Изомеризация фосфодиэфирных связей

Кислотный гидролиз РНК и изомеризация фосфодиэфирных связей [c.562]

Механизм кислотного гидролиза РНК в основных чертах сходен с механизмом расщепления РНК под действием оснований, одновременно с которым он и был предложен Как расщепление, так и изомеризация фосфодиэфирной связи происходят вследствие нуклеофильной атаки ОН-группы при С-2 (остатки рибозы) по атому фосфора соседней З -фосфодиэфирной группировки. Недиссоциированная гидроксильная группа при С-2 является довольно слабым нуклеофильным агентом. Однако в условиях кислотного гидролиза (при pH 1 или ниже) диссоциация межнуклеотидных фосфатных групп в РНК по свободной гидроксильной группе в значительной степени подавлена, так как их р/(а лел ат [c.563]

Путь А приводит к изомеризации фосфодиэфирных связей, а путь Б — к их гидролизу. [c.564]

С возможностью изомеризации фосфодиэфирной связи в кислой среде следует считаться во всех случаях, где РНК подвергается кислотной обработке, например в процессе снятия защитных групп при синтезе олигорибонуклеотидов. [c.396]

Тет рагидропиранильная группа мо кет быть отщеплена действием разбавленной уксусной кислоты, сульфокислотных катионитов в пиридиииевой или аммониевой форме 5 или 0,01 н. соляной кислоты 2 изомеризация фосфодиэфирной связи в олигонуклеотидах при использовании последнего реагента незначительна. [c.526]

Очень легко вступают в реакцию с нуклеозидами и нуклеотидами виниловые эфиры — производные ацетальдегида з з . Образующиеся 2 -0-(а-алкокси)-этилпроизводные расщепляются в более мягких условиях, чем тетрагидропиранильные эфиры они с успехом используются при синтезе олигонуклеотидов. Реакция ди-гидропирана и винилэтилового эфира с динуклеозидфосфатаыи также протекает гладко и не сопровождается расщеплением или изомеризацией фосфодиэфирной связи [c.526]

Особенностью гидролиза фосфодиэфирных связей РНК в кислой среде является то, что одновременно с ним протекает изомеризация фосфодиэфирных связей и, кроме того, изомеризация фосфомоноэфирных связей в 2 - и З -моионуклеотидах Все три реакции протекают по одному и тому же механизму и обусловлены участием ОН-группы при С-2 остатка рибозы в этих процессах. Такой вывод был сделан на основании изучения превращений, которым подвергаются в кислой среде фосфомоно- и фосфодиэфиры, имеющие оксигруппу в а-положении к фосфоэфирной связи Так, было показано, что под действием кислот происходит миграция фосфатной группы в глицерофосфатах При частичном кислотном гидролизе цитидин-З -бензилфосфата среди продуктов реакции был обнаружен цитидин-2 -бензилфосфат [c.563]

Поскольку изомеризация фосфодиэфирных связей в кислой среде протекает одновременно с их гидpOv изoм и, возможно, через один и тот же промежуточный продукт, зависимость скорости обоих процессов от природы составляющих оснований одинакова, что было показано изучением продуктов неполного кислотного гидролиза ряда динуклеозидмонофосфатов [c.566]

Изомеризация фосфодиэфирной связи в этих условиях лротекает менее чем на 1%. [c.567]

Изомеризация и гидролиз фосфодиэфирных связей являются нежелательными побочными процессами, которые могут происходить при кислотной обработке РНК или олигонуклеотидов, например при раскрытии концевых 2, З -циклофосфатных группировок в олигонуклеотидах (см. стр. 547). В условиях, обычно применяемых для расщепления 2, 3 -циклофосфатных группировок (0,1 н. соляная кислота при комнатной температуре в течение 4 ч), изомеризация фосфодиэфирных связей проходит, по-видимому, лишь в незначительной степени 59, хотя процент расщепления фосфодиэфирных связей при этом довольно велик. Предпочтительнее использовать более кратковременную кислотную обработку. [c.567]

Незначительная изомеризация фосфодиэфирных связей (1—5%) часто наблюдается при удалении группировок, используемых в оли-гонуклеотидном синтезе для защиты гидроксильной группы при С-2 (тетрагидропиранильной, этоксиэтильной). Для этого обычно применяют нагревание защищенных олигонуклеотидов с разбавленными (5—20%-ными) растворами уксусной кислоты Изомеризация фосфодиэфирных связей особенно нежелательна, если синтетические олигонуклеотиды предназначаются для последующих биохимических исследований. Например, олигонуклеотиды, содержащие 2, 5 -фосфодиэфирные связи, неактивны в системе Нирен-берга—Лидера [c.568]

Характерной особенностью поведения РНК и олигорибонуклеотидов в кислой среде является изомеризация природной 3 - 5 -фос-фодиэфирной связи в 2 5 -фосфодиэфирную. Процесс идет конкурентно с расщеплением фосфодиэфирных связей. При неполном гидролизе РНК в образовавшихся олигонуклеотидах присутствует значительный процент олигомеров с изомерными связями. Продолжительный гидролиз в кислой среде, так же как и в щелочной, приводит к образованию мононуклеотидов. [c.396]

Олиго-и полинуклеотиды. Как уже отмечалось выше, первичным продуктом ацетилирования нуклеотидов является смешанный ангидрид нуклеотида и уксусной кислоты, внутримолекулярный алко-голиз которого может приводить в случае олигорибонуклеотидов к изомеризации или расщеплению фосфодиэфирной связи. Хотя нуклеофильность фосфодиэфиров значительно ниже, чем у моноэфиров, опасность таких побочных процессов при ацилировании олигорибонуклеотидов вполне реальна. На примере урндилил-(3 —>5 )-уридина было показано" , что при действии уксусного ангидрида в пиридине происходит расщепление динуклеозидфосфата на 30%, а оставшийся продукт содержит 21% (2 — 5 )-изомера при ацетилировании в присутствии НС1 расщепление проходит на 50%, а изомеризация на 43%. Вместе с тем при проведении реакции в присутствии триэтиламина или тетраэтиламмонийацетата количественное ацетилирование гидроксильных групп не сопровождается сколько-нибудь заметной изомеризацией или деградацией фосфодиэфирной связи. Такие условия были успешно применены для защиты гидроксильных групп в динуклеозидфосфатах- 2, од- [c.516]

Рибонуклеозид-2, 3 -цилкофосфаты. Рибонуклеозид-2, З -циклофосфаты являются промежуточными продуктами гидролиза РНК и полирибонуклеотидов под действием рибонуклеаз 8, при химическом гидролизе РНК, катализируемом кислотами и основаниями (стр. 553 сл.) и при изомеризации (взаимопревращении) рибонуклеозид-2 - и рибонуклеозид-З -фосфатов (см. стр. 563). Фосфодиэфирная связь в рибонуклеозид-2, 3 -циклофосфатах расщепляется в щелочной и кислой средах. При этом образуется смесь рибонуклеозид-2 - и -З -фосфатов, если реакция проводится в воде, или соответствующих моноалкилфосфатоз, если средой являются безводные спирты [c.547]

Гидролиз РНК гидроокисями различных металлов, такими, как гидроокиси свинца, кадмия, цинка или алюминия, приводит к образованию смесей нуклеозидов, нуклеотидов и олигонуклеотидов [195]. После расщепления дрожжевой РНК гидроокисью лантана остается устойчивая фракция [196]. Из гидролизатов рибонуклеиновой кислоты гидроокисью висмута (pH 4) выделены все шестнадцать димеров, которые возможно получить комбинированием четырех классических оснований [197] при действии слабоосновных ионообменных смол образуются преимущественно динуклеотиды [198]. В последнем случае происходит миграция непрогидролизовав-шихся фосфодиэфирных связей (изомеризация 3 —5 -связи в 2 —5 ) в противоположность тому, что имеет место при действии разбавленной щелочи на простые эфиры рибонуклеотидов. [c.401]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология