также Пары уотсон-криковские

Сравнение табл. 19 и 4 показывает, что равновесное распределение таутомеров пары Г — Ц в ионизированных состояниях значительно отличается от распределения в нейтральном состоянии. Прежде всего увеличивается концентрация таутомера П1 (см. обозначения на рис. I и 12), причем для анионной формы он имеет более низкую энергию, чем таутомер I, соответствующий уотсон-криковской паре. Последнее свидетельствует о том, что устойчивой формой аниона пары Г — Ц является таутомер 1П. Видно также, что равновесные концентрации таутомеров II и IV для катиона и аниона меньше, чем для нейтральной пары оснований. [c.70]

Для СС-пар, которые также исследовались в кристаллах, наблюдается другая ситуация. В этом случае имеет место только уотсон-криковское спаривание, что, вероятно, обусловлено наличием трех водородных связей в этой структуре. [c.295]

ДНК-РНК-гибрида также удерживаются вместе водородными связями. Водородные связи возникают между пуриновыми и пиримидиновыми основаниями двух цепей очень специфическим образом. Другими словами, основания одной цепи совмещены с основаниями второй цепи таким образом, что пуриновое основание ео.а, связ водородными связями с пириьГидиновым осн а-нием и наоборот. Говоря более точно, аденин и тймин"(урацил) способны связываться друг с другом двумя водородными мостиками, образуя пару. Точно так же спариваются гуанин и цитозин, способные образовать три водородные связи друг с другом. Такое специфическое образбваТше водородных связей [уотсон-криковские пары) важно при репликации, так как две цепи [c.114]

Кроме стандартных Уотсон — Криковских пар оснований, а именно G С и А U, для спиралей рибосомной РНК оказались характерными пары G U. В составе спиралей рибосомной РНК, как и в тРНК, изредка могут встречаться пары G А, а также противостояния А С и и и. Неканонические пары чаше встречаются в длинных спиралях РНК (в самой длинной спирали З -кон-цевого района 16S РНК Е. соИ, состоящей из 22 пар оснований, имеется 7 пар G U и 3 пары G А ). [c.76]

Включение нуклеотида, не комплементарного матричному, деления или замена нуклеотида обычно приводят к образованию петли в двойной спирали ДНК (см. с. 230). В последующих репликациях ДНК петля исчезает вследствие полуконсерватив-иого синтеза, но первичная структура ДНК остается измененной. Наряду с образованием петель возможно образование пары, отличной от уотсон-криковской вследствие способности азотистого основания создавать необычные водородные связи (с. 231), а также вследствие таутомерии (с. 37). [c.283]

Статистическая механика редупликации [168, 169] (см, также [6]) исходит из модели Изинга (см. стр. 137). Первое предположение состояло в том, что происходит расплетание спирали на обоих концах. На звеньях освободившихся цепей сорбируются НТФ. Нуклеотидная связь новой цепи возникает, если на любых двух соседних звеньях матрицы сорбированы нуклеотиды, пригодные для образования уотсон-криковской пары. Исследование полученной при этих предположениях статистической суммы позволяет найти зависимость степени редупликации от концентрации НТФ. В силу условия кооперативности (требования надлежащего соседства сорбированных НТФ) редупликация должна идти при критическом значении хнтф/хфф по принципу все или ничего , как фазовый переход. Это справедливо, конечно, лищь цри очень больщих М] при 10 получается лищь 5-образ-ность. В рамках той же теории мы приходим к грубому описанию денатурационного перехода. [c.539]

Другой путь возникновения транзиций-это случаи ошибочного спаривания, приводящие к возникновению неканонических пар и, следовательно, к дефектам в уотсон-криковской спирали. В нормальном цикле репликации такая ошибка может случайно произойти вследствие включения неправильного основания. Спонтанная частота ошибок определяется прежде всего точностью фермента ДНК-полимеразы, отвечающей за репликацию (см. гл. 32). Существует также более ограниченный репара-тивный синтез ДНК, который активируется в результате генетической рекомбинации или повреждения ДНК (см. гл. 34). Различные системы репарации характеризуются разной частотой ошибок. Например, одна из репара-тивных систем Е. соИ особенно часто делает ошибки, и, следовательно, ее активация может стимулировать образование мутаций. Мы не располагаем достаточной информацией о частоте возникновения мутаций такого рода. [c.38]

Условия совместимости спиралей. Возможные элементы вторичной структуры РЖ представлены на рис.6.1. Двутяжевый спиральный участок, или для краткости спираль, состоит из нескольких комплементарных пар, в которых нуклеотиды образуют классические Уотсон - Криковские А-О и С-С связи, а также С-О связь.Наличие С-О связи было экспериментально установлено, правда, при этом нужно учитывать, что связь между этими нуклеотидами непрочная и пара 0-11 может находится только внутри спирали, стабилизируемая стэкинг взаимодействиями соседей. Одноцепочечные участки характеризуются тремя типами петель и свободами З и 5 концами цепи. [c.190]

Методы предсказания вторичных структур РНК получают большое расг ространение в молекулярной биологии и генной инженерии. Анализ вторич ных структур позволяет объяснить многие биологические явления.Первона чально при определении структуры подсчитывалось число Уотсон - Криковских пар и выбиралась Структура с наибольшим числом спаренных оснований. Позже с появлением термодинамических параметров, характеризующих вклад в свободную энергию различных комплементарных пар, а также одноцепочечных участков - петель, появилась возможность выбрать в качестве критерия свободную энергию, причем на новом этапе снова были использованы те же подходы - перебор, методы динамического программирования и кинетический алгоритм. [c.218]

Строение пар оснований в случае протонированных полинуклеотидов рассмотрено в гл. 22. Эти пары и соответствующие спирали имеют оси симметрии С2, параллельные спиральным осям. Poly (I) образуют тройную спираль с осями j, также параллельными спиральным осям. Такая симметрия возможна только для параллельных полинуклеотидных цепей. Известно множество других трехцепочечных структур, в которых дополнительная цепь образует пары оснований с одной или двумя обычными цепями антипараллельной уотсон-криковской спирали. Такие структуры наблюдаются главным образом в гомополимерных комплексах. Схемы спаривания оснований в двух трехцепочечных структурах приведены на рис. 22.14. [c.177]

Продолжающийся поиск альтернативных возможностей определения нуклеотидной последовательности ДНК привел к разработке принципиально нового метода секвенирования ДНК посредством гибридизации. В его основу было положено представление, что вся последовательность ДНК состоит из коротких подпоследовательностей. Знание порядка нуклеотидов в них, а также расположение этих подпоследовательностей друг относительно друга позволяют реконструировать весь исследуемый фрагмент ДНК. Принцип определения нуклеотидной последовательности секвенируемого фрагмента ДНК этим методом основан на образовании Уотсон-Криковских пар в результате проведения этапа гибридизации фрагмента ДНК с набором олигонуклеотидных зондов. Анализ характера гибридизации конкретных олигонуклеотидов позволяет провести реконструкцию секвенируемого фрагмента ДНК. [c.400]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология