Рибосомы метод их связывания

Особый интерес представляют, конечно, взаимодействия рибосомных белков с высокополимерными рибосомными РНК (16S и 23S РНК прокариот или 18S и 28S РНК эукариот), ибо они представляют собой основной ковалентный каркас и структурное ядро рибосомных субчастиц. По-видимому, больщинство рибосомных белков контактируют и так или иначе взаимодействуют с высокополимерными рибосомными РНК. Однако среди них можно выделить специальные сердцевинные РНК-связывающие белки, которые прочно взаимодействуют с соответствующей рибосомной РНК, более или менее независимо от других белков. Такими белками малой (30S) рибосомной субчастицы Е. соИ, независимо вступающими в комплекс с 16S РНК, являются S4, S7, S8, S15, S17 и S20. Каждый из них связывается только со специфическим местом на 16S РНК, узнавая его нуклеотидную последовательность и пространственную структуру. Эту последовательность можно выявить таким путем изолированный белок добавляется к рибосомной РНК, в результате чего образуется специфический белок-РНК-комплекс комплекс переваривается рибонуклеазой, так что негидролизованной остается лищь та часть нуклеотидной последовательности, которая закрыта белком эта защищенная последовательность определяется и, таким образом, идентифицируется. Другой метод локализации белков на первичной структуре рибосомной РНК — ковалентная сщивка (например, фотоиндуци-рованная) белка с РНК непосредственно в составе рибосомы, с последующим удалением несшитых белков, перевариванием РНК с помощью РНКазы и идентификацией сшитого олигонуклеотида. Расположение мест связывания вышеуказанных шести белков вдоль цепи 16S РНК схематически показано на рис. 59, а. Видно, что белки [c.100]

Специфическое связывание с рибосомами — разработанный Ледером и Ниренбергом метод для определения кодирующих аминокислоты триплетов, а также для определения последовательности нуклеотидов внутри триплетов. Этот метод заключается в использовании синтетических фрагментов мРНК, содержащих только три [c.82]

В 1965 г. группе американских ученых во главе с Р. Холли удалось установить полную гюследовательность нуклеотидов в одной из самых низкомолекулярных растворимых РНК — транспортной РНК аланина. Транспортные РНК служат для связывания аминокислот и доставки их в рибосомы, где производится синтез белка сшиванием аминокислот в последовательпости, определяемой кодом ДНК ядра клетки, передаваемым в рибосому матричной (информационной) РНК. Каждой аминокислоте соответствует своя транспортная РНК. Мы считаем полезным вкратце изложить работу по расшифровке транспортной РНК аланина в такой мере, чтобы дать понятие о методе полного установления последовательности нуклеотидов в нуклеиновой кислоте. При этом мы будем пользоваться сокращенными обозначениями, примененными авторами этой замечательной работы [c.679]

В основу метода (в) были положены данные, полученные Ниренбергом и др. [2724], из которых следовало, что свободный тринуклеотид стимулирует специфическое присоединение к рибосомам комплекса аминоацил-тРНК, причем в комплекс входит именно та тРНК, которая имеет антикодон, соответствующий добавленному тринуклеотиду. Динуклеотиды неактивны. Этот метод дал в руки исследователей ценный тест для идентификации кодонов, причем отпала необходимость исполь-. зовать для подобного типа исследований полинуклеотиды с более высокой молекулярной массой. С помощью данного метода удалось расшифровать большую часть кода i[3432, 4390]. Однако иногда наблюдается достаточно эффективное связывание аминокислот и в отсутствие тринуклеотида, а стимуляция последним бывает незначительна, и опыт не дает четких результатов. При анализе этих экспериментальных данных нельзя, забывать, что реакция протекает в нефизиологических условиях (т. е. при очень высокой концентрации Mg +) и, кроме того, [c.41]

Недостатком метода является необходимость оптимизации конструкции гибридного участка связьшания рибосом в каждом конкретном случае. Оптимизация заключается в изменении числа и характера нуклеотидов между участком связывания рибосом (последовательность Шайн — Делгарпо) и инициирующим кодоном. Возможно, такая оптимизация связана с изменением вторичной структуры мРНК в области инициации трансляции. Некоторые примеры, показывающие важность оптимальной структуры сайта связывания с рибосомами для увеличения выхода чужеродного белка, приведены иа рис. 5.4. [c.101]

Второй путь — создание гибридного сайта связывания с рибосомами. В этом случае проводят расщепление в молекуле бактериальной ДНК между последовательностью SD и кодоном инициации. Чужеродный структурный ген несет собственный кодон инициации и несколько нуклеотидов перед ним. Объединение in vitro таких конструкций дает гибридный сайт связывания с рибосомами (рис. 28,6). Преимущество метода состоит в том. что в клетке синтезируется нормальный полноразмерный чумеродный белок. Недостаток связан с тем, что нельзя создать унифицированный, подходящий для всех белков гибридный сайт инициации трансляции. Это обстоятельство сопряжено с необходимостью оптимизации вторичной структуры мРНК. На практике в каждом случае варьируют расстояние от SD до AUG и меняют нуклеотиды между ними. [c.157]

В этой главе будет описан метод Окаямы — Берга с моди-фицикацией, которая включает использование триптофанового промотора с участком связывания рибосомы и инициирующим кодоном, находящимся на нужном расстоянии (вместо использования описанного в оригинальной работе линкерного фрагмента). [c.53]

Таким образом, пространственная структура рибосом в значительной мере изучена. Мало того, анало ичными методами удалось установить участки связывания на рибосоме тРНК, мРНК, факторов трансляции, и ряда антибиотиков. [c.26]

Синтез полинуклеотидов с определенной последовательностью в лаборатории Кораны был вьщающимся достижением. Использование этих полимеров в качестве матриц для синтеза белка в сочетании с работами Ниренберга по связыванию тРНК с рибосомами в присутствии тринуклеотидов привели к полной расшифровке генетического кода к 1966 г. Еш е за шесть лет до этого такое событие казалось несбыточной мечтой. Благодаря разработке совершенных методов синтеза в лаборатории Кораны стало возможным и еш е одно достижение полный синтез молекулы ДНК, соответствую ш ей последовательности молекулы транспортной РНК. [c.75]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология