Центр симметрии при связывании лиганда

В основе модели Моно и др. [121] лежат такие предположения белки являются олигомерами молекула белка находится в одном из двух состояний — Т (напряженном) и R (расслабленном). Формы белка находятся в равновесии, причем состояния R и Т различаются энергетически и по числу связей между субъединицами форма Т обладает большим сродством к ингибиторам, а R — к активаторам в каждом состоянии все центры связывания эквивалентны и имеют одинаковые константы связывания лигандов (принцип симметрии). [c.105]

Единого мнения о характере симметрии дегидрогеназы, кооперативности при связывании лигандов, а также о том, обладают ли реакционной способностью все активные центры или половина их, не существует [61—68]. Связывание ЫАО+ с ферментом является четко выраженным кооперативным процессом при связывании ЫАО+ с ферментом из мышц кролика и бактериальным ферментом обнаруживается сильная отрицательная кооперативность [61, 65], хотя при некоторых температурах [c.359]

Необычная способность металлсвязывающего центра трансферрина связывать и ионы меди, и ионы железа заслуживает обсуждения. При связывании меди окружение иона металла приобретает симметрию, очень близкую к аксиальной [76]. Небольшое отклонение от аксиальности явственно вытекающее из спектров ЭПР, снятых при 35° С, согласуется с оптической активностью, наблюдаемой Наги и Лерером [78]. В отличие от этого спектры ЭПР [55] и оптическая активность комплекса железа свидетельствуют о гораздо более низкой симметрии металлсвязывающего центра. По-видимому, лиганды, предоставляемые белком, обладают очень большой гибкостью, и этим объясняется легкая приспособляемость этого центра к иону металла. [c.348]

НИЙ Т (tense, напряженном )-состоянии, которое преобладает, когда белок не связан с лигандами, или R (relaxed, расслабленном )-состоянии. Формы белка, соответствующие разным состояниям, находятся в равновесии. Указанные состояния различаются энергетически и по числу связей между субъединицами. в. Форма белка, соответствующая Т-состоянию, обладает меньшим сродством к лигандам, г. В каждом состоянии все центры связывания эквивалентны и имеют одинаковые константы связывания лигандов (предположение симметрии). [c.256]

В табл. 7 приведены углы связей металл—лиганд 2п(П)-содер-жащего активного центра КПА. Заметное отклонение углов от 109,5°, характерных для идеальной тетраэдрической координации, свидетельствует об искаженной тетраэдрической координации центра связывания металла. Однако некоторые тетраэдрически координированные комплексы 2п(П) обнаруживают идеальную с точки зрения теории групп тетраэдрическую симметрию. В табл. 8 приведено сравнение соответствующих углов связей для различных тетраэдрических комплексов 2п(П). Очевидно, что углы связи металл—лиганд в 2п(И)КПА, вообще говоря, отличаются от углов, наблюдаемых для низкомолекулярных модельных тетраэдрических координационных комплексов. Длины связей металл—лиганд координационного центра КПА не известны, но сопоставимы с длинами связей, наблюдаемыми для комплексов цинка с аминокислотами (табл. 4). Конечно, точность длин связей 2п — лиганд, которые могут быть рассчитаны для фермента, значительно ниже, чем для малых молекул и неопределенность их оценки составит, вероятно, по крайней мере 10—20 пм. [c.79]

Трехмерные структуры субъединиц димера, не ассоциированного с лигандом, идентичны и имеют вид, схематически представленный на рис. 1.8. Каждая из них состоит из четырех а-спиралей, образующих цилиндр диаметром около 20 А и длиной более 70 A. Дисульфидсвя-занный димер принадлежит к группе симметрии Сгу При взаимодействии с лигандом и комплексообразовании симметрия нарушается. Центр связывания аспартата с рецептором находится вблизи вершины димера между контактными поверхностями субъединиц на высоте более 60 A от предполагаемой поверхности внешнего фосфолипидного слоя мембраны. В соответствии со своей симметрией димер, образованный из внеклеточных доменов двух рецепторов, имеет два лигандсвя-зывающих гидрофильных кармана. Один из них, наиболее четко проявляющийся на картах электронной плотности, показан на рис. 1.9. Он включает остаток Arg-64 и фрагмент 149-154 одной субъединицы и остатки Arg-69, Arg-71 - другой, а также молекулу кристаллизационной [c.62]

В современной литературе вопросам функционирования олигомерных ферментов уделяется большое внимание. Уже в работах Кошланда, на основе концепции конформационной подвижности белков [53], развитой в принцип индуцированного соответствия , предложена модель работы олигомерных ферментов [104]. При этом используется идея о глобальной передаче конформационных изменений путем межсубъединичных взаимодействий. Модель Кошланда и др. основана на следующих постулатах в отсутствие лиганда белок существует в одной конформации лиганд, связываясь с субъединицей белка, вызывает в ней конформационное изменение, которое может передаваться на соседнюю субъединицу. Для описания связывания необходимо вводить столько констант, сколько существует центров связывания. В некоторых случаях это усложняет интерпретацию наблюдаемых экспериментальных данных. Однако, в принципе, аксиоматика этой модели такова, что кинетика практически любых олигомерных ферментов, для которых справедливо допущение о квазиравновесном связывании субстрата , может быть описана на ее основе. В зависимости от количества субъединиц и схемы взаимодействия между ними, модель допускает спектр состояний как лишенных симметрии, так и имеющих симметрию более низкого порядка по сравнению с максимальной, наблюдаемой у свободного фермента. [c.105]

Структура кристаллов этидий-иод-ирА однозначно указывает на то, что интеркаляция лигандов вполне возможна. Она позволяет также сделать весьма интересные предположения о природе эффекта исключения мест связывания. Кольцо сахара в В-форме двойной спирали находится в конфигурации 2 -эндо (гл. 3), а в А-форме ДНК и в РНК-11 — в конфигурации Ъ -эндо. Однако в комплексе этидия с 5-иод-ирА (рис. 23.30,/ )сахар находится в конформации У-эндо у нуклеозидов, присоединенных через З -атом, и в конформации 2 -эндо у нуклеозидов, присоединенных через 5 -атом (т.е. структура соответствует 2 -эндо-иод-ир-3 -эндо-А). Такая структура наблюдалась только в динуклеотидах и может быть обусловлена концевыми эффектами, но, если предположить, что она имеет место и в полимерах, можно прийти к весьма интересным выводам. В каждой из цепей конформации сахара 2 - и У-эндо могут чередоваться (рис. 23.30, Г). и это имеет два следствия. Из-за такого чередования оказывается нарушенной симметрия относительно оси вращения второго порядка, лежащей в плоскости пары оснований. Однако ось симметрии С2, расположенная между соседними парами оснований, может сохраняться, и эта ось будет проходить теперь чдзез центр кольца связанного этидия. [c.376]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология