Параметр кооперативности

Параметр кооперативности а, вводимый при рассмотрении переходов типа спираль — клубок в полипептидах или полинуклеотидах [16] и являющийся мерой числа звеньев, входящих [c.59]

Более строгие определения и описание методов оценки параметра кооперативности можно найти, например, в [16]. [c.60]

Переход тем более резок, чем Q меньше параметр кооперативно- 0,2 сти а. Кооперативность максималь- [c.101]

Близко к понятию сегмента, учитывающему только ориентацию соседних звеньев в пространстве, находится представление о параметре кооперативности, относящееся к той минимальной последовательности звеньев, которая способна под действием межмолекулярных сил образовать устойчивые кооперативные участки, например витки спирали (с. 580). [c.369]

Рис. 13. К определению параметра кооперативно-сти по ширине интервала плавления. Обычно кривая перехода имеет 8-образную форму за Тпл принимается точка перегиба X — любой конформационно-чувствительный параметр Х, соответствует упорядоченному, Хг — неупорядоченному состоянию макромолекулы.

На рис. 32 приведены теоретические кривые титрования полиглутаминовой кислоты, рассчитанные Зиммом и Райсом [ ] по формулам (10.9), (10.10) и (10.16), причем как уже указывалось, учитывалось электростатическое взаимодействие ионизованных групп с четырьмя соседями с каждой стороны. Кривые сопоставлены с экспериментальными данными, полученными Вада ) в водных растворах КаС с различной ионной силой. Входящая в теорию константа равновесия 5 для незаряженных групп подбирались так, чтобы получить наилучшее согласие с опытом (5=1,114), а параметр кооперативности а взят из экспериментальных данных по переходам спираль —клубок поли-7-бензил-1-глу- [c.342]

Очевидно, точный профиль кривой плавления может быть определен лишь при наличии строгих выражений для величин Оу. Однако наличие критического значения 5, равного 5 , и вид части кривой в области, где заметно меньше единицы, определяются в основном значениями с большими у (так как (X) в этой области определяется главным образом членами с большими у), для которых приближение (11.11), по-видимому, является достаточно хорошим. В области, где г> близко к единице, средние размеры колец становятся малыми, а формула (11.11) перестает быть количественно справедливой. Поэтому теория Зимма количественно не описывает, как указывает сам автор, профиля кривой плавления ДНК в области, близкой к области чисто спирального состояния. Напомним также, что параметр кооперативности а,,, как и в случае полипептидных цепей, не вычисляется в теории, а входит в нее в качестве эмпирического параметра. [c.369]

По достижении о=0 все сегменты или звенья цепи гидродинамически взаимодействуют с растворителем. В принципе цепочка может существовать теперь в конформации более или менее развернутого клубка или в полностью растянутой конформации. Попытаемся ввести для последней параметр кооперативности, точно так же, как это делается в теориях переходов спираль —клубок. Введем [32] свободную энергию инициирования связанного участка , которая определяется понижением энтропии при жестком ограничении конформации последовательности ближайших соседей — звеньев цепи. В случае гибкоцепного полимера это — транс-конформация. Константа равновесия для перехода в гош-конформацию, аналогичного одному разрыву в последовательности связей, обеспечивающих жесткость распрямленной цепи, равна [c.46]

Рис. 25. Зависимость степени восстановленности первого переносчика электронов от редокс-потенциала среды, рассчитанная по уравнению (5.34) при различных значениях параметра кооперативности в переносе электронов 0

Если же параметр кооперативности 01 не равен единице, то выражение (5.54) по-прежнему можно записать в виде формулы [c.115]

Кооперативность таких систем может быть охарактеризована параметром кооперативности (ои определяется экспериментально, напрнмер по величине температурного интервала плавления полимера), близким по физическому смыслу к понятию сегмента. Он отражает ту минимальную последовательность звеньев (связей, витков н т. д.), которая при структурном превращении переходит как целое из упорядоченного состояния (спираль) в неупорядоченное. [c.580]

Фазовые переходы и фазы строго определены в статистической физике лишь для систем с /V - - < . Самые длинные а-спирали содержат лишь десятки и сотни звеньев. Плавление а-спирали происходит в заметном интервале температур АТ, определяемом лишь параметром кооперативности а. В отличие от истинного фазового перехода, АТ пе стремится к нулю при NТем самым плавление а-спирали есть нефазовый кооперативный кон-формационный переход. Сказанное справедливо и для двумерных р-систем. [c.104]

Это несколько сложное статистическое определение параметра кооперативности б отражает основной физический факт предшествование витка повышает вероятность образования следующего витка виток как бы играет роль матрицы , облегчаюш,ей присоединение следующих звеньев в аналогичной конфигурации. С этим связан выигрыш свободной энергии — RT]na.— Прим. редактора]. [c.65]

При малых значениях параметра кооперативности а, в частности при а 2 10 , определенном, как указывалось выше, путем сравнения теории с экспериментальными данными по поли-7-бензил-1-глутамату [23,33] результаты приближенной теории практически совпадают с результатами более строгой теории Нагаи, учитывающей реальную структуру клубкообразных частков цепи. Это связано с тем обстоятельствсм, что применимость второй, приближенной, модели тем лучше, чем больше среднее число мономерных единиц в клубкообразном участке. Как было показано ранее (см. (9.28)), в области перехода это число по порядку величины равно 1/]/а, т. е. для а 2 10 достаточно велико. [c.324]

Как и в случае полипептидных цепей, величина температурного интервала перехода зависит, с одной стороны, от теплоты перехода — ДЯ, а с другой — от параметра кооперативности Величина —Д// может быть непосредственно измерена калориметрическим путем, а также оценена из зависимости температуры перехода от концентрации водородных ионов (см. 31). Калориметрические измерения, выполненные Стертевантом, Райсом и Гейдушеком [ 2] на ДНК спермы кашалота, подвергнутой кислотной денатурации при pH = 2,5, температуре 25°С и ионной силе раствора 0,1 М, дали теплоту перехода 5 ккал молъ на пару оснований. Для определения теплоты плавления ДНК в нейтральной среде к этой величине следует добавить теплоту ионизации пуриновых и пиримидиновых оснований, сопровождающей кислотную денатурацию ДНК (см. 31). Оценка этой последней величины была проведена Де Во и Тиноко [ ], которые, исходя из теп- [c.370]

Если параметр кооперативности 01 равен единице (кооперативность отсутствует), то уравнение (5.54) переходит в обычное уравнение Гендерсона — Хассельбалха [Ленинджер, 1974] для [c.115]

РИС. 15.13. График Скэтчарда в случае связывания лиганда на однородной решетке при условии к = I М и / = 1 для различных значений параметра кооперативности и (M Ghee, von Hippel. 1974). [c.37]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология