Банки генов

Известны 3 типа консервации физиологическая, криоконсервация и создание банка генов. К физиологической консервации относят анабиоз в естественных условиях, диапаузу [c.598]

Особенно с т и банков генов их целесообразность и широкий видовой набор сохраняемого материала, надежность способов хранения, своевременность обновления материала, функциональный динамизм. [c.527]

Для некоторых объектов размеры банков генов представлены в табл. 11.2. [c.275]

Таблица 11.2. Размер банка генов (N) разных организмов, содержащего искомый ген с различной вероятностью (Р) (из Н. И. Матвиенко, по larke а. arbon,

Рис. 11.9. Общая схема получения банка генов на основе плазмиды pBR 322. Отбирают колонии трансформантов, сохранившие устойчивость к тетрациклину, но утратившие устойчивость к ампициллину

Значительно сложнее отыскать какой-либо ген в банке генов [c.277]

Одна из основных целей клонирования различных фрагментов ДНК прокариотических и эукариотических организмов состоит в расчленении геномов на участки, достаточно малые для того, чтобы было возможно их детальное исследование. Интуитивно представляется очевидным, что, если накопить достаточно большое количество клонируемых фрагментов ДНК, эта коллекция будет включать по меньшей мере по одному экземпляру каждой последовательности генома. Такую коллекцию клонируемых фрагментов называют библиотекой генома или банком генов. [c.281]

Во многих ведущих лабораториях мира созданы так называемые банки или I многих высших животных и человека. В этих банках гены раз- [c.81]

Другой путь сохранения генофонда — поддержание материала в так называемых банках генов. Такие банки могут быть рабочими и законсервированными. Первые используются генетиками и се- [c.526]

В настоящее время, благодаря достижениям в области генетической инженерии, в различных странах созданы и создаются банки генов, приобретающие непреходящее значение для поддержания, изучения строения и функциональной активности генома животных организмов. В России большое внимание этой проблеме уделяется в учреждениях РАН и, в том числе, в институтах цитологии (г. Санкт-Петербург), молекулярной биологии (г. Москва), цитологии и генетики Сибирского отделения РАН (г Новосибирск), МГУ им. М. В. Ломоносова и др. [c.598]

Одной из главных причин, сдерживающих интенсивность и эффективность работ по трансгенозу, остается крайне слабое развитие исследований по идентификации эффективных генов, созданию банков генов и ограниченная научная база генетической инженерии, что связано с крайне слабой финансовой поддержкой в нашей стране биоинженерии как важнейшего приоритета XXI в. [c.76]

Для этой цели описанным способом проводят трансформацию Е. соИ. Поскольку трансформацию осуществляют смесью плазмид с разными вставками, то различные клетки в результате трансформации получат разные фрагменты клонируемой ДНК. Следовательно, на этом этапе нужно собрать как можно больше клонов трансформантов, чтобы быть уверенным в том, что искомый ген находится в одном из клонов. Так создают банки генов, порой состоящие из десятков и сотен тысяч клонов трансформантов. [c.275]

С помощью обратной транскриптазы можно синтезировать копию любой части мРИК, выбрав для этого подходящий праймер. Эта возможность облегчает анализ строения какого-либо специфического участка гена. Но можно получить и набор генных фрагментов, если использовать в качестве праймеров произвольные олигонуклеотиды, получаемые, например, в результате гидролиза ДНК тимуса теленка панкреатической ДНКазой. Их разнообразие столь велико, что среди них имеются комплементарные последовательности к любому из участков мРИК (или ДНК). Добавление в реакционную смесь суммарной фракции таких праймеров дает возможность получить в наборе J HK копии всех участков анализируемого гена. Они полезны для использования их в качестве гибридизационных зондов, применяемых для поиска определенных клонов в банках генов (см. гл. 9). [c.182]

Для создания банка генов осуществляют тотальное клонирование , используя для встраивания в вектор смесь фрагментов ДНК, [c.268]

Скрининг банка генов [c.279]

При поисках определенного фрагмента в банке генов лучше всего идентифицировать его по способности трансформировать соответствующие мутанты того организма, геном которого был клонирован. [c.277]

Число клонов в банке. Основная проблема, возникающая при создании банка генов — необходимость обеспечения его полноты. Она определяется вероятностью встречаемости (р) искомого гена в коллекции, состоящей из n клонов [c.269]

Рис. 9.6 Схема рекомбинационного метода скрининга банка генов, сконструированного на базе вектора ЛЕМВЬЗА Жирной линией выделена отыскиваемая последовательность

Расчеты показывают, что для специфичного связывания с геном в геноме, иап(жмер для бактериофага >., достаточна длина 12 нуклеотидных звеньев, последовательность 15 звеньев идентифицирует уникальный ген в дрожжевом геноме, а 18—20-членные олигонуклеотиды используют для поиска генов в банке генов млекопитающих. [c.379]

Что касается широты видового набора сохраняемого материала, то под этим понимают спектр сохраняемых генотипов, и чем он больше, тем богаче возможность человечества жить в прекрасном мире различных растительных сообществ, чем и определяется целесообразность создания банков генов. В этой связи можно отметить, что в генобанке (коллекции) в ВИРе (Всероссийский институт растениеводства) хранится 380000 генотипов растений. [c.527]

Рассчитайте размер банка генов для организма с молекулярной массой генома 1 X Ю"Д, при среднем размере клонируемого фрагмента 1 X Ю Д, при Р = 0,9.5. [c.289]

Из-за больших размеров гена для фактора VIII ни одна фаговая частица в банке генов не содержала его целиком. [c.522]

TAR-клонирование способно сушественно ускорить выполнение программы Геном человека . Напомним, что анализ геномов начинается с создания банков генов отдельных хромосом, выделение которых является очень трудоемкой задачей. Оказалось, что с помощью TAR-векторов можно селективно клонировать ДНК человека из суммарной ДНК межвидовых гибридов соматических клеток (см. гл. 5). содержащих одну человеческую хромосому. Эта процедура позволяет обогащать человеческую ДНК в 3000 раз. Более того, на примере гена BR A2, мутации в котором с высокой вероятностью приводят к появлению рака молочной железы, была продемонстрирована эффективность TAR-клонирования и для выделения специфических последовательностей из геномной ДНК человека (Larionov et al., 1997) С этой целью был сконструирован кольцевой TAR вектор, который при линеаризации содержал на одном конце промотор гена BR A2, а на другом — его дистальную часть. Стандартные операции кольцевого TAR-клонирования позволили за неделю работы впервые изолировать этот ген из геномной ДНК. [c.361]

Космиды. Как уже отмечалось, емкость векторов, полученных на базе ДНК фага А, (не более 23 т.п.н.), ограничена тем, что существенную их часть составляют гены, кодирующие структурные белки фага. Как выяснилось, в головку этого фага может упаковаться любая ДНК подходящего размера (36—52 т.п.н.), ограниченная двумя со5-сайтами, ориентированными в одном направлении. Это позволило, совместив в одном геноме плазмидный репликатор и os-сайт фага X, создать векторы нового типа, так называемые космиды ( ollins, Hohn, 1978). Размер космид в среднем составляет 5 т.п.н., что позволяет с их помощью клонировать ДНК размером до 45-47 т.п.н. Поэтому космиды предназначены для конструирования банков генов. [c.217]

Главные преимущества космид 1) передача рекДНК в клетки инфицированием гораздо эффективнее, чем трансформацией 2) в инфицированные клетки проникают в основном рекомбинантные молекулы ДНК 3) происходит селекция больших клонируемых фрагментов (30—45 т.п.н.), в то время как при трансформации отбираются главным образом плазмиды меньшего размзра. Последнее особенно важно при создании банка генов и при необходимости клонировать и анализировать эукариотические гены больших размеров [c.219]

Фазмидные векторы так же как и фаговые, используют для клонирования кДНК и геномной ДНК. Эффективность упаковки рекомбинантных фазмид в фаговую головку с последующим инфицированием клеток Е. oh превосходит эффективность трансформации бактерий плазмидами в 100 раз. Это существенно облегчает конструирование банков генов, содержащих до миллиона независимых клопов, повышая тем самым вероятность изолирования редких клонов. И сам процесс скрининга в данном случае также существенно облегчен, так как рассев фагов на чашки может проводиться с высокой плотностью, а фон ложных ответов обычно мал (см. гл. 9). Однако большой размер фаговых и фазмидных векторов затрудняет рестрикционный анализ клонированных генов и их секвенирование, так что после нахождения [c.221]

Фрагменты ДНК, предназначенные для клонирования, получают химическим и ферментативным синтезом, гидролизом клонируемой ДНК рестриктазами и другими эндонуклеазами, дроблением ее гидродинамическим способом или ул1тразвуком Подбором условий в определенных пределах можно задавать их длину, но в ряде случаев в зависимости от емкости векторов и необходимости их эффективного использования фрагменты ДНК перед клонированием фракционируют по размеру. Образующиеся двунитевые фрагменты ДНК обладают разными концами, что определяет выбор метода их присоединения к векторнь 4 молекулам. Если фрагменты синтезированы или получены воздействием рестриктаз, концы их могут быть ровными (тупыми) или липкими, фрагменты, полученные в результате неспецифического дробле ния ДНК, имеют на концах случайные однонитевые участки. При этом разрывы распределяются по молекулам случайно, так что среди образовавщихся фрагментов ДНК всегда содержится любой из генов в неповрежденном виде. Это особенно важно при создании банка генов. Расщепление ДНК рестриктазами, естественно, носит неслучайный характер. Если в клонируемом гене имеется сайт узнавания используемой рестриктазы, то ведут ограниченный гидролиз ДНК, чтобы не разрушить этот ген. [c.241]

Векторы для клонирования. Очевидно, что уменьщение значения т приводит к пропорциональному увеличению значения п. Поэтому для создания банка генов, казалось, следует клонировать как можно более крупные фрагменть. ДНК. Однако чем длиннее фрагменты, тем труднее с ними манипулировать и сложнее их анализировать. Достав очно рутинны процедуры с молекулами ДНК размером до 50 т.п.н. Работа с молекулами ДНК длиной сзыше 100 т п н требует специальных методов и прибо- [c.270]

Процедура скрининга банка генов, представленного в виде ьсиеток лизогенизованных рекомбинантными фагами, сходна с вышеописанной. Клетки из банка генов рассевают с плотностью 20 тысяч на чашку и чашки инкубируют при 30 до образования микроколоний (рис. 9.5,6). Колонии перепечатывают на нитроцеллюлозные фильтры, а фильтры помещают на свежие чашки, содержащие IPTG, и дополнительно их инкубируют 2—4 часа при 42 °С. Затем клетки обрабатывают парами хлороформа, что вызывает лизис клеток и выход белков. Дальнейшие этапы скрининга полностью аналогичны описанным ранее. [c.286]

Составы план эксперимента по получению банка генов дрожжей в векторе pAdlOi BII. [c.312]

В банке генов, полученном с помощью вектора AZAP, найден нужный ген. Составьте план эксперимента по его секвенированию. [c.312]

Существует еще ряд подходов для выявления клонов ЭС клеток. Более подробную информацию об этих подходах можно найти в соответствующем обзоре (Тарантул, 1996). Одним из важных факторов, влияющих на частоту гомологичной рекомбинации, является степень гомоло ии между хромосомной и экзогенной ДНК (Те Riele et al., 1992.). В основном все линии ЭС клеток, которые используются для таргетинга, выделены из линии мышей 129Sv. В связи с этим в работах по гомологичной рекомбинации вектора конструируют на базе генов, клонированных из банка генов этих линий мышей. [c.294]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология