Прибнова последовательности

Между блоком Прибнова и окружающими последовательностями существует вполне четкое разграничение. Если частота встречаемости оснований указывает на их важное значение для взаимодействий с РНК-полимеразой, то мы вправе ожидать, что высококонсервативный димер ТА в начале блока Прибнова и полностью консервативный Т в конце являются наиболее важными основаниями. Прочие основания в блоке Прибнова, обладающие промежуточной степенью консервативности, вероятно, также вовлечены в процесс взаимодействия с ферментом. Следующие несколько позиций, находящихся против хода транскрипции, имеют склонность быть обогащенными А Т-парами, которые, возможно, способствуют взаимодействию, но не являются абсолютно необходимыми. [c.144]

Среднестатистическая последовательность блока Прибнова состоит исключительно из пар А-Т. Это наводит на мысль о том, что ее функционирование может быть связано с плавлением и образованием одноцепочечных участков. Для разрыва двух водородных связей в каждой паре А-Т требуется меньще энергии, чем для разрыва трех водородных связей в паре О-С. Из этого следует, что для расхождения цепей в участке, состоящем из пар А-Т, требуется минимальное количество энергии. В действительности же большинство блоков Прибнова, идентифицированных в бактериальных промоторах, содержат одну пару О-С, поэтому в реакции плавления обычно расходуется больше энергии, чем то минимальное количество, которое возможно теоретически. [c.144]

Часто эту последовательность называют ТАТА или блоком Хогнесса. Эта каноническая последовательность всецело состоит из А-Т-пар (в двух положениях ориентация этих пар может изменяться). Только в незначительном числе описанных случаев присутствует пара G- . Блок, как правило, окружен последовательностями, богатыми G- , которые, возможно, принимают участие в его функционировании. Он почти идентичен с блоком Прибнова, обнаруженным в бактериальных промоторах. Действительно, единственное существенное отличие состоит в локализации этих участков. Блок Хогнесса располагается предпочтительно в положении —25, тогда как блок Прибнова В положении —10. Видимо, эта структура не абсолютно необходима для транскрипции, так как извест- [c.149]

В положении — 10 расположена консервативная последовательность, которая по своему А-Т-богатому составу аналогична блоку Прибнова, хотя все основания, образующие пары, находятся в одной ориентации [c.159]

К настоящему времени определены последовательности многих промоторов, узнаваемых РНК-полимеразой фага Т7. Они существенно отличаются от промоторов, с которыми взаимодействует фермент клетки-хозяина. Размеры промоторов фага Т7 меньше, чем размеры бактериальных промоторов. Для них характерно наличие консервативной последовательности протяженностью в 23 п.п., занимающей положение от — 17 до +6. Внутри этой области нет аналога блоку Прибнова, хотя промотор обогащен парами А—Т и обнаруживаются два по- [c.161]

Стартовая точка транскрипции отстоит у разных промоторов на 6—9 п. н. от последовательности Прибнова (рис. 85). Начальным нуклеотидом РНК чаще всего является диктуемый матрицей А или Q. Предпочтение пуринов, однако, неабсолютно, и есть несколько промоторов, на которых транскрипты начинаются с С или U, несмотря на наличие на расстоянии одного-двух нуклеотидов потенциального пуринового начала. У некоторых промоторов стартовая точка не строго фиксирована инициация происходит с двухтрех соседних нуклеотидов матрицы. [c.141]

Бокс Прибнова (Pribnow box) Нуклеотидная последовательность у прокариот, расположенная за 10 нуклеотидов до сайта инициации транскрипции. Обычно состоит из 6 нуклеотидов ТАТААТ. [c.545]

Блок прибнова — каноническая последовательность ТАТААТО, находящаяся на расстоянии около 10 п. н. перед стартовой точкой транскрипции бактериальных генов. Представляет собой часть промотора, отвечающую за связывание РНК-полимеразы. [c.459]

Против хода транскрипции от стартовой точки располагается область из 6 п. н., которая может быть обнаружена почти во всех промоторах. Эта последовательность не является строго постоянной, но всегда имеет большое сходство с последовательностью ТАТААТ, которая часто называется блоком Прибнова. Фактически как таковая последовательность ТАТААТ встречается довольно редко, но она является среднестатистической, или канонической, последовательностью, составленной из оснований, наиболее часто встречающихся в каждой позиции. [c.143]

Рис. 11.5. Точки контакта для РНК-цолимеразы находятся на одной поверхности ДНК, образующей промотор. Последовательность ДНК представляет типичный промотор с консервативными последовательностями в положениях -35 и -10. Область первоначального разделения цепей начинается от блока Прибнова и заканчивается сразу за стартовой точкой.

Мутация, локализующаяся в области блока Прибнова и усиливающая транскрипцию, обнаружена в /ас-промо-торе. Промотор дикого типа имеет структуру TATGTT. Мутация, усиливающая транскрипцию, приводит к возникновению последовательности TATATT. Таким образом, ее эффект состоит в увеличении степени гомологии со среднестатистической последовательностью. Должна существовать какая-то причина, в силу которой это увеличение эффективности не произошло спонтанно и не было закреплено отбором у бактерий. (Очень небольшое число других мутаций, усиливающих транскрипцию, было обнаружено в участке — 10. Все они возникают в промоторах, у которых гомология с блоком Прибнова слищком незначительна, чтобы можно было понять механизм действия этих мутаций. Однако вполне возможно, что они повышают степень гомологии со среднестатистической последовательностью.) [c.145]

Но в области — 35 обнаруживаются различия. Как и в случае промоторов Е. соИ, только в этой области (кроме блока Прибнова) промоторов средних генов можно выявить сколько-нибудь консервативную последовательность. Эта последовательность представляет собою гексануклеотид [c.160]

На рис. 15.15 показана нуклеотидная последовательность контролирующей области да1-оперона. Использование других ее стартовых точек при транскрипции определяется условиями инициации. В присутствии активного белка БАК инициация осуществляется в точке, обозначаемой обычно + 1. (Все положения оснований в случае обоих промоторов обозначаются относительно этой точки.) Эта стартовая точка использована для идентификации промотора да1Р1, который содержит последовательность Прибнова между основаниями в положениях — 12 и — 16 и не содержит канонической последовательности — 35. В отсутствие белка БАК оперон еще может транскрибироваться, но инициация происходит в положении — 5. Эта точка соответствует промотору да1Р2, в котором имеется последовательность Прибнова между основаниями в положениях — 17 и — 11. [c.200]

У бактерий им соответствует блок Прибнова (ТАТААТ), расположенный примерно за 10 п. н. от старта, кстати очень похожий по последовательности на ТАТА-блок, и элемент —35 (TGTTGA A), расположенный за 35 п. н. от старта. [c.65]

Экспрессирующий элемент триптофанового оперона состоит из 222 п. о Промотор имеет рамку Прибнова за 7 п. о. и —35 — последовательность за 26 п.. о. от старта мРНК. Активность оперона регулируется концентрацией триптофана в клетке. При повышении концентрации триптофана транскрипция блокируется присоединением репрессора к оператору, локализованному в области промотора. Другой механизм регуляции — это терминация транскрипции иа участке аттенуатора, который расположен на расстоянии 140 п. о. от стартовой точки мРНК. [c.193]

Н уклеотидные последовательности промоторов обычно богаты парами АТ. Их называют также ТАТА-последовательностями или последовательностями Прибнова. Примеры некоторых из них представлены на рис. 15.8. После инициации транскрипции а-фактор покидает минимальный фермент и дальнейшая элонгация, т. е. наращивание РНК, производится тетрамером РНК-полимера-зы (рис. 15.9). Скорость роста цепи РНК у Е. oli при 37°С составляет около 40—45 нуклеотидов в секунду. (Сравните ее со скоростью репликации — гл. 6.) [c.382]

Свердлов ЕД., Калинина Н.Ф. Расщепление одноцепочечных ДНК по остаткам Т, двухцепочечных - по последовательностям ТА, TG, ТС при действии NaBH4- Увеличенная реакционноспособность центрального Т в боксе Прибнова ряда промоторов // Там же. 1984. Т. 10. С. 418-421. [c.41]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология