Последовательность сегментов РНК

В теории систем, содержащих молекулы разного размера и формы, большую роль играют решеточные модели. В решеточной модели геометрические характеристики молекулы определены тем, что молекуле отводится в решетке некоторое заданное число мест, расположение которых согласуется с формой молекулы и ее гибкостью. Молекуле-цепочке сопоставляется линейная последовательность сегментов, каждый из которых занимает один узел (рис. V. ). Молекулу, состоящую из сегментов, называют г-мером мономер — молекула, занимающая один узел (для углеводородных цепей за сегмент выбирают обычно группы —СНг—, —СНз или комбинацию нескольких таких групп). В случае молекул — жестких стержней полагают, что узлы, занятые молекулой, лежат на одной прямой если г-мер гибкий, то его сегмент с номером 1 1 может занять любой из узлов, соседних с 1-м сегментом, за исключением тех узлов, которые уже заняты сегментами, ранее размещенными в решетке. При / 2 имеется по крайней мере один такой узел. [c.253]

В теории Флори число возможных конфигураций полимерного раствора подсчитывают путем рассмотрения следующего процесса. Молекулы полимера последовательно, сегмент за сегментом, молекула за молекулой, помещаются в узлы решетки, и при оценке числа способов поместить сегмент каждый раз учитывается доля имеющихся свободных мест решетки. После того как все молекулы полимера размещены, оставшиеся места занимают молекулы растворителя при заданном расположении молекул полимера в решетке это можно сделать единственным способом. [c.426]

Рассмотрим полимерную молекулу вблизи плоской поверхности и конформацию, которую она должна принять для того, чтобы, по крайней мере, часть сегментов была в контакте с поверхностью. Для этого условно разделим молекулу на последовательности сегментов, каждая из которых находится либо не находится на поверхности. В общем случае, пусть /И( последовательностей из I сегментов расположены вне поверхности, и т./ последовательностей пз / сегментов находятся в адсорбированном состоянии. Такое представление есть не что иное, как уже рассмотренная модель петель. Переменные г и / могут принимать любые значения, но если молекула имеет Р сегментов, то общим условием является соблюдение след ющего соотношен и я [c.98]

Рассмотрев все полученные результаты, автор делает следующие выводы. Если полимерная молекула достаточно велика, контакт с поверхностью осуществляется в результате разделения молекулы на последовательности сегментов, размер и структура которых определяются только природой и морфологией поверхности, и не зависят от молекулярного веса. Если все места на поверхности способны к адсорбции, сегменты способны адсорбироваться и молекула достаточно гибка, петли будут коротки и молекула располагается целиком вблизи поверхности, даже если энергия адсорбции мала. Для гибкой молекулы достаточно энергии порядка кТ, чтобы более 70% сегментов контактировало с поверхностью. Так как петли коротки и большинство сегментов находится на поверхности, распределение сегментов вблизи поверхности характеризуется резким максимумом, позволяющим рассматривать адсорбированную молекулу как почти двумерную структуру, аналогичную структуре макромолекулы в монослоях. [c.102]

Шлейфы — это последовательности сегментов, целиком лежащих на адсорбционной поверхности (у них адсорбированы все сегменты) [c.55]

И определяет относительную тенденцию макромолекулярной цепочки оборвать адсорбированную последовательность сегментов по сравнению с возможностью ее продолжить [19]. [c.62]

В последовательных сегментах нога таракана повторяет одни и тот же набор позиционных значения [49] [c.107]

Если все заместители находятся по одну и ту же сторону последовательности сегментов основной цепи в ее плоской конформации, то получается структура типа [c.61]

Теперь макроион полностью определен для того, чтобы к нему можно было применить уравнение (26-57), за исключением углов у (см. рис. 139) между последовательными сегментами, которые в этой модели определяют пространственную конформацию. [Напомним, что уравнение (26-57) предназначается для применения его только к определенной пространственной конформации.] [c.553]

Полимерные цепи на поверхности в присутствии растворителя. В настоящее время общеприняты представления о том, что цепь, адсорбированная из раствора на твердой поверхности, состоит из последовательностей сегментов, связанных с поверхностью, и петель и хвостов , уходящих с поверхности в объем растворителя. Распределение звеньев по этим состояниям определяется всей совокупностью взаимодействий в системе полимер - поверхность, полимер-растворитель, растворитель-поверхность, растворитель растворитель и полимер-полимер. [c.138]

Большинство исследователей придерживается точки зрения, согласно которой из раствора адсорбируются индивидуальные макромолекулы в виде пропитанных растворителем статистических клубков или в виде последовательностей сегментов (звеньев), формирующих на поверхности так называемые эшелоны , т. е. последовательности сегментов, непосредственно контактирующих с поверхностью петли — последовательности сегментов, прикрепленных к поверхности двумя концами, и хвосты, т. е. последовательности сегментов, связанных с поверхностью одним концом. Если две поверхности находятся на близких расстояниях, то могут возникать мостики , концы которых адсорбированы на различных поверхностях. Флокулирующая способность полимеров в сильной степени зависит от длин последовательностей в петлях, хвостах и мостиках. [c.48]

Поверхностные слои неоднородны по своей структуре и свойствам. Прежде всего, в них надо выделить адсорбционный слой, в котором отдельные сегменты макромолекул непосредственно взаимодействуют с поверхностью (см. гл.1). В него же входят принадлежащие данной молекуле, но адсорбционно с поверхностью не связанные последовательности сегментов в виде петель и хвостов, а также сегменты адсорбционного клубка, непосредственно не взаимодействующие с поверхностью. [c.88]

Этот результат получен без учета межмолекулярных взаимодействий, только как следствие ограниченной гибкости цепей, т. е. он является следствием невозможности заполнить значительную часть пространства палочкообразными последовательностями сегментов при случайном распределении направлений соседних сегментов. Вполне понятно, что присутствие растворителя облегчает неупорядоченную упаковку цепей, однако для достаточно длинных жестких цепей упорядоченное состояние остается предпочтительным, если концентрация растворителя не слишком велика. [c.14]

Описанная техника не использовалась широко для определения последовательности сегментов РНК вируса гриппа, поскольку были разработаны более простые и достоверные методы. [c.105]

В настояш ее время известны полные последовательности сегментов 1, 2 и 3 РНК, кодирующих три белка Р вируса PR8, однако существенной гомологии этих последовательностей не обнаружено [38, 136]. Последовательность 3-го сегмента РНК других штаммов [c.110]

Искусственные дрожжевые хромосомы (YA ) предназначены для клонирования больших фрагментов ДНК (100 т. п. н.), которые затем поддерживаются в дрожжевой клетке как отдельные хромосомы. УАС-система чрезвычайно стабильна. С ее помощью проводили физическое картирование геномной ДНК человека и анализ больших транскриптонов, создавали геномные библиотеки, содержащие ДНК индивидуальных хромосом человека. YA -вектор напоминает хромосому, поскольку он содержит последовательность, функционирующую как сайт инициации репликации ДНК (автономно реплицирующуюся последовательность), сегмент центромерной области дрожжевой хромосомы и последовательности, образующиеся на обоих концах при линеаризации ДНК и действующие как теломеры, обеспечивающие стабильность хромосомы (рис. 7.3). При встраивании чужеродной ДНК в YA может происходить нарушение рамки считывания маркерного дрожжевого гена. В результате продукт этого гена не образуется, и при выращивании клеток на специальной среде можно наблюдать цветную реакцию. Кроме того, некоторые YA -векгоры несут селективный маркер, независимый от сайта клонирования. Несмотря на все преимущества, YA пока не использовались для промышленного синтеза гетерологичных белков. [c.137]

На рнс. 84 дано схематпчес.кое изображение адсорбированного пол 1. ера на поверхности. Если и.меется т последовательностей сегментов в одной молекуле,, связанных с поверхиосгью, то, согласно рисунку, должно быть (/и — 1) последовательностей в растворе. Пусть в последовательности на поверхности содержится Р-, сегментов, а в объеме — Рн- Удобнее, однако, рассмотреть четыре типа сегментов в полимерной молекуле. Допустим, что имеется т сегментов, которые адсорбированы и находятся в начале последовательности (черные квадраты), и I сегментов, адсорбированных, но не стоящих в начале (черные кружки). Тогда будет (пг 1) сегментов в начале петель (светлые квадраты) и и сегментов в петле (светлые кружки). Если всего в молекуле Р сегментов, то [c.118]

Предложенная Силбербергом схема расположения макромолекулы на поверхности в виде последовательностей сегментов, связанных с поверхностью, и петель, простирающихся в раствор, была далее развита им в обобщенном виде для любой гибкой цени, адсорбированной из раствора [1701. На основе статистико-механического рассмотрения был проведен расчет взаимодействия полимера с рас- [c.122]

П81 — ЧИСЛО последовательностей сегментов числом I на поверхности и гпвс — в петлях). Число сегментов цепей в петлях выражается как [c.127]

В результате детерминации клетки данного компартмента приобретают адрес , представленный определенным сочетанием активностей контролирующих генов. Изменение активности одного из таких генов может изменить адрес какого-то из компартментов, и тогда пролиферация его клеток приведет к образованию совершенно иного участка тела. Комбинаторный метод детерминации позволяет использовать контролирующие гены очень экономно например, один и тот же генетический материал может определять различия между передней и задней частями в нескольких разных имагинальных дисках. Так, мутация engrailed превращает не только заднюю половину крыла в переднюю часть ноги, но и заднюю часть ноги в переднюю половину крыла. Как мы уже видели, тот же принцип использован у личинок один и тот же набор генов действует во многих последовательных сегментах, формируя их по одной и той же общей схеме эти гены определяют отличие передней части сегмента от задней и т. п., тогда как другой набор генов контролирует различия между разными сегментами. Совместное действие нескольких групп генов позволяет определить подробный адрес каждой клетки. [c.87]

Рассмотрим последовательность сегментов гггШкгг.. . с точки зрения задачи Изинга. Это рассмотрение, по-видимому, вполне справедливо только для изолированной цепи, но мы полагаем, что для частично закристаллизованного полимера функции распределения для каждой цепи можно подсчитать независимо от других цепей. [c.120]

Приведенную выше последовательность сегментов можно записать как гггккккггкНкгкгтккНкгккккк.. где к теперь представляет первый элемент последовательности сегментов типа Л. Такие обозначения применяются потому, что мы эти сегменты будем описывать функциями специального вида [c.120]

Теоретические представления о процессах адсорбции, основанные 1 на статистическом рассмотрении поведения изолированной полимер- С ной цепи в предельно разбавленном растворе, дали возможность сформулировать ряд представлений об особенностях конформаций йдсорбированных цепей (в отсутствие конкурирующего взаимодейст-,Г ия с поверхностью других цепей). На рис. 1.1 приведены основные виды конформаций макромолекул на границе раздела [15, 18]. Адсорбированные "петли" и "хвосты определяют конфигуращюнную энтропию полимера, в то время как энтальпия адсорбции определяется взаимодействием между поверхностью и непосредственно связанными с нею последовательностями сегментов. [c.17]

При добавлении к сорбенту, насыщенному адсорбированным полимером,дополнительной порции чистого сорбента, наблюдается существенное увеличение степени св5цывания сегментов р, определенной методом ЯМР. Эю свидетельствует об образовании мостиков между различными частицами сорбента, связанными макромолекулой, одновременно адсорбированной на двух частицах, что существенно для понимания механизма взаимодействия дисперсных частиц при введении в дисперсную систему полимерных молекул. Этот эффект, как предполагают авторы, связан с тем, что часть сегментов, первоначально входящих в петлю, превращается в адсорбированную последовательность сегментов в результате адсорбции на незанятой поверхности добавленных частиц. Образование мостика означает, что часть молекул переходит с насыщенной адсорбционно частицы на ненасыщенную, что приводит к росту р. Применение метода ЭПР при исследовании влияния растворителя на конформацию адсорбированной молекулы показало, что ухудшение термодинамического качества растворителя способствует увеличению доли сегментов в последовательностях сегментов, связанных поверхностью. Мы здесь остановимся на вопросах оценки толщины адсорбционного слоя, поскольку эта величина будет очень существенна при дальнейшем обсуждении свойств поверхностных слоев, играющих определяющую роль в свойствах полимерных композитов. Экспериментально профиль концентрации полимера на поверхности раздела твердое тело—раствор может быть оценен оптическим и рентгеновскими методами. В работе [80] содержится обзор данных, полученных этим методом для различных полимеров. Типичные значения толщин определяемых областей 10 — 1000 нм. Информация в виде функции распределения полимера в адсорбционном слое в области его толщин до 6 < 10 нм может быть получена с помощью метода тушения флуоресценции [81]. [c.31]

Таким образом была выведена последовательность сегмента, содержащего 175 нуклеотидов (рис. 8.8). Отсюда можно сделать вывод о том, что цистрон белка оболочки фага Q/3 начинается вне этого сегмента. Биллетер с сотр. отмечают, что дальнейшее определение структуры РНК фага Q 3 технически вполне осуществимо, если проводить его аналогичным методом, синтезируя сегмент с немечеными нуклеозидтрифосфатами в течение первых 30 с, а затем в течение следующих 30 с - с мечеными трифосфата-ми. Лимитирующим фактором является поддержание син фон-ности в течение более длительного синтеза . [c.189]

Катенаны 18 и 19 отличаются только обратной последовательностью сегментов в одном из циклов. Это различие делает их циклоэнантиомерами. Для того чтобы такая разница имела место, каждое кольцо ка-танана должно состоять по крайней мере из трех различных сегментов, если даже каждый из сегментов присутствует в обоих циклах. [c.23]

Как и катенаны, ротаксаны могут существовать в виде циклоэнантиомеров. Так, соединения 29 и 30, являющиеся зеркальными изображениями друг друга, отличаются только направлением последовательности сегментов цикла. [c.26]

Довольно наглядный прием, используемый при изучении этой проблемы, состоит в размещении цепей в соответствующей решетке, причем разрешенными считаются такие положения цепей, для которых каждая ячейка решетки занята только одним сегментом. После этого анализируют функцию распределения по расстояниям между концами цени и сравнивают с распределением, которое бы получалось при допущении пересечения цепей. Этот метод проиллюстрирован рис. 36 на примере цепей из шести сегментов, помещенных в плоскую квадратную решетку с фиксированным положением первых двух сегментов и прямым углом между двумя последовательными сегментами. Из этого рисунка видно, что из 16 возможных цепей не пересекаются лишь 8. При добавлении еще одного сегмента доля непересекающихся цепей снизится до 13/32. Если длину одного шага принять за единицу, то среднее расстояние между концами цепи из шести сегментов будет составлять 2,05. После устранения пересекающихся цепей эта величина возрастет до 3,1. Основная проблема при подобном исследовании состоит в быстром уменьшении доли непересекающихся цепей с увеличением Z — числа сегментов цепи, что затрудняет сохранение приемлемого статистического образца ко времени, когда модель вырастает до размеров, соизмеримых с длиной молекулярных цепей полимеров. Хотя на расположение цепей в пространстве налагаются меньшие ограничения, чем на их расположение в плоской решетке, Уолл и др. [664] обнаружили, что самая длинная непересекаю-щаяся цепь, размещенная в кубической рететко 140 ООО способами, имела лишь 121 сегмент. При размещении в тетраэдрической решетке (которая наиболее подходит для полимера с углеводородной цепью главных валентностей) доля непересекающихся цепей уменьшается примерно на 4% для каждого дополнительно присоединившегося сегмента, и поэтому из 10 цепей лишь одна достигает длины 400 сегментов. Хотя проблема размещения цепей и анализа размера цепей, не имеющих точек пересечения, может быть запрограммирована для электронной счетной машины [c.111]

Концы линейной ДНК содержат дополнительные последовательности. Сегмент U3 добавляется к 5 -концу сегмент U5-K З -концу. В результате каждый конец ДНК имеет последовательность U5—R—U3 она получила название длинного концевого повтора (LTR). Ее образование связано с реакцией, схема которой представлена на рис. 38.2. Обратная транскриптаза переключает матрицы, перенося образующуюся ДНК на новую. матрицу. На рисунке показано образование одного LTR для образования повтора на другом конце требуется подобное событие. Характерная черта вирусного генома идентичность LTR, находящихся на его концах. Это объясняется их происхождением. З -конец U5 состоит из короткого инвертированного повтора, родственного 5 -концу последовательности U3, в результате чего сама последовательность LTR фланкирована короткими инвертированными повторами. Следовательно, организация ДНК ретровируса напоминает организацию транспозирующихся элементов, подобных opia (см. рис. 37.2). [c.491]

Рис. 8-47. Локализация потенциально гидрофобных (трансмембранных) сегментов полипептиднои цепи с помощью профилей гидрофобности. Свободная энергия, необходимая для переноса последовательных сегментов полипептиднои цепи из неполярного растворителя в воду, рассчитывается по аминокислотному составу с использованием данных по модельным соединениям. Такой расчет делается для сегментов фиксированного размера (обычно около 10 аминокислотных остатков), начиная с каждой последующей аминокислоты в цепи. Индекс гидрофобности данного сегмента откладывается по оси Y как функция от его ноложения в цепи. Положительные значения соответствуют случаю, когда для переноса в воду требуется свободная энергия (т. е. данный сегмент является гидрофобным), а величина пика соответствует количеству требуемой энергии. Пики индекса гидрофобности показывают положение гидрофобных сегментов в аминокислотной последовательности. Здесь приведены два примера гликофорин имеет единственный трансмембрапный гидрофобный домен и один соответствующий ему пик на профиле гидрофобности (А) бактериородопсин содержит семь трансмембранных спиральных участков, которым соответствуют семь пиков на профиле

Гены сегментации подразделяют на три класса (рис. 16-61). Первыми в действие вступают по меньшей мере три gap-гена, действие продуктов которых приводит к появлению наиболее грубого подразделения эмбриона. Мутации любого gap-гена сопровождаются исчезновением обширных участков последовательных сегментов, а мутации различных gap-генов приводят к появлению различных, но частично перекрывающихся дефектов. Например, личигжа мутантная по гену Kruppel лишена 8 сегментов от Т1 до А5 включительно (соответственно иарасегменты РЗ-Р10). [c.116]

Первая полная последовательность сегмента РНК вируса гриппа была получена из гена НА вируса чумы птиц (A/FPV/Rosto k/34 [95]). Позднее были определены последовательности нескольких генов НА четырех различных подтипов [18, 43, 82, 120, 123]. Последовательности можно прямо сравнивать, выстраивая в ряд сохраненные цистеиновый, триптофановый и пролиновый остатки получбнных белков. В этом случае можно разделить делеции и/или вставки. [c.108]

Были определены полная последовательность сегмента 7 (М) РНК двух штаммов - A/PR/8/34 (H1N1) [2, 122] и A/Udom/72 (H3N2) 157], а также частичные последовательности ряда штаммов [35]. Вслед за первым кодоном АУГ в плюс-цепи кодируется белок 252 остатка, гидрофобный и богатый аргинином. Структуры триптических пептидов из очищенного белка М штамма PR8 [35] хорошо соответствовали ожидаемым из последовательности аминокислот, предсказанной по последовательности гена. [c.153]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология