Рибосомы сайт связывания

Сайт связывания с рибосомой [c.223]

Рис. 10.13. Сконструированные участки ДНК из комбинаторной библиотеки кДНК Fv-фрагмента, клонированные в бактериофаг а. А и Б. Фрагменты ДНК L-( ) и Н-( ) цепей раздельно встроили в векторы на основе бактериофага а. В. Провели рестрикцию каждой iT oRI-библиотеки и лигировали фрагменты ДНК из библиотеки Н-цепи с фрагментами ДНК из библиотеки L-цепи, в результате чего получили комбинаторную библиотеку, содержащую все возможные сочетания фрагментов L- и Н-цепей с экспрессией соединенного фрагмента в одном векторе. pLa - /ас-промотор Е. соН, ССР - сайт связывания с рибосомой.

Различия в трансляции связаны - по крайней мере частично — со свойствами имеющегося в транскрибированной РНК сигнала инициации трансляции, называемого сайтом связывания рибосомы. Сайт связывания рибосомы - это [c.118]

Рибосомы Сайт связывания рибосом [c.16]

Клонируемый ген встраивают в N ol-, Pst -или // иёШ-сайт, расположенный между сайтом связывания рибосомы и сайтами терминации транскрипции. Если его рамка считывания не попадает в ногу с кодоном AUG, то необходимо произвести минимальную коррекцию. В этом случае после индукции и транскрипции происходит достаточно эффективная трансляция клонированного гена. Однако следует иметь в виду, что поскольку нуклеотидная последовательность, кодирующая N-концевой участок белка-мищени, у разных клонированных генов неодинакова, нельзя создать универсальный вектор, исключающий одноцепочечное спаривание мРНК при любых обстоятельствах. Поэтому ни одна из областей инициации трансляции, как бы она ни была оптимизирована, не может га- [c.121]

Сайт связывания с рибосомой Ферментативная активность, ЕД/л [c.292]

Таким образом, для эффективной экспрессии чужеродных генов в бациллах желательно использовать вектор с бациллярным промотором и бациллярным сайтом связывания с рибосомами. У бацилл, которые имеют сложный цикл дифференцировки, существуют наборы генов, выражающиеся на определенных стадиях клеточного развития. Одним из главных механизмов переключения является изменение сигма-фактора РНК-полимеразы. Таким образом, можно применять промоторы, которые будут включать чужеродный ген в желаемое для нас время клеточного развития. Для продления эффективного синтеза чужеродного продукта можно использовать тандемные промоторы, например, промотор, который узнается при участии сигма -субъединицы (ранняя стационарная фаза), и промотор, который распознается при участии сигма (поздняя стационарная фаза). Можно отметить, что созданы специальные векторы для отбора бациллярных промоторов. [c.173]

Рис. 6.13. Внутрицепочечное спаривание в молекуле мРНК, препятствующее эффективной трансляции. GGGGG - сайт связывания рибосомы, AUG (красные буквы) - инициаторный кодон, AG- AU-GAU-UUA-иии - несколько первых кодонов. Обратите внимание, что кроме обычных для мРНК пар A-U и G- иногда образуются пары G U.

Второй путь — создание гибридного сайта связывания с рибосомами. В этом случае проводят расщепление в молекуле бактериальной ДНК между последовательностью SD и кодоном инициации. Чужеродный структурный ген несет собственный кодон инициации и несколько нуклеотидов перед ним. Объединение in vitro таких конструкций дает гибридный сайт связывания с рибосомами (рис. 28,6). Преимущество метода состоит в том. что в клетке синтезируется нормальный полноразмерный чумеродный белок. Недостаток связан с тем, что нельзя создать унифицированный, подходящий для всех белков гибридный сайт инициации трансляции. Это обстоятельство сопряжено с необходимостью оптимизации вторичной структуры мРНК. На практике в каждом случае варьируют расстояние от SD до AUG и меняют нуклеотиды между ними. [c.157]

Эффективность синтеза белка зависит от наличия в его мРНК специфических нуклеотидных последовательностей. Чтобы предотвратить разрушение белкового продукта или обеспечить его секрецию, клонированные гены, которые кодируют этот белок, подвергают направленным изменениям. Это может быть присоединение сайта связывания рибосомы перед сайтом инициации транскрипции (который в свою очередь тоже бывает нужно присоединить) или до- [c.130]

Содержимое клеточного ядра (нуклеоплазма) отделено от цитоплазмы ядерной оболочкой. Дцерная оболочка образована двойной мембраной. Сферическая внутренняя ядерная мембрана содержит специфические белки, выступающие в качестве сайтов связывания ядерной ламины, которая поддерживает мембрану и контактирует с хромосомами и ядерными РНК. Эта мембрана окружена внешней ядерной мембраной, очень схожей с мембраной эидоплазматического ретикулума, в которую она переходит (рис. 8-19). Внешнюю (наружную) ядерную мембрану можно рассматривать как особую часть мембраны ЭР. Подобно мембранам шероховатого ЭР (см. разд. 8.6.1), внешняя ядерная мембрана усеяна рибосомами, участвующими в синтезе белка. Белки, образованные на этих рибосомах, переносятся в пространство между внешней и внутренней ядерными мембранами (перинуклеарное пространство), которое в свою очередь связано с просветом ЭР (см. рис. 8-19). [c.24]

На рис. 15.6 показано, что в эту область входит сайт связывания с рибосомами, в котором за кодоном AUG следует область из 13 кодонов. Транслируется ли эта область в лидерный пептид Хотя продукт не был обнаружен in vivo, его отсутствие могло объясняться просто его нестабильностью. Известно, что этот сайт связывания с рибосомами является функционально активным, поскольку в тех случаях, когда он слит со структурным геном, поддерживает эффективную трансляцию. [c.192]

Позиция сайта, в которой всегда обнаруживается один и тот же нуклеотид, согласно этой формуле, содержит 2 бит информации, позиция с равной встречаемостью всех четырех нуклеотидов - О бит. Позиционно-зависимое количество информации, вычисленное для сайтов связывания рибосомы, приведено на рис.4.5. Самый большой пик на этом рисунке соответствует инициирующему кодону, меньшего размера пик вблизи -10 - области Шайна - Дальгарно. [c.133]

Если в инфицированной фагом клетке присутствует одноцепочечная ДНК, она будет связывать белок р32. Однако в отсутствие одноцепочечной ДНК или по крайней мере в условиях, при которых образуется излишек белка р32, белок предотвращает трансляцию своей собственной мРНК. Репрессия этого типа проявляет такой же кооперативный эффект, как и при связывании белка с ДНК, когда связывание одной белковой молекулы способствует более легкому связыванию другой. Следовательно, мы можем предполагать, что репрессия осуществляется путем связывания белка р32 с мРНК, что мешает инициации транскрипции. Вероятно, это происходит в протяженной одноцепочечной области вблизи сайта связывания с рибосомами. [c.204]

Другим довольно неожиданным фактом оказался наблюдаемый в клетках, зараженных фХ174, синтез дополнительного белка А. Функция этого белка неизвестна, однако известно, что его аминокислотная последовательность совпадает с С-концевой половиной последовательности белка, кодируемого геном А. Белок А считывается с мРНК-тран-скрипта гена А, который содержит дополнительный внутренний сайт связывания с рибосомой, расположенный (как показано на рис. 12.6) на подходящем расстоянии от триплета AUG, который таким образом может выступать в роли дополнительного инициаторного кодона. Синтез белка А происходит с использованием в качестве матрицы той же мРНК в той же рамке считывания, что и для белка А. [c.90]

Рис. 4.5. Информационное содержание сайта связывания с рибосомой (S hneider et al., 1986)

Недостатком метода является необходимость оптимизации конструкции гибридного участка связьшания рибосом в каждом конкретном случае. Оптимизация заключается в изменении числа и характера нуклеотидов между участком связывания рибосом (последовательность Шайн — Делгарпо) и инициирующим кодоном. Возможно, такая оптимизация связана с изменением вторичной структуры мРНК в области инициации трансляции. Некоторые примеры, показывающие важность оптимальной структуры сайта связывания с рибосомами для увеличения выхода чужеродного белка, приведены иа рис. 5.4. [c.101]

Для максимизации экспрессии существенным является соблюдение оптимального расстояния межд> SD-сайтом и инициирующим кодоном. Показано, что расстояние в 9 п. о. оптимально при экспресии лейкоцитарного оА (о2) и фибробластного интерферонов. Выход резко меняется при изменении расстояния. Так, для -интерферона выход составляет (%) 0.4 при расстоянии 2 п. о., 50 при 8, 1.6 при 15 п. о. (оптимум 100% — 9 п. о.). Вероятно, эти различия связаны с образованием вторичной структуры РНК ( шпильки ) и, следовательно, зависят от последовательностей клонированного гена, окружения SD-сайта и состава кодонов между SD и ATG. Таким образом, структура сайта связывания с рибосомами должна оптимизироваться для каждого нового гена индивидуально. В целом вариации структуры сайта связывания с рибосомами могут дать изменение экспрессии приблизительно в 10 раз. [c.195]

Ген Бактери- альный промотор Сайт связывания рибосомы Дополнительная К-терминаль-ная последовательность последовательность НА ( аминокислот) Индук- ция Уровень экспрессии % общего белка молекулы/клетка [c.164]

Как известно, экспрессия генов осуществляется путем их транскрипции и трансляции. Эффективность транскрипции за висит, прежде всего, от степени сродства РНК-полимеразы к iipo-мотору, а эффективность трансляции — от стабильности мРНК и ее способности связываться с рибосомами. Следовательно, системы транскрипции и трансляции реципиентных клеток долз.с-ны узнавать последовательности нуклеотидов в регуляторных сайтах клонируемых генов Это достигается путем присоединения чужеродного гена к промотору, сайту связывания рибосом и терминатору транскрипции, специфичным для тех клеток, в которых ген клонируется. Готовый набор этих элементов называют экспрессионной кассетой. Встраивание в кассету чужеродного гена приводит обычно к его экспрессии. [c.314]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология