Пептидное картирование

ПЕПТИДНОЕ КАРТИРОВАНИЕ БЕЛКОВ [c.223]

Пептидное картирование иммуноглобулинов [c.144]

Пептидное картирование — типы анализируемых структур [c.225]

В нативной форме. Существует также метод, называемый пептидным картированием или снятием отпечатков пальцев . При этом белки сначала обрабатываются трипсином или каким-либо другим ферментом, гидролизующим полипептидные цепи, а затем смесь сравнительно небольших молекул пептидов подвергается двумерной хроматографии или хроматографии в одном направлении и электрофорезу-в другом (рис. 22.13). Наиболее эффективным методом было бы, конечно, определение точной аминокислотной последовательности, но это в высшей степени трудоемкая работа. [c.98]

Метод пептидного картирования был также использован для сравнения белков NP и М у 16 штаммов вируса гриппа типа А человека и трех штаммов вируса гриппа типа А низших позвоночных. Применяя разделенные пептиды как таксономический критерий, все нуклеопротеиды можно сгруппировать в одну из двух основных моделей, хотя некоторое дополнительное различие пептидов суш ествовало в каждой группе NP. Не было обнаружено корреляции между группами NP и подтипами НА. Эти данные можно интерпретировать в пользу того, что произошла пересортировка среди различных штаммов вируса гриппа [28]. [c.116]

Б. Триптическое пептидное картирование [c.115]

В табл. 22.13 представлены данные о криптической изменчивости, обнаруживаемой тремя различными способами в локусе А(1к у дрозофилы. Как и следовало ожидать, максимальную криптическую изменчивость выявляет пептидное картирование. Однако сама криптическая из- [c.99]

Подобно пептидному картированию продуктов гена, олигонуклеотидное картирование вирусных генов является удобным методом выявления сходства и различий (мутаций) между вирусами, осо- [c.19]

В нашей лаборатории методы ВЖХ используют для очистки и изучения структуры и функции иммуноглобулинов. Ниже приведены детальные описания применяемых вариантов ВЖХ и примеры их использования. ГП-ВЖХ применяют для разделения легких и тяжелых цепей антител после восстановления и ал-килирования. Этот метод используют также для очистки фрагментов антител после их химического расщепления. ОФ-ВЖХ применяют для пептидного картирования антител. Мы обсудим в этой главе способы улучшения разделения пептидов и повышения чувствительности их детектирования, а также новый вариант очистки моноклональных антител в мягких условиях с помощью ГА-ВЖХ. Этот метод имеет ряд преимуществ, которые помогут повысить чистоту препаратов моноклональных антител. [c.139]

Пептидное картирование основано на сравнении физико-химических характеристик отдельных пептидов или их смесей, полученных в результате фрагментации белковой молекулы. Для фрагментации может быть использован любой, приводящий к воспроизводимым результатам метод — расщепление пептидных связей протеолитическими ферментами или химическими реагентами. Эффективность пептидного картирования в каждом конкретном случае определяется выбором оптимальных условий разделения и обнаружения смеси фрагментов и достоверной ин-терпретацис результатов. [c.223]

A. Различия в скоростях миграции вирусных белков при ПААГЭ 114 Б. Триптическое пептидное картирование. ..... 115 [c.7]

Для завершения картирования необходимы были выводы, основанные на размере РНК-белка. Однако не было получено подтверждающих данных ни при исследовании трансляции мРНК in vitro 95], ни при олигонуклеотидном картировании изолированных сегментов РНК [138], ни при пептидном картировании белков или при секвенировании РНК (обзор этих материалов см. в работе [132]), когда достаточная консервативность структуры позволяет легко идентифицировать ген или продукт гена как М, NP или NS. Окончательные доказательства были получены только после изучения генного клонирования и экспрессии (см. главу 6). [c.19]

Пять изолятов вируса гриппа типа В 1940, 1970, 1973, 1976 и 1977 гг. анализировали методом одномерного пептидного картирования после расш епления протеазой V8 Staphylo o us aureus. Образцы мембранных белков были идентичными, в то время как -образец NP изолята вируса 1940 г. отличался от такового для последних штаммов. Наиболее варьируемым белком был НА, причем НА1 варьировал сильнее, чем НА2. В NA также при этом методе анализа были выявлены штаммоспецифические различия [85]. [c.116]

Помимо изменений генов поверхностных белков, приводящих к антигенному шифту (табл. 37), одновременно циркулирующие штаммы могут обмениваться генами, кодирующими NS-белки. В результате рекомбинанты (реассортанты) сохраняют подтип НА или NA одного из родителей. Например, олигонуклеотидное и пептидное картирование генов и их производных вируса А/Са1/ 10/78 (H1N1), выделенного в Лос-Анджелесе в декабре 1978 г., свидетельствует, что только гены НА, NA, М и NS этого вируса происходят от более ранних штаммов H1N1 и что 4 гена, кодирующих комплекс ядра (РВ1, РВ2, РА и NP), происходят от ви- [c.323]

Образцы белков, предназначенные для пептидного картирования, часто находятся в больших объемах. Для их концентрирования и одновременного удаления нежелательных компонентов буферов белок осаждают обработкой 50%-ной (масс./об.) трихлороуксусной кислотой (для осаждения большинства белков достаточно 2 ч при 4 °С) и отделяют центрифугированием. При работе с очень небольшими количествами радиоактивно меченных белков для затравки и полноты осаждения добавляют немеченный ( холодный ) белок-носитель (например, иммуноглобулин). Поскольку ни белок-носитель, ни протеаза не [c.232]

До настоящего времени предложено несколько методов пептидного картирования. С-концевой пептид у-цепи фетального гемоглобина идентифицировали, сравнивая электрофореграммы триптических гидролизатов после повторного разделения (pH 6,5) в направлении, перпендикулярном первому, до и после удаления С-копцевых остатков Arg или Lys при помощи карбоксипептидазы В прямо на листе бумаги [63]. Теоретически после обработки карбоксипептидазой на диагонали должен быть только С-концевой пептид. Однако в случае у-цепи гемоглобина человека па диагонали оказались 3 пятна, а именно свободный Lys, дипептид Val-Lys (так как дипептиды очень медленно расщепляются карбоксипептидазой [46]) и ожидае- [c.484]

Из всех использованных методов пептидного картирования наиболее элегантным является метод диагонального электрофореза (ЭФ), основанный на отсутствии свободной карбоксиль-ной группы в амидированных белках. Перед ферментативным расщеплением амидируют карбоксильные группы боковых цепей и С-концевой аминокислоты. После гидролиза С-концевой фрагмент оказывается единственным, не имеющим свободного карбоксила. Его можно селективно идентифицировать, так как его ионный заряд, а следовательно, и электрофоретическая подвижность почти одинаковы при изменении pH в любую сто рону от pH 3,5 (р/С а-карбоксильной группы). Подвижности пептидов, содержащих свободную карбоксильную группу, увеличатся при подкислении раствора (рН<3,5). После двумерного ЭФ на диагонали электрофореграммы обнаруживается только С-концевой пептид. [c.485]

Среди химических методов определения С-концевих аминокислот к простейшим относится селективное введение трития. Это г метод обладает высокой чувствительностью, проводится с использованием легко доступных реагентов, при очень мягких условиях. После введения тритиевой метки избыточные атомы удаляются путем повторения чередующихся операций добавления—упаривания воды. Затем проводят гидролиз 6 М соляной кислотой (метансульфоновой кислотой, если предполагается определение Тгр [78]) далее аминокислоты разделяют обычными методами пептидного картирования и определяют радиоактивность в жидкостном сцинтилляционном счетчике. Первоначально этот метод был качественным [57], однако п настоящее время возможно количественное определе1ше трития. [c.488]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология