Конформация углеводных остатков

Рис 9. Две конформации углеводных остатков, встречающиеся в ДНК и РНК [c.23]

Впоследствии было обнаружено значительное число вариантов А-и В-форм ДНК (в особенности последней). Таки.м образом, можно говорить о двух семействах форм двойной спирали, отличающихся конформацией углеводного остатка. В то же время двойные спирали, относящиеся к любому из этих семейств, всегда закручены право. [c.27]

Отметим также, что при изменении конформации углеводного остатка заметно изменяется расстояние между фосфатными группами в полинуклеотидной цепи (рис. 11). [c.23]

Конформация углеводных остатков [c.127]

Были сделаны попытки применить для определения конформации углеводного остатка нуклеозидов и нуклеотидов в растворах метод ЯМР, однако полученные результаты не поддаются однозначной трактовке и проблема остается нерешенной. [c.132]

Можно ли предсказать равновесные конформации углеводного остатка и оценить относительные энергии эндо- и э/сзо-форм Очевидно, что, располагая эмпирическими потенциальными функциями и пользуясь приемами, описанными в гл. 2, это нетрудно сделать. А. А. Луговской и В. Г. Дашевский [14] рассматривали энергию напряжения Р-Д-рибозы (или дезоксирибозы) в следующем виде [c.403]

Конформации углеводного остатка, которые можно характеризовать углами о, а", а" (см. рис. 9.4), имеют интервалы значений этих углов в мономерных компонентах 204° 2°, 37° 4°, 97° 6 [c.420]

Уже на раннем этапе изучения пространственной структуры ДНК выяснилось, что при изменении внешних условий двойная спираль может принимать формы, отличные от уотсон-криковской (В-фор-мы). Так, при понижении влажности (в препарате образца для рентгеноструктурного анализа) или активности воды в растворе (при добавлении спирта, например) ДНК переходит в так называемую А-форму (рис. 14). Этот переход связан в первую очередь с изменением конформации углеводного остатка. Если в В-форме ДНК остаток дезоксирибозы находится в С2 -дайо-конформации, то при переходе в А-форму он принимает СЗ -зк<Зо-конформацию. Как было показано на рис. И, это приводит к уменьшению расстояния между фосфатными группами и, следовательно, к уменьшению расстояний между нуклеотидными парами вдоль оси спирали (до примерно 0,25 нм при И нуклеотидных остатках на виток спирали).. Диаметр спирали увеличивается, изменяется ширина и глубина бороздок, пары оснований образуют с осью спирали угол около 20 и, главное, смещены к пери(]жрии спирали. Вследствие этого спи- [c.26]

Экспериментальные данные, полученные с помощью рентгеноструктурного анализа, показывают, что остаток рибозы в нуклеозидах и нуклеотидах имеет обычно конформацию V . Такая конформация углеводного остатка была, например, показана рентгеноструктурным исследованием кристаллов цитидина уридина уридин-5 -фосфата аденозина и комплекса аденозин-5-бромуридин 5. Более точные рентгеноструктурные исследования (табл. 2.3) показывают, что наряду со значительным отклонением (0,5—0,6 А) З -углеродного атома остатка рибозы от плоскости кольца, соседний (С-2 ) углеродный атом также выведен из этой плоскости на 0,10—0,15 А в ту же самую или противоположную сторону. Остаток рибозы, таким образом, имеет при этом конформацию, промежуточную между идеализированными конформациями, рассмотренными выше. Так, конформация остатка рибозы в аденозин-З -фосфате является промежуточной между конформа-циями V и V (ближе к первой), а в аденозин-б -фосфате — между конформациями и Тг> [c.131]

Одна из них — двугранный угол, образуемый плоскостями основания и пентофуранозного остатка этот угол может быть определен лишь из данных рентгеноструктурного анализа. Найденные значения двугранного угла находятся в пределах 65—80° при определении его за плоскость пентофуранозы принимают обычно не плоскость С-1 —С-4 —О, а среднюю плоскость (плоскость, сумма квадратов отклонений от которой всех атомов пентофуранозного цикла минимальна), так что найденные различия могут частично отражать различия в конформации углеводного остатка. Большинство определенных экспериментально значений попадает, однако, в интервал 70—75°. [c.134]

Остановимся сначала на конформациях углеводного остатка — 2-дезокси-р-0-рибозы в ДНК или p-D-рибозы в РНК- Пространственная структура 2-дезоксирибозы впервые была грубо определена в результате рентгеноструктурного исследования кристалла 5-бромтимидина. Эта структура была единственной, которой мог воспользоваться Спенсер [5] в конце пятидесятых годов для построения модели, показавшей ряд структурных особенностей фуранозного кольца. Прежде всего он нашел, что наиболее выгодные конфор.мации соответствуют отклонению атомов Сг- и Сз из средней плоскости остальных четырех атомов кольца. [c.402]

Для ряда дезоксирибонуклеозидов (тимидина, дезоксиуридина и других) при помощи ЯМР-спектров обнаружена такая конформация углеводного остатка, в которой из средней плоскости выступают не атомы Са или Сз, а циклический атом кислорода (О-эк о-копформация). [c.365]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология