Картирование сегментов ДНК

Г. Картирование сегментов ДНК с помощью рестриктирующих эндонуклеаз типа И [c.218]

Любой сегмент локуса w, полученный в таком клоне, может быть использован для выделения всего локуса с помощью метода прогулка по хромосоме , который представляет собой усовершенствованный вариант рестрикционного картирования. Он основан на использовании перекрывающихся фрагментов, полученных в результате разрывов генома в одной и той же области. Принцип метода иллюстрирует рис. 37.5. [c.477]

Таблица 18. Результаты картирования групп ts-мутантов вируса гриппа в индивидуальных сегментах РЫК

Эти ДИ РНК, которые далее были проанализированы, имели ту же полярность, что и вирусные сегменты РНК, и в отличие от большинства ДИ РНК несегментированного минус-цепочечного вируса, вируса везикулярного стоматита, не имели комплементарных концов. Методами гибридизации, олигонуклеотидного картирования и секвенирования РНК 5 - и З -концов было показано, что все изученные до настоящего времени 16 ДИ РНК имеют природу гена полимеразы (РВ1, РВ2, РА) [21, 23, 24, 44] и несут оба 5 - и З -геномных конца [23, 51]. Олигонуклеотидное картирование показало, что различные по размеру ДИ РНК могут быть генерированы из одного гена полимеразы и что последовательности меньших ДИ РНК не всегда являются составляющими больших ДИ РНК. Поэтому было высказано предположение, что по крайней мере некоторые ДИ РНК образуются из внутренних делеций гена полимеразы с сохранением обоих концов [23], Однако эти эксперименты [c.251]

Метод окрашивания и идентификация хромосом. Дальнейшие успехи в картировании связаны с появлением новых методов идентификации индивидуальных хромосом, основанных на их дифференциальном окрашивании. Благодаря этим методам можно идентифицировать не только целые хромосомы, но и отдельные их части. В гибридных культурах довольно часто возникают хромосомные разрывы и перестройки. Это создает предпосылки для подходящей селекции гибридных клонов, содержащих интересующие нас части хромосом. Именно так некоторые локусы были отнесены к определенным хромосомным сегментам (или группе соседних сегментов). [c.202]

Полиморфизм ДНК и картирование. В последние годы выявляется все больше случаев полиморфизма ДНК по сайтам рестрикции (разд. 2.3.2.7, 6.1.2). Это обстоятельство раскрыло новые дополнительные возможности картирования генома человека. Установление тесного сцепления с рестрикционным маркером ДНК позволило локализовать гены многих важных наследственных болезней в конкретных хромосомных сегментах. На рис. 3.24, А представлена большая родословная с хореей Гентингтона. ДНК-маркер и, следовательно, ген хореи расположены на хромосоме 4. Модельные расчеты [584 754 887] показали, что для картирования всего генома необходимо лишь несколько сотен рестрикционных маркеров ДНК, случайным образом распределенных по геному человека. Для целей медико-генетического консультирования и пренатальной диагностики (разд. 9.1) достаточен по крайней мере один маркер, тесно сцепленный с геном данного наследственного заболевания. [c.202]

В последнее десятилетие мы стали свидетелями целой серии ошеломляющих успехов в области молекулярной биологии. Разработка надежных методов клонирования, секвенирования и анализа экспрессии эукариотических генов углубила наши представления о структуре и регуляции активности гена, сделала более понятными механизмы многих наследственных болезней человека, В это же время быстро развивались и достигли значительных успехов методы картирования человеческих генов. В сентябре 1987 г. в Париже состоялась конференция по проблеме картирования генома человека. На ней было доложено о локализации в общей сложности 1360 генов и сегментов ДНК в специфических участках хромосом. Процесс накопления данных в этой области носит лавинообразный характер. Заметим, однако, что при этом исследования по молекулярному клонированию и картированию с помощью анализа сцепления и методами генетики соматических клеток находятся на разных операционных уровнях (рис. 1). [c.95]

До недавнего времени существовал некий провал в области размеров хромосомных сегментов ог 100 до 5000 т.п.н. для них не имелось адекватных методов исследования. Такое положение значительно усложняло интерпретацию данных по картированию, полученных методами генетики соматических клеток и с помощью генетического анализа. Сопряжение таких данных с информацией, полученной на молекулярном уровне, стали называть (может быть не совсем удачно) обратной генетикой [1, 2]. [c.95]

Искусственные дрожжевые хромосомы (YA ) предназначены для клонирования больших фрагментов ДНК (100 т. п. н.), которые затем поддерживаются в дрожжевой клетке как отдельные хромосомы. УАС-система чрезвычайно стабильна. С ее помощью проводили физическое картирование геномной ДНК человека и анализ больших транскриптонов, создавали геномные библиотеки, содержащие ДНК индивидуальных хромосом человека. YA -вектор напоминает хромосому, поскольку он содержит последовательность, функционирующую как сайт инициации репликации ДНК (автономно реплицирующуюся последовательность), сегмент центромерной области дрожжевой хромосомы и последовательности, образующиеся на обоих концах при линеаризации ДНК и действующие как теломеры, обеспечивающие стабильность хромосомы (рис. 7.3). При встраивании чужеродной ДНК в YA может происходить нарушение рамки считывания маркерного дрожжевого гена. В результате продукт этого гена не образуется, и при выращивании клеток на специальной среде можно наблюдать цветную реакцию. Кроме того, некоторые YA -векгоры несут селективный маркер, независимый от сайта клонирования. Несмотря на все преимущества, YA пока не использовались для промышленного синтеза гетерологичных белков. [c.137]

Для завершения картирования необходимы были выводы, основанные на размере РНК-белка. Однако не было получено подтверждающих данных ни при исследовании трансляции мРНК in vitro 95], ни при олигонуклеотидном картировании изолированных сегментов РНК [138], ни при пептидном картировании белков или при секвенировании РНК (обзор этих материалов см. в работе [132]), когда достаточная консервативность структуры позволяет легко идентифицировать ген или продукт гена как М, NP или NS. Окончательные доказательства были получены только после изучения генного клонирования и экспрессии (см. главу 6). [c.19]

Последние опыты показали, что сегмент 8 РНК кодирует по крайней мере два неструктурных полипептида — NS1 и NS2, которые транслируются с отдельных мРИК [48, 55, 85]. Картирование и секвенирование показали, что NS1 и NS2 перекрываются 70 аминокислотами, которые транслируются с различных рамок считывания. Полипептиды NS1 и NS2 разделяют между собой девять аминокислот иа их N-концах, но после этой последовательности мРНК для NS2 имеет делецию из 423 нуклеотидов. Затем остальная мРНК вновь объединяется в -Ь1 рамке считывания. Функция NS1 или NS2 еще не установлена. NS1 производится в больших количествах и накапливается в ядре [65] NS2 производится в последней стадии инфекции и обнарун ивается в основном в цитоплазме [55, 67]. [c.154]

Ранние работы по картированию генов с использованием эффекта дозы генов. Обычно при аутосомно-рецессивных аномалиях ферментов их активность у гетерозигот близка к величине, средней для фенотипов двух типов гомозигот. В тех случаях, когда активность фермента у мутантных гомозигот близка к нулевой, у гетерозигот обычно наблюдается примерно 50%-пая активность (разд. 4.2.2.8). Это означает, что в норме ферментативная активность прямо отражает количество синтезированного белка и нет никаких специальных механизмов, корректирующих интенсивность синтеза до нормального у таких гетерозигот. Поэтому вполне логично было бы предположить, что активность ферментов, которые кодируются генами, локализованными в трисомных хромосомах или их сегментах, должна в полтора раза превышать активность у гомозигот. По этой же причине [c.133]

Выделено много вставок (включений, инсерций) Тп/6 , о которых известны лишь их положения на карте, но неизвестны те гены, которые мутировали в результате вставки транспозона. Большинство их выделено как вставки вблизи какого-нибудь исследуемого гена (см. эксперимент 2). Чтобы можно было обозначать вставки ТпЮ в соответствии с их положением на карте и тогда, когда остается неизвестным, в каком именно гене произошла вставка, сделанное ранее Хонгом и Эймсом (Hong, Ames, 1971) предложение было видоизменено. Все такие вставки обозначают символом из трех букв, который начинается с буквы г. Вторая и третья буквы символа обозначают приблизительное положение вставки на карте в минутах. Вторая буква обозначает тот сегмент длиной 10 мин, в который попадает вставка. Сегменты эти нумеруются по часовой стрелке от минуты О (а = 0—10, Ь=10—20, с = 20—30 и т. д.). Третья буква точно таким же образом обозначает уже минуты карты внутри этих сегментов длиной в 10 мин. Например, вставка ТпЮ, локализованная вблизи гена hisW между минутами 47 и 48 генетической карты, обозначается как zeh-754 ТпЮ вставка ТпЮ вблизи локуса his на 44-й минуте обозначается как zee-2 Тп/6 . Номера аллелей приписываются таким вставкам последовательно независимо от второй и третьей букв символа. Таким образом, если более точное картирование приведет к необходимости изменить трехбуквенный символ вставки, то номер вставки все равно не изменится. В соответствии с этим правилом используются обозначения от zaa до zjj. Для обозначения вставок во внехромосомных элементах мы используем буквы zz, за которыми следует буква, обозначающая внехромосомный элемент. Символом zzf обозначаются вставки в плазмиде F. [c.13]

И, наконец, шестой, локальный уровень в единой иерархической системе сегментации обусловлен отдельными извержениями в период магматической фазы тектоно-магматического цикла (см. табл. 3.1). Степень дифференциации, состав, вязкость магмы, изливающейся в период отдельных извержений могут несколько варьировать, что приводит и к изменению морфологии лавовых потоков, меняющихся от лопастевидных щитовых до подушечных лав и глыбовых потоков. Области перехода от лавовых потоков одного извержения к потокам, связанным с другими извержениями, видимо, служат границами между этими локальными сегментами. Естественно, что границы этого типа могут быть зафиксированы лишь при очень детальном геологическом картировании с помощью подводных обитаемых аппаратов. [c.88]

Впервые тройное соединение Родригес было описано Д.Маккензи и Дж.Склетером [400]. Последующие исследования, позволили получить детальные батиметрические и гравимагнитные данные, существенно уточняющие геолого-геофи-зическую структуру этого тройного соединения [526, 415, 405], Использование высокоразрешающих систем картирования, таких как Си-Бим и Глория, дали возможность построить детальные батиметрические карты (с интервалом между изолиниями 20-50м) тройного соединения и его окрестностей и установить, что сегменты СОХ, примыкающие к тройному соединению, сильно отличаются по своей морфологии (рис. 3.10) [415]. [c.94]

Структура хлоропластной ДНК. По данным рестрикционного картирования, структура ДНК хлоропластов, в отличие от митохондриальной ДНК, в пределах вида остается довольно консервативной. Так, хлоропластная ДНК шпината (рис. 9.62) имеет структуру, типичную для соответствующей ДНК всех покрытосеменных, как одно-, так и двудольных. В пределах сегмента длиной примерно 25 т.п.н. находятся четыре гена рРНК (168, 238, 58 и 4,58), и этот сегмент повторен в обратной ориентации еще раз через 15 т.п.н. Локализованы и другие гены, в том числе ген большой субъединицы рибулозо-1,5-бисфосфат-карбоксилазы, гЬсЬ (ген малой субъединицы находится в хромосоме), [c.224]

Смотреть страницы где упоминается термин Картирование сегментов ДНК: [c.89] [c.292] [c.19] [c.53] [c.56] [c.85] [c.104] [c.176] [c.197] [c.199] [c.200] [c.45] [c.140] [c.247] [c.43] [c.19] [c.53] [c.56] [c.85] [c.104] [c.176] [c.197] [c.199] [c.200] [c.54] [c.182] [c.216] [c.352]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология