Формамид как денатурирующий агент

Другим эффективным денатурирующим агентом является деионизованный формамид. Если РНК, растворенные в 98%-ном формамиде, подвергнуть электрофорезу в низкопроцентных полиакриламидных гелях, также содержащих 98%-ный формамид, то подвижность РНК будет определяться размерами их молекул [89, 90]. С помощью этого метода было осуществлено как аналитическое, так и препаративное разделение многих матричных и рибосомальных РНК [78] (рис. 10.7). [c.179]

В отличие от мочевины, формамид является весьма сильным денатурирующим агентом. Он полностью разрушает вторичную Структуру полинуклеотидов—как водородные связи, так и стэ- инг-взаимодействие между плоскостями гетероциклических ко-Мп нуклеиновых оснований. Электрофоретическая подвижность нуклеиновых кислот в гелях с формамидом зависит только от молекулярной массы, что открывает возможность ее определения р помощью маркеров и для высокомолекулярной РНК. [c.135]

Таким образом, следует иметь в виду, что введение высоких концентраций денатурирующих агентов (формамида и ДМСО) заставляет увеличить продолжительность центрифугирования в [c.237]

Переход от упорядоченной к неупорядоченной структуре ДНК часто называют переходом спираль — клубок, хотя столь же часто применяется термин денатурация . При переходах спираль — клубок обычно отмечают изменения в каких-нибудь физических свойствах молекулы, например характеристической вязкости, оптической плотности, коэффициента седиментации и т. д. Обычно переход спираль — клубок происходит при нагревании, при изменении pH и концентрации солей, а также под действием химических денатурирующих агентов, таких, как мочевина и хлоргидрат гуанидина для белков и формамид, формальдегид и этиленгликоль для нуклеиновых кислот (рис. Ы1). Температу- [c.21]

Успешное прохождение ДНК-полимеразой трудных участков за счет тех или иных описанных выше ухищрений является только половиной дела, поскольку в новосинтезированной комплементарной цепи ДНК также будут присутствовать эти участки с потенциальной вторичной структурой. После денатурации цепей ДНК в этих местах одноцепочечной ДНК образуются шпилечные структуры, заметно меняющие электрофоретическую подвижность такой молекулы ДНК. Результатом будет видимая на конечном радиоавтографе компрессия отдельных полос, не позволяющая их однозначное прочтение . Проведение гель-электрофореза при повышенных температурах или с добавлением в буфер формамида в качестве дополнительного денатурирующего агента, кроме мочевины, в ряде случаев позволяет избежать эффект компрессии. Был также предложен способ ликвидации эффекта компрессии при электрофоретическом разделении продуктов секвенирующих реакций, заключающийся в проведении дополнительного эта- [c.114]

К способам денатурации преимущественно химического типа относятся действия а) органических растворителей (ацетона, метилового, этилового и иных спиртов, пиридина, диоксана, эфира и др.) б) амидов, как например, мочевины, солей гуанидина, формамида, уретана и иных подобных веществ в) ионных детергентов, в частности анионных (алкил-сульфатов и т. п.) г) сали-цилата натрия и иных органических анионов, например трихлоруксусной кислоты д) минеральных солей, таких как СаС 2, Mg l2, K NS, которые при большой концентрации в растворе могут денатурировать белки е) солей тяжелых металлов. Кроме того, в качестве денатурирующих агентов обычно рассматривают протеазы, которые, по-видимому, могут вызывать денатурацию молекулы белка перед ее расщеплением. [c.160]

Молекулы нативной и денатурированной ДНК связываются с гидроксиапатитом при низкой концентрации фосфата (0,01 — 0,03 М натрий-фосфатный буфер, pH 6—8). При 0,12—0,14 и 0,4—0,5 М концентрации указанного буфера элюируются соответственно одно- и двухцепочечные формы ДНК [101—104]. Присутствие других однозарядных анионов, по-видимому, не имеет значения, однако добавление в элюент мочевины и (или) детергентов, например додецилсульфата натрия, приводит к увеличению выхода высокомолекулярной ДНК. Концентрация ионов фосфата, при которой с колонки с гидроксиапатитом элюируются молекулы нативной или денатурированной ДНК, не зависит от температуры. Поэтому при фракционировании на таких колонках можно использовать как процессы денатурации ДНК (т. е. разделять комплементарные цепи ДНК, денатурированной непосредственно на колонке под действием температуры или денатурирующих агентов типа формамида), так и реассоциации ДНК (образования двойной спирали из отдельных цепей ДНК). Реассоциация главным образом зависит от концентрации комплементарных цепей и, следовательно, от частоты их повторов в рассматриваемой последовательности [105]. С помощью контролируемой реассоциации ДНК генома с оли-гонуклеотидными зондами (фрагментами РНК или ДНК) и последующего разделения полученных гибридов на колонках с гидроксиапатитом можно определить число повторяющихся или уникальных последовательностей этой ДНК [105]. [c.183]

При нейтральном или близких к нему значениях pH большинство вирусов диссоциирует лишь при добавлении сильных денатурирующих агентов. Добавлением мочевины или формамида до концентрации 8—10 М при pH 7—8 можно вызвать диссоциацию многих вирусов, а для отделения высвободившегося белка от вирусной РНК часто прибегают к методу осаждения белка сульфатом аммония. Белок ВТМ, выделенный таким способом при 20%-ном насыщении сульфата аммония, нерастворим даже в присутствии дитиотреитола, предотвращающего самоокисление. Денатурированный белок ВТМ успешно ренатурирует при растворении в 8 М растворе мочевины и последующем диализе против 0,02 М фосфата при pH 6 [7]. Под действием мочевины ренатурация белка может произойти даже после его обработки галоидоводородными солями гуанидина (4 М), которые относятся к более сильным денатурирующим агентам. У таких детергентов, как додецилсульфат натрия, наблюдается тенденция слишком прочно связываться с белками, что и является основным недостатком при их использовании для выделения белков. [c.50]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология