Двутяжевые ДНК и РНК

Рис. 3.3. Водородные связи, образующиеся между пуриновыми и пиримидиновыми основаниями двутяжевой ДНК. Аденин всегда образует пару с тимином,

Примеиение. В люминесцентной и злектронной микроскопии в качестве флуорохрома для изучения конформации тРНК, для денатурации нуклеиновых кислот, для оценки доли двутяжевых участков на них и для других исследований нуклеиновых кислот [1—3]. [c.457]

В структурном отношении спаренная (двутяжевая) часть каждой шпильки и черешка представляет собой двойную спираль. Двойная спираль РНК характеризуется 11 парами нуклеотидных остатков на виток. Параметры этой спирали близки к таковым А-формы ДНК Это и есть основной элемент вторичной структуры тРНК (рис. 18). Кроме канонических (Уотсон —Криковских) пар оснований О С и А и, в двуспиральных участках тРНК нередко реализуется пара О и, наиболее близкая по пространственным параметрам к каноническим парам (рис. 19 см. цветную вкладку). [c.35]

Олиго- и полинуклеотиды со свободным З -концом Двутяжевая ДНК [c.14]

Кроме с1(ОС) -последовательностн Z-форму могут принимать к другие двутяжевые полинуклеотиды или участки ДНК с чередующимися последовательностями. Важно, что в протяженной ДНК, находящейся в В-фор.ме, принципиально возможно существование отдельных районов, имеющих Z-форму. Вопрос о существовании Z-формы ДНК ( VWO до конца не выяснен. Однако в клетках удается обнаружить белки, которые взаимодействуют с Z-формой ДНК, но не связываются с ее В-формой. [c.29]

Макромолекулы большинства природных РНК построены из одной полирибонуклеотидной цепи. Основной элемент их вторичной структуры — сравнительно короткие двойные спирали, образованные комплементарными участками одной и той же цепи и перемежающиеся ее однотяжевыми сегментами. Полирибонуклеотидные цепи в таких двуспиральных структурах антипараллельны, а сами двойные спирали, находящиеся в А-форме, не идеальны в них имеются дефекты в виде неспаренных нуклеотидных остатков или не вписывающихся в двойную спираль однотяжевых петель (рис. 21 и 22). Наряду с классическими уотсон-криковскими парами (А-и и О-С) в двутяжевых участках РНК часто встречается пара О-и. Таким образом, стабильность двутяжевых районов поддерживается комплементарными и межплоскостными взаимодействиями оснований. В однотяжевых участках наблюдаются сильные стэкинг-взаимодействия оснований, вследствие чего они стремятся принять конформацию однотяжевой спирали. [c.37]

Поиск такой модели начинают с выявления с помощью ЭВМ вариантов вторичных структур с числом комплементарных пар оснований, близким к максимальному. Далее отбираются вторичные структуры, образование которых соответствует минимуму свободной энергии. Для этого используют специальные алгоритмы, которые позволяют учесть протяженность двуспиральных участков, количество и последовательность чередования О-С-, А-П- и О-и-пар в них, характер и размеры дефектов в этих участках и т. д. Такие алгоритмы создают на базе экспериментальных данных, полученных при изучении стабильности большого числа синтетических оли-гонуклеотидных комплексов, моделирующих одно- и двутяжевые участки РНК. [c.37]

Как сейчас можно считать установленным, и в растворах, и в мембране грамицидин А участвует в сложном конформационном равновесии, наиболее важными компонентами которого являются одно- и двутяжевые спиральные димеры. Диаметр осевой полости как однотяжевых, так и двутяжевых спиралей около 0,3 нм, т. е. достаточен для внедрения ионоа металлов, а длина димера (3 нм) близка толщине углеводородной зоны липидного бислоя. По-видимому, оба типа димеров способны образовывать ион-проводяш> е каналы. Отметим, что производительность одиночного канала грамицидина А весьма высока, до 10 ионов в секунду, что значительно превышает соответствующий показатель для антибиотиков-перенос-чиков (10 ионов в секунду). Предполагается, что выключение грамицидинового канала, т. е. переход в непроводящее состояние, сопряжено с ф.1уктуаиией толщины мембраны при увеличении толщины димер голова к голове диссоциирует до мономера, а двойная спираль частично расплетается, С этим предположением согласуется тот факт, что время жизни грамицидинового канала монотонно увеличивается при уменьшении ср>едней толщины мембраны. Возможные структурные перестройки грамицидина А в мембране схематически могут быть изображены так [c.600]

Шггалька-двутяжевая спиральная структура, образующаяся в результате комплементарного спаривания оснований (А с и и О с С). Шпильки и соединяющие их однотяжевые участки РНК укладываются в компактную третичную структуру. Для тРНК вторичная структура имеет характерную форму, к-рую наз. клеверным листом . [c.298]

Межнуклеотидные связи в однотяжевых РНК, образованные З -фос-фатным остатком гуанозина и 5 -гидроксилом любого нуклеотида Двутяжевые участки РНК [c.14]

Компактная структура тРНК стабилизована горизонтальными и вертикальными взаимодействиями оснований. В их упаковке играют роль также гидрофобные взаимодействия и кулоновское отталкивание заряженных фосфатных групп. Исследования три-тиевого обмена и реакции формальдегида с молекулами тРНК показали наличие в структуре молекул стабильного двутяжевого остова (48 медленно [c.575]

Химический и ферментативный синтез генов. Химический синтез гена впервые осуществил в 1970 г. Гобинд Хорана (США). В лаборатории этого ученого удалось химическим путем связать 77 дезоксирибонуклеотидов в цепочку ДНК, комплементарную к аланиновой транспортной РНК (г-РНК) пекарских дрожжей. Отрезки цепочки соединялись встык с помощью фермента лигазы. Две синтезированные нити соединялись химическими связями в спирализованную двутяжевую структуру. Такой искусственно созданный биополимер и стал геном аланиновой г-РНК, содержащейся в геноме дрожжей. Этот эксперимент — выдающееся достижение биоорганической химии. [c.166]

Если конденсированная циклическая система связана простой связью, лестничная структура нарушается (полулестничный, блок-лестиичный полимеры). В случае двоесвязанных (двутяжевых) конденсированных систем образуются истинно лестничные полимеры. Лестничные полихиноксалины были описаны ранее (7.5). [c.998]

Условия совместимости спиралей. Возможные элементы вторичной структуры РЖ представлены на рис.6.1. Двутяжевый спиральный участок, или для краткости спираль, состоит из нескольких комплементарных пар, в которых нуклеотиды образуют классические Уотсон - Криковские А-О и С-С связи, а также С-О связь.Наличие С-О связи было экспериментально установлено, правда, при этом нужно учитывать, что связь между этими нуклеотидами непрочная и пара 0-11 может находится только внутри спирали, стабилизируемая стэкинг взаимодействиями соседей. Одноцепочечные участки характеризуются тремя типами петель и свободами З и 5 концами цепи. [c.190]

Активные радикальные метаболиты (0 , ОН, НО , Н , ё ) и продукты радиолиза липидов мембран индуцируют в белках процессы окисления тиоловых и аминогрупп, образования внутри-и межмолекулярных сшивок, сопровождающиеся их инактивацией. В нуклеиновых кислотах и нуклеотидах происходят одно-и двутяжевые разрывы, модификация азотистых оснований, образование сшивок ДНК—ДНК и ДНК—белок. [c.144]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология