Структура внеклеточного фрагмента

Важную группу полисахаридов составляют гликозаминогликаны, к которым относятся гиалуроновая кислота, хондроитинсульфаты и кератансульфат. Было показано, что в ориентированных пленках молекулы этих соединений в зависимости от типа присутствующих катионов могут принимать целый ряд взаимо-превращаемых конформаций [12]. Эти конформации представляют собой группу левых спиралей, упакованных антипараллельно и отличающихся в основном степенью растянутости. Наиболее сжатой является одна из конформаций гиалуроновой кислоты, в которой одна молекула закручена вокруг другой с образованием двойной спирали [13] во всех остальных случаях молекулы упакованы бок о бок . В некоторых случаях удалось детально выяснить строение молекул, что для волокнистых веществ, в отличие от кристаллических, очень трудно сделать удалось даже выявить положение молекул воды и геометрию участков молекул, координированных вокруг катионов [14]. Важными вехами на пути понимания конформационных принципов строения полисахаридных цепей стали а) первый пример установления с помощью, рентгеноструктурного анализа упорядоченной конформации разветвленного полисахарида (внеклеточного полисахарида Е. oli) это позволило предположить, что наличие ветвлений играет важную роль при ориентации боковых цепей антипараллельно основной цепи и стабилизации таким образом конформации молекул полисахарида посредством нековалентных взаимодействий [15] б) первое изучение этим же методом структуры кристаллического гликопротеина, которое показало упорядоченность конформации его углеводной части [16]. Ко времени опубликования работы [16] определение строения (F -фрагмента иммуноглобулина G) не было доведено до конца, однако уже можно было сделать ряд важных выводов, которые будут рассмотрены ниже. [c.283]

Структура внеклеточного фрагмента корецептора D8 Т-лимфо-цитов. Белок D8 обнаружен на поверхности Т-клеток в виде двух форм дисульфидсвязанных гомодимера аг и гетеродимера ар [266]. Обе формы имеют N-концевые внеклеточные домены, которые по аминокислотным последовательностям и структурным особенностям подобны вариабельным доменам иммуноглобулина Ig-V [291, 292]. Схематически гомодимер аг DS представлен на рис. 1.10 [293]. Внеклеточная область DS включает 162 остатка, из которых 114 образуют N-концевой иммуноглобулиновый домен, соединенный с трансмемб- [c.70]

Структура внеклеточного фрагмента рецептора D4, содержащего домены 3 и 4. Ранее полагали, что пространственное строение молекул рецепторов D4 и D8 близко, а поэтому их взаимодействия с молекулами МНС классов I и II должны оказывать одинаковое воздействие на активацию и развитие Т-лимфоцитов [296]. Однако кристаллографические исследования D4 [297-300] и DS [293] показали, что трехмерные структуры этих белков, во всяком случае во внеклеточной области, существенно отличаются друг от друга. Главные различия касаются следующих двух моментов. Во-первых, N-концевой Ig-V-подобный домен D4 функционирует в мономерном состоянии, а N-концевой домен DS образует Р -подобный гомодимер (рис. 1.10). Во-вторых, структура D4 во внеклеточной области состоит из четырех, в значительной мере автономных доменов, а DS - только из одного домена, который соединен с трансмембранной частью рецептора практически ненаблюдаемым в дифракционной картине и, по-видимому, лабильным участком из 48 аминокислотных остатков. Единственная структурная особенность, присущая как D4, так и DS, и отсутствующая в иммуноглобулиновых вариабельных доменах, заключается в большей на 6 аминокислотных остатков длине петли DR2 (рис. 1.11). Функциональное значение такого локального изменения последовательности остается неясным. Остановимся более подробно на пространственном строении рецептора D4. [c.72]

Среди побочных продуктов сульфитного процесса получения целлюлозы преобладают химически модифицированные лигнины, образующиеся во многих реакциях между активным сульфитом и каким-либо сложным природным полимером. Структура лигносульфонатов в деталях неизвестна. Они представляют собой гетерогенную смесь соединений с широким спектром молекулярных масс (300—100ООО) состав смесей определяется природой перерабатываемой древесины. Образование сульфонатов приводит к частичной солюбилизации лигниновых фрагментов. Сложность структуры лигносульфонатов затрудняет изучение их биодеградации. Для упрощения задачи обычно используют модельные соединения, например дегидрополимеры кониферилового спирта или другие низкомолекулярные продукты. Низкомолекулярные лигносульфонаты чувствительнее к биодеградации, чем высокомолекулярные с другой стороны, производные лигнина, видимо, устойчивее к разрушению, чем сам лигнин. Следовательно, образование сульфопроизводных затрудняет переработку. В таких сопряженных окислительно-деградативных процессах почвенные грибы и бактерии более эффективны, чем гнилостные грибы для осуществления этих процессов требуется также дополнительный источник углерода. Распад лигносульфонатов нередко сопровождается полимеризацией, в результате чего наблюдается сдвиг в распределении полимеров по молекулярным массам. Эти изменения могут коррелировать с присутствием внеклеточных фенолоксидаз (например, лакказы), физиологическая роль которых остается неизвестной. Фенолы превращаются в соответствующие хиноны и фенокси-радикалы, которые спонтанно полимеризуются. Таким [c.279]

Рентгеноструктурный анализ гормон-рецепторного комплекса показал, что внеклеточная белковая цепь молекулы ЬОНЬр образует два хорошо различимых домена, состоящих из фрагментов 1-123 и 128-238, соединенных лабильным участком 124-127. Каждый домен содержит семь Р-тяжей, образующих сэндвичевую структуру. Большое значение в реализации гормональной функции авторы [249] отводят С-концевому октапептидному участку 239-246. При сорбции субстрата он обеспечивает необходимую для образования эффективных невалентных контактов конформационную подвижность двум доменам [c.61]

Трехмерные структуры субъединиц димера, не ассоциированного с лигандом, идентичны и имеют вид, схематически представленный на рис. 1.8. Каждая из них состоит из четырех а-спиралей, образующих цилиндр диаметром около 20 А и длиной более 70 A. Дисульфидсвя-занный димер принадлежит к группе симметрии Сгу При взаимодействии с лигандом и комплексообразовании симметрия нарушается. Центр связывания аспартата с рецептором находится вблизи вершины димера между контактными поверхностями субъединиц на высоте более 60 A от предполагаемой поверхности внешнего фосфолипидного слоя мембраны. В соответствии со своей симметрией димер, образованный из внеклеточных доменов двух рецепторов, имеет два лигандсвя-зывающих гидрофильных кармана. Один из них, наиболее четко проявляющийся на картах электронной плотности, показан на рис. 1.9. Он включает остаток Arg-64 и фрагмент 149-154 одной субъединицы и остатки Arg-69, Arg-71 - другой, а также молекулу кристаллизационной [c.62]

О связывании пептидов с белками МНС (HLA.) класса II можно судить по результатам рентгеноструктурного исследования Л. Штерна и соавт. [338] пространственного строения комшекса внеклеточной части белка HLA-DR1 с пептидом вируса гриппа НА 306-318 триде-капептидным фрагментом гемагглютинина, мембрашого гликопротеина этого вируса. Дифракционная картина получена сг одного кристалла при -170°, используя синхронное излучение с = i,910 А. Трехмерная структура комплекса HLA-DR1/HA идентифицирована с разрешением 2,75 А. Ее ленточная диаграмма представлена на рис. 1.15. Тридека-пептид НА сорбирован в связывающем центре HL -DR1 в вытянутой, закрученной с большим шагом форме. Она представляет наилучшие возможности для взаимодействий, с одной стороны, с окружающими пептид аминокислотными остатками, а с другой - с поверхностными остатками Т-клеточного рецептора. Таким образок, пептид открыт для межклеточных взаимодействий. Схема реализуемых в комплексе HLA-DR1/HA 12 водородных связей показана на рис. 116. Связи осуществляются только между атомами основной цепи пептида НА и атомами консервативных аминокислотных остатков а-спиральных и (3-струк-турных областей HLA-DR1. Следовательно, систем водородных связей не зависит от конкретной последовательности пептида, т.е. является универсальной для пептидных комплексов HLA-DR1 класса II. Этот факт свидетельствует также о близких ориентациях пептидов в комплексах одновременно относительно связывающих центров белков HLA-DR1 и T R, принадлежащих двум клеткам. [c.79]

Пептидные фрагменты, появившиеся в результате процессинга антигена и экспонируемые затем АПК в ассоциации с молекулами МНС, можно получить в виде очищенных препаратов и секве-нировать. Среди них встречаются не только пептиды из поглощенного клеткой чужеродного антигена (например, вирусных частиц), но и собственные пептиды организма, отщепившиеся в АПК или эндоцитированные ею из внеклеточной жидкости. Анализ (путем очистки и секвенирования) этих собственных пептидов, элюированных из комплексов с молекулами МНС класса I, показал, что они состоят из девяти аминокислотных остатков при этом удалось точно установить структуру ряда таких пептидов и идентифицировать характерные аминокислотные остатки — один на С-конце и другой ближе к N-концу. Этими характерными структурными мотивами различаются пептиды, связываемые молекулами класса I разных гаплотипов рис. 9.22). [c.161]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология