Фракционирование длинных олигонуклеотидов

Фракционирование длинных олигонуклеотидов [c.275]

РНК, полученная одним из упомянутых выше методов, представляет собой сложную смесь полинуклеотидов с цепями различной длины и продуктов их распада, или олигонуклеотидов. (Олигонуклеотидами считают обычно небольшие полинуклеотиды, содержащие от 2 до 7 нуклеотидных единиц.) Часто возникает необходимость в дальнейшем фракционировании этой сложной [c.41]

Очистка и фракционирование длинных олигонуклеотидов (до 17 остатков) методом ионообменной ЖХВД требует принятия мер, предотвращающих образование локальных вторичных структур за счет комплементарных участков. Для этой цели было предложено вести элюцию с колонки Partisil 10-SAX линейным градиентом концентрации фосфатного буфера (О—0,3 М), pH 6, в 30%-ном (а в некоторых случаях 60%-ном) растворе формамида при комнатной температуре [Newton et al., 1983]. [c.322]

Наносимый па колонку пуклеазпый гидролизат РНК должен содер- кать 7 М мочевипу, иметь соответствующее значение pH (см. табл. 1), а обгцая концентрация солей в нем обычно не должна превышать 0,02 М. Для последующего фракционирования более длинных олигонуклеотидов можно повысить начальную коицептрацию соли. Скорость элюирования — 0.5—1 мл мин на 1 см поперечного сечения колонки. Более подробные с ведения об этом методе приведены в табл. 1 п па фиг. 2 и 3. [c.87]

Описан родственный метод, основанный на образовании специфического комплекса с молекулами, имеющими относительно короткие цепи [563]. Этерификацией гидроксильных групп целлюлозы концевыми 5 -фосфатными остатками смеси политимидиловых кислот с небольшой длиной цепи при помощи дициклогексилкарбодиимида было достигнуто ковалентное связывание этих олигонуклеотидов с целлюлозой. При 4° гекса(дезоксиадениловая кислота) удерживалась колонкой и, таким образом, могла быть отделена от гекса(тимидиловой кислоты) олигоадениловая кислота элюировалась при 35°. Этим методом возможно фракционирование транспортных РНК [563]. [c.371]

Олигонуклеотиды с молекулярным весом менее 10 ООО фракционируют электрофорезом в 15%—ном полиакриламидном геле Gould et al., 1969), где олигонуклеотиды делятся главным образом в соответствии с размерами молекул чем меньше молекула, тем быстрее она движется через гель. Таким образом, этот метод подобен хроматографическому разделению по длине цепи, однако для длинноцепочечньк олигомеров электрофорез в геле позволяет получить лучшее разрешение, чем хроматография. Это показано на рис. 11.7, где сравниваются положения олигонуклеотидов из Т -РНК-азного гидрохшзата РНК TMV при электрофорезе и колоночной хроматографии. Из рисунка следует, что в геле олигонуклеотиды с длиной цепи более 8 звеньев разрешаются, хотя и не так хорошо, как олигонуклеотиды с меньшей длиной цепи, тогда как на колонке плохо делятся олигонуклеотиды уже с длиной цепи более 6. Поэтому гель-электрофо-рез может быть эффективным методом фракционирования олигонуклеотидов с длиной цепи больше 8. [c.289]

Опыт работы с С-специфичной нукле ой из сырых препаратов щелочной фосфатазы показывает, что она пригодна для расщепления олигонуклеотидов и небольших нуклеиновых кислот. При фракционировании по длине цепи продуктов действия С-нуклеазы на такие большие нуклеиновые кислоты, как РНК TMV, не удается достигнуть такого разрешения, как в случае панкреаттеского или Т. -РНК-азного гидролизатов. Причина этого не ясна. Возможно, не все связи, теоретически чувствительные к этому ферменту, гидролизуются, или же часть олигонуклеотидов, оканчивающихся цитидиловой кислотой, остается в виде промежуточных 2 ,3 -циклофосфатов, а не З -фосфомоноэфиров, Любая из этих возможностей должна привести к усложнению смеси [c.293]

Полимеры нуклеозидмонофосфатов, в молекулах которых 3 - и 5 -гидроксильные группы двух соседних углеводных остатков связаны фосфодиэфирным мостиком, представляют собой ковалентный каркас нуклеиновых кислот. Соединения, содержащие менее 50 нуклеотидных остатков, обычно относят к олигонуклеотидам. Олигонуклеотиды, построенные из остатков одного и того же нуклеотида, называют гомополимерами. Их получают либо синтетическим путем, либо в результате расщепления более длинных полимеров. Этот раздел посвящен хроматографии олигонуклеотидов на колонках фракционирование этих соединений с помощью электрофореза на бумаге и в геле рассмотрено в разд. 10.7. [c.168]

Предложенный Эганом и Кельмерсом [41] метод ВЭЖХ на сорбенте КРС5 был успешно использован для фракционирования олигонуклеотидов [41—43]. Этот сорбент состоит из мельчайших сферических гранул полихлортрифторэтилена, покрытых пленкой галогенидов четвертичных аммониевых оснований, в состав которых входят три длинных алкильных остатка (Се—С12). [c.169]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология