Гибридизация фрагментов ДНК

Рис. 20.11. Использование рестрикционных сайтов в качестве генетических маркеров. А. Замена одной пары нуклеотидов в рестрикционном сайте приводит к тому, что рестриктаза не распознает его и не расщепляет ДНК. Интактный и измененный сайты рестрикции отмечены знаками (+) и (—) соответственно. Б. Участок одной хромосомы, содержащий три сайта (А, 1 и В), узнаваемые одной и той же рестриктазой. X - расстояние между сайтами А и 1, У - расстояние между сайтами 1 и В, X + У -расстояние между сайтами А и В. Сайты А и В во всех случаях интактны (оба +), а сайт 1 может быть как интактным (+), так и измененным (-). Если сайт 1 интактен (+), то после обработки ДНК рестриктазой образуются фрагменты X и У. Если же он изменен (—), то образуется единственный фрагмент (X + V). Если провести блот-гибридизацию по Саузерну с зондом а, то мы обнаружим фрагмент X в том случае, если сайт 1 интактен (+), и фрагмент (X + V), если он изменен (-). В. Фрагменты, образующиеся после обработки рестриктазой, и фрагменты, выявляемые при гибридизации по Саузерну с зондом а, для каждого из генотипов (+/+, +/-, -/-). Г. Фрагменты одной хромосомы, образующиеся после обработки рестриктазой, и фрагменты, выявляемые при гибридизации с зондом Р или у.

Для соединений ряда ацетилена, в которых два атома углерода связаны тройной связью, постулируется, что они находятся в состоянии 5р-гибридизации. Гибридизованные одна 5- и одна р-орбитали расположены на максимальном удалении друг от друга, под углом 180°, т. е. на одной прямой, соединяющей центры атомов углерода, и поэтому фрагмент —С = С— имеет линейное строение. [c.50]

Прежде всего она показывает, что группа состоит из двух непосредственно связанных между собой атомных группировок, имеющих диаметрально противоположные склонности к взаимодействию с электро-ном, - сильного электроноакцептора (С СО-) и сильного электронодонора (С НК-). Такое строение пептидной группы позволяет предположить большие возможности в изменении ее свойств под действием внутримолекулярных и межмолекулярных факторов, влияющих на донорно-акцептор-ные способности фрагментов. Наиболее чувствительной в этом случае оказывается центральная пептидная связь. Предположение подтверждается качественным рассмотрением электронного строения группы. Она обладает п-электронной системой и подвижными неподеленными парами электронов атомов N и О, а также может образовывать водородные связи, выступая при этом как донор и как акцептор протонов. Атомы пептидной группы имеют существенно разную электроотрицательность и заметно отличаются по величине и знаку парциальных зарядов. Если оставаться в границах понятий и представлений, сложившихся в органической химии, то можно сказать, что строение и свойства этой небольшой совокупности атомов обусловлены действием практически всех известных электронных эффектов делокализацией л-электронов, индуктивным влиянием, смещением неподеленных пар электронов и изменением гибридизации атомов, гиперконъюгационным эффектом, полярным влиянием, образованием водородных связей, диполь-дипольными и донорно-акцеп-торными взаимодействиями. В отличие от других классов органических соединений, свойства которых, как правило, находят удовлетворительное объяснение в доминирующем влиянии одного-двух из отмеченных эффектов, в пептидах и амидах все они играют важную роль и находятся в неразрывной взаимосвязи. Само их разделение по отношению к пептидной группе выглядит условным. Она как никакая другая группа представляет собой целостную систему и требует независимого рассмотрения. [c.130]

Таблица 18.5. Результаты гибридизации фрагмента человеческой ДНК (14,9 т.п.н.) с метафазными хромосомами человека

Рис. 10-9. Результат гибридизации фрагментов ДНК из клеток Е. соИ, способных к переключению (задача 10-16). Стрелками указаны одноцепочечные глазки.

С разработкой быстрых и недорогих методов химического синтеза фрагментов ДНК методология молекулярно-биологических исследований ДНК существенно изменилась. Химически синтезированные олигонуклеотиды можно использовать для конструирования целых генов или их фрагментов, для амплификации специфических фрагментов ДНК, для направленных мутаций изолированных ДНК, а также в качестве зондов при гибридизации и в качестве линкеров, облегчающих клонирование. [c.47]

Для отбора клеток, содержащих рекомбинантную ДНК, используют специальные приемы. Чтобы уменьшить количество кольцевых плазмидных молекул, образующихся ири сшивании фрагментов ДНК-лигазой Т4, рестрицированную плазмидную ДНК обрабатывают щелочной фосфатазой, удаляющей 5 -концевые фосфатные группы. Для отбора трансформированных клеток, содержащих гибридные плазмиды, проводят 1) тестирование на резистентность к определенным антибиотикам или колориметрическую реакцию 2) иммунологические тесты или выявление специфического белка - продукта клонированного гена 3) гибридизацию с зондом, комплементарным како-му-либо участку искомого гена. [c.78]

Рис. 9.7. Использование Саузерн-гибридизации для судебной экспертизы. ДНК, вьщеленная из крови пострадавшего, из пятна крови на рубашке подозреваемого и из его крови была обработана одной и той же рестрицирующей эндонуклеазой. Лестница фрагментов для ДНК, вьщеленной из пятна крови на рубашке, идентична таковой для ДНК пострадавшего и отличается от лестницы фрагментов для ДНК подозреваемого.

Рис. 10-31. Образование глазка в результате плавления и гибридизации фрагментов ДНК, содержащих инвертированный сегмент ДНК (ответ 10-16). Для того, чтобы легче было проследить за последствиями инверсии, указаны короткие последовательности.

Опыты по гибридизации позволили исследовать гомологичность нуклеиновых кислот из разных источников. Вначале молекулы расщепляют (например, с помощью ультразвука) на фрагменты длиной 1000 нуклеотидов и подвергают денатурации. Фрагменты денатурированной ДНК смешивают с денатурированной ДНК из другого источника. Участки ДНК разных видов, имеющие близкие нуклеотидные последовательности, в той или иной степени гибридизуются, тогда как участки с сильно различающимися последовательностями гибридизации не поддаются. Рассмотрим один из вариантов постановки таких экспериментов. Денатурированную ДНК определенного организма, не подвергавшуюся деградации, заключают в агаровый гель [90] или наносят на нитроцеллюлозный фильтр [91]. Фрагменты ДНК из другого источника пропускают через колонку с ДНК-содержащим агаром или через фильтр с абсорбированной ДНК. Комплементарное спаривание соответствующих фрагментов задерживает их на колонке или фильтре, тогда как фрагменты, не нашедшие себе партнеров , свободно проходят дальше. [c.143]

При описании химической связи в этих фрагментах прежде всего необходимо построить шесть октаэдрических гибридных орбиталей атома металла. Мы здесь не касаемся вопросов, связанных с гибридизацией, но используем соображения симметрии при построении гибридных орбиталей так же, как это делалось при построении молекулярных орбиталей [24]. В октаэдрическом комплексе шесть гибридных орбиталей направлены к лигандам и все они вместе образуют базис для представления точечной группы. В табл. 7-4 сведены характеры для О), и представление для шести гибридных орбиталей. Представление сводится к [c.350]

АО учитывают знак Q. В хим. приложениях применяют несимметричные О., локализованные в отдельных областях пространства и описывающие в этих областях распределение электронной плотности. Закономерности строения локализованных О. в эквивалентных фрагментах разл. молекул часто связывают с предоставлением о гибридизации АО. [c.396]

В настояшее время для диагностики вирусных растений используют иммуноферментную технику, моноклональные антитела, метод молекулярной гибридизации меченых фрагментов РНК- и ДНК-вироидов и вирусов с вирусами тестируемого объекта. Эти методы очень чувствительны, но трудоемки и дорого-стояши. [c.199]

Вам нужно клонировать и экспрессировать фрагмент ДНК, кодирующий интерферон человека. У вас нет нужного ДНК-зонда для гибридизации, но вам удалось выделить линию клеток человека, в которых можно индуцировать синтез интерферона с интенсивностью, превышающей фоновую примерно в 100 раз. Какую стратегию клонирования и экспрессии этой ДНК вы выберете [c.226]

Рис. 148. Последовательность операций отбора и очистки комплементарных к определенному гену участков ДНК пли РНК гибридизацией с меркурпрованньшп фрагментами плазмид со встроенным геном, по которому ведется отбор (см. текст) [Longa re, Ma h, 1978

Б — результаты молекулярной гибридизации фрагментов ДНК, перенесенных на диазо-бензилоксиметилцеллюлозу, с Р-меченной плазмидой JW102, содержащей последовательность кДНК й-глобина человека. Гибриды обнаруживала с помощью радиоавтографии (рентгеновскую пленку предварительно засвечивали импульсной вспышкой), а—ж обозначены полосы, которые отвечают фрагментам ДНК, содержащим участки гена -глобина. [c.186]

При гибридизации фрагменты одноцепочечной ДНК известного микроорганизма (ДНК-репер) закрепляют на фильтре и добавляют радиоактивно меченные фрагменты одноцепочечной ДНК изучаемого штамма. Контролем служит связывание гомологичной реперу ДНК (100%-пая гибридизация). Меченая ДНК (зонд) должна составлять в опыте не более 1 300— 1 500 части от прикрепленной к фильтру немеченой ДНК-репера. Связывание зонда в пределах 100—70% считают штаммовыми различиями, 70— [c.145]

Продолжающийся поиск альтернативных возможностей определения нуклеотидной последовательности ДНК привел к разработке принципиально нового метода секвенирования ДНК посредством гибридизации. В его основу было положено представление, что вся последовательность ДНК состоит из коротких подпоследовательностей. Знание порядка нуклеотидов в них, а также расположение этих подпоследовательностей друг относительно друга позволяют реконструировать весь исследуемый фрагмент ДНК. Принцип определения нуклеотидной последовательности секвенируемого фрагмента ДНК этим методом основан на образовании Уотсон-Криковских пар в результате проведения этапа гибридизации фрагмента ДНК с набором олигонуклеотидных зондов. Анализ характера гибридизации конкретных олигонуклеотидов позволяет провести реконструкцию секвенируемого фрагмента ДНК. [c.400]

Пачечно-бахромчатая (мицеллярно-бахромчатая или кристаллитная) модель строения углерода была постулирована в начале 50-х годов независимо друг от друга Франклин и Касаточкиным. Она получила значительное развитие во многих работах. В рамках данной теории интерпретировались практически все результаты исследований была предложена методика экспериментального определения доли ароматического углерода , было разработано множество моделей беспорядка или частичной аморфности полимерного углерода . Считали, что аморфность обусловлена, главным образом, беспорядочными трансляциями, поворотами и изгибами слоев , нетождествеиностью валентных связей отдельных атомов (хиноидная структура Полинга ) или состояний разных поверхностей одной и той же или разных двумерных ароматических молекул , а также двухфазностью системы. Предполагалось", что аморфный углерод характеризуется всевозможными степенями гибридизации внешних электронов. Хотя и акцентировалось внимание на более или менее регулярной упаковке ароматических слоев в пачке (кристаллите), но тем не менее наряду с атомными слоями допускалось существование и цепочечных фрагментов, упакованных нерегулярным образом. Казалось, что не существует другой возможности для интерпретации многочисленных фактов, особенно данных рентгеновской дифракции. [c.20]

Высокая консервативность гомеоблока проявляется не только при исследовании разных генов развития у дрозофилы. Перекрестная гибридизация с гено.мами червей, иглокожих и позвоночных, включая человека, выявила наличие нескольких фрагментов геномной ДНК, гибридизующихся с гомеоблоком дрозофилы. Если гены этих организмов, содержащие подобные последовательности, также вовлечены в регуляцию ключевых этапов развития, то гомеоблок дрозофилы может рассматриваться как способ их выявления и клонирования. Регуляторные механиз.мы, контролирующие развитие, могут оказаться более универсальными, чем ожидалось. [c.218]

Пример 10, Выделение ДНК, кодирующей синтез РНК вируса миелобластоза птиц (AMV), из миелобластов цыпленка [Som, Nayak, 19781, В данном случае авторы решали обратную задачу. Очищенную из вируса и денатурированную РНК фиксировали на Br N-активированной сефарозе. Суммарную ДНК из миелобластов цыпленка денатурировали и одновременно освобождали от остатков РНК обработкой 0,3 М КОН (37 16 ч), дробили ультразвуком до фрагментов длиной около 300 нуклеотидов и сорбировали на РНК-сефарозе, 0,75 г сорбента, содержащего около 50 мкг вирусной РНК в 14 мл среды для гибридизации (50% формамида - -0,75 М Na I-f- [c.443]

Одно из существ, св-в К. с.-ее насыщаемость при ограниченном числе валентных электронов в областях между ядрами образуется ограниченное число электронных пар вблизи каждого атома. Именно это число тесно связано с традиц. понятием валентности атома в молекуле. Др. важное св-во К. с.-ее направленность в пространстве, проявляющаяся в примерно одинаковом геом. строении родственных по составу мол. фрагментов. Напр., фрагмент СН2 в разл. насыщ. углеводородах имеет примерно одно и то же строение. Направленность К. с. часто связывают с гибридизацией атомных орбиталей, из к-рых составляется мол. орбиталь, отвечающая К. с. [c.420]

Бурное развитие молекулярной генетики человека, начавшееся в 1980-х гг., стало возможным благодаря новаторским идеям Д. Ботштейна, Р. Уайта, М. Скол-ника и С. Дэвиса. Они обратили внимание, что полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (ПДРФ) человека порождает полиморфные аллели (маркерные локусы), поддающиеся картированию. Как писали авторы в своей статье, мы хотим предложить новый способ построения генетической карты сцепления человека. В его основе лежит создание при помоши технологии рекомбинантных ДНК случайных однокопийных ДНК-зондов, способных выявлять полиморфные нуклеотидные последовательности при гибридизации с индивидуальными ДНК, обработанными рестриктазой . Более того, они осознали, что, используя сцепление гена того или иного заболевания с маркерным локусом, можно определить хро- [c.458]

Скорость восстановления (ренатурации) двойной спирали зависит от вероятности столкновения двух комплементарных нуклеотидных последовательностей и их концентрации в растворе. Скорость реакции гибридизации можно использовать для определения концентрации любьсс последовательностей РНК или ДНК в смеси, содержащей и другие фрагменты нуклеиновых кислот. Для этого необходимо иметь чистый одноцепочечный фрагмент ДНК, комплементарный к тому фрагменту, который надлежит выявить. Обычно фрагмент ДНК, полученный клонированием либо химическим путем, метят по Р в целях прослеживания включения фрагмента в состав дуплексов при гибридизации. Одноцепочеч- [c.110]

Димеры этнх кислот представляют собой почти плоские молекулы [13] можно предположить, что хр -рибридизация атома углерода вызывает хр -гибридизацию карбонильных атомов кислорода. Вследствие этого две свободные электронные пары карбонильного атома кислорода расположены под углом 120° к связи С = 0 и находятся в одной плоскости с шй и другой С—0-связью. Таким образом, фрагмент имеет плоское строение. Электронографнческое изучение тиоуксусной кислоты [c.14]

Если перенести такие фрагменты на подложку и провести гибридизацию с клонированным фрагментом определенного участка генома, можно получить данные о структуре хроматина в этом участке. В некоторых наиболее упорядоченных участках хроматина лесенка продолжается вплоть до олигомера, содержащего 15 нуклеосом и выше. Однако в большинстве случаев эта лесенка смазывается значительно раньше, причем для транскрибируемых участков хроматина регулярность расположения нуклеосом значительно ниже, чем для неактивного хроматина. Длины олино-гуклеосомных фрагментов ДНК. кратны величине, называемой нуклеосом ным повтором. Размер нуклеосомного повтора изменяется от 165 п. о. у дрожжей до 200 и.о. у высших эукариот и достигает 240 п. о. в хроматине из спермы морского ежа. [c.243]

Комм. Чем обусловлено повышение прочности хелатов по сравнению с комплексами, не содержащими циклических фрагментов Почему реакцию в П1 ведут в аммиачной среде Сравните устойчивость комплексов никеля(П) с аммиаком и диметилглиокси-мат-ионом. Каковы составы комплексных соединений — продуктов реакций в П2 и Пз Определите тип гибридизации атомных орбиталей и геометрию комплексных ионов, полученных в Пь П2, Пз. Установите значения КЧ центральных атомов и дентатность лигандов в данных комплексах. [c.197]

Визуальная идентификация зон лизиса — утомительная и субъективная процедура. Вместо нее для обнаружения рекомбинантных бакуловирусов можно использовать ДНК-гибридизацию или полимеразную цепную реакцию (ПЦР). Кроме того, если под контроль промотора бакуловируса, активного с ранних и до поздних стадий литического цикла, поместить ген la Z Е. соН, кодирующий -галакгозидазу, и такую конструкцию включить во фрагмент ДНК, встраивающийся в геном A MNPV, то в присутствии хромогенного субстрата -галактозидазы зоны с рекомбинантными вирусами окрасятся в синий цвет. [c.144]

Поэтому для скрининга мутаций, возникающих в разных сайтах одного гена, была разработана стратегия ПЦР/гибридизация, основанная на проведении одной реакции. Для этого синтезируют набор специфических 20-нуклеотидных зондов, каждый из которых полностью комплементарен фрагменту гена-мишени, несущему известную мутацию. К 3 -концу каждого зонда присоединен гомополимер ро1у(с1Т) длиной [c.200]

Если расстояния от сайта А до сайта 1 и от сайта 1 до сайта В не совпадают, каждое из них не превышает 20 т. п. н. и существует одноко-пийный зонд, гибридизующийся с участком ДНК между сайтами А и 1 (рис. 20.11, Б), то после блот-гибридизации по Саузерну и разделения в агарозном геле фрагментов ДНК, полученных в результате обработки ЯшёПТ, мы сможем различить две ситуации. Первая - сайт 1 расщепляется, в результате чего образуется два фрагмента, и зонд гибридизуется с тем из них, который ограничивается сайтами А и 1. Вторая - сайт 1 не расщепляется и зогщ гибридизуется с фрагментом ДНК, ограниченным сайтами А и В (рис. 20.11, Б). [c.453]

Анализ реальных образцов ДНК несколько более сложен, поскольку хромосомы встречаются парами (рис. 20.11, В). Однако и в этом случае каждому генотипу (+/+, +/-, -/-) соответствует определенный набор фрагментов, образующийся в результате гибридизации с зондом. Кроме того, для выявления сайта рестрикции на участке 1 можно использовать зонды, гибриди-зующиеся с другими участками ДНК между сайтами А и В (рис. 20.11, Г). Феномен, состоящий в том, что наличие часто встречающегося в популяции измененного рестрикционного сайта приводит к образованию специфического набора фрагментов ДНК, называют полиморфизмом длины рестрикционных фрагментов (НДРФ). Полиморфные сайты рестрикции образуют маркерные локусы на той хромосоме, где они присутствуют. [c.453]

Смотреть страницы где упоминается термин Гибридизация фрагментов ДНК: [c.50] [c.50] [c.409] [c.88] [c.215] [c.243] [c.112] [c.144] [c.238] [c.243] [c.1796] [c.118] [c.24] [c.215] [c.218] [c.193] [c.195] [c.201] [c.451] [c.454]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология