Уридин фосфат конформация

Возможность образования такой водородной связи может быть легко продемонстрирована на молекулярных моделях нуклеозидов с анга-конформацией. Впервые предположение о таком взаимодействии было выдвинуто для объяснения различия УФ-спектров в сильнощелочной среде уридина и уридин-З -фосфата, с одной стороны, и уридин-2 -фосфата, с другой стороны Прямых доказательств образования такого рода водородной связи до сих пор не получено. Расстояние между атомами кислорода 2-экзо-О и 2 -экзо-0 в кристаллах пиримидиновых рибонуклеозидов и рибонуклеотидов , полученное на основании данных рентгенографии, превышает расстояние, требуемое для образования водородной связи. Однако это не удивительно, так как в кристаллической решетке и тот и другой атомы кислорода находятся в непосредственной близости с функциональными группами соседних молекул нуклеотида такие межмолекулярные взаимодействия могут преобладать в данном случае над внутримолекулярными взаимодействиями, существующими в разбавленных растворах. [c.141]

Под действием пиримидил-РНК-азы расщепляются фосфодиэфирные связи, образованные производными уридина и цитидина, а также фосфодиэфиры некоторых редких компонентов РНК, в частности псевдоуридина, 5,6-дигидроуридина и риботимидина . Вопрос о влиянии пр ироды пиримидинового кольца нуклеозида на скорость реакции, катализируемой пиримидил-РНК-азой, рассмотрен в обзоре Витцеля °2 (см. также При расщеплении РНК под действием пиримидил-РНК-азы образуется смесь З -фосфатов пиримидиннуклеозидов и олигонуклеотидов, терминированных остатком пиримидин-З -фосфата. Скорость ферментативной реакции сильно зависит от природы отщепляющегося остатка и конформации полинуклеотида (см. стр. 291) можно осуществить специфическое частичное расщепление полинуклеотидов в условиях, когда скорость процесса уменьшена. [c.70]

Экспериментальные данные, полученные с помощью рентгеноструктурного анализа, показывают, что остаток рибозы в нуклеозидах и нуклеотидах имеет обычно конформацию V . Такая конформация углеводного остатка была, например, показана рентгеноструктурным исследованием кристаллов цитидина уридина уридин-5 -фосфата аденозина и комплекса аденозин-5-бромуридин 5. Более точные рентгеноструктурные исследования (табл. 2.3) показывают, что наряду со значительным отклонением (0,5—0,6 А) З -углеродного атома остатка рибозы от плоскости кольца, соседний (С-2 ) углеродный атом также выведен из этой плоскости на 0,10—0,15 А в ту же самую или противоположную сторону. Остаток рибозы, таким образом, имеет при этом конформацию, промежуточную между идеализированными конформациями, рассмотренными выше. Так, конформация остатка рибозы в аденозин-З -фосфате является промежуточной между конформа-циями V и V (ближе к первой), а в аденозин-б -фосфате — между конформациями и Тг> [c.131]

Увеличение угла вращения Фс, N приводит к уменьшению амплитуды положительного эффекта Коттона для соединения XVI с фиксированной сын-конформацией наблюдается большой отрицательный эффект Коттона, причем изменение знака эффекта Коттона не связано с изменением хромофора при переходе от уридина к 2-0-замещенным производным уридина, как это видно из значения амплитуды для 2-0-этил-2, 3 -0-изопропилиденуридина XVII. Эти данные ясно показывают, что для пиримидиновых нуклеозидов в растворе предпочтительной является анты-конформация, хотя вращение вокруг С-Г—Ы-гликозидной связи все же возможно это и приводит к уменьшению амплитуды эффекта Коттона по сравнению с соединениями с фиксированной конформацией. анты-Конфор-мация пиримидиновых нуклеозидов в растворах подтверждается и данными ЯМР. Это было показано для растворов ацетатов нуклеозидов в диметилсульфоксиде, где изменение химического сдвига протонов ацетильной группы при С-2 при переходе от производных уридина к производным 5,6-дигидроуридина указывает на заметное влияние магнитной анизотропии двойной связи и, следовательно, на сближенность в пространстве метильных протонов ацетильной группы при С-2 и двойной связи Изучение зависимости химического сдвига протона при С-6 пиримидинового кольца в нуклеозид-5 -фосфатах от pH указывает на пространственную близость фосфатной группы к этому протону, что возможно лишь при ангы-конформации [c.138]

Ограниченность рассмотренных квантовохимических подходов состоит в том, что они не учитывают многих чрезвычайно важных факторов, зачастую определяющих и направление, и скорость реакции. Таковыми, например, являются влияние растворителя, пространственные эффекты заместителей и др. О пространственных эффектах заместителей мы уже говорили при рассмотрении кислотно-основных свойств оснований. Отметим еще несколько примеров подобного влияния. Из данных по конформации нуклеозидов и нуклеотидов (см. гл. 2) следует, в частности, что для этих соединений в обычных условиях предпочтительной является антиконформация, при которой в пиримидиновых нуклеозидах и нуклеотидах остаток рибозы и карбонильная группа находятся по разные стороны от К-гликозидной связи. Если эта конформация сохраняет свое преимущество и в растворе, то можно ожидать, что остаток сахара будет пространственно затруднять нуклеофильное присоединение по двойной связи, вследствие чего реакции подобного рода с объемистыми реагентами могут стать даже невозможными. Не исключено, например, что такие реагенты, как семи-карбазид или реактив Жирара (см. стр. 350), не присоединяются по двойной связи именно в силу пространственных затруднений. Более трудная фотохимическая гидратация двойной связи в ури-дин-5 -фосфате по сравнению с уридин-З -фосфатом, возможно, также связана с пространственными эффектами (см. гл. 12). Несмотря на эти довольно многочисленные факты, детального исследования пространственного влияния остатка сахара на реакционную способность оснований до сих пор еще нет. [c.203]

С конформацией нуклеотидов связывают их различное поведение в ряде химических реакций. Например, и-нитрофениловые эфиры тими-дин-3 - и - 5 -фосфатов гидролизуются щелочью через образование промежуточного тимидин-3, 5 -циклофосфата, что не было обнаружено для д-нитрофенилового эфира уридин-5 -фосфата. Различный механизм гидролиза этих нуклеотидов связывают с различной конформацией углеводного кольца, которая в одном случае способствует, а в другом препятствует сближению соответствующих З -окси- и 5 -фосфатной группировок [c.368]