Цитидин конформация

Конформации фураноз и их производных. Подобно циклопентановому кольцуй , тетрагидрофурановый цикл в производных фураноз не является полностью плоским. Об этом свидетельствуют ЯМР-спектры ряда нуклеотидов и нуклеозидов и некоторых других производных i-D-рибо-фуранозы а также данные рентгеноструктурного анализа сахарозы и цитидина [c.46]

Сравним теперь конформацию цепи — Сз —Оз —Р—О—Н в молекулах аденозин-З -фосфата [31] и цитидин-З -фосфата [14] (рис. 7). Ориентация связей О3 —Рз и О/—Н в обоих [c.176]

Двугранный угол Сз —О3 — Р—О т в аденозин-З -фосфате равен—77° (гош), а в цитидин-3 -фосфате 4-171° транс). Таким образом, конформацию можно в первом случае представить как гош-гош, а во втором — как гош-транс. Оказалось, что структура всех фосфатных групп описывается одной 3 этих двух конформаций [31]. [c.176]

Конформация, в которой существуют нуклеозиды, не считалась важной до тех пор, пока Фурберг не провел исследование кристаллической структуры цитидина. Оказалось, что плоскость углеводного кольца расположена под прямым углом к плоскости цитози-нового основания [52]. Включение этих данных в работу по созданию модели ДНК явилось важным вкладом. [c.55]

Рис. 7 [31]. Конформация ри-бофосфатных остатков а — цитидин-З -фосфат б — аденозин-З -фосфат

Под действием пиримидил-РНК-азы расщепляются фосфодиэфирные связи, образованные производными уридина и цитидина, а также фосфодиэфиры некоторых редких компонентов РНК, в частности псевдоуридина, 5,6-дигидроуридина и риботимидина . Вопрос о влиянии пр ироды пиримидинового кольца нуклеозида на скорость реакции, катализируемой пиримидил-РНК-азой, рассмотрен в обзоре Витцеля °2 (см. также При расщеплении РНК под действием пиримидил-РНК-азы образуется смесь З -фосфатов пиримидиннуклеозидов и олигонуклеотидов, терминированных остатком пиримидин-З -фосфата. Скорость ферментативной реакции сильно зависит от природы отщепляющегося остатка и конформации полинуклеотида (см. стр. 291) можно осуществить специфическое частичное расщепление полинуклеотидов в условиях, когда скорость процесса уменьшена. [c.70]

Экспериментальные данные, полученные с помощью рентгеноструктурного анализа, показывают, что остаток рибозы в нуклеозидах и нуклеотидах имеет обычно конформацию V . Такая конформация углеводного остатка была, например, показана рентгеноструктурным исследованием кристаллов цитидина уридина уридин-5 -фосфата аденозина и комплекса аденозин-5-бромуридин 5. Более точные рентгеноструктурные исследования (табл. 2.3) показывают, что наряду со значительным отклонением (0,5—0,6 А) З -углеродного атома остатка рибозы от плоскости кольца, соседний (С-2 ) углеродный атом также выведен из этой плоскости на 0,10—0,15 А в ту же самую или противоположную сторону. Остаток рибозы, таким образом, имеет при этом конформацию, промежуточную между идеализированными конформациями, рассмотренными выше. Так, конформация остатка рибозы в аденозин-З -фосфате является промежуточной между конформа-циями V и V (ближе к первой), а в аденозин-б -фосфате — между конформациями и Тг> [c.131]

В ряде случаев, однако, доказано существование и других конформаций рибозного остатка. Так, в случае цитидин-З -фосфата остаток сахара имеет конформацию, промежуточную между и Ту (ближе к первой), а для 5-бромуридина— конформацию Уг. [c.131]

Эти данные показывают, что конформацию 2 -дезоксиаденозина следует считать промежуточной между Уу- и Гу-конформациями конформацию тимидин-5 -фосфата — близкой к конформации аде-нозин-З -фосфата (промежуточная между У и У -конформация-ми), а 5-фтор-2 -дезоксиуридина — к конформации цитидин-З -фос-фата (промежуточная между У - и Гз -конформациями). В других исследованиях остатку 2 -дезоксирибозы приписана У -конфор-мация она обнаружена в 5-бром-2 -дезоксиуридине 5-иод-2 -дез-оксиуридине 2 и нуклеозидах, входящих в комплекс 2 -дезоксигуа-нозина с 5-бром-2 -дезоксицитидином [c.133]

Рентгенографическое изучение кристаллической структуры цитидина показало также, что кольца гетероциклов и углевода фактически не копланариы, а почти перпендикулярны [132]. Были предложены соответственно видоизмененные одноцепочечные структуры для ДНК, в которых плоскости колец углевода были приблизительно параллельны длинной оси полинуклеотида [133]. Была рассмотрена также спиральная структура, включающая три скрученные нити с фосфатными группами, расположенными в центре, и радиально выступающими пуриновыми и пиримидиновыми остатками [134], но было найдено, что эта структура противоречит большей части имевшихся данных. Более совершенные рентгенограммы и изучение волокон дезоксирибонуклеатов натрия при различной влажности показали, что существуют две индивидуальные конфор-.мации — одна (при относительной влажности 75 о), дающая четко выраженную ориентированную картину, характерную для кристаллической конформации, и другая (при более высокой влажности), дающая рентгенограмму, характерную для спиральных структур, обладающих более низкой степенью кристалличности [1351. Фосфатные группы как в кристаллической, так и в полукристаллической формах (которые обратимы) доступны для молекул воды и, следовательно, должны лежать на внешней поверхности структуры. [c.554]

В работах [22, р. 77 23, 24] энергия вращения вокруг гликозидной связи вычислялась с использованием потенциалов невалентных взаимодействий. При это.м было показано, что для уриди-на, цитидина и аденозина ан/иы-конформации являются самыми, Быгоднклш в гуанозине наиболее устойчива сын-конформация. Согласно работе [22], разность энергий между син- и анти-конформациями для адсиозина и гуансвпиа составляет 1—2 ккал/моль, а для уридина и цитидина — 5—7 ккал/моль. Таким образом, пиримидиновые нуклеозиды и нуклеотиды обычно имеют анти-кон-формацию, а пуриновые — как син-, так и анти-. На рис. 9.5 показаны потенциальные функции вращения вокруг гликозидной связи для тех конформаций рибозы, которые наблюдались в соответствующих нуклеозидах (расчеты проводились с потенциалами Дашевского). [c.408]

Теоретические исследования этих хромофоров показали, что спектры поглощения рибонуклеотидов в области 190—300 нм имеют я —>я -природу [298, 564, 565]. Метод вычисления вращательной силы с помощью теории связанного осциллятора, особенно в случае циклонукле-озидов, указывает на то, что эта теория объясняет большинство примеров проявления оптической активности в пиримидиновых нуклеозидах [83]. Метод КД, как один из многих экспериментальных методов изучения глико-зидной конформации в нуклеозидах, использован недавно для исследования конформации цитидина, 2, 3 -изопро-пилиденцитидина, уридина и 2, 3 -изопропилиденуридина в воде и органических растворителях [566]. Данные, полученные с помощью КД, для многочисленных пиримидиновых нуклеозидов позволяют, кроме того, изучить фуранозную конформацию, влияющую на оптическую активность [564, 565]. [c.89]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология