Конформационные параметры

Значение конформационного параметра, град [c.392]

Экспериментальные и теоретические значения конформационных параметров (град) фрагмента Arg -Pro молекулы БПТИ [c.433]

Попробуем ограничиться при дальнейшем изложении минимумом параметров. Поскольку (см. гл. I) структура полимеров на любом уровне надмолекулярной организации закодирована в первичной структуре, или стереохимической конфигурации, макромолекул, удобно выбрать в качестве кодирующих параметр гибкости /о и конформационный параметр р (или <р>). Разумеется (см. гл. I), речь при этом идет о статистическом — вероятностном кодировании, которое не следует путать с дискретным генетическим кодированием, однозначно предопределяющим поведение макромолекул на всех стадиях образования организованных биологических структур. [c.67]

Выход циклических продуктов сильно зависит от стерических факторов напряженности образующегося цикла, разветвленности боковых радикалов, термодинамических и конформационных параметров. [c.153]

Это изменение выражается через конформационный параметр = = < 5 ) ьг < ) /> где < 5 ) 6 . и < 5 > г — соответственно среднеквадратичные радиусы инерции разветвленной и линейной макромолекул одинаковой молекулярной массы. [c.204]

Конформационный параметр д может быть найден непосредственным измерением характеристик макромолекул в разбавленных растворах (в тета-условиях). Для разветвленных макромолекул регулярного строения — звездообразных и гребнеобразных с ответвлениями одинаковой длины — параметр g определяется расчетным путем. Для звездообразных полимеров — 2/р , где р —число [c.204]

Еще в 1953 году Кори и Полинг [22], детально проанализировав многочисленные рентгеноструктурные данные для полипептидов и аминокислот, нашли средние геометрические параметры для мономерной единицы (табл. 1). Эти параметры были подтверждены анализом недавних структурных исследований [2, 23, 24]. Разумеется, данные табл. 1 нельзя принимать за абсолютные — в реальных молекулах длины связей и валентные углы могут меняться, однако изменения их незначительны, и не они ответственны за пространственные структуры полипептидов и белков. Главными конформационными параметрами являются углы вращения вокруг связей полипептидной цепи. [c.95]

На рис. 1.6 приведены зависимости h lnl от п при ф = 120°, Сг, == 0,54, сГф — 1, = = 0,088 (см. ) [6]. Там же приведены и зависимости h lnt для цени со свободным вращением и фиксированным валентным углом я — 0, а также для цепи с независимыми вращениями вокруг связей и с теми же конформационными параметрами. Из приведенных данных видно, что как заторможенность внутреннего вращения, так и взаимозависимость потенциалов внутреннего вращения приводят к росту величины h lnP и замедляют приближение к значению h lnP при М оо (М — молекулярная масса). Надо отметить, что в принципе кривые 2 ж 3 можно совместить, если для модели цепи с независимым внутренним вращением изменить соответствующим образом величину сг [c.26]

Обработка результатов рентгеноструктурного анализа позволяет получить данные, необходимые для выводов и заключений о конформации молекулы. В структурном анализе изучение конформации начинается после определения структуры. С этой целью изучаемая молекула описывается набором конформационных параметров. [c.264]

Валентные длины связей и углы, торсионные углы и их стандартные отклонения могут быть вычислены непосредственно по координатам атомов в элементарной ячейке. Эти конформационные параметры остаются неизменными в любой системе координат и являются характеристиками молекулы, особенно важными при сравнении ее конформации в разных окружениях. На основании структурных данных можно получить и некоторые другие важные характеристики молекулы [c.264]

На конформацию макромолекул П.с. и, в конечном счете, на их поведение в р-ре в ряде случаев заметно влияют условия синтеза, в частности ими определяются различия в параметрах взаимодействия полимер — растворитель, в конформационных параметрах и константах К и а. [c.68]

Следующее ограничение состоит в том, что расчет оптического вращения конформаций пиранозы применим только к растворенным в воде незамещенным сахарам и гликозидам. Правила изоротации Хадсона, по-видимому, довольно хорошо применимы также к ацетилированным сахарам и гликозидам, однако расчет необходимых для этого конформационных параметров может оказаться затруднительным ввиду наличия вращательной асимметрии ацетоксигрупп. [c.461]

Неоднозначность конформационного параметра гибкости а требует более определенной характеристики. Очевидно, количественную меру равновесной гибкости уместно выразить в терминах ближней или дальней корреляции ориентаций звеньев. В самом деле, при абсолютно свободном вращении ориентации уже смежных звеньев могут быть любыми, тогда как ограничение разрешенного угла поворота ф ограничивает и возможные ориентации. Чем жестче цепь, тем дальше простираются эти ограничения, т, е. тем более далекой вдоль цепи становится корреляция ориентаций звеньев. Мерой дальности этой корреляции (или, что то же, жесткости) может быть статистический элемент (сегмент) Куна Ат или персийтентная длина а, равная Ат/2. Несмотря на это простое [c.35]

Конформационные параметры Рц, Рр и Р( представляют собой частоты встречаемости данной аминокислоты в составе а-спирали, р-структуры или р-изгиба (по данным для 15 белков с известной структурой), деленные на среднюю частоту встречаемости данной аминокислоты в молекуле. Аминокислотные остатки в таблице расположены в порядке убывания их способности образовывать спираль. Символы - —1- , + , сл. , безр. , анти. и анти.+ означают, что аминокислота характеризуется соответственно сильной тенденцией к образованию данной структуры, умеренной тенденцией, слабой тенденцией, что ей безразлично, в какой структуре она будет находиться, что она противодействует нли сильно противодействует образованию структуры данного типа [29]. [c.100]

Проведение РСА-исследования модельных цис- и трлнс-изомеров биснафтоилен-бензимидазолов, расчет на основании полученных геометрических характеристик методом Монте-Карло конформационных параметров для шести возможных изомеров полинафтоиленбензимидазолов и сопоставление их с данными об изомерном составе полимеров, полученных в различных условиях синтеза, позволили установить взаимосвязь изомерного состава полинафтоиленбензимидазолов со способами их получения и равновесной жесткостью их цепи. [c.45]

Таким образом, согласно бифуркационной теории, ни один из этапов механизма спонтанного свертывания белка, включая окончательное построение его биологически активной трехмерной структуры, не содержит селекции практически бесконечного множества мыслимых конформационных состояний аминокислотной последовательности. Следовательно, если описанный механизм адекватен реальному процессу, т.е. если бифуркационная теория верна, то разработанный на ее основе метод расчета вообще не встречается с проблемой поиска глобального минимума энергии на многомерной потенциальной поверхности. Содержание конформационного анализа в этом случае распадается на две также непростые задачи. Одна из них заключается в оптимизации составляющих белковую цепь олигопептидных участков в их свободном состоянии при вариации всех возможных комбинаций знамений двугранных углов вращения каждого отдельного фрагмента. Цель решения этой задачи состоит в идентификации конформационно жестких и лабильных участков аминокислотной поверхности. Вторая задача включает анализ невалентных взаимодействий тех и других и многоступенчатую минимизацию энергии с постепенным увеличением длины цепи и раскрепощением конформационных параметров жестких участков. В конечном счете будет получена количественная оценка конформационных возможностей всей белковой молекулы и выявлена ее глобальная нативная трехмерная структура. Этот вывод справедлив, однако, лишь в принципе, а реально ни та, ни другая задача не поддаются решению без введения дополнительных положений о структурной организации нативной конформации белка. Предоставленная бифуркационной теорией возможность перехода от расчета целой белковой цепи к расчету отдельных фрагментов и далее анализу комбинаций их пространственных форм в огромной степени упростила проблему, но не сделала ее практически разрешимой. Причина та же - множественность локальных минимумов энергии на потенциальной поверхности, правда, теперь уже не всей белковой цепи, а ее конформационно жестких и лабильных участков, которые могут состоять из 10-12 аминокислотных остатков. Как известно, независимому и строгому анализу поддаются [c.248]

По аналогии со структурами фрагмента 1-29 релизинг фактора гормона роста, его аналогов и глюкагона секретину, принадлежащему к одному с ними семейству, приписывается полностью а-спиральная конформация [240-243]. В работе [244] исследовано пространственное строение молекулы секретина в растворе диметилсульфоксида с помощью Н-ЯМР-димерной спектроскопии с привлечением эффекта Оверхаузера и эмпирических корреляций. Полученный набор из 98 значений двугранных углов ф и межатомных расстояний использован в качестве исходного экспериментального материала для расчета структуры секретина методом молекулярной динамики. Определение проводилось в два этапа. Сначала рассчитывалась серия конформаций, удовлетворяющих вводимым опытным значениям. Затем у них были отобраны десять наиболее близких структурных вариантов, на основе которых построена новая конформация молекулы, в наибольшей степени соответствующая, по мнению авторов, результатам экспериментальных измерений. После тщательной минимизации она была признана глобальной структурой гормона в растворе DMSO. Поскольку полностью пространственное строение секретина описывается более 130 независимыми конформационными параметрами, то расчет Т. Бланделла и С. Вуда [244], выполненный на основе 98 экспериментальных данных, не может считаться объективным, особенно если в растворе реализуется не одна конформация, а несколько. [c.373]

Рассчитанные значения конформационных параметров глобальных конформаций тиролиберина (литературные данные) [c.392]

В табл. IV.4 приведены теоретические значения двуфанных углов ф, vjr, со и X в глобальной конформации свободного нонапептида Arg -Pro и экспериментальные значения этих углов, полученные с помощью рентгеноструктурного анализа. Сравнение теоретической и экспериментальной кристаллической структуры указывает на их полное совпадение по шейпу и форме основной цепи. Более того, имеется удовлетворительное количественное соответствие между теоретическими и опытными значениями подавляющего большинства конформационных параметров расхождение, как правило, не выходит за общепринятые границы экспериментальных ошибок при рентгеноструктурном анализе белков. Трудно предположить, что совпадение случайно. Из более чем 10 возможных конформационных вариантов нонапептида (произведение исходных низко-энергетических конформаций всех монопептидов) на завершающем этапе [c.432]

БПТИ. Именно в этом одна из причин удовлетворительного совпадения рассчитанных для свободного фрагмента конформационных параметров с параметрами в сложившейся структуре белка. Простой профиль потенциальных сечений объясняет эффективность процедуры минимизации. Сказанное относится и к остатку Glu с В-формой основной цепи. Его течение ф-Vj/ (см. рис. IV. 10, 6) также содержит одну область низкой энергии, вытянутую вдоль оси ф ее минимум отвечает расчетным углам ф, i остатка Glu в рассмотренной конформации Arg - ys . Сечение потенциальной поверхности ф-Vj/ остатка Gly (см. рис. IV. 10, в) имеет две области низкой энергии, которые занимают большую по сравнению с рассмотренными случаями площадь. Несмотря на удовлетворительное совпадение уже полученных результатов расчета с опытными данными, Реобходимо выяснить причину наличия в одной низкоэнергетической области нескольких потенциальных ям, так как в ином случае последующий Сонформационный анализ белка может пойти по неправильному руслу. [c.441]

Знаменательным фактом является совпадение описанной конформации С геометрией этого участка в трехмерной структуре молекулы БПТИ, вайденной с помощью рентгеноструктурного анализа. Совпадение теоретической и кристаллической структур Arg -Tyг2 касается не только шейпа И формы основной цепи, но и численных значений конформационных параметров ф, у. О) и X подавляющего большинства остатков. Много общего [c.443]

В конце 1970-х и в 1980-е годы исследования подобного плана [40-46] не претерпели существенных изменений и не внесли новых идей в решение проблемы свертывания и структурной организации нативного белка. Для иллюстрации рассмотрим кратко результаты анализа процесса сборки белковой цепи бычьего панкреатического трштсинового ингибитора, полученные С.Миязавой и Р. Джерниганом [46]. Авторы представили белковую последовательность в виде цепочки жестких сфер, совмещенных с атомами С и СР аминокислотных остатков. Конформационными параметрами считались двугранные углы ф, у, которым разрешалось принимать дискретные значения через каждые 10°. Межостаточные взаимодействия учитывались исключительно между теми парами остатков, которые в кристаллической структуре трипсинового ингибитора образуют близкие контакты. При оценке взаимодействия между двумя остатками энергия принималась равной -2,2 ккал/моль, если расстояние между соответствующими атомами СР в нативной конформации белка находилось в интервале 2,4-6,5 А когда расстояние было < 2,4 А, энергия считалась бесконечно большой, а > 6,5 А - равной нулю. Следовательно, притяжение друг к другу могли испытывать только те остатки (жесткие сферы) атомы СР которых сближены в реальной трехмерной структуре. Для [c.488]

Графически конформационные параметры полипептидной цепн удобно изображать с помощью карт, предложенных Г. Рамачаидра-ном в 1963 г. ( карты Рамачандрана ) и отражающих зависимость энергии остатка от параметров и (рис. 36). Значения углов (( и откладываются по осям координат от —180 до +180. В силу взаимодействия между заместителями в пептидной цепи углы и не могут принимать любые значения — для них разрешенными оказываются лишь некоторые дискретные области (выделенные на карте темным цветом), которые соответствуют энергетически выгодным конформациям пептидной цепи, т. е., по существу, являются областями минимума энергии. Их достаточно компактная локализация свидетельствует о том, что углы и I- взаимосвязаны, изменение одного из них влечет изменение второго. Например, если угол ip приобретает значение в интервале 60 — I20, то для угла энергетически выгодным оказывается значение, не превышающее — 60 ". [c.87]

Главными конформационными параметрами, несомненно,, являются углы вращения. При обсуждении потенциальных функций многоатомных молекул мы увидим, что углы вращения являются существенными параметрами [32], т. е. переменными, от которых потенциальная функция зависит слабо, ни-то и определяют форму молекулы, т. е. по крайней мере симметрию спирали. Таким образом, конформацию макромолекулы с неплохим приближением можно характеризовать носледовательностью углов внутреннего вращения ф для одноатомных цепей типа (—М—) (полиэтилен, политетрафторэтилен), ф1 и ф2 для двухатомных цепей (—М1—Мг—)п (виниловые полимеры, полиальдегиды), фь фг и фз для трехатомных цепей (—М1—Мг—Мз—) (полипептиды), фь фг, фз и ф4 для четырехатомных цепей (—М1—Мг—Мз—М4—) (диеновые полимеры) и т. д. Отметим, что благодаря плоскому строению амидной группы [c.14]

Итак, главными конформационными параметрами полипептидной цепи (и, как мы увидим, существенными переменными потенциальной функции) являются двугранные углы <р и лЬ — углы вращения вокруг связей К—С и С —С пр и атомах С . Поэтому углы ср и ф для системы связанных пептидных единиц и, в частиэсти, для белкоз удобно снабжать индек- [c.96]

В данном разделе используются брюстеровские численные значения конформационных параметров [95] главным образом потому, что они были разработаны как часть представлений, охватывающих одновременно ациклические и алпцнк.чические [c.458]

Смотреть страницы где упоминается термин Конформационные параметры: [c.123] [c.70] [c.100] [c.347] [c.155] [c.174] [c.224] [c.389] [c.394] [c.456] [c.466] [c.469] [c.497] [c.541] [c.548] [c.557] [c.79] [c.126] [c.264] [c.462] [c.62]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология