Промоторный сайт

Промоторные элементы генов одноклеточных эукариот — дрожжей — содержат сайты инициации (И), нуклеотидную последовательность ТАТА (обычно ТАТААА), а также другие элементы — активирующие последовательности (АП, UAS, англ. upstream a tivating sequen es), находящиеся перед сайтом инициации транскрипции (рис. 111, а). Кроме того, промотор может содержать элементы оператора О, участвующего в репрессии транскрипции. Расстояние между ТАТА-элементом и сайтом инициации может варьировать от 40 до 120 п. н., и в отличие, например, от промоторов позвоночных в промоторах дрожжей правильная точная инициация транскрипции сохраняется при изменении расстояния между сайтом инициации и ТАТА-элементом. Инициаторный элемент представляет собой особый участок, включающий нуклеотидную последовательность [c.196]

Несмотря на индивидуальность набора регуляторных элементов у структурных генов эукариот, каждый из них имеет промоторный участок (ТАТА-бокс, или бокс Хогнесса) из восьми нуклеотидов, включающий последовательность ТАТА последовательность ССААТ (САТ-бокс) участок из повторяющихся динуклеотидов G (ОС-бокс). Эти элементы находятся на расстоянии 25, 75 и 90 п.н. от сайта инициации соответственно (рис. 3.23). Транскрипция структурного гена эукариот начинается со связывания с ТАТА-боксом фактора транскрипции ПО (TFIID), который представляет собой комплекс по крайней мере из 14 белков. Затем с TF1ID и участками ДНК, примыкающими к ТАТА-бок-су, связываются другие факторы транскрипции, [c.46]

Рис. 3.19. Транскрипция в бактериальной клетке. А. Структурные гены (А, В, С и О) оперона находятся под транскрипционным контролем оператора (о) и промотора (р). РНК-полимераза связывается с участками, находящимися на расстоянии 10 (—10) и 35 (—35) пар оснований от сайта инициации транскрипции (+1). 1 — Стоп-сигнал, ответственный за остановку транскрипции, а, Р, у и 5 — белки, продукты генов А, В, С, О. Б. То же, что и на рис. А, но показано связывание РНК-полимеразы с промоторной областью.

Транскрипция инициируется при образовании стабильного комплекса между холоферментом и специфической последовательностью, называемой промотором и располагаюшейся в начале всех транскрипционных единиц (рис. 3.7). Изучение нуклеотидной последовательности более чем 50 разных промоторных сайтов прокариот и мутационный анализ выявили только два консервативных участка, по-видимому Ифаюших ключевую роль в узнавании и функционировании промотора. Одна из этих последовательностей состоит из шести или семи пар оснований и расположена на расстоянии примерно 10 оснований до того нуклеотида, с которого начинается транскрипция (+1) этот сигнал обычно обозначают как -10-последовательность, или Прибнов-боЕС в честь ее открывателя. Сравнительный анализ -10-последовательностей примерно 50 промоторов прокариот показал, что все они немного отличаются от консенсус-последовательности ТАТААТ (рис. 3.8). Подчеркнутый Т присутствует почти во всех промоторах, тогда как по другим позициям в каждом промоторе может наблюдаться от одного до нескольких вариантов. [c.123]

Для ограничения длины матричного фрагмента можно использовать любую рестриктазу. Необходимо соблюдать лишь одно условие выбранный фермент не должен вносить разрыв между промоторным сайтом инициации транскрипции и встроенной ДНК. Не имеет значения, образуется ли под действием рестриктазы один фрагмент или несколько — транскрибироваться будет только фрагмент, содержащий промотор. [c.18]

В промоторных районах генов дрожжей были выявлены активирующие последовательности (АП), способные усиливать транскрипцию вне зависимости от ориентации по отношению к сайту инициации транскрипции и сохранять это влияние при удалении от него. [c.201]

У высших многоклеточных эукариот (насекомых, позвоночных) в пределах 100—200 п. н. перед стартом транскрипции (рис. 111, б) была выявлена более сложная мозаика промоторных элементов, представленных короткими нуклеотидными последовательностями ( мотивами )). На расстоянии 27—30 п. н. от кэп-сайта расположен ТАТА-мотив, усредненный вариант которого (так называемый on- [c.198]

ТАТА-бокс (ТАТА box) Участок, располагающийся в промоторной области генов эукариот за 25 нуклеотидов до сайта инициации транскрипции, с которым связывается РНК-полимераза. Другое название — бокс Хогнесса. Аналогом у прокариот служит бокс Прибнова. [c.561]

Области, расположенные между тремя указанными элементами, не выполняют промоторной функции. Оказалось, что расстояние между этими тремя сайтами можно изменять в определенных пределах. Для двух более удаленных (влево от ТАТА-блока) областей оно может быть увеличено более чем на 15 пар оснований, не оказав при этом влияния на их функцию. А их удаленность от ТАТА-блока может быть увеличена более, чем на 30 пар нуклеотидов, прежде чем будет затронута функция промотора. [c.152]

В гл. 39 дано определение промотора как такого участка последовательности гена, с которым должна связываться РНК-полимераза, чтобы начать транскрипцию с соответствующего сайта. Промоторные последова ельности точно определяют, где РНК-полимераза начнет транскрипцию. Решение вопроса о том, ко1 ла (или как часто) такая транскрипция должна происходить, представляет собой более сложную и значительно менее понятную проблему. Как показано в гл. 39, два отдельных фрагмента ДНК в комплексе со специфическими связывающимися белками определяют именно эти где и когда . В предельном случае, когда транскрипция находится на нулевом уровне, вопросы где и когда не имеют особого смысла, поскольку транскрипция не начинается вовсе. Поэтому сигнал типа где является потенциальным сигналом, не имеющим смысла в том случае, если сигнал когда принимает значение не сейчас . Как показано в гл. 38, в хроматине ядра можно выделить как достаточно обширные транскрипционно-неактивные области (конститутивно или факультативно), так и области потенциально-активного хроматина. Кроме того, как отмечалось [c.123]

Не все РНК-полимеразы прокариот представляют собой мультису ьединичные ферменты. РНК-полимеразы, кодируемые бактериофагами ТЗ и Т7 Е. соИ,— это одиночные полипептидные цепи средней длины ( 100 кДа). Эти ферменты высокоспецифичны в отношении промоторных сайтов, используемых для транскрипции определенного набора вирусных генов. Такие упрошенные ферменты обладают всеми активностями мультисубьединичных РНК-полимераз. Они катализируют синтез РНК на ДНК-матрицах и осуи стЕляют правильную терминацию цепей РНК. [c.123]

III. Содержание в промоторных районах сайтов гомологичных консенсусной последовательности, поиск которых осуществляется с помоцы) программы SIT [c.34]

Протестированные промоторные конструкции контролировали экспрессию в трансгенных растениях широкого круга чужеродньгх генов. Такое разнообразие, вероятно, объясняется тем, что Т-ДНК встраивалась в разные сайты в геноме растения. Используя этот подход, можно создавать сильные тканеспецифичные промоторы, регулируемые в процессе развития. [c.384]

Важная особенность сверхчувствительных сайтов заключается в том, что они могут проявлять свою активность на различных расстояниях от точки начала транскрипции. В гене Sgs D. melanogaster сайт удален более чем на 250 п. н. в 5 -направлении в гене 3-глобина курицы он расположен непосредственно рядом с 5 -сто-роны, а в гене тимидин-киназы эта область включает в себя все последовательности, необходимые для функции промотора. Сверхчувствительные сайты могут участвовать в промоторной функции непосредственно, вероятнее всего создавая необходимые условия для узнавания РНК-полимеразного участка, расположенного перед промото- [c.391]

Рис. 6.7. Челночный прокариотически-эукариотический вектор pSEM atR. Если смотреть против часовой стрелки, этот вектор включает ген, кодирующий устойчивость к ампициллину, участок начала репликации pBR322, промотор области ранних генов SV-40, содержащий ТАТА-бокс Голдберга — Хогнесса, промоторную область гена AT (хлорамфеникол-ацетилтрансферазы), содержащую сайт начала транскрипции (этот ген кодирует устойчивость к антибиотику хлорамфениколу), интрон малого t-антигена и сайт полиаденилирования области ранних генов вируса SV-40.

Способность включать фланкирующие последовательности хозяина аналогична свойству некоторых бактериальных транспозонов, хотя способность к включению может быть иногда обусловлена скорее наличием усилителя (enhan er), чем промоторными последовательностями. Активность провирусного генома, вероятно, зависит и от сайта, в котором произошла интеграция вируса в геном хозяина. [c.492]

Было показано, что инверсия промоторной области у Salmonella направляется системой сайт-специфической рекомбинации. По обе стороны от инвертируемого участка находятся идентичные противоположно ориентированные сегменты последовательности ДНК по 14 п.н. Наряду с промотором генов Н2 ш гН1 этот участок содержит также ген hin), продукт которого направляет сайт-специфическую рекомбинацию между 14-членными повторами. В результате рекомбинации происходит инверсия всего этого участка ДНК. Фаги Р1 и Ми также кодируют белки сайт-специфической рекомбинации, которые могут направлять инверсию сегментов ДНК в их собственных геномах. Оказалось, что эти белки могут заменить дефектный белок Hin в мутантах Salmonella hin . [c.201]

Распределение G-островков можно легко объяснить как побочный эффект развития системы метилирования G, предназначенный для снижения экспрессии неактивных генов у позвоночных (рис. 10-47). В половых клетках все тканеспецифичные гены (за исключением тех, которые присущи яйцеклетке и спермию) неактивны и метилированы. За долгую эволюцию их метилированные G были утеряны при случайном дезаминировании. Однако G-последовательности в промоторных областях генов, активных в половых клетках (включая все гены домашнего хозяйства ), оставались деметилированными и при спонтанном дезаминировании всегда репарировались. Полагают, что эти гены узнаются сайт-специфическими ДПК-связывающими белками, которые присутствуют в половых клетках и удаляют любые метильные группы в области промоторов генов домашнего хозяйства . Эксперименты с клонированными генами показывают, что лишь G, входящие в состав G-островков, остаются неметилированными, если в яйцеклетку мыши инъецировать совершенно неметилированную ДПК. [c.219]

Недавно сконструированы векторы, содержащие промоторы SP6, Т7 или ТЗ, непосредственно примыкающие к сайтам для клонирования ([8] и неопубликованные результаты). Это позволяет быстро и легко приготовить меченные згр РНК-зонды, специфичные в отношении концов клонированной ДНК и поэтому очень подходящие для использования в качестве зонде в для идентификации новых космид, вставки в которых перекрываются со вставкой в исходной космиде. Этот процесс выделения перекрывающихся клонов известен как прогулка по геному, причем использование промоторных систем SP6/T7/T3 может существенно уменьшить время и труд, затраченный на проведение такой прогулки , поскольку при этом отпадает необходимость в идентификации концов клонированных фрагментов с помощью рестрикционного картирования и физического выделения этих фрагментов для приготовления новых зондов. [c.65]

Нуклеотидная и соответствующая аминокислотная последовательности лидерной зоны альфа-фактора и непосредственно примыкающая к ней 5 -промоторная последовательность гена показаны на рис. 7.3. Основные подходы к использованию лидерной последовательности альфа-фактора дрожжей для осуществления секреции гетерологичных генов описали Брейк и др. [23]. В структурном гене МРа-1 локализован Ятс П1-сайт, который в сайте процессинга молекулы-предшественника захватывает первый из двух повторов, соответствующих 01и-А1а. Это открывает традиционный, относительно несложный путь присоединения зрелых гетерологичных полипептидов к сигнальному пептиду альфа-фактора. Однако использование природного Я1П(11П-сайта может привести к внеклеточной секреции продукта, гетерогенного по Ы-концу большая часть молекул будет нести один или два дополнительных Ы-концевых дипептида С1и-А1а. Обусловлено это недостаточностью фермента дипептидил-аминопептидазы - продукта гена 51с13. Фермент этот элиминирует повторы С1и-А1а после того, как под действием продукта гена кех2 произойдет первичное эндопептидазное расщепление, полипептидной цепи предшественника за димером Ьуз-Аг . [c.216]

Транскрипционные сигналы генов млекопитающих, как и следовало ожидать, организованы более сложно. Данные, полученные с помощью генной инженерии, свидетельствуют о наличии нескольких типов сигналов, контролирующих транскрипцию. Вблизи собственно промоторной области расположены сигнальные последовательности двух типов. Одна из них указывает, где должна начаться транскрипция, а другая определяет, как часто должно происходить это событие. В гене тимидинкиназы вируса герпеса, использующего транскрипционную систему хозяина для экспрессии собственных генов, существует один уникальный сайт инициации транскрип- [c.85]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология