Установление аминокислотной последовательности

Тонкие различия в первичной структуре родственных белков часто удается выявить методом отпечатков пальцев . Метод этот состоит в том, что белок подвергают частичному перевариванию с помощью одного или нескольких протеолитических ферментов, а затем разделяют продукты гидролиза и идентифицируют их, пользуясь для этого либо электрофорезом, либо хроматографией на бумаге. На фиг. 32 приведены полученные таким способом отпечатки пальцев , или пептидные карты , нормального и аномального гемоглобинов. Детальное изучение этих пептидных карт показывает, что все пептидные пятна, за исключением одного, идентичны. Таким способом генетически измененный структурный элемент выявляется очень легко, и для установления природы структурного изменения нет надобности устанавливать полную аминокислотную последовательность всей молекулы. Действительно, в ряде случаев весьма определенные указания относительно природы имеющегося замещения можно получить просто исходя из результатов анализа аминокислотного состава соответствующих пептидов, выделенных из двух белков. Но, конечно, однозначные доказательства замены одной аминокислоты на другую получают только после установления аминокислотной последовательности анализируемых пептидов. [c.96]

Ясно, что если мы имеем дело с трипептидами, то для однозначного установления аминокислотной последовательности достаточно первых двух этапов. При расшифровке строения более длинных пептидов весьма полезным оказывается реактив Эдмана. Последовательная, в несколько этапов, идентификация аминокислот с N-конца наряду с выяснением аминокислотного состава пептида и природы С-концевой аминокислоты в ряде случаев оказывается достаточной для установления аминокислотной последовательности в пептидах, содержащих от 8 до 10 аминокислот. Аналогичные исследования, правда по большей части не столь успешные, можно проводить также с помощью лейцинаминопептидазы и карбоксипептидазы. [c.91]

Установление аминокислотной последовательности по соответствующей нуклеотидной последовательности. В первой строке показан сегмент аминокислотной последовательности белка оболочки вируса табачной мозаики, а в третьей — соответствующая последовательность РНК [И]. [c.19]

Установление аминокислотной последовательности (92 - 95] [c.367]

Установление аминокислотной последовательности [c.86]

О применении газовой хроматографии для определения рацемизации при пептидном синтезе сообщается в разд. 2.2.6.2, для установления аминокислотной последовательности — в разд. 3.6.1.2.2. [c.62]

Мембраны эритроцитов содержат около восьми основных полипептидов [6]. Пять из них являются внешними и составляют 40 % общего содержания белка. Основным внутренним белком является гликофорин, один из немногих внутренних белков с установленной аминокислотной последовательностью (рис. 25.3.7) . В его молекуле несколько аминокислотных остатков связано с олигосахаридными фрагментами, которые в основном определяют антигенные и рецепторные свойства эритроцитов эти олигосахариды локализованы исключительно в Л -концевой части аминокислотной последовательности и находятся на внешней поверхности мембраны. Примечательна также высокая концентрация остатков дикарбоновых аминокислот в С-концевой последовательности. Однако наибольший интерес представляет участок между М- и <--концевыми последовательностями, содержащий около двадцати [c.121]

Синтез установленной аминокислотной последовательности и сравнение свойств и биологической активности синтетического препарата с природным белком. [c.66]

Выделение и исследование фрагментов. Расщепление на фрагменты — лишь половина задачи при установлении аминокислотной последовательности. Не менее трудоемкой и сложной является вторая часть работы, а именно анализ смесей полученных пептидов, выделение их в индивидуальном состоянии и установление структуры каждого из них. [c.83]

Белковая часть молекул П. может иметь упрощеюгый аминокислотный состав. Так, в белковых цепях протеогепа-ринов преобладает чередование остатков серина и глицина. В других П. наряду с аналогичньши участками, несущими углеводные цепи, имеются домены с более разнообразным аминокислотным составом, с помощью к-рых осуществляется комплексообразование с др. биополимерами или закрепление П. в клеточной мембране. Примеры полного установления аминокислотной последовательности белковой части П. вследствие серьезных эксперим. трудностей пока немногочисленны. [c.112]

Способность карбоксипептидаз отщеплять С-концевые аминокислоты широко используется при установлении аминокислотной последовательности. [c.222]

Мы могли бы исследовать присоединение аминокислот к определенным, уже ранее синтезированным олигопептидам и полипептидам для изучения возможного влияния вторичной структуры на установление аминокислотной последовательности в пептиде. До сих пор мы изучали только влияние на этот процесс взаимодействий между ближайшими соседями. Мне кажется, мы можем теперь изучать и другой уровень организации белков, а именно вторичную структуру, и исследовать силы, действующие и на этом уровне. [c.323]

Установление аминокислотных последовательностей и расшифровка на атомном уровне пространственных структур белков вызвали повышенный интерес к изучению свертывания белковой цепи в нативную конформацию и природы сил, ее стабилизирующих. Знание химического и пространственного строения создало новые, более благоприятные условия для выяснения принципов пространственной организации белковых молекул. Наличие количественных характеристик реальной структуры белка сделало возможным перейти от общих рас-суждений на эту тему и феноменологических описаний к конкретному изучению процесса формообразования и разработке соответствующих физических моделей. Исходную теоретическую основу такого моделирования могли бы составить ответы на следующие вопросы, имеющие самый общий характер и, следовательно, касающиеся всех белков. [c.230]

При выборе методов установления аминокислотной последовательности полипептидов предпочтительность метода зависит от свойств пептида или белка (растворимость, аминокислотный состав, длина цепи). Выбор метода анализа обусловлен также доступностью изучаемого материала и чувствительностью определения отщепленных производных. [c.401]

При сравнении реально используемых методов анализа последовательности с сегодняшними и будущими требованиями становится ясно, что требуются новые прорывы в методологии, В создании автоматизированного оборудования для анализа структуры и сопутствующих методов достигнуты громадные успехи. Но совершенство оборудования оказалось фактором, ограничивающим развитие будущей методологии. Это ограничение можно преодолеть только энергичным проведением новых исследований химических аспектов анализа структуры. Мы полагаем, что наибольший выигрыш в развитии высокочувствительных методов установления аминокислотной последовательности может быть получен при использовании новых химических идей именно в ТФ-анализе, где первоочередное внимание следует уделять кинетике реакций, носителям, миниатюризации приборов. В некоторых случаях химический и ферментативный подходы в сочетании с масс-спектрометрическим анализом могут играть важную роль в новой методологии. Мы надеемся, что многие исследователи осознают важность этой задачи. [c.460]

Исследуемую фракцию после модификации описанным выше способом помещают в испаритель и посредством штока вводят в ионный источник. Благодаря различной летучести модифицированных пептидов при плавном нагревании из смеси дробно возгоняются индивидуальные компоненты, и поэтому масс-спектры, которые записываются в определенные промежутки времени, обычно характеризуют те пептиды, содержание которых в газовой фазе является преимущественным. Сравнивая масс-спектры образца, получаемые при различных температу-рах, удается однозначно определять аминокислотную последовательность индивидуальных пептидов смеси. Такой подход дает хорошие результаты при анализе смесей, содержащих до пяти различных пептидов. Ниже будут обсуждены общие приемы установления первичной структуры белков, которые позволят наиболее эффективно использовать преимущества масс-спектрометрии при установлении аминокислотной последовательности коротких пептидов. При этом следует помнить, что для достижения максимального эффекта при установлении первичной структуры неизвестного белка всегда следует комбинировать классические и масс-спектрометрический методы. Такой подход может выглядеть следующим образом [c.521]

Однозначное установление аминокислотной последовательности пептида путем расшифровки сложного масс-спектра требует определенного опыта, который приобретается лишь в результате длительного предварительного изучения спектров большого количества пептидов известного строения. В этом разделе делается попытка изложить принцип интерпретации масс-спектров и в связи с этим коротко излагаются основные пути фрагментации пептидов при электронном ударе. Более подробно с установлением аминокислотной последовательности пептидов методом масс-спектрометрии можно ознакомиться в ряде ранее опубликованных работ [1,3, 6—10, 24, 27, 28]. [c.523]

ЛИТЬ спектрофотометрическими методами. Глутамин и аспарагин превращаются в соответствующие дикарбоновые кислоты однако амиды могут быть определены после исчерпывающего гидролиза протеолитическими ферментами или непосредственно при установлении аминокислотной последовательности. Содержание цистеина и цистина в белках трудно оценивать количественно при исследовании гидролизатов обычными методами, поскольку эти остатки частично разрушаются при кислотном гидролизе, плохо разделяются в ходе ионообменной хроматографии и слабо окрашиваются нингидрином. Суммарное содержание цистеина и цистина можно точно определить двумя методами. Ниже приведены соответствующие схемы реакций [c.167]

Для РНК фага MS2 была установлена полная последовательность всех 3569 нуклеотидов [118]. Некоторые участии этой последовательности показаны на, рис. 15-19. 5 -конец (средняя часть структуры, изображенной в верхнем левом углу) все еще несет трифосфатную группу инициаторного GTP. После ряда шпилек следует защищенный рибосомой участок [119а], который начинается инициаторным кодоном GUG. Этот факт служит прямым доводом в пользу того, что GUG, так же как и AUG, играет роль биологически важного инициаторного кодона. Нуклеотидная последовательность, расположенная вслед за инициаторным кодоном, в точности кодирует почти полностью установленную аминокислотную последовательность вирусного белка. Терминирующий кодон UAG обведен на рисунке рамкой. Вслед за ним расположена короткая межгенная область, включающая одну сторону шпильки, на конце которой расположен инициаторный кодон AUG для следующего гена. Далее расположена последовательность нуклеотидов, точно соот-в <ггву рщ я эцсрериментально установленной последовательности ами- [c.242]

Помимо приведенных далее методов следует сослаты я (разд. 2.3.1.1. и 3.8.4,5) на возможность установления аминокислотной последовательности анализом соответствующей белку мРНК. Этот путь приобрел значение благодаря достижениям в определении первичной структуры нуклеиновых кислот (Фредерик Сенгер, Нобелевская премия за 1980 г.). [c.367]

Попытки установить аминокислотную последовательность gg, (малый вариант) по последовательностям больших вариантов оказались неудачными. Только с помощью рентгеноструктурного анализа ggx удалось выявить родство обоих белков [571]. Благодаря этому рентгеноструктурному исследованию были ликвидированы неясности, связанные не только с установлением аминокислотной последовательности и не только у этого белка, но и у других цитохромов с известными последовательностями, например фотосинте-тических цитохромов с (называемых также /) прокариотических и эукариотических водорослей. [c.225]

Для установления аминокислотной последовательности белкоа используется совокупность химических, ферментативных и физикохимических методоа. Ниже будут рассмотрены те из них, которые иашли наиболее широкое применение в практике структурной химии белка. [c.57]

Стратегические принципы изучения первичной структуры белка претерпевали значительные изменения по мере развития и усовершенствования применяемых методов. Следует отметить три основных этапа в их развитии. Первый этап начался с к лассической работы Ф. Сенгера (1953) по установлению аминокислотной последовательности инсулина, второй — с широкого введения в структурный анализ белка автоматического секвенатора (начало 70-х годов) и, наконец, третий — с разработки скоростных методов анализа нуклеотидной последовательности ДНК (А. Максам, В. Гилберт, Ф Сенгер, начало 80-х годов). [c.76]

Сэнгером при установлении аминокислотной последовательности бьгаьего инсулина эта последовательность приведена на рис. 6-11. Бычий инсулин имеет молекулярную массу около 5700. Его молекула состоит из двух полипептидных цепей А-цепи, содержащей 21 аминокислотный остаток, и В-цепи, содержащей 30 аминокислотных остатков. Эти две цепи соединены двумя дисульфидными (—8—8—поперечными связями, причем в одной из цепей имеется еще одна внутренняя дисульфидная связь. При определении последовательности вначале были разорваны поперечные дисульфидные связи, что позволило разделить цепи. Для этой цели Сэнгер использовал в качестве окислителя надмуравьиную кислоту, которая расщепляет каждый остаток цистина на два остатка цистеи-новой кислоты (рис. 6-12), по одному в каждой цепи. После разделения цепей в них были определены аминокислотные последовательности. При этом не удалось обнаружить никаких закономерностей в расположении какой-либо аминокислоты, никаких периодических повторений того или иного аминокислотного остатка. Более того, последовательности двух цепей оказались совершенно разными. [c.153]

Обе вышеупомянутые группы исследователей использовали программы для выяснения последовательности, начиная с Ы-кон-цевого заместителя. Барбер и сотр. [87] предложили использовать программу для установления аминокислотной последовательности начиная с С-конца. [c.200]

Успешно продвигалась работа по изучению строения адрено-кортикотропного гормона, меланофорного гормона, гормона.роста, соматотропина и глюкагона [114, 120, 121]. Но наиболее интересными и важными были работы по установлению аминокислотных последовательностей истинных белков и, в первую очередь, белков-ферментов. [c.135]

РЖБиохим,1976,15Ф212. Установление аминокислотной последовательности полипептидов с понощью системы, включающей газовый хронатограф, насс-спектронетр и ЭВИ. I. Образование и получение производных сложных снесей олигопептидов. [c.311]

Воссоздание всей последовательности по фрагментам известной структуры. Из пептидных фрагментов с расшифрованной структурой мысленно складывают исходную полипептидную цепь. Ход такого воссоздания целого из различных частей можно видеть на довольно простом примере установления структуры -меланофорстимулирующего гормона гипофиза свиньи Этот пептидный гормон разрушается химотрипсином на четыре пептидных фрагмента. Трипсин гидролизует его с образованием трех пептидных фрагментов. После установления аминокислотной последовательности всех этих пептидов можно легко выявить перекрывающиеся пептиды из триптического и химотриптического гидролизатов и найти всю последовательность (см. стр. 86). [c.87]

Следует особо отметить, что установление аминокислотной последовательности белка имеет очень важное практическое значение. Так, например, причину возникновения серповидно-клеточной у новорожденных детей удалось установить при анализе аминокислотной последовательности белка гемоглобина, содержащегося в эритроцитах крови больных. Оказалось, что аномальный гемоглобин больных (HbS), в отличие от нормального гемоглобина (НЬА) здоровых людей, в 6-м положении полипептидной цепи вместо глутаминовой кислоты содержит валин [c.61]

Описанные выще методы анализа использовались для установления аминокислотных последовательностей многих белков. Чтобы проиллюстрировать применение этих методов на одном белке относительно небольшого размера, на рис. 6.3 приведена общая схема установления последовательности белкового ингибитора панкре- [c.184]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология