Олигорибонуклеотиды

Синтез олигорибонуклеотидов ферментативным путем осуществляют обьино с использованием рибонуклеаз (РНаз) или полинуклеотидфосфорилаз (ПНФаз). В первом случае р-цию осуществляют по схеме [c.301]

Использование диазометана в присутствии каталитических количеств ЗпСЬ позволяет из рибонуклеозидов получать исключительно 2 -0- и З -О-алкилированные нуклеозиды, однако этот метод, хотя и очень удобный, ограничивается моноалкилированием цыс-гидроксильных групп нуклеозидов [176]. Избирательное О -алкилирование рибонуклеозидов можно осуществить также действием алкилгалогенидов на промежутс. ые производные олова, описанные ранее 1168]. 2 -0-(о-Нитробензил) уридин также получен через производное олова эта группа удаляется фотохимически и использована в синтезе олигорибонуклеотидов [177]. [c.117]

Короткие олигорибонуклеотиды могут инициировать синтез РНК с помощью РНК-полимеразы в присутствии ДНК-затравки. Так, например, тетрарибонуклеотид, содержащий 4 остатка аденина, стимулирует биосинтез поли-р А на поли-дТ в качестве затравки [81]. [c.235]

Для синтеза олигорибонуклеотидов с большим числом звеньев используют ПНФазу [c.301]

Как было указано, инициация биосинтеза дочерних цепей ДНК требует предварительного синтеза на матрице ДНК необычного затравочного олигорибонуклеотида, названного праймером, со свободной гидроксильной группой у С-3 рибозы. Этот короткий олигорибонуклеотид синтезируется комплементарно на матрице ДНК при участии особого фермента-праймазы, наделенной РНК-полимеразной активностью. [c.485]

Этап I —инициация биосинтеза ДНК—является началом синтеза дочерних нуклеотидных цепей в инициации участвует минимум восемь хорошо изученных и разных ферментов и белков. Первая фаза—это, как указано ранее, ферментативный биосинтез на матрице ДНК необычного затравочного олигорибонуклеотида (праймера) со свободной гидроксильной группой у С-3 рибозы. При инициации к цепям ДНК последовательно присоединяются ДПК-раскручивающие и ДНК-связывающие белки, а затем комплексы ДНК-полимераз и праймаз (см. рис. 13.3). Инициация представляется единственной стадией репликации ДНК, которая весьма тонко и точно регулируется, однако детальные механизмы ее до сих пор не раскрыты и в настоящее время интенсивно исследуются. [c.486]

Олигорибонуклеотиды можно получать синтетически, используя оба метода, как фo фитaмидныЙJ так и Н-фосфонатный, и синтоны, содержащие обратимо защищенную 2 -ОН-группу. В качестве примера можно привести синтон (114), у которого 2 -ОН-группа защищена тетрагидропиранильным остатком [c.299]

Синтез сравнительно коротких олигорибонуклеотидов может быть осуществлен химическим или ферментативным методом. Более длинные последовательности получают путем соединения коротких фрагментов с помощыо РНК-лигазы. [c.367]

Ферментативный синтез олигорибонуклеотидов. Как правило, для синтеза сравнительно коротких фрагментов — ди- и тетранук-леотидов использукэт реакцию, катализируемую рибонуклеазами [c.367]

Синтез олигорибонуклеотидов может быть осуществлен комбинацией РНаз и ПНФазы. [c.368]

Химический синтеэ олигорибонуклеотидов. Олигорибонуклео-тиды синтезируют фосфодиэфирным, фосфотриэфирным и фосфит-ным методами с использованием в осноаном аналогичных приемов и реагентов, описанных д.1я ДНК-ряда. Дополнительной проблемой является необходимость избирательной защиты 2 -ОН-группы рибозы, а также лабильность фосфодиэфирной связи олиго- и полирибонуклеотидов в щелочной среде. [c.368]

Смешанные ангидриды в случае олигорибонуклеотидов могут образовываться в результате взаимодействия с гидроксильной группой межиуклеотидного атома фосфора, хотя его реакционная способность ниже, чем у концевых монофосфатоа- В определенных условиях эта реакция вызывает расщепление олигонуклеотидов и миграцию фосфатной группы от 3 - к 2 -гидроксильной группе рибоэы. Обе реакции объясняются атакой 2 -гидроксильных групп рибозы на атом фосфора в смешанном ангидриде, в результате которой разрывается саязь фосфата с 3 -, либо с 5 -гидроксильной группой [c.392]

Среди реакций, протекающих с разрывом связей Р—О, практически важны кислый и щелочной гидролизы РНК или олигорибонуклеотидов. При щелочном гидролизе РНК конечным продуктом являются нуклеозид-2 (3 )-фосфаты ДНК в тех же условиях не расщепляется. [c.396]

Характерной особенностью поведения РНК и олигорибонуклеотидов в кислой среде является изомеризация природной 3 - 5 -фос-фодиэфирной связи в 2 5 -фосфодиэфирную. Процесс идет конкурентно с расщеплением фосфодиэфирных связей. При неполном гидролизе РНК в образовавшихся олигонуклеотидах присутствует значительный процент олигомеров с изомерными связями. Продолжительный гидролиз в кислой среде, так же как и в щелочной, приводит к образованию мононуклеотидов. [c.396]

С возможностью изомеризации фосфодиэфирной связи в кислой среде следует считаться во всех случаях, где РНК подвергается кислотной обработке, например в процессе снятия защитных групп при синтезе олигорибонуклеотидов. [c.396]

Последовательное отщепление нуклеотидов может быть осуществлено также с помощью полинуклеотидфосфорилазы (см. стр. 98). Продуктами катализируемой этим ферментом реакции олигорибонуклеотида с фосфорной кислотой являются нуклеозид-5 -дифосфаты. [c.66]

Олигорибонуклеотиды. Методы химического синтеза в этом ряду соединений разработаны значительно меньше, чем в случае олигодезоксинуклеотидов. Относительно доступными являются лишь тринуклеозиддифосфаты синтезу же олигонуклеотидов [c.93]

Обычный подход к синтезу олигорибонуклеотидов состоит в ступенчатом наращивании олигонуклеотидной цепи с 5 -конца. Для синтеза динуклеозидфосфатов используют обычно в качестве нуклеотидного компонента 2, 5 -защищенные рибонуклеозид-З -фос-фаты ЬХХХУ, а в качестве нуклеозидного компонента — 2, 3 -защи-щенные рибонуклеозиды ЬХХХУ . [c.94]

Выше уже рассматривалось (см. стр. 69) расщепление поли-и олигорибонуклеотидов под действием рибонуклеаз. Первая стадия реакции — превращение фосфодиэфира рибонуклеозида в циклофосфат— в значительной степени обратима, и в определенных условиях при обработке циклического фосфата моно- или олигонуклеотида (нуклеотидный компонент) избытком нуклеозида или нуклеозид-З -фосфата (нуклеозидный компонент) удается достигнуть образования 3 - 5 -фосфодиэфирной связи [c.96]

Олигорибонуклеотиды . Для получения олигорибонуклеотидов, прежде всего тринуклеозиддифосфатов, предложен ряд фермента- [c.103]

Некоторые олигонуклеотиды наиболее удобно получать расщеплением соответствующих полимеров. Это относится к гомогенным олигорибонуклеотидам, легко получаемым кратковременным щелочным гидролизом соответствующих гомогенных полирибонуклеотидов, а также к олигорибонуклеотидам типа (Хр) Ур, которые легко получить, расщепляя продукт полимеризации ррХ и ррУ (под действием полинуклеотидфосфорилазы) нуклеазой, специфичной к остатку Ур. (Здесь X и V — остатки нуклеозидов.) Ряд ди-, три- и тетрануклеотидов может быть достаточно легко выделен из продуктов расщепления РНК под действием РНК-аз. [c.103]

Олиго-и полинуклеотиды. Как уже отмечалось выше, первичным продуктом ацетилирования нуклеотидов является смешанный ангидрид нуклеотида и уксусной кислоты, внутримолекулярный алко-голиз которого может приводить в случае олигорибонуклеотидов к изомеризации или расщеплению фосфодиэфирной связи. Хотя нуклеофильность фосфодиэфиров значительно ниже, чем у моноэфиров, опасность таких побочных процессов при ацилировании олигорибонуклеотидов вполне реальна. На примере урндилил-(3 —>5 )-уридина было показано" , что при действии уксусного ангидрида в пиридине происходит расщепление динуклеозидфосфата на 30%, а оставшийся продукт содержит 21% (2 — 5 )-изомера при ацетилировании в присутствии НС1 расщепление проходит на 50%, а изомеризация на 43%. Вместе с тем при проведении реакции в присутствии триэтиламина или тетраэтиламмонийацетата количественное ацетилирование гидроксильных групп не сопровождается сколько-нибудь заметной изомеризацией или деградацией фосфодиэфирной связи. Такие условия были успешно применены для защиты гидроксильных групп в динуклеозидфосфатах- 2, од- [c.516]

Подобным же образом можно использовать и другие ферменты, включая рибонуклеазы таким путем может быть установлена структура многих пизкомолекулярных олигонуклеотидов. Ясно, однако, что для олигорибонуклеотидов большего размера единственным действительно ценным является метод ступенчатой деградации. Такой метод был разработан на основе реакций элиминирования, чрезвычайно легко и в очень мягких щелочных условиях, протекающих с фосфорными эфирами -альдегидо- и -кетоспиртов [185, 186]. Периодатное окисление аденозин-5 -фосфата или аденозин-5 -бен- [c.397]

Аналогично с помощью дициклогексилкарбодиимида могут быть получены олигорибонуклеотиды. Применение соответствующим [c.487]

Было найдено, что оптическое поглощение некоторых дидезок-синуклеотидов примерно па 5—10% ниже, чем соответствующих мононуклеотидов [15, 19, 20], что противоречит той точке зрения, что гипохромизм не является результатом связывания нескольких мононуклеотидов. В соответствии с этим, гиперхромные эффекты наблюдали при разрушении большого числа олигорибонуклеотидов, характерные величины которых, приведенные в табл. 8-1 и 8-2, показывают, что эти эффекты, которые могут быть достаточно большими даже для динуклеотидов, быстро достигают предельных значений при длине цепей 5—6 нуклеотидов для каждой гомологической серии [21] и что они являются функцией не только сум- [c.520]

Смотреть страницы где упоминается термин Олигорибонуклеотиды: [c.263] [c.263] [c.160] [c.479] [c.485] [c.486] [c.684] [c.91] [c.583] [c.100] [c.363] [c.524] [c.525] [c.394] [c.395] [c.400] [c.424] [c.502] [c.503] [c.520] [c.12]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология