генетическом стереохимическом коде

Третье направление исследований механизма свертывания белковой цепи в нативную конформацию строится на предположении о наличии особого стереохимического кода (второго генетического кода). [c.8]

Если под кодом понимать ограниченный набор четких правил, выполняемых белковой цепью при структурной самоорганизации с величайшей точностью и высочайшей надежностью, как это имеет место в случае правил, управляющих биосинтезом белка, то можно априори утверждать, что существование кода A-A невозможно. Трансляционный генетический Код определяет химическое строение полипептидной цепи путем последовательного присоединения аминокислот, каждая из которых (их всего 20) в отношении своей валентной схемы всегда одна и та же. Предполагаемый стереохимический код А-Л не может в принципе фиксировать для каждого аминокислотного остатка одно и то же конформационное состояние. Это однозначно подтверждается экспериментально, [c.535]

Книга во многом полемична. Так, в главе 18 рассматривается концепция Л.Б. Меклера о стереохимическом генетическом коде. Несмотря на то что прошло много лет с его первой публикации (а за ней были и другие), идеи Л.Б. Меклера, послужившие основанием для далеко идущих выводов, не получили прямого экспериментального развития. Излагая свой взгляд на причины такого положения, автор впервые дает критический анализ упомянутой концепции. В книге также ставятся под сомнение широко распространенные представления о роли водородных связей в формировании конформаций олиго- и полипептидов, отрицаются иерархичность структурной организации белков (от первичной структуры к вторичной, супервторичной, доменам и полной пространственной структуре) и целесообразность введения понятия "расплавленная глобула" для описания переходного состояния между нативным и денатурированным состоянием глобулярных белков. Несмотря на приводимую при этом весомую аргументацию, вряд ли перечисленные выводы будут легко приняты научной общественностью. Ответственный редактор надеется, что высказанные в томе положения будут замечены коллегами и вызовут дискуссию, которая пойдет на пользу науке. [c.5]

Г Л а в а 18 ГИПОТЕЗА О СТЕРЕОХИМИЧЕСКОМ ГЕНЕТИЧЕСКОМ КОДЕ [c.527]

Теперь можно непосредственно перейти к анализу стереохимического генетического кода, который впервые был предложен в 1969 г. Л.Б. Мек-лером [347] и развивался им все последующие годы [348, 349]. Цель нашего рассмотрения заключается в попытке получить ответы на следующие вопросы. [c.530]

Можно ли сейчас, по прошествии более четверти века со времени первой публикации, считать стереохимический генетический код столь же достоверным опытным фактом, как химический генетический код [c.530]

Первые идеи о природе генетического кода содержали представления о прямой связи ДНК с белком, что могло бы обеспечиваться стереохимическим соответствием. Еще и теперь высказываются предположения о том, что современный код мог бы в процессе эволюции пройти через стадию, когда действовал именно такой механизм. Однако в ныне существующем виде дешифровка кода происходит с участием сложного аппарата, который связан и. с ДНК, и с белком (и участие которого необходимо, если в ДНК заложена существенная информация). [c.57]

Не противоречило ли предположение о стереохимическом генетическом коде имевшимся к моменту его провозглашения экспериментальным данным, т.е. была ли оправдана сама постановка данной проблемы [c.530]

Не вступило ли предположение о стереохимическом генетическом коде в противоречие с появившимися позднее новыми опытными и теоретическими данными, т.е. является ли эта проблема актуальной в настоящее время [c.530]

Если стереохимический генетический код не столь же однозначен, как химический генетический код, то можно ли все же его использовать для получения ориентировочных данных с целью последующего уточнения, аналогично тому, как, например, используются рентгеновские дифракционные картины грубого разрешения в кристаллографии белков [c.530]

Универсальность кода для всех ныне существующих организмов свидетельствует о том, что код оставался неизменным на протяжении длительных периодов эволюции. Можно представить себе два альтернативных объяснения столь высокой стабильности генетического кода. Первое из них, так называемая стереохимическая теория , утверждает, что существует стерическая взаимосвязь между нуклеотидным триплетом кодона (или антикодона) и боковой цепью аминокислоты, которую этот кодон определяет. Следует отметить, что это предположение противоречит ходу рассуждений Крика, которые привели к предсказанию существования [c.458]

В одном из интервью Меклер следующим образом описывает свой творческий процесс создания трехмерных структур пептидов и белков-"Когда я строю молекулу из ленты, я руками и всем вижу, что происходит" (цит. по [357. С. 75]). А на вопрос о том, почему при столь многолетней работе со стереохимическим кодом не удалось форм а ли jq. вать задачу в виде машинного алгоритма, он ответил "Я вовсе не уверен что ее легко формализовать... Когда я это делаю, я вижу, я чувствую молекулу, как она строится и как потом будет работать" (цит. по [357 С. 75]). Весьма красноречивое авторское признание субъективности созданного им подхода. Одну из последних своих статей Меклер и Идлис назвали "Общий стереохимический генетический код - путь молекулярной биологии в XXI в." [352]. Убежден, что в этом предложении можно смело поставить отрицание "не" перед словом "путь". [c.542]

Сказанное только что родилось иэ скромного, не имевшего серьезной аргументации предположения Меклера о стереокомплементарности аминокислоты с антиаминокислотой. Затем, отнюдь не в результате прямых экспериментальных и теоретических исследований, а с помощью лишь одной силлогистики, оно последовательно, как бы само собой, стало превращаться в постулат, принцип, открытие, закон, фундамент всей биологии, смысл и цель Жизни и, наконец, в нечто такое, что не имеет еще научного названия. Подобных обобщений не знала не только биология, но и физика и химия на протяжении всей истории естественных наук. Поэтому велико желание убедиться в соответствии декларируемых Меклером и Идлис идей действительному положению дел и справедливости такой высочайшей самооценки авторами их умозаключений. Именно "умозаключений", а не результатов экспериментальных и теоретических разработок механизмов свертывания полипептидных и полинуклеотидных цепей, их взаимодействий, трехмерных структур и конформационных свойств белков. Об этом можно судить по следующей фразе Меклера и Идлис в работе 1993 г. "Считаем необходимым еще раз подчеркнуть, что общий стереохимический генетический код не придуман ad ho , не сформулирован "по аналогии", а выведен логически, в результате экстраполяции вниз - до самого низшего уровня организации биологических систем - закономерностей взаимного узнавания и связывания друг с другом элементарных структур иерархии биологических организмов и систем последующих уровней их организации органов, тканей, клеток, субклеточных структур, биополимеров и, наконец, мономеров, из которых эти биополимеры построены" [352. С. 41]. Открытия кода Н-Н и Т-кода потребовали, как известно, диаметрально противоположного направления поиска. [c.532]

Возможности общего стереохимического генетического кода Меклер и Йдлис иллюстрируют построением, исходя из аминокислотной последовательности, пространственной структуры молекулы тахиплезина - гепта-Цекапептида, содержащего четыре остатка ys, образующих в нативной конформации два дисульфидных мостика ys ys и ys - ys [c.539]

Стереохимический генетический код А-А, определяющий, согласно Л.Б. Меклеру [349], специфические взаимодействия аминокислота-антиаминокислота (а - верхняя треугольная матрица) и нормированные частоты рф (данные С.Г. Галактионова) парных контактов аминокислот (б - нижняя треуголы1ая матрица) [c.534]

Однако и эта концепция, по-видимому,—не последнее слово в далеко неоднозначно решаемой проблеме складывания (фолдинга) полипептидных цепей. Исходя из экспериментальных и теоретических подходов, разработанных в процессе исследований кода белкового синтеза (см. ниже, гл. VII) высказано предположение (Л. Б. Меклер и Р. Г. Идлис Г. И. Чипенс) о существовании общего стереохимического генетического кода, позволяющего понять, как трехмерные молекулы белков сформировались из линейных полипептидных цепей. Суть вопроса сводится к наличию кода взаимодействия [c.75]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология