Кодоны связывание с белком

В ЭТИХ опытах (связывание т-РНК с рибосомами) полирибонуклеотид можно заменить тринуклеотидом и таким образом точно определить последовательность нуклеотидов в кодоне. Например, присоединение т-РНК лейцина к рибосомам и включение лейцина в белок определяется кодоном ииС, причем если те же три нуклеозида расположены в заменяющем и-РНК тринуклеотиде в порядке ОНи или СОи, то т-РНК лейцина уже не связывается с рибосомами. [c.690]

СВР — белок, связывающийся с 7-метилгуанозином (7mG) elF — факторы инициации трансляции > — инициирующий кодон RBS — сайт связывания рибосом 40S и 60S — малая и большая субъединицы рибосом [c.37]

Миллер, Лу и их сотрудники [145а, Ь] с успехом использовали супрессорные мутации и получили с их помощью около 300 мутантных типов Za -репрессорного белка Е. соИ. На первом этапе вводили атЬег-мутации приблизительно в 80 положений гена. Далее с целью клонирования мутантные гены переносили в эписомы (см. следующий раздел). Затем эти вирусоподобные эписомы использовали для заражения пяти штаммов бактерий, несущих супрессорные мутации, благодаря которым считывание кодона UAG (терминирующего) приводило к включению в белок различных аминокислот. Из этих инфицированных бактерий выделяли большие количества мутантных форм 1ас-репрессора. Оказалось, что многие мутации, локализованные вблизи от N-конца, влияют на связывание репрессора с ДНК, тогда как мутации, локализованные в центральной части, влияют на связывание с индуктором. [c.256]

Последовательность оснований длиной 6 — 8 нуклеотидов, расположенная непосредственно перед инициирующим кодоном АУГ у Е. соИ, определяет эффективность процесса трансляции. Эта последовательность представляет собой участок связывания мРНК с рибосомой, и его сдвиг в ту или иную сторону способен уменьшать эффективность трансляции мРНК. По имени исследователей, идентифицировавших этот участок, он был назван последовательностью Шайн-Дальгарно. Обычно эту последовательность включают в состав самого вектора вместе с инициирующим кодоном на нужном расстоянии. При экспрессии векторов такого типа образуется гибридный белок, в котором несколько N-концевых аминокислотных остатков происходят от источника регуляторных элементов и инициирующего кодона прокариотического гена. Такие гибридные белки часто более стабильны обработка их химическим или ферментативным способом приводит к вьщелению эукариотической части белка. [c.123]

Хотя смысл большинства кодонов был первоначально установлен с помощью белоксинтезирующего аппарата Е. соН, последующие опыты по специфическому связыванию с трииуклеотидами, проведенные с аминоа-цил-тРНК из представителей различных таксономических групп, как прокариотов, так и эукариотов (включая человека), продемонстрировали универсальность кодовой таблицы. Предварительные данные в пользу универсальности кода были получены еще при исследовании аминокислотных замен в мутантных белках (см. табл. 28). Все эти замены могли быть объяснены замещениями единичных оснований согласно кодовой таблице (табл. 27), хотя исследованные мутантные белки включали не только белки Е. соН, ио и белок оболочки вируса табачной мозаики и гемоглобин человека. [c.458]

Сложность, возникающая при исследовании локализации S1 в рибосоме, обусловлена формой этого белка, которая очень вытянутая. Опыты с бифункциональными реагентами показали, что данный белок расположен рядом с белками S18 и S21. Эти белки в опытах с использованием метки по сродству реагируют с тРНК, связанной с кодоном AUG. Они располагаются в передней части малой субчастицы. Исходя из этого, можно предположить то, что рассматриваемые три белка образуют относительно небольшой домен, ответственный как за первичное связывание мРНК, так и за связывание инициаторной тРНК. [c.114]

Каждый из регуляторов является рибосомным белком, который связывается непосредственно с рРНК. Его влияние на трансляцию обусловлено способностью связываться также со своей собственной мРНК. В некоторых случаях были охарактеризованы сайты связывания. Например, в опероне L11 белок L1 связывается с сайтом, расположенным поблизости от инициирующего кодона первого гена. Это, по-видимому, подавляет связывание рибосом. Такое подавление влияет на трансляцию обоих генов оперона, вероятно, потому, что между генами L11 и L1 находится всего три нуклеотида. Следовательно, предположение, что гены могут быть транслированы только последовательно, вполне правдоподобно. [c.203]

Для того чтобы синтезированная мРНК транслировалась, в непосредственной близости от инициирующего кодона AUG должен находиться участок связывания рибосомы. Были сконструированы клонирующие векторы, у которых сайт рестрикции для встраивания чужеродной ДНК находится рядом с участком связывания рибосомы. Обычно это достигается благодаря тому, что вставка содержит кодон AUG. На рис. 19.9 показано, как любая последовательность чужеродной ДНК (прокариотической или эукариотической), начинающаяся с кодона AUG, может быть встроена в этот участок и будет транскрибироваться и транслироваться в бактериях. В результате синтезируется белок, точно соответствующий кодирующему участку вставки. [c.245]

Другим довольно неожиданным фактом оказался наблюдаемый в клетках, зараженных фХ174, синтез дополнительного белка А. Функция этого белка неизвестна, однако известно, что его аминокислотная последовательность совпадает с С-концевой половиной последовательности белка, кодируемого геном А. Белок А считывается с мРНК-тран-скрипта гена А, который содержит дополнительный внутренний сайт связывания с рибосомой, расположенный (как показано на рис. 12.6) на подходящем расстоянии от триплета AUG, который таким образом может выступать в роли дополнительного инициаторного кодона. Синтез белка А происходит с использованием в качестве матрицы той же мРНК в той же рамке считывания, что и для белка А. [c.90]

Судить о частоте ощибок в процессе белкового синтеза можно, определив, как часто включается в данный белок какая-нибудь аминокислота, в норме в нем отсутствующая. Наблюдения показывают, что в среднем на каждые 10" аминокислот включается одна неправильная аминокислота, и, значит, только одна ощибка приходится на каждые 25 синтезируемых белков среднего размера (400 аминокислот). Точность процесса декодирования зависит от надежности двух адапторных механизмов, о которых мы уже говорили выще от связывания каждой аминокислоты с соответствующей молекулой гРНК и от спаривания кодонов в мРНК с антикодонами тРНК (см. рис. 5-12). Неудивительно, что в ходе эволюции в клетках возникли механизмы, которые обеспечивают снижение числа ощибок на этих двух ключевых этапах белкового синтеза [c.272]

Второй путь — создание гибридного сайта связывания с рибосомами. В этом случае проводят расщепление в молекуле бактериальной ДНК между последовательностью SD и кодоном инициации. Чужеродный структурный ген несет собственный кодон инициации и несколько нуклеотидов перед ним. Объединение in vitro таких конструкций дает гибридный сайт связывания с рибосомами (рис. 28,6). Преимущество метода состоит в том. что в клетке синтезируется нормальный полноразмерный чумеродный белок. Недостаток связан с тем, что нельзя создать унифицированный, подходящий для всех белков гибридный сайт инициации трансляции. Это обстоятельство сопряжено с необходимостью оптимизации вторичной структуры мРНК. На практике в каждом случае варьируют расстояние от SD до AUG и меняют нуклеотиды между ними. [c.157]

НИИ И главу 4). Другими словами, многие V-гены зародышевой линии являются открытыми рамками считывания . Обнаруживается статистически значимое снижение наблюдаемой частоты стоп-кодонов внутри кодируюших участков V-генов по сравнению с ожидаемой на основании процесса случайных мутаций [11]. Это относится и к так называемым V-псевдогенам — нефункциональным V-генам, которые не могут экспрессироваться как мРНК и белок вследствие мутационных повреждений, нарушивших рамку считывания кодируюшего участка или изменивших регуляторную последовательность. Считается, что такие поврежденные гены накапливают мутации, так как они не могут подвергаться действию отбора. Итак, низкая встречаемость точковых мутаций (или мутаций сдвига рамки из-за вставок или потерь оснований), приводяш их к появлению стоп-кодона и в функциональных генах, и в псевдогенах предполагает сушествование механизма, который направлен на поддержание открытой рамки считывания V-генов зародышевой линии. Однако открытая рамка считывания может подвергаться отбору только на уровне связывания антигеном, связывания интактного гетеродимера, расположенного на поверхности клетки, и антигена. [c.156]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология