между комплементарными последовательностями, а затем скрепляются ковалентно. Сходным образом репликация димерной молекулы может привести к возникновению тетрамера и т. д. [c.278]

I Способ репликации репликативной формы не зависит от способа ее образования так, кольцевые репликатнвные формы у фагов Р2, Р4 н /. возникают, как уже упоминалось, одним и тем же путем — в результате взаимодействия между липкими концами, однако в первом случае репликация осуществляется по схеме (первичного) разматывающегося рулона, во втором — по схеме Кэрнса, а в третьем — по схеме вторичного разматывающегося рулона. Точно так же способ созревания дочерних геномов не связан жестко со способом репликации. Напри.мер, дуплексы с липкими концами Аюгут возникать как из конкатемеров (X), так и нз колец (Р2 и Р4) геномы, образующиеся в результате нарезания конкатемеров, могут иметь не только липкие (>.), но н тупые (Р22) концы они могут иметь или не иметь кольцевые перестановки и т. д. [c.281]

В свободных фаговых частицах ДНК присутствует в виде линейной (не кольцевой) двойной спирали (рис. 4.14). Каждая из цепей на одном конце выступает за пределы дуплекса на 12 нуклеотидов. Эти два одноцепочечных конца комплементарны друг другу путем спаривания оснований они могут соединяться друг с другом, поэтому их называют липкими концами. Если поместить такие молекулы ДНК in vitro в раствор, то благодаря взаимодействию между комплементарными основаниями одноцепочечных концов наступает равновесие между ли- [c.149]

Оказалось также, что чем ближе изучаемые микроорганизмы в систематическом отношении, тем меньше разница в тепловой стабильности дуплексов, образуемых при разных температурах инкубации. Например, при взаимодействии между ДНК Е. соИ и Shigella ilexneri или между ДНК различных штаммов Е. oli процент связывания в зависимости от температуры изменяется незначительно (при 60°—82—86%, при 75°—80%). [c.81]

Характерно, что температура плавления (7 пл) этих дуплексов, образованных при разной температуре инкубации, одинакова — 86,5°, т. е. по тепловой стабильности они не отличаются. Б случае же взаимодействия ДНК Е. соИ и S. typhimurium при 60° наблюдается 38—39% связывания, при 75°— 9%, при этом стабильность дуплексов в первом случае ниже (Гдл = 74°), а во втором — выше (7 пл = 83°). Следовательно, в строгих условиях эксперимента образуется меньшее количество гибридов (9%), но они значительно более стабильны. [c.81]

Обе цепи закручены относительно общей оси в спираль — двойная спираль, или дуплекс (рис. 8.6). При этом цепи могут быть разделены только путем раскручивания такие спирали называют плектонемическими (от лат. plexus — сплетение). Азотистые основания обращены внутрь спирали их плоскости перпендикулярны оси спирали и параллельны друг другу, образуя внутри спирали стопку оснований. Между основаниями в этой стопке возникают гидрофобные или с/иэ/смяг-взаимодействия, которые наряду с водородными связями способствуют стабилизации структуры двойной спирали в пространстве. Азотистые основания упакованы очень плотно и не контактируют с окружающим водным раствором. [c.274]

Каким образом сигма-фактор влияет на способность минимального фермента ассоциировать с ДНК Проведенные ранее эксперименты указывали на то, что сигма-субъединица непосредственно не связывается с дуплексом ДНК. Однако возможно, что она способна взаимодействовать с ДНК, находящейся в суперспирализованном состоянии, хотя мы не имеем данных о том, может ли она сама узнавать специфические нуклеотидные последовательности. В то же время известно, что когда голофермент образует прочно связанный комплекс с промотором, сигма-фактор контактирует с ДНК в области начального плавления, в точке, расположенной непосредственно перед стартовой точкой транскрипции. Добавление сигма-фактора может изменить конформацию минимального фермента таким образом, что он менее эффективно распознает слабый участок связывания и уже в форме голофермента может специфически контактировать с участками прочного связывания. [c.135]

Если одноцепочечная молекула взаимодействует с двухцепочечной, происходит раскручивание дуплекса в области рекомбинации. Образующийся участок гетеродуплексной ДНК может даже не иметь традиционную форму двойной спирали. Он может состоять из двух цепей, связанных друг с другом бок о бок. Область такого типа получила название области паранемного соединения (по сравнению с классическим плектонемным взаимодействием цепей в двойной спирали). [c.450]

Биологическая роль Л-формы является предметом дискуссий. Известно, например, что двуспиральные участки и РНК находятся в Л-конформации. Это происходит потому, что 2-ОН-группа рибозы в РНК, в отличие от пентозы ДНК, не может вписаться в тесное пространство сахарно-фосфатного остова S-формы. В образовательной Л-форме РНК этот гидроксил направлен наружу и не испытывает никаких стерических ограничений. В процессах транскрипции должен образовываться гибрид РНК-ДНК. Очевидно, для образования такого гибридно рибозо-дезоксирибозного РНК-ДНК дуплекса предпочтительно наличие Л-формы ДНК. Промоторы, или места связывания РНК-полимеров с ДНК в процессе транскрипции, занимают малую долю природной ДНК, находяш ейся в S-форме. Оказалось, что РНК-полимеразы могут, взаимодействуя с ДНК, переводить ее наибольшую часть в Л-конформацию (Иванов В. А., 1972 Жакобо - Молина, 1993). [c.224]

Гибрцгшзация ДНК — образование в опыте двуцепочечной ДНК или дуплексов ДНК РНК в резуль- ате взаимодействия комплементарных нуклеотидов. [c.494]

Введение или удаление каких-либо функциональных групп позволяет изучить определенные элементы и стадии взаимодействия, однако, выбирая тип модификации, желательно стремиться к максимальной изостеричности модифицированных дуплексов с канонической ДНК, так как, в зависимости от природы конкретной модификации, возможно локальное искажение структуры всего участка узнавания или затруднение конформационных переходов ДНК и фермента, необходимых для узнавания и взаимодействия. Упомянутое обстоятельство является самым слабым местом настоящего метода, значительно затрудняющее интерпретацию результатов, однако, считается, что создавая большое число разнообразных модификаций субстратов, можно, компенсируя недостатки каждого, получать достоверную картину взаимодействия в целом. [c.78]

Вторичная структура ДНК играет важную роль в узнавании ферментами субстрата. Исследования коротких ДНК-дуплексов, содержащих участки узнавания ряда рестриктаз, методами ЯМР [333] и рентгеноструктурного анализа [137, 386] показали, что конформационные параметры отдельных нуклеотидных звеньев варьируют от значений, характерных для В-формы до значений, присущих А-форме двойной спирали. Известно, что некоторые ферменты взаимодействуют с ДНК в различных формах. Например, рестриктазы BssH II и BamH I не расщепляют субстраты в Z-форме [67]. [c.92]

Рис. 1.39. Примеры самокомплементарного взаимодействия а — олигонуклеотидов б — одной из цепей дуплекса после сшивки олигомеров

Смотреть страницы где упоминается термин Взаимодействия дуплексов: [c.91] [c.271] [c.284] [c.309] [c.311] [c.160] [c.90] [c.91] [c.284] [c.309] [c.311] [c.108] [c.109] [c.109] [c.260] [c.308] [c.341] [c.62] [c.118] [c.318] [c.404] [c.76] [c.84] [c.89] [c.93] [c.96]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология