Тимидин конформация

Более подробно влияние лигандов тимидин-3,5-дифосфата (ТОР) и a " было изучено для нуклеазы Т, протеолитического производного нуклеазы стафилококка [94]. Константу равновесия системы нативная конформация — развернутая конформация можно [c.190]

Если атом Сг или Сз расположен по ту же сторону плоскости, что и С5, то конформация называется эндо, если по разные стороны — экзо. Последняя была обнаружена только в двух структурах — дезоксиаденозине [9] и тимидине [10] во всех остальных нуклеотидах наблюдается эн о-конформация. [c.170]

Эти данные показывают, что конформацию 2 -дезоксиаденозина следует считать промежуточной между Уу- и Гу-конформациями конформацию тимидин-5 -фосфата — близкой к конформации аде-нозин-З -фосфата (промежуточная между У и У -конформация-ми), а 5-фтор-2 -дезоксиуридина — к конформации цитидин-З -фос-фата (промежуточная между У - и Гз -конформациями). В других исследованиях остатку 2 -дезоксирибозы приписана У -конфор-мация она обнаружена в 5-бром-2 -дезоксиуридине 5-иод-2 -дез-оксиуридине 2 и нуклеозидах, входящих в комплекс 2 -дезоксигуа-нозина с 5-бром-2 -дезоксицитидином [c.133]

Аналогично ведет себя тимидин-3, 5 -циклофосфат39 до цити-дин-3, 5 -циклофосфат, дающий в этих условиях лишь следы цитозина Такая значительная лабилизация N-гликозидных связей в производных урацила, по-видимому, обусловлена особенностями конформации остатка сахара (см. стр. 131). [c.495]

Оптическая активность нативных дезоксирибонуклеиновых кислот заметно выше оптической активности составляющих их мононуклеотидов [259]. Удельное вращение мономеров (появляющееся благодаря наличию остатка сахара) лежит в области от +50" до —50° со средним значением около О" для эквимолярных количеств основных нуклеотидов. Для дезоксирибонуклеиновых кислот [а]о лежит между гЮО и - -150°, а типичная величина [Л4р[п (молярное вращение, рассчитанное по числу фосфатных остатков) равна приблизительно +42000°. Величины удельного вращения для ди- и олигонуклеотидов позволяют предположить, что изменения, которых можно ожидать в результате этерификации мононуклео-тидфосфата, весьма. малы [260, 261]. Например, соответствующая величина [Мр1в для тимидилил-5 3 -тимидин-5 -фосфата составляет в нейтральном растворе +2800°. Однако для спиральных структур значительная часть общей оптической активности может определяться особыми и нескомпенсированными взаимодействиями, которые возможны благодаря соответствующим конформациям этих структур. Таким образом, разрушение упорядоченной спиральной структуры должно приводить к снижению оптической активности препарата [238]. Было найдено, что дело обстоит именно так. Далее, изменение оптического вращения ДНК в зависимости от температуры можно непосредственно сравнивать с ранее описанной зависимостью ультрафиолетового поглощения от температуры. Для ДНК из зобной железы теленка [а]о уменьшается от +126 при комнатной температуре до +28° при 92 причем температура тепловой денатурации, определенная в этом случае по точке перегиба кривой перехода, очень близка к значению, полученному из соответствующих опытов по изучению изменения ультрафиолетового поглощения. [c.582]

Для ряда дезоксирибонуклеозидов (тимидина, дезоксиуридина и других) при помощи ЯМР-спектров обнаружена такая конформация углеводного остатка, в которой из средней плоскости выступают не атомы Са или Сз, а циклический атом кислорода (О-эк о-копформация). [c.365]

С конформацией нуклеотидов связывают их различное поведение в ряде химических реакций. Например, и-нитрофениловые эфиры тими-дин-3 - и - 5 -фосфатов гидролизуются щелочью через образование промежуточного тимидин-3, 5 -циклофосфата, что не было обнаружено для д-нитрофенилового эфира уридин-5 -фосфата. Различный механизм гидролиза этих нуклеотидов связывают с различной конформацией углеводного кольца, которая в одном случае способствует, а в другом препятствует сближению соответствующих З -окси- и 5 -фосфатной группировок [c.368]

Нативные молекулы ДНК очень велики и при экстракции из клеток обычно разрываются в результате физических или ферментативных воздействий. Мезелсон и Сталь в своих экспериментах по репликации ДНК Е. соН имели дело со сравнительно небольшими фрагментами ДНК, и полученные ими результаты относятся только к состоянию ДНК, предшествовавшему репликации и после нее. Полная репликация хромосомы Е. соН впервые наблюдалась Джоном Кейрнсом. Он разработал метод очень мягкого разрушения клеток Е. соИ. В результате Кейрнсу удалось вьщелить интактные хромосомы Е. соН и пометить их радиоактивным Н-тимидином. Меченые хромосомы аккуратно переносили из раствора на твердую поверхность, которая затем покрывалась в темноте фотографической эмульсией и в течение нескольких недель экспонировалась. В это время электроны, испускаемые радиоактивной ДНК, вызывали образование зерен серебра в фотоэмульсии вдоль молекул ДНК. Последующая обработка эмульсии дает радиоавтограф хромосомы, на котором цепочка зерен серебра отслеживает конформацию молекулы ДНК. Применение метода радиоавтографии привело прежде всего к установлению того факта, что ДНК Е. соН имеет кольцевую форму (рис. 4.22). Впоследствии было показано, что такую же форму имеет ДНК всех прокариотических организмов, а также вирусов и органелл эукариотических организмов. [c.120]

Вероятность образования димеров зависит также от вторичной и третичной структур ДНК. Подтверждением этому служат опыты Г. Б. Завильгельского и сотр., в которых была выявлена отчетливая корреляция между квантовым выходом димеризации тимидил-тимидина и взаимоориентацией тимина, а также выходом образования летальных димеров в инфекционной фаговой ДНК и конформацией макромолекулы, контролируемой температурой и денатурирующими веществами. По расчетам японского исследователя Нагата, условия для димеризации наиболее благоприятны у тех конформаций ДНК (из всех возможных), у которых соседние остатки тимина ориентированы друг к другу под углом 36°. [c.230]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология