Антикодоновая петля тРН

Рис. 20. Антикодоновая петля фенилаланиновой тРНК дрожжей шаростержневая модель (водороды не показаны)

Двухцепочечные участки вторичной структуры сохраняются и в третичной структуре, но при этом их расположение в пространстве, по существу, создает две двойные спирали, ориентированные под прямым углом по отношению друг к другу, так, как это изображено на рис. 7.3. Акцепторный и ТфС-стебли образуют одну двойную спираль с одноцепочечным интервалом. Антикодоновый и О-стебли формируют другую двойную спираль, в которой также имеется брешь. Область между двойными спиралями, в которой происходит изгиб, содержит Т /С-и О-петли. Таким образом, аминокислотный остаток находится на одном конце буквы Ь, в то время как антикодоновая петля располагается на противоположном конце молекулы. [c.89]

Почти для всех тРНК предсказания гипотезы неоднозначного соответствия хорошо согласуются с имеющимися данными. Но существует ряд исключений, при которых тРНК образует пары, не предусмотренные правилами гипотезы, или же когда невозможно спаривание с одним из кодонов, хотя гипотезой это разрешено. Вероятно, эти эффекты обусловлены влиянием соседних оснований или (и) конформационными изменениями в антикодоновой петле. Действительно, самой идее, заложенной в основу гипотезы неоднозначного соответствия, присуще представление о важности структуры антикодоновой петли. Дальнейшее исследование этого вопроса подтвердило и то, что ближайшее окружение влияет на способность антикодона узнавать кодоны. Были получены спонтанные мутанты, несущие замены оснований в других, не антико- [c.97]

Антикодоновая петля, содержащая 7 неспаренных оснований [c.40]

Антикодоновый триплет находится приблизительно в середине цепи тРНК (ЮС в положении 34—36 на рис. 12). С 5 -стороны от него всегда находятся два пиримидиновых остатка, а с 3 -стороны — часто два пуриновых остатка, хотя второй остаток может быть и пиримидиновым, как в случае тРНК (рис. 12). Эти семь нуклеотидных остатков вместе образуют так называемую антикодоновую петлю (АС-петлю), взаимодействующую с мРНК и обладающую характерной пространственной структурой (см. ниже). [c.30]

Другой характер носит вторичная структура неспаренных участков, таких как петли и акцепторный еССА-конец. Здесь часто имеется односпиральное расположение нескольких остатков, поддерживаемое межплоскостными взаимодействиями ( стэкинг ) оснований. Структура антикодоновой петли представляет особый интерес (рис. 20) три основания антикодона и два последующих основания, примыкающие к нему с З -стороны, находятся в едином стэкинге друг с другом и образуют однотяжевую правозакрученную спираль со своеобразными параметрами, так что первое основание антикодона помещается на самой [c.36]

Структура антикодоновой петли, описанная в А. IIL 2, характеризуется спиральным xpiioM отрезка цепи, включающего три остатка антикодона и следующие за ним (по направлению к З -концу) остатки параметры спирали близки к таковым одной цепи стандартной двойной спирали РНК, ее основания находятся в стэкинге, а три основания антикодона оказываются обращенными своими группами, ответственными за спаривание посредством водородных связей, наружу (см. рис. 20). Таким образом, антикодон готов образовать двуспиральный комплекс с комплементарной последовательностью без существенной перестройки своей пространственной структуры. [c.159]

Исследование миграции энергии между люминесцирующим основанием, находящимся в антикодоновой петле молекулы Фен — тРНК, и хромофорами (акридиновые красители), ковалентно присоединенными к акцепторному концу, позволило оценить расстояние между ними в согласии со структурными данными. [c.272]

Отбор аминокислоты, соответствующей кодону, осуществляется в результате взаимодействия кодона мРНК с антикодоном тРНК — тринуклеотидным фрагментом, расположенным в антикодоновой петле тРНК (см. 3.4 и рис. 28 и 29). Сам аминоацильный остаток в этом отборе не участвует. Уже в первые годы после открытия транспортных РНК было показано, что превращение остатка цистеина, [c.188]

Как мы уже видели (юм. разд. 15.2), молекулы тРНК имеют низкую молекулярную массу (28 000—30 000). Их первичная структура Известна. В настоящее время определена последовательность оснований для 14 различных тРНК (1а, 98). Структура двух дрожжевых транспортных РНК—аланиновой и фенилаланиновой представлена на рис. 15.13. Структуры клеверного листа [1, 1а, 99] показаны на нем в плоской проекции, хотя очень вероятно, что это свернутые структуры [100]. Структуры обеих тРНК имеют много общего. В них одинакова концевая последовательность АЦЦА, содержащая З -ОН-группу, которая связывает аминокислоту. Во всех случаях в правой части (в 1 з -петле) имеется последовательность (Г или А)Ц рТ. Триплеты оснований в антикодоновой петле, кото- [c.430]

Эта гипотеза постулирует, что образование пары кодон-антикодон в двух первых положениях кодона всегда происходит по каноническим правилам, но в третьем положении возможно качание (неоднозначное соответствие). Объясняется это тем, что конформация антикодоновой петли тРНК допускает значительную подвижность первого основания антикодона. Некоторые пары оснований, предусмотренные гипотезой неоднозначного соответствия, приведены на рис. 7.10. [c.95]

Таким образом, можно отметить, что, помимо обычных актикодон-кодоновых взаимодействий, существует еще целый ряд факторов, влияющих на процесс считывания кодонов с мРНК. Точность образования пары антикодон—кодон зависит от структуры участков молекулы тРНК, расположенных за пределами антикодоновой петли, и от структуры определенных участков рибосомы. Кроме того, в соответствии с гипотезой Крика образование системы водородных связей между антикодонами и кодонами не является строго однозначным, т.е. допускает определенное разнообразие структур соответствующих элементов. На все эти факторы могут влиять мутации, возникающие в генах, кодирующих структуру любых компонентов трансляционного аппарата. [c.95]

На рис. 3.17 представлена схема укладки клеверного листа в третичную структуру. Молекула имеет Г-образную форму один из рукавов буквы Г образован спиралью акцепторного стебля, непрерывно переходящей в спираль псевдоуридилового стебля, а другой — антикодоновым и дигидроуридиловым стеблями. Угол буквы Г образован Т С- и дигидроуридиловой петлями. На концах буквы Г находятся антикодоновая петля и З -акцепторный конец, разделенные расстоянием около 75 А. Из этого грубого описания ясно, что антикодоновая петля находится снаружи структуры и поэтому может участвовать в спаривании оснований. Хотя существование этой конформации в растворе еще не доказано, большинство данных согласуется с ней. [c.311]

Тестирование структуры молекул с помощью олигонуклеотидов проводили также на других тРНК и на 5S-pPHK. Для тРНК дрожжей были получены не столь подробные данные, как для тРИК " из Е. соИ, но результаты в общем сходны. Из них вытекает, что в молекуле имеются три участка, с которыми могут связываться олигонуклеотиды ССА-конец, антикодоновая петля и часть дигидроуридиловой петли. Существование первых [c.425]

Заметим, что тех данных, которые приведены на рис. 24.19, недостаточно для того, чтобы мы могли однозначно установить геометрию взаимного расположения меченых участков молекулы. Всего в суммарной молекуле тРНК получилось, таким образом, шесть точек, к которым были присоединены молекулы красителей 3 - и 5 -концы, 4-тиоуридин и основания соответственно в антикодоновой петле, петле с последовательностью СТ С и дигидроуридиловой петле. Измерения количества энергии, переданной от одной точки молекулы к другой, могут дать лишь расстояния, которые являются скалярной величиной, а не вектором. Для того чтобы определить взаимное расположение N точек в пространстве, в общем случае требуется определить 4N — 10 расстояний между этими точками (для/У 4). При наличии шести точек в тРНК с люминесцентными метками, ковалентно присоединенными к молекуле, это означает, что необходимо измерить 14 из 15 возможных расстояний между этими точками, чтобы определить их расположение в пространстве. Пять расстояний — это слишком мало. Даже если мы измерим все 14 расстояний, фигура все равно будет не определена относительно преобразования зеркального отражения. Расстояния, поскольку они являются скалярами, инвариантны по отношению к этому преобразованию, чего нельзя сказать о геометрической фигуре, которая, вообще говоря, асимметрична. Однако в совокупности с другой имеющейся в нашем распоряжении информацией о структуре молекул тРНК даже несколько цифр, полученных для внутримолекулярных расстояний описанным выше способом, оказываются весьма полезны и сушественно уменьшают число возможных третичных структур, заслуживающих того, чтобы ими занимались в дальнейшем. [c.428]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология